• 미생물학회지
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• 제43권3호
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• pp.159-165
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• 2007

C형 간염바이러스(hepatitis C virus; HCV)증식을 효과적이며 특이적으로 제어할 수 있는 유전산물을 개발하기 위하여 HCV 중식조절이자인 NS5B RNA replicase 존재에 의해 allosteric하게 그 활성 이 조절될 수 있는 HCV internal ribosome entry site (IRES) 표적 hammerhead 리보자임을 개발하였다. 우선 HCV IRES 염기서열 중+382 nucleotide(nt) 부위가 리보자임에 의해 가장 잘 인식되었음을 관찰하였다. 이러한 allosteric 리보자임은 NS5B RNA replicase와 특이적으로 결합하는 RNA aptamer 부위, aptamer와 NS5B와의 결합에 의해 리보자임 활성을 유도할 수 있도록 구조적 변이를 전달할 수 있는 communication module부위 및 HCV IRES의 +382 nt를 인지하는 hammerhead 리보자임 등으로 구성되도록 설계하였다. 특히 in vitro selection기법을 활용하여 NS5B 의존적으로 리보자임 활성을 증가시킬 수 있는 communication module 염기서열을 밝혀내었다. 이러한 리보자임은 단백질이 없거나 대조 단백질인 bovine serum albumin이 존재할 때에는 절단반응을 유도하지 못하였으나 HCV NS5B 단백질이 존재할 매에만 효과적으로 NS5B 농도 의존적으로 절단 반응을 유도할 수 있음을 관찰하였다. 이러한 allosteric 리보자임은 HCV중식의 효과적인 증식 억제 선도물질 뿐만 아니라 HCV 치료선도물질의 스크리닝용 도구 및 HCV 조절 인자를 탐색할 수 있는 HCV 진단용 리간드로서도 활용될 수 있을 것이다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제52권1호
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• pp.18-27
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• 2020

카바페넴내성장내세균속균종(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, CRE)과 카바페넴분해효소 생성 장내세균과(carbapenemase-producing Enterobacteriaceae, CPE)의 정확한 구분과 CPE의 빠른 탐지는 임상 감염의 치료 및 관리에 중요하다. 선별방법은 주로 선택적 배지에서의 직장 면봉 표본 배양 후 카바페넴분해 효소의 활성도, 신속한 카바페넴의 불활성화 방법, 측방유동면역분석(lateral flow immunoassay, LFI), 메트릭스보조레이저 탈착/이온화이온사이클론 공명 질량분석법(matrix assisted laser desorption/ionisation time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)을 통해 표현형을 측정하는 분자기반 방법들이다. CRE, 특히 CPE의 적절한 시기에 정확한 탐지는 감염의 임상 치료 및 예방에 필수적이다. 다양한 표현형 검출방법 및 유전자-기반 검출방법이 카바페넴의 신속한 검출을 위해 이용 가능하며, 이들은 임상 미생물학 실험실에서 일상적으로 사용된다. 신속한 처리 시간으로 현장에서 치료를 위한 검사 방법을 사용하는 CRE에 대한 능동적인 감시활동에서 카바페넴분해효소를 생성하는 CRE의 탐지는 중요한 가치를 갖는다. 따라서 카바페넴분해효소의 확산을 통제하기 위해서는 전세계의 많은 검사실에서 신뢰할 수 있고 신속하고 고효율적이며, 간편하고 저비용의 검사법을 사용해야 할 것이다. 환자의 적용에서도 최적의 효과를 가지려면 CRE에 대한 신속한 검사를 통해 항균제의 관리 개입이나 다양한 형태의 임상 의사의 치료에 결정적인 지원을 재현성있게 나타나야 할 것이다. 최적의 검사법을 위해서는 보완되는 검사법을 결합하여 다양한 내성 박테리아 종을 감별하고 다양한 종류의 카바페넴분해효소의 유전적 다양성을 발굴하여 최상의 감염관리 전략을 포괄하는 시스템이 마련되어야 할 것으로 사료된다.

