• 제목/요약/키워드: Genetic evaluation

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이동통신에서 리포팅 셀 계획을 위한 타부서치 기반 최적화 알고리즘 (Tabu Search based Optimization Algorithm for Reporting Cell Planning in Mobile Communication)

  • 장길웅
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제24권9호
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    • pp.1193-1201
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    • 2020
  • 이동통신에서 이동단말의 위치관리를 위해 셀 구조를 결정하는 셀 계획은 네트워크 성능을 결정하는 중요한 연구과제로 다루어지고 있다. 이동통신에서 셀 구조를 계획하는데 영향을 주는 요소 중 위치관리를 위한 신호비용이 가장 중요한 역할을 하고 있다. 본 논문에서는 이동통신에서 리포팅 셀 구조를 가진 네트워크에서 셀 구조를 계획하기 위해 사용되는 모든 셀의 위치관리비용을 최소화 하는 최적화 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘은 메타휴리스틱 알고리즘인 타부서치 알고리즘을 사용하며, 제안된 알고리즘은 새로운 이웃해 생성방식을 제안하여 최적해에 가까운 결과를 도출한다. 제안된 알고리즘의 성능을 평가하기 위해 위치관리비용과 알고리즘 수행시간 관점에서 시뮬레이션을 수행하였다. 평가 결과에서 기존의 유전 알고리즘 및 모의 담금질 기법과 비교 평가하여 제안된 알고리즘의 성능이 우수함을 볼 수 있었다.

구강세균 유전자 검사(easy perio test)법을 이용한 치아우식 검사 (The study of caries activity test by multiplex-quantity real time PCR with easy perio test)

  • 윤한결;박성규;김진
    • 대한치과의료관리학회지
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    • 제6권1호
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    • pp.11-18
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    • 2018
  • The aim of this study was to evaluate the competency of the Easyperio test, a genetic test method based on real time PCR for the detection of bacteria that cause dental caries and periodontal disease. To verify the validity of this text, various dental health evaluations were administered to 33 boys between the ages of 12 to 14, as this age group commonly experiences dental caries. These evaluations included a dental caries experience survey, a first molar health evaluation, the Dentocult Streptococcus mutans (SM) strip mutans, the Dentocult Lactobacillus spp (LB) test, and the Easyperio test. The correlation coefficients between the level of the Dentocult SM strip mutans and the dental caries experience were DT (R=0.570, p=0.001), DMFT (R=0.376, p=0.031), and first molar health (R=-0.395, p=0.023). The correlation coefficients between the amount of SM in the Easyperio test and dental caries experience were DT (R=0.528, p=0.002), DMFT (R=0.369, p=0.035), and first molar health (R=-0.426, p=0.013). The correlation coefficients between the level of the dentocult SM strip mutans and the SM amounts of the Easyperio test were S.mi (R=0.564 p=0.001) and S.mu (R=0.621, p=0.002). The correlation coefficients between the level of the Dentocult LB test and the SM amount of Easyperio test was S.mi (R=0.495, p=0.003). In conclusion, Easyperio test may be an easy and effective method for the differentiation and diagnosis of dental caries through quantitative and qualitative analysis of oral bacteria.

Evaluation of Grain Zinc and Iron Contents of Wheat Germplasm

  • Jinhee Park;Kyeong-Hoon Kim;Chang-Hyun Choi;Kyeong-Min Kim;Go Eun Lee;Chuloh Cho;Chon-Sik Kang;Jiyoung Shon;Jong-Min Ko
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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    • pp.297-297
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    • 2022
  • Wheat is the staple food crop in the word, but wheat products have a low bioavailability of iron and zinc. So in the developing world, where wheat is a staple food, it suffers from micronutrients deficiency. This study was conducted to generate wheat varieties with enhanced grain Zn and Fe contents. Sixty wheat resource were cultivated over 2 years (2019-2021) in the field of NICS, Jeonju, Republic of Korea, to identify agronomic traits. Wheat grains were ground using grinder and analyzed whole wheat flour protein contents and Fe and Zn contents using ICP-OES. The average contents of Zn and Fe grain were 4.6 mg/100g (2.4~8.8 mg/100g) and 4.5 mg/100g (2.4~7.9 mg/100g), respectively. The contents of Fe and Zn in the wheat grain had a positive correlation with the protein content of whole wheat flour, but there was no correlation with heading date (4.22~5.27) and the thousand kernel weight (21.3~57.5 g). Although there was year variation, six resources with high contents of Fe (>5.2 mg/100 g) and Zn (>5.3 mg/100 g) grain in 2 years were selected. These results provide information for selecting breeding materials for biofortified wheat, and further studies on germplasms genetic variations and bioavailability are needed.

