블록체인은 유전자분석 서비스의 한계점인 개인정보 유출, 데이터 관리 이슈 등을 해결하고 이를 활성화할 핵심기술로 주목받고 있다. 유전자분석 서비스는 지속적 비용 감소와 규제환경 변화로 인해 시장규모가 증대해 왔으며, 뛰어난 보안과 다양한 서비스와 연결이 가능한 블록체인이 결합될 경우, 잠재성이 더욱 커질 것으로 예상된다. 이 연구에서는 기술수용모델(TAM)과 혁신저항이론을 결합해 연구 모형을 제작, 블록체인 속성 중 차세대 유전자분석 서비스의 수용의도와 혁신 저항에 영향을 미치는 요인들을 분석한다. 이러한 분석을 위해 블록체인 및 유전자분석 서비스에 대한 잠재적 사용자가 될 150여 명을 대상으로 설문조사를 진행하였다. 수용의도 및 저항에 영향을 줄 것이라고 추론하는 블록체인의 4자기 속성 즉, 보안성, 투명성, 가용성, 다양성 등을 연구변수로 설정하여 분석을 진행했다. 기술수용 및 혁신저항 변수에는 인지된 유용성, 인지된 위험, 인지된 복잡성 등을 설정하여, 블록체인의 특성이 매개변수를 통해 수용의도와 혁신저항에 미치는 영향을 분석했다. 이러한 분석을 통해 차세대 유전자분석 정보플랫폼의 저항을 줄이고 수용의도를 높이기 위해 중요하게 고려해야할 핵심변수를 가려낸다. 이 연구는 블록체인 기반의 새로운 유전자분석 정보플랫폼을 준비하는 업체에서 서비스 고도화를 위해 고려해야 할 혁신요인을 제시한다는 점에서 의의가 있다.
Since the RNA world hypothesis was proposed, a large number of regulatory noncoding RNAs (ncRNAs) have been identified in many species, ranging from microorganisms to mammals. During the characterization of these newly discovered RNAs, RNAs having both coding and noncoding functions were discovered, and these were considered bifunctional RNAs. The recent use of computational and high-throughput experimental approaches has revealed increasing evidence of various sources of bifunctional RNAs, such as protein-coding mRNAs with a noncoding isoform and long ncRNAs bearing a small open reading frame. Therefore, the genomic diversity of Janusfaced RNA molecules that have dual characteristics of coding and noncoding indicates that the functional roles of RNAs have to be revisited in cells on a genome-wide scale. Such studies would allow us to further understand the complex gene-regulatory network in cells. In this review, we discuss three major genomic sources of bifunctional RNAs and present a handful of examples of bifunctional RNA along with their functional roles.
This study was conducted to analyze genetic characteristics of Korean Native Chicken three lines classified on the basis of the feather color and appearance (Red, Yellow, and Black) using DNA fingerprinting method. To estimate the genetic relatedness among breeds and similarities within breeds, we collected blood samples from Korean Native Chicken (KNC), Rhode Island Red (RIR), White Leghorn (WL), and Cornish(CN) and obtained genomic DNA from the blood of 10 individuals randomly selected within the breeds and lines. The genomic DNA samples were digested with restriction enzymes (Hinf J, Hae Ill) and hybridized with various probes (Jeffreys' probes 33.15, 33.6 and M13) after Southern transfer. Genetic similarities within breeds were characterized by band sharing (BS) value, estimated by the DFP band pattern between the pair of lanes. BS values within WL, RIR, and KNC were 0.82, 0.70 and 0.56, respectively. Relative genetic diversity (BS value) of KNC was higher than those two breeds (WL, RIR). Estimation of genetic similarity between KNC lines and control breed (RIR) was 0.32, whereas similarity within KNC lines (6 groups) was 0.50. In this analysis, KNC was showed to have a highly genetic diver-sity at the DNA level, and to be closer in genetic distance to RIR (0.67) than any other breeds.
분자 생물학적 방법 인 DGGE를 이용하여 저온에서 김치가 발효되는 동안 관여하는 미생물의 다양성과 변화양상을 분석하였다. 김치를 저온 ($4^{\circ}C$)에서 발효시키는 60 일 동안 5 일 마다 시료를 채취하였으며, 채취한 김치 시료에서 genomic DNA를 추출하여 실험을 수행하였다. 김치 시료 genomic DNA로부터 16S rDNA의 V3영역을 증폭하여 DGGE를 수행한 결과에서 관찰된 amplicon들의 염기서열을 분석한 결과 저온에서 김치가 발효되는 동안 젖산균들이 주요 미생물 군집으로 나타났으며, 그 중에서도 Weissella koreensis가 발효 전 과정 동안, Lactobacillus sakei의 경우는 발효 10 일째부터, 그리고 Leuconostoc gelidurn은 발효30 일째부터 amplicon들의 농도가 진하게 나타나 이들이 저온에서 김치 발효 과정 동안의 우점종 균주들 임을 알 수 있었다.
