• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제19권7호
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• pp.943-952
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• 2006

The genetic variation in 10 indigenous Caucasian sheep breeds was studied with 14 micro-satellite loci in order to determine the genetic diversity among and between the breeds. Five breeds from Asia, five breeds from Europe and one breed from Africa, were included in order to study any relationships or influences they may have with the Caucasian sheep analyzed. A Karakul population from Uzbekistan was included in the study to see whether there was any Central Asian influence. All the 14 loci were found to be polymorphic in all the breeds, with the exception of ILST0056, which was monomorphic in Imeretian. A total of 231 alleles were generated from all the 688 individuals of the sheep analyzed. The mean number of alleles (MNA) at each locus was 16.5. The total number of alleles detected in all samples ranged from 13 in several loci to 23 in OarJMP029. Out of total 308 Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) tests, 85 gave significant results. After Bonferroni correction for multiple tests, 30 comparisons still remained significant to the experimental levels. The Gala population was the most diverse and Imeretian the least diverse with a MNA of 8.50 and 5.51, respectively. Gene diversity estimates exhibited the same trend and ranged from 0.803 in Gala and 0.623 in Imeretian, but generally there is higher diversity among the Caucasian breeds in comparison to other eference breeds. The closest breeds were Tushin and Bozakh with Da of 0.113 and most distant breeds were $Djallonk{\acute{e}}$ and North Rondalsy with Da of 0.445. Principal Component (PC) analyses were done. PC1 described 14% of the differences. PC2, which described 13% of the differences, further separated the Caucasian breeds from Asian breeds except Karakul and Awasi, and the two British breeds. PC3 described 10% of the differences, allowing better differentiation of the Caucasian breeds. A moderate degree of reliability was observed for individual-breed assignment from the 14 loci using different approaches among which the Bayesian method proved to be the most efficient. About 72% of individuals analyzed were correctly assigned to their respective breeds.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권1호
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• pp.19-25
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• 2018

Objective: In practical breeding, selection is often performed by ignoring the accuracy of evaluations and applying economic weights directly to the selection index coefficients of genetically standardized traits. The denominator of the standardized component trait of estimated genetic evaluations in practical selection varies with its reliability. Whereas theoretical methods for calculating the selection index coefficients of genetically standardized traits account for this variation, practical selection ignores reliability and assumes that it is equal to unity for each trait. The purpose of this study was to clarify the effects of ignoring the accuracy of the standardized component trait in selection criteria on selection responses and economic weights in retrospect. Methods: Theoretical methods were presented accounting for reliability of estimated genetic evaluations for the selection index composed of genetically standardized traits. Results: Selection responses and economic weights in retrospect resulting from practical selection were greater than those resulting from theoretical selection accounting for reliability when the accuracy of the estimated breeding value (EBV) or genomically enhanced breeding value (GEBV) was lower than those of the other traits in the index, but the opposite occurred when the accuracy of the EBV or GEBV was greater than those of the other traits. This trend was more conspicuous for traits with low economic weights than for those with high weights. Conclusion: Failure of the practical index to account for reliability yielded economic weights in retrospect that differed from those obtained with the theoretical index. Our results indicated that practical indices that ignore reliability delay genetic improvement. Therefore, selection practices need to account for reliability, especially when the reliabilities of the traits included in the index vary widely.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
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• 제37권4호
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• pp.366-372
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• 2004

Objectives : This study was conducted to propose a new transmission/disequilibrium test(TDT) to test the linkage between genetic markers and disease-susceptibility genes based on haplotypes. Simulation studies were performed to compare the proposed method with that of Zhao et al. in terms of type I error probability and powers. Methods : We estimated the haplotype frequencies using the expectation-maximization(EM) algorithm with parents genotypes taken from a trio dataset, and then constructed a two-way contingency table containing estimated frequencies to all possible pairs of parents haplotypes. We proposed a score test based on differences between column marginals and their corresponding row marginals. The test also involved a covariance structure of marginal differences and their variances. In simulation, we considered a coalescent model with three genetic markers of biallele to investigate the performance of the proposed test under six different configurations. Results : The haplotype-based TDT statistics, our test and Zhao et al.'s test satisfied a type I error probability, but the TDT test based on single locus showed a conservative trend. As expected, the tests based on haplotypes also had better powers than those based on single locus. Our test and that of Zhao et al. were comparable in powers. Conclusion : We proposed a TDT statistic based on haplotypes and showed through simulations that our test was more powerful than the single locus-based test. We will extend our method to multiplex data with affected and/or unaffected sibling(s) or simplex data having only one parent s genotype.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제58권2호
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• pp.8.1-8.14
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• 2016

