• 제목/요약/키워드: Gibbs' method

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GPU 를 활용한 스캔라인 블록 Gibbs 샘플링 기법의 가속 (Accelerating Scanline Block Gibbs Sampling Method using GPU)

  • ;김원식;;박인규
    • 한국방송∙미디어공학회:학술대회논문집
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    • 한국방송공학회 2014년도 하계학술대회
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    • pp.77-78
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    • 2014
  • A new MCMC method for optimization is presented in this paper, which is called the scanline block Gibbs sampler. Due to its slow convergence speed, traditional Markov chain Monte Carlo (MCMC) is not widely used. In contrast to the conventional MCMC method, it is more convenient to parallelize the scanline block Gibbs sampler. Since The main part of the scanline block Gibbs sampler is to calculate message between each edge, in order to accelerate the calculation of messages passing in scanline sampler, it is parallelized in GPU. It is proved that the implementation on GPU is faster than on CPU based on the experiments on the OpenGM2 benchmark.

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한우의 도체형질 유전모수 추정을 위한 REML과 Bayesian via Gibbs Sampling 방법의 비교 연구 (Comparison between REML and Bayesian via Gibbs Sampling Algorithm with a Mixed Animal Model to Estimate Genetic Parameters for Carcass Traits in Hanwoo(Korean Native Cattle))

  • 노승희;김병우;김효선;민희식;윤호백;이득환;전진태;이정규
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제46권5호
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    • pp.719-728
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    • 2004
  • 본 연구는 한우의 도체형질들에 대한 유전적 변이를 분석방법에 따라 어떠한 차이가 있는지를 알아보고자 한우 후대검정자료를 이용하여 분석하였다. 분석에 이용된 도체성적 관련 자료는 가축개량사업소와 한우개량단지에서 1996 년부터 2001 년까지 태어난 후대검정우 1526두로부터 조사었다. 한우에 있어서 주요 개량형질인 육량과 육질에 영향하는 도체중, 도체율,배최장근단면적, 등지방두께, 근내지방도를 대상으로 유전력과 유전상관을 추정하였다. 유전모수 추정에 있어서 REML 분석법과 Bayesian추론방법으로써 Gibbs Sampling 분석법을 사용하였는데 각각의 모수들에 대한 Gibbs Sampler는 100,000회 실시하였고 초기 1,000회는 모수의 사후분포에 대한 부정확성으로 간주하여 모수의 사후분포특성 규명에서 제외하였다. 각각의 형질들에 대한 유전변이는 이러한 두 가지 분석방법을 상호 비교 함으로써 최적의 통계분석 방법을 모색하였다. 도체형질에 대한 유전력 추정은 REML 방법을 통한 추정에서는 근내지방도가 0.51로 고도의 유전력을 보였고, 도체율이 0.25로 중도의 유전력이 추정되었다. Gibbs Sampling 방법을통한 추정에서도 근내지방도가 0.54로 고도의 유전력을 도체율에서 0.25로 중도의 유전력을 보였다. REML 분석방법과 Gibbs Sampling 분석방법에서의 유전력은 다소 큰 차이는 보이지 않았으나, 대체로 Gibbs Sampling 방법으로 분석한 유전력 추정치가 높게 추정되었다. 그리고, 유전상관분석에서는 REML 방법을 통한 분석에서 도체중과 배최장근단면적에서 0.651 로 높은 정의 유전상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께에서 -0.139로 부의 유천상관을 나타내었다. Gibbs Sampling 방법에서는 도체중과 도체율, 배최장근단면적에서 각각 0.814, 0.695으로 높은 정의 상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께에서 -0.126으로 부의상관을 나타내었다. Gibbs Sampling방법을 통한 분석에서 특정 형질간 유전상관이 높게 나타났으며, 다소 큰 차이를 보이지 않았다. REML 분석방법과 Bayesian Inference를 바탕으로 한 Gibbs Sampling 분석에서 모수 추정은 큰 차이를 보이지 않았다. 따라서 방대한 현장정보를 활용하여 보다 정확한 모수 추정을 수행하기 위해서는 분석모형에 대한 계수행렬의 역행렬 계산을 통한 REML 방법의 한계성을 극복할 수 있는 방법으로써 Gibbs Sampling 분석 방법이 가능할 것으로 사료된다.

GIBBS PHENOMENON AND CERTAIN NONHARMONIC FOURIER SERIES

  • Rhee, Jung-Soo
    • 대한수학회논문집
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    • 제26권1호
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    • pp.89-98
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    • 2011
  • The Fourier series has a rapid oscillation near end points at jump discontinuity which is called the Gibbs phenomenon. There is an overshoot (or undershoot) of approximately 9% at jump discontinuity. In this paper, we prove that a bunch of series representations (certain nonharmonic Fourier series) give good approximations vanishing Gibbs phenomenon. Also we have an application for approximating some shape of upper part of a vehicle in a different way from the method of cubic splines and wavelets.