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제주마와 제주잡종마의 마학적 차이 : 3. 경주마 자원의 피부 두께 (Comparison of Hippological Differences Between Jeju Ponies and Jeju Pony Crossbreds : III. The Thickness of the Skin in Racepony Resources)

  • 양정진;박용수;양재혁
    • 현장농수산연구지
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    • 제25권4호
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    • pp.39-43
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    • 2024
  • Little research has been done on investigating the specific characteristics of Jeju Ponies (Korean native horse) and Jeju Pony crossbreds. The authors performed evaluation of skin thickness of the skin of these breeds (n=205) at Jeju Race Park as a way of find of hippological difference. Results of this study showed that the Jeju Pony's skin were thicker than the Jeju Pony crossbred. The male's skin were thicker than the female's skin in two breeds respectively. Especially, in the Jeju Pony show significant differences (P < 0.05). In Jeju Pony crossbreds, as the skin thickness were thinner with age increase. 2-year-old group's skin significantly thinner than 3 and over 4-year-old groups. However, the Jeju Pony's skin were not significantly different by age. In conclusion, the authors thought that causes of the difference of the breeds were origin and genetic differences among the horse and the pony. Furthermore, the modified umbilical herniorrhaphy with rubber rings must be used cautiously in the Jeju Pony. It should be taken into account the animals' skin thickness when the leather goods created by using their skin.

Evaluation of accuracies of genomic predictions for body conformation traits in Korean Holstein

  • Md Azizul Haque;Mohammad Zahangir Alam;Asif Iqbal;Yun Mi Lee;Chang Gwon Dang;Jong Joo Kim
    • Animal Bioscience
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    • 제37권4호
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    • pp.555-566
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    • 2024
  • Objective: This study aimed to assess the genetic parameters and accuracy of genomic predictions for twenty-four linear body conformation traits and overall conformation scores in Korean Holstein dairy cows. Methods: A dataset of 2,206 Korean Holsteins was collected, and genotyping was performed using the Illumina Bovine 50K single nucleotide polymorphism (SNP) chip. The traits investigated included body traits (stature, height at front end, chest width, body depth, angularity, body condition score, and locomotion), rump traits (rump angle, rump width, and loin strength), feet and leg traits (rear leg set, rear leg rear view, foot angle, heel depth, and bone quality), udder traits (udder depth, udder texture, udder support, fore udder attachment, front teat placement, front teat length, rear udder height, rear udder width, and rear teat placement), and overall conformation score. Accuracy of genomic predictions was assessed using the single-trait animal model genomic best linear unbiased prediction method implemented in the ASReml-SA v4.2 software. Results: Heritability estimates ranged from 0.10 to 0.50 for body traits, 0.21 to 0.35 for rump traits, 0.13 to 0.29 for feet and leg traits, and 0.05 to 0.46 for udder traits. Rump traits exhibited the highest average heritability (0.29), while feet and leg traits had the lowest estimates (0.21). Accuracy of genomic predictions varied among the twenty-four linear body conformation traits, ranging from 0.26 to 0.49. The heritability and prediction accuracy of genomic estimated breeding value (GEBV) for the overall conformation score were 0.45 and 0.46, respectively. The GEBVs for body conformation traits in Korean Holstein cows had low accuracy, falling below the 50% threshold. Conclusion: The limited response to selection for body conformation traits in Korean Holsteins may be attributed to both the low heritability of these traits and the lower accuracy estimates for GEBVs. Further research is needed to enhance the accuracy of GEBVs and improve the selection response for these traits.