• Genomics & Informatics
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• 제16권3호
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• pp.52-58
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• 2018

In this report, we present a case study of how pharmacogenomics and pharmacometabolomics can be useful to characterize safety and pharmacokinetic profiles in early phase new drug development clinical trials. During conducting a first-in-human trial for a new molecular entity, we were able to determine the mechanism of dichotomized variability in plasma drug concentrations, which appeared closely related to adverse drug reactions (ADRs) through integrated omics analysis. The pharmacogenomics screening was performed from whole blood samples using the Affymetrix DMET (Drug-Metabolizing Enzymes and Transporters) Plus microarray, and confirmation of genetic variants was performed using real-time polymerase chain reaction. Metabolomics profiling was performed from plasma samples using liquid chromatography coupled with quadrupole time-of-flight mass spectrometry. A GSTM1 null polymorphism was identified in pharmacogenomics test and the drug concentrations was higher in GSTM1 null subjects than GSTM1 functional subjects. The apparent drug clearance was 13-fold lower in GSTM1 null subjects than GSTM1 functional subjects (p < 0.001). By metabolomics analysis, we identified that the study drug was metabolized by cysteinylglycine conjugation in GSTM functional subjects but those not in GSTM1 null subjects. The incidence rate and the severity of ADRs were higher in the GSTM1 null subjects than the GSTM1 functional subjects. Through the integrated omics analysis, we could understand the mechanism of inter-individual variability in drug exposure and in adverse response. In conclusion, integrated multi-omics analysis can be useful for elucidating the various characteristics of new drug candidates in early phase clinical trials.

• 한국식품과학회지
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• 제25권3호
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• pp.197-203
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• 1993

식물성 식품재료를 대상으로 보체 용혈분석법$(TCH_{50})$ 을 이용하여 보체 활성화능(항보체 활성)에 대한 검색을 실시하였다. 총 38종의 식용 식물추출물 중 5종의 시료에서 대조구에 비해 60% 이상의 $TCH_{50}$ 감소를 일으키는 비교적 높은 활성을 나타냈으며 그 활성의 순서는 $1000{\mu}g/ml$ 시료 농도에서 생강>토란대>냉이>은행잎>달래이었다. 한편 가장 높은 활성을 보였던 생강에서 조제된 ZR-1의 경우 pronase 소화 후에는 활성의 변화가 없는 반면에 과요오드산 산화에 의해서는 급격한 활성의 감소를 나타냄으로써 ZR-1의 단백질 부위가 아닌 다당 부위가 활성에 기여함을 알 수 있었다. 또한 ZR-1의 항보체 활성은 $Ca^{2+}$ 이온 부재시 부분적인 감소현상을 보였으며, ZR-1을 정상인의 혈청과 반응 후 anti-humanC3를 이용하여 2차원 면역 전기영동을 행한 결과 C3의 분해산물을 관찰할 수 있었다. 또한 이들 획분은 $ACH_{50}$의 저해를 일으켰다. 동 결과로부터 ZR-1의 보체 활성화 양식은 classical pathway 뿐만 아니라 alternative pathway도 경유함을 알 수 있었다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제8권2호
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• pp.135-138
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• 2011

초산인 35세 산모가 고령 임신과 모체혈액선별검사 고위험군을 주소로 양수천자를 실시한 결과 8번 염색체의 단완에 위성체가 붙어 있는 것이 발견되었다. 부모 염색체 검사 결과 모두 정상으로 확인되어 태아에게서 관찰된 8ps현상은 de novo로 판단된다. FISH 검사로 좀 더 자세히 분석한 결과, 8번 염색체와 22번 염색체 사이에 미세한 전좌가 관찰되었다. 태아의 염색체 8번과 22번 사이의 de novo 전좌를 갖고 있었지만 절단 부위가 DNA의 단순 반복 부위이므로 표현형에 영향을 미칠 가능성은 높지 않을 것으로 추측되었고, 임신 기간 동안 초음파상 이상 소견은 관찰되지 않았다. 유전 상담을 통해 8번 염색체 단완의 미세 결실 가능성이 설명되었고, 부모의 결정에 따라 추가실험 없이 임신은 유지되었다. 그리고 38주에 정상 표현형의 남아가 분만되었다. 본 증례는 산전 진단에서 세포유전학적 검사로 8번 염색체 단완의 위성체만이 발견되었으나, 추가의 분자세포유전학적 진단으로 8번과 22번 염색체 단완 사이의 미세한 전좌를 확인하였다. 이처럼보다 정확하고 자세한 분자세포 유전학적 분석들이 산전 진단에서는 필요함을 시사한 사례였다.

