• 한국동물위생학회지
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• 제41권3호
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• pp.149-155
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• 2018

Salmonella Enteritidis (S. Enteritidis) are found in animals, humans, and environment. In addition, S. Enteritidis draws attention to the public health concerns due to carriage of antibiotic resistance traits. For these reasons, the prevalence and antibiotic resistance patterns of S. Enteritidis are significant issues with regard to public health. To address this issues, a total of 24 strains of S. Enteritidis from 164 samples collected from several slaughterhouses in Gyeong-Nam province in order for antibiotic resistance profiles. Subsequently, we characterized the genotyping by random amplification polymorphic DNA (RAPD)-PCR. As a result, very high level of resistance to protein synthesis inhibition antibiotics and most isolates were susceptible to others. Six random primers were used for RAPD-PCR to reveal genotypes of S. Enteritidis isolates. One of the primer, P1245, generated 147 distinct RAPD-PCR fragments ranging from 400~3000 bp. The number of RAPD-PCR products ranged from 4 to 8 for this primer. The RAPD-PCR fragments could be placed these strains into 3 subgroups and 2 classes by UPGMA cluster analysis. Interestingly, several S. Enteritidis that isolated from different slaughterhouses showed same genotype. These results showed only limited genetic variation among the isolates, those were grouped into a few different patterns of antibiotic resistance.

• 대한미생물학회지
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• 제34권6호
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• pp.533-542
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• 1999

H. pylori produces urease abundantly amounting to 6% of total protein of bacterial mass. Urease genes are composed of a cluster of 9 genes of ureC, ureD, ureA, ureB, ureI, ureE, ureF, ureG, ureH. Production of H. pylori urease in E. coli was studied with genetic cotransformation. Structural genes ureA and ureB produce urease apoprotein in E. coli but the apoprotein has no enzymatic activity. ureC and ureD do not affect urease production nor enzyme activity ureF, ureG, and ureH are essential to produce the catalytically active H. pylori urease of structural genes (ureA and ureB) in E.coli. The kinetics of activation of H. pylori urease apoprotein were examined to understand the production of active H. pylori urease. Activation of H. pylori urease apoprotein, pH dependency, reversibility of $CO_2$ binding, irreversibility of $CO_2$ and $Ni^{2+}$ incorporation, and $CO_2$ dependency of initial rate of urease activity have been observed in vitro. The intrinsic reactivity (ko) for carbamylation of urease apoprotein co expressed with accessory genes was 17-fold greater than that of urease apoprotein expressed without accessory genes. It is concluded that accessory genes function in maximizing the carbamylating deprotonated ${\varepsilon}$-amino group of Lys 219 of urease B subunit and metallocenter of urease apoprotein is supposed to be assembled by reaction of a deprotonated protein side chain with an activating $CO_2$ molecule to generate ligands that facilitate productive nickel binding.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.195-200
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• 2005

Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자군은 protocatechuate (PCA)의 분해과정에 관여하는 PCA 4,5-dioxygenase, 4-carboxy-2hydroxymuconic semialdehyde (CHMS) dehydrogenase, 2-pyrone04,5-dicarboxylate(PDC) hydrolase, 4-oxalomesaconate (OMA) hydratase, 그리고 4-oxalocitramalate (OCM) aldolase 등의 효소들을 생산하는 유전자들과 transporter의 역학을 하는 유전자로 각각 확인되었다. 이 유전자군은 Comamonas sp. strain DJ-12의 chromosomal DNA로부터 얻은 PCR 산물들을 T-vector에 ligation하여 재조합 플라스미드 pMT1, pMT2, pMT3, pMT4, pMT5, pMT6, pMT7, pMT8, pMT9, pMT10을 제조하였다. 이들 재조합 플라스미드의 염기서열을 분석한 결과 PCA 4,5-dioxygenase 유전자는 alpha(pmcA)와 beta(pmcB) 두 개의 subunit으로 구성 되어있으며, 각각 450 bp와 870 bp이었다. CHMS dehydrogenase 유전자(pmcC)는 960 bp, PDC hydrolase 유전자(pmcD)는 918 bp이였으며, OMA hydratase 유전자(pmcE)는 1029 bp, OCM aldolase 유전자 (pmcF)는 689 bp, 그리고 transporter 유전자(pmcT)는 1,398 bp이였다. 이들 pmc 유전자들은 pmcT-pmcE-pmcF-pmcD-pmcA-pmcB-pmcC의 순서로 배열되어 있었다. Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자산물의 아미노산 서열을 분석한 결과, Comamonas testosteroni BR6020 및 Psedomonas ochraceae NG.J1와 $94{\~}98\%$의 높은 유사성을 보였고, 그 유전자들의 배열 순서도 동일하였다. 그러나 Sphingomonas paucimobilis SYK-6, Sphingomonas sp. LB126, 그리고 Arthrobacter keyser 12B와는 아미노산 서열이 $52{\~}74\%$의 유사성을 보였고, 그 유전자의 배열 구조도 상이하였다.