Prenatal Diagnosis of the 22q11.2 Duplication Syndrome

  • Lee, Moon-Hee;Park, So-Yeon;Lee, Bom-Yi;Choi, Eun-Young;Kim, Jin-Woo;Park, Ju-Yeon;Lee, Yeon-Woo;Oh, Ah-Rum;Lee, Shin-Young;Yang, Jae-Hyug;Ryu, Hyun-Mee
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제6권2호
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    • pp.175-178
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    • 2009
  • 22q11.2미세중복 증후군은 학습장애, 선천적 기형에서부터 정상에 이르기까지 다양한 표현형을 나타내는 증후군으로써, 22q11.2 미세결실 증후군인 DiGeorge 증후군과 동일한 위치에서 발생하는 질환이며, 이러한 원인은 유전적 불안정성이 높은 low-copy repeats (LCR) 부위에서 일어나는 유전체의 결손이나 중복에 의해 형성되는 것으로 보고되고 있다. 최근 array CGH가 임상분야에 적용됨에 따라 22q11.2 미세중복 증후군의 진단이 증가되고 있다. 이론적으로 22q11.2 부위의 미세중복이나 미세결실의 빈도는 동일하게 발생해야 하지만, 현재까지 미세결실에 비해 미세중복의 증례보고는 상대적으로 드물며 이는 증상이 없는 경우가 많기 때문인 것으로 알려져 있다. 특히 이전 보고에서 산전에 발견된 미세중복의 증례는 단1례 만이 보고된 바 있다. 저자들은 산전에 진단된 22q11.2 미세중복 증후군 1례의 보고를 통해 유전상담의 중요성과 array CGH의 임상 적용에 관하여 논하고자 한다.

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분자마커 이용 여교잡 육종을 위한 토마토 유전자원 평가 및 SSR 마커 개발 (Evaluation of Germplasm and Development of SSR Markers for Marker-assisted Backcross in Tomato)

  • 황지현;김혁준;채영;최학순;김명권;박영훈
    • 원예과학기술지
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    • 제30권5호
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    • pp.557-567
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    • 2012
  • 본 연구는 마커이용여교잡(marker-assisted backcross, MAB)을 통한 내병성 토마토 신품종육성에 필요한 기초 정보를 얻기 위해 수행되었다. TYLCV, 시들음역병, 청고병, 흰가루병에 내병성인 공여친 계통 10종과 이병성이지만 우수 원예형질을 지닌 회복친 계통 4종에 대해 병리검정과 TYLCV 내병성 연관 분자마커 분석을 수행하였다. MAB를 위한 회복친 유전자 선발(background selection)용 마커개발을 목표로 SOL Genomics Network에 공시된 토마토 유전자지도(reference map)로부터 전 게놈에 균등히 분포된 108개(염색체 당 평균 9개) SSR 마커를 분석하여, 총 303개의 다형성 마커를 기반으로 공여친, 회복친 계통 간 유연관계를 분석하였다. 그 결과, 유사도 값의 전체 범위는 0.33-0.80으로계통 간 가장 높은 유사도 값(0.80)을 나타낸 것은 청고병에 저항성인 '10BA333'와 '10BA424'이었고, 가장 낮은 유사도 값(0.33)을 나타낸 것은 시들음역병에 내병성인 야생종 L3708(Solanum pimpinelliforium L.)과 청고병에 저항성인 '10BA424'이었다. 유사도 값을 이용하여 UPGMA 분석한 결과, 유사도 0.58를 기준으로 나누었을 때 3개의 군(cluster)으로 분류되었는데, 대부분 동일한 내병성을 지닌 공여친계통 간 유전적 거리가 가까워 이들은 공통된 저항성 재료를 이용한 육성과정에서 파생된 계통일 것이라 판단되었다. 계통수(dendrogram)를 기준으로 유전적 거리가 지나치게 멀지 않으면서 비교적 다수의 회복친 유전자 선발용 SSR 마커의 확보가 가능한 여교배 조합(공여친 ${\times}$ 회복친)은 TYLCV 내병성의 경우 'TYR1' ${\times}$ 'RPL1', 청고병의 경우 '10BA333' 또는 '10BA424' ${\times}$ 'RPL2', 흰가루병의 경우 'KNU12' ${\times}$ 'AV107-4' 또는 'RPL2'로 판단되었다. 시들음역병의 경우 내병성 공여친인 'L3708'은 야생종으로서 모든 회복친 계통들과 유전적 거리가 매우 멀었으며, 적절한 조합은 유사도 값이 0.41이며 계통 간 45개의 다형성 SSR 마커가 선발된 'L3708' ${\times}$ 'AV107-4'로 판단되었다.

