Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) has been reported to be associated with DNA methylation, an epigenetic feature frequently found in gastric cancer. We conducted a case-control study to explore the association of MTHFR C677T polymorphisms with gastric cancer risk and its relation with the DNA methylation of COX-2, MGMT, and hMLH1 genes. Genotyping of P16, MGMT and HMLH1 was determined by methylation-specific PCR after sodium bisulfate modification of DNA, and genotyping of MTHFR C677T was conducted by TaqMan assays using the ABI Prism 7911HT Sequence Detection System. Folate intake was calculated with the aid of a questionnaire. Compared with the MTHFR 677CC genotype, the TT genotype was significantly associated with 2.08 fold risk of gastric cancer when adjusting for potential risk factors. Individuals who had an intake of folate above $310{\mu}g$/day showed protective effects against gastric cancer risk. The effect of MTHFR C677T polymorphisms on the risk of gastric cancer was modified by folate intake and methylation status of MGMT (P for interaction <0.05).
Cooper, Madalyn K.;Slapeta, Jan;Donahoe, Shannon L.;Phalen, David N.
Parasites, Hosts and Diseases
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제53권6호
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pp.749-753
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2015
Toxoplasma gondii atypical type II genotype was diagnosed in a pet peach-faced lovebird (Agapornis roseicollis) based on histopathology, immunohistochemistry, and multilocus DNA typing. The bird presented with severe neurological signs, and hematology was suggestive of chronic granulomatous disease. Gross post-mortem examination revealed cerebral hemorrhage, splenomegaly, hepatitis, and thickening of the right ventricular free wall. Histologic sections of the most significant lesions in the brain revealed intralesional protozoan organisms associated with malacia, spongiform changes, and a mild histiocytic response, indicative of diffuse, non-suppurative encephalitis. Immunohistochemistry confirmed the causative organisms to be T. gondii. DNA isolated from the brain was used to confirm the presence of T. gondii DNA. Multilocus genotyping based on SAG1, altSAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, and Apico markers demonstrated the presence of ToxoDB PCR-RFLP genotype #3 and B1 gene as atypical T. gondii type II. The atypical type II strain has been previously documented in Australian wildlife, indicating an environmental transmission route.
A multiplex PCR system comprising 14 microsatellite markers was developed for genotyping analysis of the sea cucumber Stichopus japonicus. A total of 286 samples were used to evaluate genetic polymorphisms and forensic parameters of the microsatellite loci. In a single PCR reaction, all 14 loci were uniformly amplified and a total of 269 alleles were identified. The AJ19024 locus had the largest number of alleles (46), and its discriminatory power and exclusion power were 0.99 and 0.76, respectively. The fewest alleles (8) were present at the Psj2575 locus, which provided the lowest discriminatory power (0.81) and exclusion power (0.20). The mean number of alleles, mean heterozygosity, mean discrimination power and mean exclusion power per locus were 19.21, 0.70, 0.93, and 0.46, respectively. The combined matching probability for the 14 loci was $9.64{\times}10^{-19}$, and the combined power of exclusion was 0.999995. Thus, the forensic parameters evaluated in the present study demonstrated the utility of our multiplex PCR system for biological tracing methods, such as individual identification and paternity testing, in the sea cucumber.
Serious controls and cares using ID numbers and barcode needed throughly to have appropriate management in clinical tissues and nucleic acids inventories because these samples are the most essential and important materials in the experimental research laboratories. While almost all of the laboratories using and handling DNA samples as starting materials in their research, problems such as mixing up of two or more different samples together, contamination with other samples, and/or mistakes can occur, especially when it comes with large number of samples. These problems are rather frequent even though researchers pay more attentions to be far away from these obstacles. It has been such a long time since PCR became useful as an important and essential biological research tool among lots of bio-scientific research methods. In this research, we tried to set up a simple and cost-effective genotyping method using PCR and agarose gels, instead of expensive automated machines, for identification and discrimination among those DNA samples, as a kind of low level quality control and sample inventory management.
The common DNA extraction methods are indispensable for genotyping by molecular marker analysis. However, genotyping a large number of plants is painstaking. A modified 'NaOH-Tris' method used in this study reduces the extraction time while keeping the cost low and avoiding the use of hazardous chemicals. The endpoint analysis by realtime PCR tends to be fast and effective for the development of SNP markers linked to the 'Chunpoong' cultivar of Panax ginseng. The 'Chunpoong' marker was developed by a major latex-like protein gene sequence. From our results, we suggest that this method is successful in distinguishing 'Chunpoong' from a large number of ginseng cultivars.