Inference of Parameters for Superposition with Goel-Okumoto model and Weibull model Using Gibbs Sampler

  • Heecheul Kim
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제6권1호
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    • pp.169-180
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    • 1999
  • A Markov Chain Monte Carlo method with development of computation is used to be the software system reliability probability model. For Bayesian estimator considering computational problem and theoretical justification we studies relation Markov Chain with Gibbs sampling. Special case of GOS with Superposition for Goel-Okumoto and Weibull models using Gibbs sampling and Metropolis algorithm considered. In this paper discuss Bayesian computation and model selection using posterior predictive likelihood criterion. We consider in this paper data using method by Cox-Lewis. A numerical example with a simulated data set is given.

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FUNCTIONAL CENTRAL LIMIT THEOREMS FOR THE GIBBS SAMPLER

  • Lee, Oe-Sook
    • 대한수학회논문집
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    • 제14권3호
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    • pp.627-633
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    • 1999
  • Let the given distribution $\pi$ have a log-concave density which is proportional to exp(-V(x)) on $R^d$. We consider a Markov chain induced by the method Gibbs sampling having $\pi$ as its in-variant distribution and prove geometric ergodicity and the functional central limit theorem for the process.

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중도 절단 자료에서의 역추정 문제 (On the calibration problem with censored data)

  • 박래현;이석훈;이낙영;박영옥;이상호
    • 응용통계연구
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    • 제7권1호
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    • pp.1-17
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    • 1994
  • 본 논문은 종속변수가 중도 절단된 경우 역추정을 베이지안 방법으로 접근하였는데 이때 특별히 Gibbs Sampling을 응용하여 사후분포를 계산하는 것을 토의하였다. 적용의 예로서 실제 자료에서의 점추정 및 Simulated Annealing을 이용한 구간추정도 하였다.

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Bayesian Estimation of State-Space Model Using the Hybrid Monte Carlo within Gibbs Sampler

  • Park, Ilsu
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제10권1호
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    • pp.203-210
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    • 2003
  • In a standard Metropolis-type Monte Carlo simulation, the proposal distribution cannot be easily adapted to "local dynamics" of the target distribution. To overcome some of these difficulties, Duane et al. (1987) introduced the method of hybrid Monte Carlo(HMC) which combines the basic idea of molecular dynamics and the Metropolis acceptance-rejection rule to produce Monte Carlo samples from a given target distribution. In this paper, using the HMC within Gibbs sampler, an asymptotical estimate of the smoothing mean and a general solution to state space modeling in Bayesian framework is obtaineds obtained.

A Novel Simulation Architecture of Configurational-Bias Gibbs Ensemble Monte Carlo for the Conformation of Polyelectrolytes Partitioned in Confined Spaces

  • Chun, Myung-Suk
    • Macromolecular Research
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    • 제11권5호
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    • pp.393-397
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    • 2003
  • By applying a configurational-bias Gibbs ensemble Monte Carlo algorithm, priority simulation results regarding the conformation of non-dilute polyelectrolytes in solvents are obtained. Solutions of freely-jointed chains are considered, and a new method termed strandwise configurational-bias sampling is developed so as to effectively overcome a difficulty on the transfer of polymer chains. The structure factors of polyelectrolytes in the bulk as well as in the confined space are estimated with variations of the polymer charge density.

다중 임계치 함수의 TI 웨이브렛 잡음제거 기법 (A Study on Translation-Invariant Wavelet De-Noising with Multi-Thresholding Function)

  • 최재용
    • 한국음향학회지
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    • 제25권7호
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    • pp.333-338
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    • 2006
  • 수중 방사소음 측정시 낮은 신호대 잡음비를 가지는 신호에 대해 유용한 신호를 얻기 위해서는 잡음제거가 이루어져야 한다. 본 논문은 잡음제거를 수행하기 위하여 Donoho 등에 의해 제안된 Translation-Invariant (TI) 웨이브렛 기반으로 다중 임계치 함수를 적용한 잡음제거 기법을 제안한다. 기존의 웨이브렛 잡음제거 기법은 특이점 부근에서 Pseudo-Gibbs 현상이 발생하는 문제점이 있다 TI 웨이브렛은 신호의 특성 위치를 변화시켜 Pseudo-Gibbs 현상을 제거한다. 그리고 배경잡음 및 외부잡음을 제거하기 위해 각 노드별 변형된 소프트 임계치를 적용한 다중 임계치 함수를 제안한다. 제안 기법의 타당성을 검토하기 위해 모의 시뮬레이션과 해상실험을 수행한 결과 신호대 잡음비가 23dB 및 18dB 이상 개선됨을 확인하였다.

A SUMMABILITY FOR MEYER WAVELETS

  • Shim, Hong-Tae;Jung, Kap-Hun
    • Journal of applied mathematics & informatics
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    • 제9권2호
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    • pp.657-666
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    • 2002
  • ThE Gibbs' phenomenon in the classical Fourier series is well-known. It is closely related with the kernel of the partial sum of the series. In fact, the Dirichlet kernel of the courier series is not positive. The poisson kernel of Cesaro summability is positive. As the consequence of the positiveness, the partial sum of Cesaro summability does not exhibit the Gibbs' phenomenon. Most kernels associated with wavelet expansions are not positive. So wavelet series is not free from the Gibbs' phenomenon. Because of the excessive oscillation of wavelets, we can not follow the techniques of the courier series to get rid of the unwanted quirk. Here we make a positive kernel For Meyer wavelets and as the result the associated summability method does not exhibit Gibbs' phenomenon for the corresponding series .