• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제2권4호
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• pp.237-242
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• 1992

In order to clone the gene coding for alkaline phosphatase in the yeast Kluyveromyces fragilis, a genomic library was constructed using the yeast-E. coli shuttle vector pHN114 as a cloning vector. From the genomic library, a clone carrying the gene was isolated and the plasmid was designated as pSKH101. A restriction enzyme map was made using this plasmid. Subcloning experiments and complementation studies showed that alkaline phosphatase was active only in the original 3.1 kb insert. Southern hybridization analysis confirmed that the cloned DNA fragment was derived from K. fragilis genomic DNA. Using a minicell experiment, the product of the cloned gene was identified as a protein with a molecular weight of 63 KDa. A 0.6 kb HindIII fragment, which showed promoter activity, was isolated using the E. coli promoter-probe vector pKO-1.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권1호
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• pp.187-192
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• 2010

In order to monitor the possibility of horizontal gene transfer between transgenic rice and microorganisms in a paddy rice field, the gene flow from a bifunctional fusion (TPSP) rice containing trehalose-6-phosphate synthase and phosphatase to microorganisms in soils was investigated. The soil samples collected from the paddy rice field during June 2004 to March 2006 were investigated by multiplex PCR, Southern hybridization, and amplified fragment length polymorphism (AFLP). The TPSP gene from soil genomic DNAs was not detected by PCR. Soil genomic DNAs did not show homologies on the Southern blotting data, indicating that gene transfer did not occur during the last two years in the paddy rice field. In addition, the AFLP band patterns produced by soil genomic DNAs from both transgenic and non-transgenic rice fields appeared similar to each other when analyzed by the NTSYSpc program. Thus, these data suggest that transgenic rice does not give a significant impact on the communities of soil microorganisms, although long-term observation may be needed.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2001년도 제2회 생물정보 워크샵 (DNA Chip Bioinformatics)
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• pp.87-96
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• 2001

삼성종합기술원에서는 인간의 genomic DNA의 이상을 발견하여 이와 연관된 질병을 진단하는 DNA chip을 개발하고 있다. 이를 위하여 특정한 염기서열의 변화에 따라 민감하게 hybridization strength가 변화하는 oligomer를 선택해야 한다. 따라서, specificity가 가장 큰 probe를 골라내야 한다. 여기에는 열역학적인 고려와 여러가지 물리화학적인 approximation이 사용되며, DNA chip 생산 공정에 의존하는 요소도 포함되어 있다 모든 생산용 data와 결과의 분석은 database를 기반으로 이루어지며, 자동화된 통계적 분석법과 최적화 방법이 함께 사용된다.

• Genomics & Informatics
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• 제5권3호
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• pp.137-139
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• 2007

RAN-aCGH is an R GUI tool for the analysis and visualization of array comparative genomic hybridization (array-CGH) experiments. The tool consists of data-loading, preprocessing for missing data, several methods for statistical identification of DNA copy number aberration, and visualization of the copy number change. RAN-aCGH requires a single input format, provides various visualizations, and allows the addition of a new statistical method, all in a user-friendly graphic user interface (GUI).

• 한국환경성돌연변이발암원학회:학술대회논문집
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• 한국환경성돌연변이발암원학회 2001년도 Korean Environmental Mutagen Society
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• pp.190-190
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• 2001

• 한국초지조사료학회지
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• 제25권4호
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• pp.267-274
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• 2005

고온 내성 오차드그라스를 개발하기 위하여, 재조합 DgP23 유전자에 CaMV 35S 프로모터를 붙여 발현벡터를 제작, Agrobacterium 형질전환 방법으로 오차드그라스 형질전환체를 생산하였다. Genomic DNA를 분리하여 PCR 및 Southern blot 분석을 실시한 결과, PCR 분석에서 DgP23 유전자의 DNA band가 관찰되었고, Southern blot 분석에서도 X-ray film 상에 hybridization signal이 관찰되어, 오차드그라스 genome에 DgP23 유전자의 도입이 확인되었으며, wild type 및 empty vector control에서는 DNA band 및 hybridization signal이 관찰되지 않았다. 또한 RT-PCR 및 이들 산물의 Southern blot 분석 결과, DgP23 유전자의 정상적인 발현이 확인되었다. 형질전환 오차드그라스를 온실 및 포장에서 재배하며 생육특성을 조사한 결과, 비형질전환체와 비교하여 형태적 차이는 나타내지 않았다. 실험실 조건에서 고온내성을 조사한 결과, 고온내성이 확인되지 않았기 때문에 형질전환 종자를 생산하여 포장조건에서 고온내성을 검정할 계획이며, 재배시험에서는 내성이 강한 개체를 선발할 수 있을 것으로 예상된다.

• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.468-473
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• 2009

본 연구에서는 양파와 파간 종간교잡 F1의 불임성의 한 요인으로 여겨지는 염색체 이상과 교잡식물체의 염색체의 조성을 밝혀 향후 종간교잡을 이용한 양파의 형질개량과정에 종간교잡 육종의 효율성을 높이고자 하였다. 종간교잡식물체의 감수분열 염색체를 관찰한 결과 중기에 7쌍의 2가염색체와 2개의 1가염색체가 관찰되었다. 체세포 염색체수는 16개로 양파, 파의 염색체 수와 같았으며 GISH한 결과 파와 양파의 염색체가 각각 8개씩 확인되었다. 5S, 45S, TSD DNA를 probe로 하여 양파, 파, 종간잡종의 염색체의 signal을 관찰한 결과 5S와 45S rDNA는 는 3종 모두에서 1쌍의 염색체에서 나타났는데 5S의 경우 염색체의 subcentromeric 에서 45S는 부수체 염색체에서 관찰되었다. TSD DNA는 염색체의 telomeric 부위에서 관찰되었으나 양파의 경우 2쌍은 염색체의 말단부와 중심체 부분에서 signal이 관찰되었고 종간교잡 세포에서도 2쌍이 관찰되어 양파에서 유래된 염색체임이 확인되었다.

• 한국동물학회지
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• 제33권1호
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• pp.35-44
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• 1990

생쥐 악하선으로부터 분리한 전 RNA를 poly(U)-sepharose chromatography와 sucrose linear density gradient centrifugation 방법으로 레닌 mRNA를 분리하여 in vitro translation과 immunoprecipitation에 의하여 레닌 mRNA를 확인하였다. 레닌 mRNA로부터 레닌 cDNA를 합성하여 EcoRI inker를 이용하여 pUC19에 삽입시켰고, Taq, polymerase를 이용한 PCR방법으로 합성한 레닌 cDNA는 pUC19의 Hinalll 부의에 삽입하여 재조합 plamid를 각각 작성하였다. 이것을 JM103에 형질전환시켜 레닌 유전자 발현을 유도하여 45,000의 분자량을 갖는 레닌을 얻었으며 이 레닌 단백은 토끼으 혈압을 850115mmHg에서 115-140mmHg로 증가시키는 생리 활성을 나타냈다. 토끼의 신장 DNA를 EMBL3 phage에 삽입시켜 genomic library를 작성한 후, 레닌 cDNA로부터 합성한 probe로 plaque hybridization시켜 genomic 유전자를 갖는 재조합 phage를 분리하였다.

• Journal of Plant Biology
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• 제38권2호
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• pp.203-209
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• 1995

담배(Nicotiana tobacum L. cv. Wisconsine 38) 잎 절편을 해녀콩(Canavalia lineata)의 leghemoglobin(Lb) cDNA를 포함하는 Agrobacterium과 함께 배양한 후, 0.5mg/L BAP, 0.1mg/L ${\alpha}-NAA$와 200mg/L kanamycin, 500 mg/L carbenicillin을 포함하는 MS 배지에서 선별하여 7개의 재분화 개체를 얻었다. 이로부터 분리한 게놈 DNA에 대한 Southern 혼성화 반응과 PCR 결과로 Lb cDNA가 담배의 게놈에 삽입되었음을 확인하였다. 형질전환된 담배로부터 분리한 RNA에 대한 northern 혼성환 실험 결과 약 1,000 nt의 RNA가 혼성화 반응을 보였으며, 총 RNA를 주형으로 합성한 1차 가닥의 cDNA를 PCR로 증폭한 결과, Lb cDNA와 혼성화 반응을 보이는 0.5 kb의 DNA가 증폭되었다. 콩의 Lb에 대한 다군항체(polyclonal antibody)를 사용하여 단백질 면역 항체 반응을 실시한 결과, Lb로 판단되는 약 15.8 kD의 위치에서 혼성화 반응이 나타났다. 이상의 결과로 해녀콩 Lb cDNA가 형질전환된 담배의 게놈에 삽입되었을 뿐만 아니라 mRNA로 전사되어 Lb 단백질로 해독되었음을 알 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권6호
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• pp.1027-1031
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• 2010

To examine the possibility of horizontal gene transfer between transgenic potatoes and microorganisms in potato fields, the gene flow from transgenic potatoes containing the nucleoside diphosphate kinase 2 (NDPK2) gene to microorganisms in soils was investigated. The soil samples collected from the potato fields from March to October 2007 were examined by PCR, Southern hybridization, and AFLP fingerprinting. The NDPK2 gene from soil genomic DNAs was not detected by both PCR and Southern hybridization, indicating that gene transfer did not occur in the potato fields. In addition, no discrepancy was found in pathogenicity and noticeable changes for the appearance of variants of Phytophthora infestans in each generation when serial inoculations and the analysis of genomic DNAs by AFLP were conducted. Thus, these data suggest that transgenic potatoes do not give significant impacts on the communities of soil microorganisms and the emergence of variants, although continued research efforts may be necessary to make a decisive conclusion.