Accurate identification of microbes facilitates the prediction, prevention, and treatment of human diseases. To increase the accuracy of microbiome data analysis, a long region of the 16S rRNA is commonly sequenced via paired-end sequencing. In paired-end sequencing, a sufficient length of overlapping region is required for effective joining of the reads, and high-quality sequencing reads are needed at the overlapping region. Trimming sequences at the reads distal to a point where sequencing quality drops below a specific threshold enhance the joining process. In this study, we examined the effect of trimming conditions on the number of reads that remained after quality control and chimera removal in the Illumina paired-end reads of the V3-V4 hypervariable region. We also examined the alpha diversity and taxa assigned by each trimming condition. Optimum quality trimming increased the number of good reads and assigned more number of operational taxonomy units. The pre-analysis trimming step has a great influence on further microbiome analysis, and optimized trimming conditions should be applied for Divisive Amplicon Denoising Algorithm 2 analysis in QIIME2 platform.
Microcystis blooms threaten ecosystem function and cause substantial economic losses. Microorganismbased methods, mainly using cyanobactericidal bacteria, are considered one of the most ecologically sound methods to control Microcystis blooms. This study focused on gaining genomic insights into Paucibacter aquatile DH15 that exhibited excellent cyanobactericidal effects against Microcystis. Additionally, a pan-genome analysis of the genus Paucibacter was conducted to enhance our understanding of the ecophysiological significance of this genus. Based on phylogenomic analyses, strain DH15 was classified as a member of the species Paucibacter aquatile. The genome analysis supported that strain DH15 can effectively destroy Microcystis, possibly due to the specific genes involved in the flagellar synthesis, cell wall degradation, and the production of cyanobactericidal compounds. The pan-genome analysis revealed the diversity and adaptability of the genus Paucibacter, highlighting its potential to absorb external genetic elements. Paucibacter species were anticipated to play a vital role in the ecosystem by potentially providing essential nutrients, such as vitamins B7, B12, and heme, to auxotrophic microbial groups. Overall, our findings contribute to understanding the molecular mechanisms underlying the action of cyanobactericidal bacteria against Microcystis and shed light on the ecological significance of the genus Paucibacter.
Twenty isolates of Didymella bryoniae were isolated from infected cucurbit plants in various growing areas of southern Korea in 2001 and 2002. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) group [RG] I of D. bryoniae was more virulent than RG IV to watermelon. Virulence of the RG I isolate was strong to moderate to cucumber, whereas that of the RG IV varied from strong, moderate to weak. Two hundred seventy-three amplified fragments were produced with 40 primers, and were analyzed by a cluster analysis using UPGMA method with an arithmetic average program of NTSYSPC. At the distance level of 0.7, two major genomic DNA RAPD groups were differentiated among 20 isolates. The RG I included 7 isolates from watermelon and one isolate from melon, whereas the RG IV included 12 isolates from squash, cucumber, watermelon and melon. Amplification of internal transcribed spacer (ITS) region and small subunit rRNA region from the 20 isolates yielded respectively a single fragment. Restriction pattern with 12 restriction enzymes was identical for all isolates tested, suggesting that variation in the ITS and small subunit within the D. bryoniae were low. Amplification of the genomic DNAs of the tested isolates with the sequence characterized amplified regions (SCAR) primer RG IF-RG IR specific for RG I group resulted in a single band of 650bp fragment for 8 isolates out of the 20 isolates. Therefore, these 8 isolates could be assigned into RG I. The same experiments done with RG IIF-RG IIR resulted in no amplified PCR product for the 20 isolates tested. An about 1.4 kb-fragment amplified from the RG IV isolates was specifically hybridized with PCR fragments amplified from genomic DNAs of the RG IV isolates only, suggesting that this PCR product could be used for discriminating the RG IV isolates from the RG I isolates as well other fungal species.
