• 한국생물정보학회:학술대회논문집
• /
• 한국생물정보시스템생물학회 2000년도 International Symposium on Bioinformatics
• /
• pp.83-85
• /
• 2000

A lot of microbial genome sequencing projects is being done in many genome centers around the world, since the first genome, Haemophilus influenzae, was sequenced in 1995. The deluge of microbial genome sequence data demands new and highly automatic data flow system in order for genome researchers to manage and analyze their own bulky sequence data from low-level to high-level. In such an aspect, we developed the automatic data management system for microbial genome projects, which consists mainly of local database, analysis programs, and user-friendly interface. We designed and implemented the local database for large-scale sequencing projects, which makes systematic and consistent data management and retrieval possible and is tightly coupled with analysis programs and web-based user interface, That is, parsing and storage of the results of analysis programs in local database is possible and user can retrieve the data in any level of data process by means of web-based graphical user interface. Contig assembly, homology search, and ORF prediction, which are essential in genome projects, make analysis programs in our system. All but Contig assembly program are open as public domain. These programs are connected with each other by means of a lot of utility programs. As a result, this system will maximize the efficiency in cost and time in genome research.

• 한국결정학회:학술대회논문집
• /
• 한국결정학회 2003년도 춘계학술연구발표회
• /
• pp.17-17
• /
• 2003

tRNA (m¹ G37) methyltransferase (TrmD) catalyze s the trans for of a methyl group from S-adenosyl-L-methionine (AdoMet) to G/sup 37/ within a subset of bacterial tRNA species, which have a residue G at 36th position. The modified guanosine is adjacent to and 3' of the anticodon and is essential for the maintenance of the correct reading frame during translation. We have determined the first crystal structure of TrmD from Haemophilus influenzae, as a binary complex with either AdoMet or S-adenosyl-L-homocysteine (AdoHcy), as a ternary complex with AdoHcy/phosphate, and as an apo form. The structure indicates that TrmD functions as a dimer (Figure 1). It also suggests the binding mode of G/sup 36/G/sup 37/ in the active site of TrmD and catalytic mechanism. The N-terminal domain has a trefoil knot, in which AdoMet or AdoHcy is bound in a novel, bent conformation. The C-terminal domain shows a structural similarity to DNA binding domain of trp or tot repressor. We propose a plausible model for the TrmD₂-tRNA₂ complex, which provides insights into recognition of the general tRNA structure by TrmD (Figure 2).

• Molecules and Cells
• /
• 제20권3호
• /
• pp.442-445
• /
• 2005

HP0894 (SwissProt/TrEMBL ID O25554) is an 88-residue conserved hypothetical protein from Helicobacter pylori strain 26695 with a calculated pI of 8.5 and a molecular weight of 10.38 kDa. Proteins with sequence similarity to HP0894 exist in Vibrio choierae, Enterococcus faecalis, Campylobacter jejuni, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Escherichia coli O157, etc. Here we report the sequence-specific backbone resonance assignments of HP0894. About 97.5% (418/429) of the HN, N, CO, $C{\alpha}$, $C{\beta}$ resonances of the 88 residues of HP0894 were assigned. On the basis of these assignments, three helical regions and four strand regions were identified using the CSI program. This study is a prerequisite for calculating the solution structure of HP0894, and studying its interaction with its substrates, if any, and/or with other proteins.

• Biodesign
• /
• 제6권4호
• /
• pp.96-99
• /
• 2018

The gram-positive bacterium Staphylococcus aureus is a common cause of abscesses, sinusitis and food poisoning. The emergence of antibiotic-resistant strains has caused significant clinical issues worldwide. The HslU-HslV complex was first identified as a prokaryotic homolog of eukaryotic proteasomes. HslU is an unfoldase that mediates the unfolding of the substrate proteins, and it works with the protease HslV in the complex. To date, the protein complex has been mostly studied in gram-negative bacteria. In this study, we report the purification and crystallization of the full-length HslU from S. aureus. The crystal diffracted X-rays to a $3.5{\AA}$ resolution, revealing that the crystals belong to space group $P2_1$, with unit cell parameters of a = 166.5, b = 189.6, $c=226.6{\AA}$, and ${\beta}=108.1^{\circ}$. We solved the phage problem by molecular replacement using the structure of HslU from Haemophilus influenzae as a search model. The cell content analysis with this molecular replacement solution revealed that 24 molecules are contained in the asymmetric unit. This structure provides insight into the structural and mechanistic difference of the HslUV complex of gram-positive bacteria.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제56권6호
• /
• pp.231-234
• /
• 2013