• 한국균학회지
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• 제41권1호
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• pp.14-20
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• 2013

URP-PCR 분석에서 유사품종으로 분류된 품종들을 이용하여 AFLP 방법과 체세포불화합성(VCG)으로 품종간 다형성을 조사하였다. AFLP로 분석 한 결과 원형 유사품종군에서는 ASI 2595와 2183이 차이를 보였으며, 수한 유사품종군에서는 ASI 2829만이 차이를 보이고 다른 균주간에는 차이를 볼 수 없었다. 그 차이는 8개의 primer 조합 중 P + AG/M + AAG와 P + GT/M + ATG primer 조합에서만 나타났다. 31개 느타리 품종에 대한 AFLP분석은 80~1000bp에서 총 330개 밴드를 나타내었다. UPGMA 유연관계 분석에서는 유사도 0.96에서 4개의 분리된 집단으로 구분되었으며 각 집단은 유사품종들로 구성되었다. 균주간 화합성 검정을 하여 버섯 품종 판별을 시도한 결과 대치배양에 의한 이질핵화는 품종간 차이가 있는 것으로 나타났으나. 유사품종간에는 대치선이 나타나지 않았다. 유사품종들의 대부분이 구별성이 인정되지 않는 것으로 나타나 품종육성에 이용된 교배모본의 계보가 아주 가깝거나 혹은 동일한 품종이 복제되어 다른 이름으로 유통되는 것으로 추정할 수 있었다.

• 한국산림과학회지
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• 제103권2호
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• pp.196-202
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• 2014

본 연구는 팥배나무의 열매에 대한 우수개체 선발을 위한 기초자료를 얻고자 11개 집단에서 총 107개체를 선발하여 선발목 열매의 형태적 특성 변이를 조사하고 주성분 분석과 군집분석을 실시하였으며 열매 특성에 의한 선발효과를 추정하였다. 주성분 분석 결과, 제4 주성분까지 75.4%의 설명력을 나타냈으며 군집분석에서는 4 그룹으로 구분되어짐을 알 수 있었다. 열매 수확량과 관련된 특성인 열매 폭과 길이 그리고 송이 당 수확량 특성을 대상으로 광교산1, 2와 덕유산7 그리고 마니산 29, 30 등 5개체의 우수개체 후보목을 선발하였다. 선발개체 5본에 대해서 전체 평균 형질과 비교하여 선발효과를 추정한 결과, 열매 폭은 122.8%, 열매 길이는 115.5%, 송이 당 수확량은 182.7%의 선발효과를 추정할 수 있었다.

• 식물병연구
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• 제21권4호
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• pp.326-329
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• 2015

후자린산은 Fusarium이 생성하는 독소로서 다른 Fusarium 독소와 함께 독성을 증진시킬 수 있다. 후자린산 독소를 특이적으로 검출하기 위해 후자린산의 생합성유전자 중 전사인자인 FUB10을 증폭하는 프라이머를 제작하였다. Fub10-f와 Fub10-r 프라이머쌍으로 PCR을 수행했을 때, F. oxysporum, F. proliferatum, F. verticillioides, F. anthophilum, F. bulbicola, F. circinatum, F. fujikuroi, F. redolens, F. sacchari, F. subglutinans, F. thapsinum에서 약 550 bp의 단일밴드가 증폭되었으며 이들은 모두 후자린산을 생성하는 것으로 알려졌다. 반면 트라이코쎄신을 생성하는 종에서는 FUB10 특이 밴드가 증폭되지 않았다. 후자린산은 푸모니신을 생성하는 종에서 함께 생성될 수 있기 때문에 FUB10 프라이머와 푸모니신 생합성유전자인 FUM1 프라이머를 이용한 multiplex PCR을 수행하였다. 그 결과 푸모니신 생성종인 F. proliferatum과 F. verticillioides에서 밴드가 모두 증폭되었으며 이는 두 가지 독소를 생성할 수 있는 종에서 동시 검출이 가능함을 시사하였다.

• 한국작물학회지
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• 제51권3호
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• pp.259-268
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• 2006

1. 자포니카 벼 114 계통에 대해 다양성과 근연관계를 확인하고자 MITE 중에서 mPing family를 이용하여 MITE-TD 기법으로 분석하여 품종간의 다양성 정도를 산출한 결과 마커들의 PIC 값이 $0.293{\sim}0.499$ 범위로 나타났다. 2. 두 개의 mPing primer와 selective primer인 BfaI+G 와 BfaI+C의 조합을 이용하였을 때, 공시계통인 114개의 자포니카 벼 전체를 구분할 수 있었다. 3. NTSYS-pc를 이용한 근연관계 분석 결과, 유사계수의 범위는 0.802에서 부터 0.081까지였고, 자포니카 벼 114 품종은 크게 5 개의 그룹으로 분류되었다. 4. 8 개의 MITE-AFLP marker 연관분석을 밀양 23호/합천앵미 3호 조합 RIL을 이용하여 실시한 결과, 이들은 염색체 l번, 2번, 4번, 5번, 7번 그리고 9번에 각각 위치함을 확인하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권5호
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• pp.525-529
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• 2009