엉겅퀴는 일반적으로 이용되는 대표적인 다년생의 약용식물이다. 최근 국제적 추세에 따라 자국의 유전자원의 발굴, 보존 등이 강화됨에 따라 인접국가와 국내 자생 엉겅퀴 계통을 판별 할 수 있는 기준 설정에 관한 연구의 필요성이 대두되고 있지만, 분자생물학적 판별 기술의 개발은 아직 미흡한 실정이다. 본 연구에서는 국내 토종과 해외 유래 엉겅퀴종의 기원을 판별하기 위해 핵의 리보솜에 존재하는 ITS 유전자단편에서 SNP를 이용한 판별 프라이머를 확보하였으며, 이를 보완하여 보다 신속하게 판별하기 위하여 ARMS-PCR 및 HRM 기술을 이용한 판별 마커와 그 조건을 확립하였다. 또한, 국내 종 특이적 프라이머들을 이용한 정량적 PCR 분석방법을 이용해 두 가지 종의 genomic DNA의 혼합 여부를 판별하였다. 그러므로, 본 연구에서 개발된 SNP 마커는 다양한 지역 또는 국가에서 서식하는 엉겅퀴 종들의 신속한 확인을 위해 매우 유용하게 이용될 것으로 생각된다.
Reovirus was found to inhabit both the respiratory and the enteric tract of human and animals. The genome of reovirus comprises 10 segments of double-stranded RNA, total size 24 kbp. Nine strains of reovirus were isolated from human and field mice in Korea. Aseptically collected sera from human and lung tissues from field mice were used for virus isolation. For serotype determination, hemagglutination inhibition test was used, and three strains were confirmed to type 2 and six strains to type 3. To determine the genomic diversity and molecular phylogeny of reoviruses isolated in Korea, part of S4 genomic segment of reovirus was enzymatically amplified and directly sequenced. In nucleotide level, Apo98-35 strain showed 15.4%, 19.3%, and 14.4% differences compared to type 1 (T1L, Lang), type 2 (T2J), and type 3 reference strains, respectively. In amino acid level, Apo98-35 strain showed 10.5%, 13.7%, and 9.5% differences compared to type 1, type 2, and type 3 reference strains, respectively. Using the maximum parsimony method based on 285 bp spaning region of the S4 genomic segment, phylogenetic analysis indicated that Apo98-35 from Korea formed different phylogenetic branch. Our data obtained by sequence and phylogenetic analyses of reoviruses are consistent with the distinct geographically dependent evolution of reoviruses in Korea.
Seo, Joo-Hee;Park, Kyung-Do;Lee, Hak-Kyo;Kong, Hong-Sik
Journal of Animal Science and Technology
/
제58권11호
/
pp.40.1-40.5
/
2016
Background: Currently about 26,000 horses are breeding in Korea and 57.2% (14,776 horses) of them are breeding in Jeju island. According to the statistics published in 2010, the horses breeding in Jeju island are subdivided into Jeju horse (6.1%), Thoroughbred (18.8%) and Halla horse (75.1%). Halla horses are defined as a crossbreed between Jeju and Thoroughbred horses and are used for horse racing, horse riding and horse meat production. However, little research has been conducted on Halla horses because of the perception of crossbreed and people's weighted interest toward Jeju horses. Method: Using 17 Microsatellite (MS) Markers recommended by International Society for Animal Genetics (ISAG), genomic DNAs were extracted from the hair roots of 3,880 Halla horses breeding in Korea and genetic diversity was identified by genotyping after PCR was performed. Results and conclusion: In average, 10.41 alleles (from 6 alleles in HTG7 to 17 alleles in ASB17) were identified after the analysis using 17 MS Markers. The mean value of $H_{obs}$ was 0.749 with a range from 0.612(HMS1) to 0. 857(ASB2). Also, it was found that $H_{\exp}$ and PIC values were lowest in HMS1 (0.607 and 0.548, respectively), and highest in LEX3(0.859 and 0.843, respectively), and the mean value of $H_{\exp}$ was 0.760 and that of PIC was 0.728. 17 MS markers used in this studies were considered as appropriate markers for the polymorphism analysis of Halla horses. The frequency for the appearance of identical individuals was $5.90{\times}10^{-20}$ when assumed as random mating population and when assumed as half-sib and full-sib population, frequencies were $4.08{\times}10^{-15}$ and $3.56{\times}10^{-8}$, respectively. Based on these results, the 17 MS markers can be used adequately for the Individual Identification and Parentage Verification of Halla horses. Remarkably, allele M and Q of ASB23 marker, G of HMS2 marker, H and L of HTG6 marker, L of HTG7 marker, E of LEX3 marker were the specific alleles unique to Halla horses.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.