This article contains the recommended immunization schedule by the Committee on Infectious Diseases of the Korean Pediatric Society, updated in March 2013, when Haemophilus influenzae type b vaccine is now included in the National Immunization Program in Korea. It also includes catch-up immunization schedule for children and adolescents who are behind the recommended schedule. These schedules are a minor revision of the corresponding parts of Immunization Guideline, 7th edition, of the Korean Pediatric Society, released in 2012. Pediatricians should be aware of these schedules to provide adequate immunization to Korean children and adolescents.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제59권12호
• /
• pp.461-465
• /
• 2016

This report includes the recommended immunization schedule table for children and adolescents based on the 8th (2015) and revised 7th (2012) Immunization Guidelines released by the Committee on Infectious Diseases of the Korean Pediatric Society (KPS). Notable revised recommendations include: reorganization of the immunization table with a list of vaccines on the vertical axis and the corresponding age on the horizontal axis; reflecting the inclusion of Haemophilus influenzae type b vaccine, pneumococcal conjugate vaccine, and hepatitis A vaccine into the National Immunization Program since 2012; addition of general recommendations for 2 new Japanese encephalitis (JE) vaccines and their interchangeability with existing JE vaccines; addition of general recommendations for quadrivalent meningococcal conjugate vaccines and scope of the recommended targets for vaccination; and emphasizing catch-up immunization of Tdap vaccine. Detailed recommendations for each vaccine may be obtained from the full KPS 8th Immunization Guidelines.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제62권7호
• /
• pp.252-256
• /
• 2019

The Committee on Infectious Diseases of the Korean Pediatric Society recommended immunization schedule for children and adolescents aged 18 years or younger in the 9th (2018) edition of Immunization guideline. This report provides the revised recommendations made by the committee and summarizes several changes from the 2015 guideline. National immunization program (NIP) launched a human papillomavirus (HPV) immunization for girls aged 12 years in 2016. NIP has also expanded age indication for inactivated influenza vaccine (IIV) to 12 years of age in the 2018-2019 season. Quadrivalent IIVs with a full dose (0.5 mL) are approved for all children of 6 months or older. Recommendations of live attenuated influenza vaccine were removed. For inactivated Japanese encephalitis vaccine, first 2 doses are considered as the primary series. Recommendations for use of newly introduced vaccines (diphtheria-tetanus-acellular pertussis/inactivated poliovirus/Haemophilus influenzae type b, 9-valent HPV, new varicella vaccine, new quadrivalent IIV, and attenuated oral typhoid vaccine) were added. Lastly, monitoring system for adverse events following immunization was updated. Other changes can be found in the 9th edition of Immunization guideline in detail.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제49권6호
• /
• pp.740-751
• /
• 2000

연구배경 : Moxifloxacin은 광범위한 미생물에 대한 뛰어난 효과, 안전한profile과 유리한 약물동력을 바탕으로 기존의 fluoroquinolones보다 한단계 진보된 약물이라고 할 수 있다. 이러한 효과는 베타-락탐계 혹은 기타 항생제에 내성을 보이는 미생물들에 대해 매우 유효하다. Moxifloxacin은 특히 Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Chlamydia pneumoniae, Legionella spp. 그리고 Mycoplasma pneumoniae에 의해 유발되는 호흡기 감염에 특히 유용하다고 알려져 있다. 방법 : 다기관, 무작위, 공개, 비교시험으로 만성기관지염의 급성악화 환자를 대상으로 moxifloxacin 400 mg 1일 1회 7일 투여와 clarithromycin 500 mg 1일 2회 7일 투여 그룹간의 안전성과 유효성을 비교하였다. 결과 : 170명의 환자 중에서 87명이 moxifloxacin 투여군 이었고 83명이 clarithromycin 투여군이었다. Moxifloxacin 투여군종에서 76명(세균학적 효과분석은 35명), clarithromycin 투여군중에서 77명(세균학적 효과분석은 31명)이 치료효과분석에 포함되었으며 모든 환자에서 안전성을 분석하였다. 임상적 성공율은 Moxifloxacin 투여군 76명중에서 70명(92.1%) 이었고 clarithromycin 투여군 77명중에서 71명(92.2%) 으로 유사하였다. 세균학적 Moxifloxacin 투여군이 73.5%, clarithromycin 투여군이 54.8% 으로 Moxifloxacin 투여군에서 높게 나타났으나 통계적으로 유의한 차이는 보이지 않았다(p=0.098). 내원시 시행한 객담의 세균 감수성 검사에서 moxifloxacin 투여군이 clarithromycin 투여군보다 Streptococcus pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae에서 높은 감수성을 보여주었다(p<0.001). 이상반응은 moxifloxacin 투여군 86명중에서 12.8% 에서 나타났고， clarithromycin 투여군 83명중에서 21.7%에서 발생하였다. 두통(4.7% vs 4.8%, 각각 moxifloxacin 투여군 vs clarithromycin 투여군)과 소화불량(2.3% vs 6.0%, 각각 moxifloxacin투여군 vs clarithromycin 투여군) 이 두 군에서 가장 흔한 이상 반응이었다. 결론 : 본 임상시혐의 결과, 만성기관지염의 급성악화 환자의 치료에 있어서 moxifloxacin 400 mg 1일 1회 7일간 요법은 clarithromycin 500 mg 1일 2회 요법과 비교할 때 임상적으로 동등한 결과를 나타냈으며 미생물학적으로 우월한 결과를 보여주었다.