벼 유모활력의 품종 변이와 간접 선발을 위한 초기생육 지표형질 탐색 (Genotypic Variation of Early Growth Vigor and Indicator Traits for its Indirect Selection in Rice)

  • 부금동;이변우
    • 한국작물학회지
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    • 제52권4호
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    • pp.429-438
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    • 2007
  • 유묘활력(early growth vigor, EGV)은 초기 생장의 빠르고 늦음을 나타내는 특성이다. 유묘활력의 품종간 변이 및 관련형질간의 상호관계를 검토하여 유묘활력 간접선발지표를 찾고자 2003년 한국품종, 중국품종, IRRI품종 등 총 140개 품종을 대상으로 플라스틱하우스에서 시기를 달리하여 저온기와 고온기 2회, 봄철 보온절충 못자리에서 1회 등 총 3회에 걸쳐서 EGV 및 그 관련 형질 들을 조사하였다. EGV는 파종 후 일정시기가 지난 후에 측정한 생장량(건물중 또는 엽면적)으로 평가할 수 있다. 생육초기 엽폭과 엽장으로 정의되는 EGV 관련형질은 배와 종자의 무게와 고도로 유의한 정의 상관관계가 있었다. 특히 3엽장의 유전변이는 종자무게의 유전변이에 의해 90%이상 설명할 수 있었다. 이와 같이 종자무게는 초기활력이나 그 관련형질에 크게 영향하기 때문에 유묘활력에 미치는 종자 무게의 영향을 제거하고자 종자무게와 유묘활력 및 관련요소들의 직선적 또는 지수적 관계(식)로부터 종자무게의 영향을 배제한 유묘활력 및 관련 형질의 값을 계산하였다 종자 무게의 영향을 제거한 보정 유묘활력(EGVA)과 그 관련형질들도 품종간 큰 변이를 나타내었다. 생육초기 잎들의 엽폭 및 엽장은 EGVA와 높은 유전상관을 보일 뿐만 아니라 높은 광의의 유전력을 보였다. 생육초기잎들의 엽폭(2엽의 90%, 3엽의 93%)이나 엽장(2엽의 87%, 3엽의 89%)의 광의의 유전력은 EGVA의 광의의 유전력 81%보다도 높았다. 따라서 생육초기 잎인 제2엽과 3엽의 엽장 및 엽폭은 EGV를 간접적으로 선발할 수 있는 지표로 이용할 수 있을 것으로 판단되었다.