• 환경생물
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• 제31권4호
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• pp.288-294
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• 2013

한국산 고지질 Botryococcus를 확보하기 위해 시료채취를 하였고, 실험실에서 Botryococcus sp.를 분리하였다. 분리된 Botryococcus sp.는 현미경으로 그 크기와 형태를 관찰하였고, 분자적 동정을 위해 18S rRNA gene과 ITS region의 염기서열을 분석함으로써 Botryococcus sudeticus J2로 명명하였으며, 생태학적 특성 연구를 위해 문헌조사를 통해 국내의 Botryococcus 속의 분포를 조사를 실시하였다. 동정된 B. sudeticus J2의 생리적 특성 분석을 위해 배양실험을 수행하였고, 생장률과 바이오매스 생산성 그리고 광합성효율을 측정하였다. 또한 바이오디젤 생산을 위한 조류주로서의 가치를 판단하기 위해 총 지질함유량과 지방산 조성을 분석하였다. B. sudeticus J2의 생태적, 생리적 연구 후 2배의 광량과 2% $CO_2$ 조건에서 배양을 수행함으로써 최적 배양조건을 탐색하고자 하였다. 분리된 B. sudeticus J2는 비교를 위한 B. braunii UTEX 572보다 높은 바이오매스 생산성과 지질생산성을 보였으나 바이오매스 생산을 위한 다른 후보 미세조류에 비해서는 낮은 생장률을 보였다. 따라서 바이오디젤 생산을 위한 조류로 B. sudeticus J2를 활용하기 위해서는 본 연구에서 밝혀진 광저해에 대한 내성에 초점을 맞추어 최적 배양을 위한 광조건을 탐색하는 연구가 필요하다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제4권1호
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• pp.80-83
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• 2007

고리염색체(Ring chromosome)는 매우 낮은 빈도로 발견되는 염색체 이상으로 모든 번호에서 보고되고 있으며 특히 끝곁 매듭 염색체(acrocentric chromosome)에서 빈번하게 관찰 된다. 본 증례는 ring chromosome(고리염색체)11의 산전진단에 관한 것이다. 산모는 36세의 여성으로 모체혈청검사에서 에드워드 증후군의 표시인자가 증가되어, 태아의 염색체 검사를 위해 임신 19.5주에 양수천자술을 시행하였다. 결과는 46,XX,r(11)[65]/45,XX,-11[16]/46,XX[34]로 고리염색체(ring chromosome) 11이 mosaic으로 관찰되었다. 혈액을 이용한 부모 염색체 검사는 모두 정상이었다. 임신 20주에 실시된 정밀초음파 검사에서는 자궁내성장장애(IUGR) 소견을 보였다. 모자익시즘의 확인을 위해 임신 22주에 재대 혈액을 이용한 두번째 염색체 검사 결과는 46,XX,r(11)(p15.5q24.2)[229]/45,XX,-11 [15]이었으며 첫번째 검사에서 관찰되지 않았던 다양한 형태의 고리염색체(ring chromosome)가 소수의 세포에서 관찰되었다. 고리염색체(ring chromosome)11에 대한 FISH 검사에서는 11 염색체의 장완과 11 염색체의 단완의 subtelomeric 부위가 결실되어 있었다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제32권3호
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• pp.279-286
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• 2005

Objective: Although several genetic factors have been associated with defects in human spermatogenesis, the unambiguous causative genes have not been elucidated. The male infertility by haploinsufficiency of PRM1 or PRM2 has been reported in mouse model. The aim of this study was to identify the single nucleotide polymorphisms (SNPs) of PRM1 and PRM2, related to the genotype of Korean infertile men. Methods: Genomic DNAs were extracted from peripheral bloods of infertile men with oligozoospermia or azoospermia, and analyzed using polymerase chain reaction (PCR) and direct sequencing. We carried out the direct sequencing analysis of amplified fragments in PRM1 (557 nucleotides from -42 to 515) and PRM2 (599 nucleotides from 49 to 648) genes, respectively. Results: Three SNPs of coding region in the PRM1 gene was found in the analysis of 130 infertile men. However, the SNPs at a133g (aa 96.9%, ag 3.1% and gg 0.0%), c160a (cc 99.2%, ca 0.8% and aa 0.0%) and c321a (cc 56.9%, ca 35.4% and aa 7.7%) coded the same amino acids, in terms of silence phenotypes. On the other hand, as results of the PRM2 gene sequencing in 164 infertile men, only two SNPs, g398c (gg 62.2%, gc 31.1% and ga 6.7%) and a473c (aa 63.4%, ac 29.9% and cc 6.7%), were identified in the intron of the PRM2 gene. Conclusions: There was no mutation and significant SNPs on PRM1 and PRM2 gene in Korean infertile men. These results suggest that the PRM1 and PRM2 genes are highly conserved and essential for normal fertility of men.