• Pediatric Infection and Vaccine
• /
• 제22권2호
• /
• pp.106-112
• /
• 2015

목적: 장기간의 항생제 치료는 중이염 어린이 환자의 중이액으로부터 원인균이 배양되는 것을 방해한다. 본 연구는 배양 음성 중이액으로부터 분자적 진단에 의한 신속한 균 검출 가능성 여부를 확인하고자 하였다. 방법: 폐구균 lytA 유전자를 표적으로 하는 PCR과 LAMP로 민감도와 특이도를 비교 결정하고, 임상중이액에서의 폐구균 검출에 적용하였다. 결과: PCR 기법에 의한 폐구균 검출 최소한계는 약 $10^4$ 집락형성단위(CFU)이고, LAMP의 검출 최소한계는 10 CFU에서 결정되었다. 한편 두 가지 검사법 모두 Haemophilus influenzae 와 Moraxella catarrhalis 에 대해 $10^6$ CFU 이상에서도 DNA를 증폭하지 않았다. 22개의 배양음성 중이액 중에서 12개 검체가 LAMP-양성(54.5%, 12/22)으로 확인되었고, 이들 12개 LAMP-양성 검체 중, 3개의 검체만이 PCR-양성으로 확인되었다(25%, 3/12). 본 연구의 결과는 LAMP 기법의 폐구균 검출 해상력이 PCR 기법에 비교하여 4배 이상 높음을 보여준다(P<0.01). 결론: lytA -특이 LAMP 기법은, 중이액 내의 타 병원균과는 교차반응 없이 10 CFU 폐구균의 DNA를 검출할 수 있는 고해상 기술로서, 중이액 폐구균 검출 및 폐구균 백신의 보급에 따른 백신 효과 평가에 적용이 기대된다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제46권4호
• /
• pp.345-350
• /
• 2003

목 적 : 세균성 뇌수막염은 높은 사망률과 후유증을 가져오는 심각한 소아에서의 감염성 질환 중 하나이다. 본 연구에서는 이미 알려진 뇌척수액 latex 응집검사의 진단적 가치 외에도 추적검사에서 예후 예측 인자로서 유용성을 알아보고자 하였다. 방 법 : 1997년 1월부터 2002년 6월까지 세균성 뇌수막염으로 진단받고 이화의대 목동병원에서 입원치료 받았던 25명의 환아들중 뇌척수액 세균배양검사와 latex 응집검사가 모두 양성이었던 19명을 대상으로 하였다. 의무기록에서 임상증상, 뇌척수액 소견, 방사선학적 소견 그리고 신경학적 후유증에 대해 조사하였다. 뇌척수액 추적검사는 항생제 치료 후 3, 7, 14, 21일 그리고 28일에 시행하였고, 3일째 음성이 된 환아들을 I군으로, 3일 이후에도 지속적으로 양성으로 남아있는 환아들을 II군으로 나누었다. 결 과 : 대상 환아 19명의 평균 나이는 $10.6{\pm}12.3$개월(2-33개월)이었고, 원인균으로는 H. influenzae type b 11명(57.9%), Group B Streptococcus 4명(21.1%), S. pneumoniae 3명(15.7%), 그리고 E. coli 1명(5.3%)이였다. I군은 10명(52.6%), II군은 9명(47.4%)이였다. 뇌척수액 추적검사에서 세균배양검사는 3일째 모두 음성화되었고, latex 응집 추적검사는 3일째 9명(47.4%)에서 양성이었고, 7일째 31.6%, 14일째 26.3%, 21일째 10.5%에서 양성이었고, 28일째에 모두 음성이 되었다. I군에서는 2명(20.0%)에서 경막하삼출 소견을 보였다. II군에서는 9명(100.0%) 모두에서 경막하 삼출을 보였고, 이 중에서 44.4%에서 뇌수종 또는 뇌연화 소견을 보였다. 신경학적 후유증은 II군에서 감각신경성난청 1명, 경련성 질환 1명 그리고 우측반신마비 1명이 발생했고, I군에서는 발생하지 않았다. 결 론 : 세균성 뇌수막염 치료 시 뇌척수액 latex 응집 추적검사를 실시하는 것은 치료 초기에 신경학적 예후를 예측하는데 유용하였다.