In this research data representing 72,946 primiparous cows from 724 herds with 638,063 total test day records calved between 2001 and 2011. These data were analysed to determine the effect of age at first and season of calving on parameters of the Wood lactation curve. Also, genetic trend of the lactation curve parameters in different calving years were evaluated. The results indicate that the highest rate of atypical lactation curve was related to cows that calved in summer (28.05 %). The maximum phenotypic relationship between initial milk yield and total 305-d milk yield was observed in cows calved in spring (0.40). The role of peak yield is more than peak time on 305-d total milk yield in primiparous Holstein. One month increase in age at first calving from 18 to 26 month raised 305-d milk yield by around 138 kg and from 27 to 32 month decreased by 61 kg. The persistency of lactation between 101 and 200 days is higher than that of 201-305 days. Our results indicate that the shape of lactation curve is largely dependent on the season of calving (higher level of milk production in cows which calved in autumn and winter). The heritabilities of parameters of lactation curve and persistency measures were low. The genetic trends for peak time, peak yield and 305-d milk yields were positive and estimated to be 0.019, 0.021 and 8.13 kg/year respectively. So the range from 24 to 26.5 month of calving is the optimum calving time in primiparous Holstein for maximizing 305-d milk yield.

• Journal of the korean society of oceanography
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• 제32권4호
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• pp.163-170
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• 1997

Some CMP gathers acquired from shallow marine seismic reflection survey in offshore Korea do not show the hyperbolic trend of moveout. It originated from so-called swell effect of source and streamer, which are towed under rough sea surface during the data acquisition. The observed time deviations of NMO-corrected traces can be entirely ascribed to the swell effect. To correct these time deviations, a residual statics is introduced using Genetic Algorithms (GA) into the swell correction. A new class of global optimization methods known as GA has recently been developed in the field of Artificial Intelligence and has a resemblance with the genetic evolution of biological systems. The basic idea in using GA as an optimization method is to represent a population of possible solutions or models in a chromosome-type encoding and manipulate these encoded models through simulated reproduction, crossover and mutation. GA parameters used in this paper are as follows: population size Q=40, probability of multiple-point crossover P$_c$=0.6, linear relationship of mutation probability P$_m$ from 0.002 to 0.004, and gray code representation are adopted. The number of the model participating in tournament selection (nt) is 3, and the number of expected copies desired for the best population member in the scaling of fitness is 1.5. With above parameters, an optimization run was iterated for 101 generations. The combination of above parameters are found to be optimal for the convergence of the algorithm. The resulting reflection events in every NMO-corrected CMP gather show good alignment and enhanced quality stack section.

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제21권3호
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• pp.202-207
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• 2016

The aim of this study was to investigate the association of CD36, a class B scavenger receptor, rs6969989 polymorphism with the serum lipid profiles in Korean women, together with their modulation by oily fish consumption. Subjects were participants from the Korean Genome Epidemiology Study (KoGES), which was initiated in 2001 as a large-scale. A total of 4,210 women aged 39 to 70 were included in this study. Data were collected using self-administered questionnaires, anthropometric measurements, and blood chemical analysis. Dietary intake was analyzed using a semi-quantitative food frequency questionnaire. The minor allele frequency for rs6969989 was found in 12% of this population. Homozygotes minor G allele at the rs6868989 exhibited significantly higher high density lipoprotein cholesterol (HDLC) concentrations (P-trend=0.043) and lower fasting glucose (P-trend=0.013) than major allele A carriers. The risk of low HDL-C was significantly lower in homozygotes for the G allele than the A allele carriers (P-trend=0.032). Gene-diet interaction effects between rs6969989 and oily fish intake were significantly associated with the risk of dyslipidemia (P-interaction=0.004). Subjects with homozygotes minor G allele and high oily fish intake generally had a lower risk of dyslipidemia than did those with major allele homozygotes and low oily fish intake. These findings supported that oily fish consumption may modulate the contributions of CD36 rs6969989 on genetic predisposition to the risk of dyslipidemia.