• 한국육종학회지
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• 제40권4호
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• pp.394-400
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• 2008

한국에서 육성한 131개 벼 품종을 이용하여 한국과 필리핀 도열병 균주에 대한 저항성 양상을 조사하여 벼 도열병 저항성 육종연구를 위한 기초자료를 얻고자 본 시험을 수행하였다. 1. 한국과 필리핀에서 밭못자리 검정을 실시한 결과, 전체 품종의 평균 잎도열병 발병정도는 한국에서 4.6으로 필리핀에서 2.0보다 2배 이상 높게 나타났으며, 시험품종 가운데 양국에서 저항성 반응이 서로 다르게 나타난 품종의 비율이 60.3%로 나타났다. 2. 양국에서 수집된 도열병 균주를 이용한 유묘접종검정 결과, 한국 수집 도열병 균주들이 필리핀 수집 균주들보다 병원성이 강한 것으로 나타났는데, 시험품종을 침해하는 비율이 가장 높았던 균주는 한국 균주에서는 93-093, 필리핀 균주에서는 92329-9이었으며, 각각 68.7%와 47.3%의 품종 침해비율을 나타내었다. 3. 도열병 저항성 반응이 다른 9개 품종을 이용한 내구저항성 평가 결과, 팔공벼, 섬진벼, 태백벼, 삼강벼, 밀양23호 등 5품종은 한국 및 필리핀 균주를 이용한 연계검정에서 공히 낮은 병반면적율을 나타내어 내구저항성 품종으로 구분되었다. 4. 한국 연계검정에서 내구성이 낮았던 일품벼와 기호벼는 필리핀 균주를 이용한 연계검정에서 일품벼는 내구저항성이 높은 것으로 나타났고, 기호벼는 3차 파종부터 병반면적율이 급격히 증가하는 경향을 나타내어, 품종의 내구저항성 평가는 환경에 존재하는 친환성 균주수와 균주와 품종간 친화성 정도가 병의 진전 및 확산에 함께 관여하는 것으로 판단되었다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제51권1호
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• pp.26-33
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• 2019

최근 반려동물 시장의 급격한 성장으로 인해 동물용 질병 진단키트의 개발이 이루어지고 있다. 이에 동물 분자진단 개발을 위한 바이오마커의 도입으로 효용성을 재평가하고 있다. 좋은 바이오 마커는 정확하고 신뢰할 수 있어야 하고, 정상 상태와 질병 상태를 구별하고, 다른 질병을 구별해야 한다. 최근 보고된 유전마커나 세포유리 DNA, 순환종양세포, granzyme, 피부종양에 관한 종양마커의 개발이 활발히 이루어지고 있으며, 기타로는 브루셀라증, programmed death receptor-1, symmetric dimethylarginine, periostin, cysteinyl leukotrien이 활발히 도입되고 있다. 따라서 바이오마커는 위험 예측에 사용되거나 질병 진행의 스크리닝, 진단 및 모니터링에 사용된다. 관련 바이오 마커에 대한 가장 중요한 기준은 질병 특이성이며 많은 잠재적 바이오 마커가 실험실 및 시험 연구에서 출현했지만, 독립적인 실험이나 대규모 임상 연구에서 검증이 부족하다. 후보 바이오 마커는 질병과 연관성을 평가하고, 조기 발견, 질병 진행에 대한 바이오 마커의 유효성을 검증하여서 인간 및 동물에게 접목하게 된다. 향후 잘 구조화 된 바이오마커 기반 연구의 효용성을 재평가하고 동물 질병 진단에 도입되는 추세에 맞춰 현장검사에서 활용될 수 있는 키트의 개발에 대한 연구가 요구돼야 할 것으로 사료된다.