Cytolethal distending toxins (CDTs) represent an emerging family of newly described bacterial products that are produced by a number of pathogens. The genes encoding these toxins have been identified as a cluster of three adjacent genes, cdtA, cdtB, and cdtC, plus 5 cdt genetic variants, designated as cdt-I, cdt-II, cdt-III, cdt-IV, and cdt-V, have been identified to date. In this study, a general multiplex PCR system designed to detect Escherichia coli cdts was applied to investigate the presence of cdt genes among isolates. As a result, among 366 E. coli strains, 2.7% were found to carry the cdtB gene. In addition, the use of type-specific primers revealed the presence of cdt-I, cdtIV, and cdt-V types of the cdt gene, yet no cdt-II or cdt-III strains. The presence of other virulence genes (stxl, stx2, eae, bfp, espA, espB, and espD) was also investigated using a PCR assay. Among the 10 cdtB gene-positive strains, 8 were identified as COT-producing typical enteropathogenic E. coli (EPEC) strains ($eae^+$, $bfp^+$), whereas 2 were identified as CDT-producing atypical EPEC strains ($eae^+$, $bfp^-$). When comparing the cytotoxic activity of the CDT-producing typical and atypical EPEC strains, the CDT-producing atypical EPEC strains appeared to be less toxic than the CDT-producing typical EPEC strains.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2007년도 추계 종합학술대회 논문집
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• pp.522-526
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• 2007

중중급성호흡기증후군(SARS, Severe Acute Respiratory Syndrome)은 전 세계적으로 알려진 바가 없었던 신종 급성 전염성 질환으로써, 2003년 아시아로부터 북미와 유럽지역까지 빠른 속도로 전파되어 나간 이후로부터 많은 과학자들의 연구의 대상이 되어오고 있다. 계통발생학적인 관점에서 SARS 바이러스는 Coronavirus 속에 속하는 것으로 알려져 있으나, 전체적인 유전정보 면에서는 다른 코로나바이러스들에 비하여 진화상으로 보존된 부분들이 현저하게 적은 경향을 나타낸다. 자연계에서의 SARS 코로나바이러스(SARS-CoV)의 숙주생물종에 대해서는 아직까지도 명확히 알려지지 않고 있다. 본 연구에서는 SARS-CoV의 유전서열들을 대상으로 다중서열정렬법, 계통발생학적 분석기법 및 다변량 통계분석법 등과 같은 바이오인포매틱스 분석기법들을 활용하여 이 바이러스의 유전정보 패턴을 분석하였다. Relative synonymous codon usage(RSCU)값을 포함하는 여러 유전정보 파라미터들은 Coronavirus와 Lentivirus 속과 Orthomyxoviridae과로부터 수집된 총 30,305개의 암호화 서열들로부터 계산이 되었으며 이 모든 계산은 KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 SMP 클러스터 상에서 수행되었다. 분석 결과, SARS-CoV는 feline 코로나바이러스와 매우 유사한 RSCU 패턴을 나타내었는데, 이것은 기존에 보고되었던 혈청학적인 연구결과와 일치하는 결과였다. 또한 SARS-CoV와 human immunodeficiency virus 및 influenza A virus는 공통적으로 각각이 속한 속이나 과내에서 상대적으로 낮은 RSCU bias를 나타내어서 이와 같은 현상이 이들 바이러스들이 종 간 장벽을 뛰어넘어 전파되는 과정에 영향을 미쳤을 가능성을 시사하였다. 결론적으로 이와 같은 바이오인포매틱스 분석기법들을 활용한 대용량의 유전정보 분석은 유전체 역학 연구에 효과적으로 사용될 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제22권3호
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• pp.515-521
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• 2011

'말산업육성법' 제정에 따라 국내 승마산업의 저변확대를 위해 자질이 우수한 국내산 승용마 생산 및 개량에 대한 연구가 절실히 필요한 실정이다. 따라서 본 논문에서는 국내에서 승용마로 활용되고 있는 3품종 (웜블러드, 더러브렛, 제주산마) 32두에 대해 12항목의 체형을 측정하여, 측정자료를 바탕으로 판별분석을 실시한 결과 81.3%가 정확하게 분류되는 것을 확인 할 수 있었다. 본 연구의 결과는 향후 체구성 분석을 통한 말의 유형 (경주마, 승용마, 재활치료마, 역용마, 비육마) 및 승용마 외모 심사를 판단하는 모형 개발에 기초자료로 활용될 것이며 이는 향후 3D 영상촬영측정치를 활용한 한국형 승용마 생산 및 개량화 연구에 활용될 것으로 사료된다.