• 한국산림과학회지
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• 제90권1호
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• pp.43-54
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• 2001

집단의 유전적 분화는 환경요인과 유전적 소인의 복잡한 상호관계에 의해 이루어지는데, 집단내 요인으로는 종자나 화분 비산, 국소환경변이, 개체의 분포밀도 등을 들 수 있다. 점봉산의 잣나무 임분내 개체 분포와 유전적 구성에 대한 분석을 위하여 신갈나무군락내 잣나무 우접임분에 $100{\times}100m$ 조사구를 설정하였으며, 잣나무 325개체에 대한 동위효소 분석을 실시하고, 공간의 자기상관성을 계산하였다. 11개 동위효소 유전자좌에서 관찰된 평균 다형성 유전자좌 비율(P)은 72.7%, 이형접합도의 관찰치(Ho)는 0.200, 기대치(He)는 0.251로 이형접합체 과소현상을 나타내어 근연가계의 개체들이 다수 분포하는 것으로 조사되었다. 동위효소의 유전자형에 따라 325개체는 총 147 개의 그룹으로 구분되었으며, 한 개 유전자형에 최대 34개체가 포함되었다. 동위효소 유전자형의 이성성이 24~32m 구간(거리간격 8m)을 기점으로 증가하는 양상을 보였으며, 생장특성(수고와 직경)에 대한 simple block distance도 24~32m 구간에서 임의분포를 보였다. 높은 근연교배의 고정계수(F=0.204), 유전적 자기상관성, 생장특성의 분석, 동일 유전자형의 분포범위 등을 고려할 때 점봉산 잣나무 임분은 화분비산이나 숲틈 형성에 따른 종자의 집중 투입에 따른 유전자 이동(gene flow)보다는 유전적 근연(近緣)개체의 밀도(密度)에 의존(density dependent)해서 유전적 구조를 유지하는 것으로 생각되며, 유전적 동질성을 갖는 군락의 크기는 24~32m에서 결정할 수 있었다. 본 연구의 결과 유전자원보존을 위한 개체의 선정은 최소한 37m 이상의 거리를 띄어야 바람직한 것으로 조사되었다.

• 한국산림과학회지
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• 제95권3호
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• pp.328-333
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• 2006

복분자딸기(Rubus coreanus Miq.)의 수관 층위별 광합성 특성과 잎 및 과실 특성을 조사하기 위하여 국립산림과학원 산림유잔자원부 구내에 조성된 복분자딸기 클론보존원에서 선발된 세 클론을 대상으로 각각의 특성을 조사하였다. 수관층위별 광합성 특성에서 광보상점은 상 중 하층이 각각 PPFD 33, 20, $5{\mu}mol\;m^{-2}S^{-1}$로 나타났으며, 층위별 광포화점은 상 중 하층이 각각 PPFD 1000, 500, $200{\mu}mol\;m^{-2}S^{-1}$ 에서 각각 8.52, 5.25, $3.60{\mu}mol\;CO_2\;m^{-2}S^{-1}$ 의 광합성 속도를 나타냈다. 클론별로는 덩굴형인 의령 7호가 상층에서 가장 우수한 광합성 능력을 보였으며 직립형인 송계 6호는 덩굴형의 두 클론과 비교해 하층에서 낮은 광합성 능력을 나타냈는데 이는 각 클론의 수형 특성에 따른 영향으로 사료된다. 층위별 엽록소 함량은 세 클론 모두 중층에서 가장 많은 양을 나타냈고 상층에서 가장 적은 엽록소 함량을 나타냈다. 잎의 특성에서는 층위가 높을수록 엽장, 엽폭, 정소엽길이, 정소엽폭 및 엽면적 항목이 낮은 값을 나타내 층위별 광합성 능력과 상반되는 경향을 보인 반면, 잎 특성의 단위면적당 건중량과 과실 특성의 종경, 횡경 및 입중 항목은 층위가 높을수록 큰 값을 나타내 층위별 광합성 능력과 유사한 경향을 나타냈으며 과실의 당도는 중층에서 가장 큰 값을 나타냈다.