The population status of Hydrangea luteovenosa Koidz. in Korea was investigated, with an emphasis on its genetic diversity. From field surveys, we obtained the only locality record for a wild population in Jeju Island, which contained 285 individuals in total. Genotyping was performed using five microsatellite markers for the all extant plants in Korea. Three Japanese populations were also genotyped for the comparative analyses. The genotyping result showed that the Jeju population consisted of only two multilocus genotypes, including identical heterozygous genotypes at two loci; it had been maintained mostly by vegetative reproduction; and although the Jeju population is geographically far from Japanese populations, all alleles observed in the Korean population were shared with Japanese populations, suggesting the possibility that H. luteovenosa in the Jeju Island had been recently migrated or introduced from Japan. Future ecological and genetic studies associated with negative effects of low genetic variation will be essential for determining the conservation direction of the threatened Korean population of this species.
Brucella (B.) abortus is a facultative intracellular pathogen that infects a wide variety of animal species and human. Brucellosis is the zoonosis and an extremely important disease around the world. Although the eight species can be differentiated by conventional phenotypic tests, these species display a high degree of DNA homology in DNA-DNA hybridization assay (>90%). Various methods have been established for genotyping of Brucella species, but most of analytical methods are lack reproducibility and limited capability to differentiate them. The attempt of this study was to evaluate multiple-locus VNTR analysis (MLVA) for use of epidemiological trace-back analysis in bovine brucellosis. Ninety-four B. abortus isolates from Gyeongbuk province during 2006~2010 were analyzed using 16 VNTR locus. High resolution automatic capillary electrophoresis system was used for more throughput, simpleer, faster, and better discriminable than conventional gel electrophoresis. As a result, 13 different genotypes were identified from 94 B. abortus isolates. MLVA could contribute to epidemiological trace-back analysis of bovine brucellosis.
Canine brucellosis is a contagious disease of the reproductive tract that cause mainly abortion and infertility in dog. A serological and bacteriological survey was conducted for breeding kennels which were suffered from frequent outbreak of canine brucellosis in Gyeongbuk province in 2009. Among 138 samples, 45 serum samples were sero-positive. Brucella canis was isolated from 30 blood samples of the seropositive cases, and from 2 samples of 62 sero-negatives. The biochemical properties of 32 isolates were characterized with no production of H2S, no fermentation of carbohydrates, hydrolyzation of urea, and development of thionin dye medium. At amplification of BCSP and 16S-rRNA gene using PCR, 711bp and 905bp DNA fragments were detected in agarose. Three tandem repeat pattern was shown in genotyping by Multi-locus VNTR assay (MLVA).
지난 수십 년 동안 유전형 기술(genotyping technology)의 발달로 개인별 유전자 정보를 얻기 위해 필요한 비용이 감소함에 따라, 다양한 인간 질병의 원인 유전자를 규명하기 위한 많은 유전역학 연구들이 진행되어 왔다. 예를 들어 전장유전체관련분석(genome-wide association studies)은 수백 개에 이르는 표현형(phenotypes)에 대하여 수천 개에 이르는 원인유전자를 규명하였다. 유전체 자료의 홍수로 인하여 대규모 유전체 자료를 분석할 수 있는 다양한 분석 알고리즘에 개발되었으며, 특별히 선형혼합모형은 유전율의 추정부터 관련분석(association studies)에 이르기까지 유전역학 연구에서 광범위하게 활용되고 방법론이었다. 본 논문에서는 유전역학 연구에 있어 빈번하게 활용되는 선형혼합모형의 활용 사례를 나열하고, 각 분석 모형 별 추정치들의 생물학적 의미를 논하고자 한다.
In an attempt to develop a method for rapid and accurate identification of six Vibrio species that are clinically important and most frequently detected in Korea, 16S rDNA restriction fragment length polymorphism (RFLP) of Vibrio type strains, as well as environmental isolates obtained from the Korean coastal area, was analyzed using ten restriction endonucleases. Digestion of the 16S rDNA fragments amplified by polymerase chain reaction (PCR) with the enzymes gave rise to 2~6 restriction patterns for each digestion for 47 Vibrio strains and isolates. An additional 2~3 restriction patterns were observed for five reference species, including Escherichia coli, Aeromonas hydrophila, A. salmonicida, Photobacterium phosphoreum, and Plesiomonas shigelloides. A genetic distance tree based on RFLP of the bacterial species correlated well with that based on 16S rDNA sequences. The very small 16S rDNA sequence difference (0.1%) between V. alginolyticus and V. parahaemolyticus was resolved clearly by RFLP with a genetic distance of more than 2%. RFLP variation within a species was also detected in the cases of V. parahaemolyticus, V. proteolyticus, and V. vulnificus. According to the RFLP analysis, six Vibrio and five reference species were assigned to 12 genotypes. Using three restriction endonucleases to analyze RFLP proved sufficient to identify the six pathogenic Vibrio species.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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