유전체 관계행렬 구성에 따른 Landrace 순종돈의 육종가 비교 (Comparison of Breeding Value by Establishment of Genomic Relationship Matrix in Pure Landrace Population)

  • 이준호;조광현;조충일;박경도;이득환
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제55권3호
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    • pp.165-171
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    • 2013
  • 돼지 유전체 전장의 고밀도 단일염기다형 유전자형을 이용하여 혈연관계행렬을 구성하고 이를 이용하여 유전체 육종가를 추정하였다. 이상치를 제거한 랜드레이스 순종돈 448두의 40,706개 단일염기다형 유전자형 정보를 이용하였으며, G05, GMF, GOF, $GOF^*$ 및 GN의 5가지 방법을 이용하여 유전체 관계행렬을 구성하고 이를 이용하여 유전체 육종가를 추정하였다. GOF 방법에 의하여 계산된 혈연계수가 기존의 혈통정보를 이용한 혈연계수와 가장 작은 편차를 나타내고 평균소수대립유전자빈도를 이용하는 GMF 방법에서는 큰 차이가 나타나 대립유전자빈도 기준이 혈연계수의 평균이동을 유발함을 확인하였으며, $GOF^*$를 제외한 모든 방법에서 정규 분포형태의 멘델리안샘플링이 나타나는 것을 확인하였다. 등지방두께 평균과 90 kg 도달일령에 대한 육종가 추정 모형을 설정하고 유전체 관계행렬을 이용하여 유전모수와 육종가를 추정한 결과 혈통정보를 이용한 육종가와의 상관은 GOF 방법에서 가장 높게 나타났으며, 유전체 관계행렬의 척도(scale)에 베타함수를 이용한 $GOF^*$의 경우 모든 형질에서 유전분산이 크게 추정되어 분모부분을 구성하는 척도는 유전모수 추정치 영향하는 것을 확인하였다. 동일한 표현형 정보량을 이용할 경우 유전체관계행렬을 이용한 육종가 추정의 정확도가 혈통정보를 이용한 육종가보다 높게 나타났으며, 90 kg 도달일령보다는 등지방두께 평균에서 그 차이가 더 크게 나타났다. 집단 내 누적 표현형자료가 부족한 경우, 외래 유전자원이 도입되어 집단 내 혈연관계가 부족할 경우 또는 멘델리안 분포가 전혀 고려되지 않는 어린 동복자손의 육종가를 예측해야 하는 경우에 유전체 정보를 활용하면 유전능력 평가의 정확성을 크게 향상시킬 수 있을 것으로 사료된다.

국내 버크셔 돼지에서 성장 및 산자수의 후보유전자로서 PRLR3와 RBP4에 관한 연구 (A Study on the Prolactin Receptor 3 (PRLR3) Gene and the Retinol-binding Protein 4 (RBP4) Gene as Candidate Genes for Growth and Litter Size Traits of Berkshire in Korea)

  • 도창희;김선구;강한석;신택순;이홍구;조성근;도경탁;송지나;김태헌;최봉환;상병찬;주영국;박준규;이성훈;이정일;박정석;신영수;김병우;조병욱
    • 생명과학회지
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    • 제20권6호
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    • pp.825-830
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    • 2010
  • 본 연구는 버크셔 품종에서 PRLR3와 RBP4 후보유전자의 두 개의 대립유전자가 산육형질과 번식형질에 미치는 영향을 조사하였다. 5,919두의 혈통자료, 3,480두의 산육기록과, 244두의 모돈의 775마리의 산자기록을 이용하여 유전능력 평가를 수행하였다. 유전자형 분석은 144두와 156두에서 PRLR3와 RBP4 유전자의 유전자형을 각각 분석하였다. 평가된 개체들의 육종가를 이용 두 마커의 유전자형 효과와 유의 확률을 추정한 결과 PRLR3 유전자는 번식형질의 총산자수(TBN)와 생존산자수(NBA)에서 -0.28과 -0.13두의 상가적 효과를 각각 나타내었다. RBP4 유전자는 일당증체량에서 10.58 g의 우성적 효과를 나타내었다. 그러나 RBP4 유전자의 다형성은 번식형질의 총 산자수(TBN)와 생존산자수(NBA)에서 -0.34와 -0.33두의 상가적 유전적 효과를 각각 나타났다. 따라서 PRLR3와 RBP의 B 대립유전자를 선호하는 MAS (Marker Assist Selection) Scheme은 버크셔 품종의 산자수의 개량에 이용 할 수 있을 것이다.