• 한국환경생태학회지
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• 제35권4호
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• pp.336-346
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• 2021

최근 생명공학 R&D의 필수 재료인 유전자원에 대한 취득과 그 이용을 규제하는 국제 규범, 즉 나고야의정서가 등장하면서 관련 분야 연구자에게 상당한 불편과 부담이 우려되고 있다. 나고야의정서가 발효함에 따라 그 동안 인류공동유산으로서 마치 공공재처럼 모든 국가가 자유롭게 사용해왔던 유전자원에 대하여 자원 보유국의 배타적 소유권이 인정되면서 자원의 취득과 이용에 대한 각국의 법적 규제가 도입되고 있다. 특히 유전자원의 해외의존도가 높은 우리나라는 보다 체계적인 대응을 해야 할 필요성이 있다. 본 논문은 연구자를 포함한 국내외 유전자원 이용자의 나고야의정서에 대한 인식 제고를 위하여, 먼저 의정서의 주요 핵심내용을 분석하고 해외 유전자원 이용을 위한 접근, 취득 및 이익공유의 전체적인 구조와 흐름을 제시함으로써 향후 적절한 대응에 도움이 될 수 있도록 구성·기술하였다. 나고야의정서에 적절하게 대처하기 위해서는 연구자 본인의 노력과 국가적인 차원에서의 지원이 동시에 필요하다. 우선 연구자는 나고야의정서 체제에서의 연구활동 진행에 관한 전체적인 틀과 각 단계별 구체적인 대응에 관한 이해를 반드시 해야 한다. 이를 토대로 유전자원 접근단계부터 이로 인해 발생한 이익의 공유단계까지 제공국의 ABS 절차에 적절하게 대응해야 한다. 이렇게 볼 때 나고야의정서로 인해 과거 대비 연구활동에 일정부분 제한이 가해지고 연구 외적인 부담이 가중되었다고 할 수 있다. 하지만 전 세계적으로 유전자원에 대한 국가의 주권을 인정하는 현 상황을 일시적인 것으로 보기는 어렵다. 나고야의정서 체제를 중심으로 자국의 유전자원에 대한 주권적 권리를 지키고자 하는 자원부국의 기조가 더 강해질 것이기 때문이다. 따라서 우리나라 환경생태분야 연구자도 본 논문의 내용을 참고하여 불필요한 피해를 입지 않기 위한 대비를 확실히 해야 할 것이다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제50권1호
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• pp.33-44
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• 2008

본 연구는 (사)한국종축개량협회에서 1999년부터 2005년까지 농장검정한 Landrace종, Yorkshire종 2개 품종 111,169두의 번식자료를 이용하여 조사 분석하였다.품종 및 환경요인의 효과 추정은 사용된 모든 품종을 통합하여 분석하였으며, 육종가 및 유전모수의 추정은 1산차의 자료를 이용하여 분석하였으며, 혈통이 없는 자료는 분석에서 제외하였다. 자료의 표준화를 위해 총산자수의 표준편차 3배가 넘는 자료는 제거하였다.품종의 효과에서는 총산자수, 생시 생존 자돈수 및 총 사고두수에 대해 Yorkshire종이 각각 11.57±0.107두, 10.69±0.099두 및 0.88±0.041두로 나타났고, Landrace종이 각각 11.06±0.108두, 10.29±0.100두 및 0.77±0.042두로 나타나 모든 형질에서 Yorkshire종이 Landrace종보다 유의적으로 높게 나타났다.유전력은 총산자수 0.246, 생시 생존 자돈수 0.256, 총 사고두수 0.141로 나타났다. 또한, 유전상관과 표현형상관에서는 총산자수와 생시 생존 자돈수 간에 각각 0.958, 0.925로 모두 높은 정의상관을 나타내었고, 총산자수와 총 사고두수는 각각 0.194, 0.379로 정의상관을 보였으며, 생시 생존 자돈수와 총 사고두수는 각각 －0.089, －0.002로 모두 낮은 부의 상관을 보였다.총산자수와 생시 생존 자돈수의 유전적 및 표현형 개량 정도에서 자돈등기가 시작된 2001년 이전에는 일정한 경향을 보이지 않다가 2001년 이후부터 증가하는 경향을 보였으며, 총 사고두수는 감소하는 경향을 보였다.이상의 연구결과를 통해 농장검정돈의 번식능력을 파악할 수 있었고, 유전적 및 표현형 변화추세로 미루어 볼 때 (사)종축개량협회에서 2001년부터 실시한 자돈등기로 인해 번식성적의 정확도가 높아졌다고 추정 할 수 있다. 그러나 유전력이 다소 높게 나타난 것은 분만성적이 우수하지 못한 초산차의 성적을 이용하였고, 번식기록 및 혈통관리가 농장별로 일정한 기준이 없어 정확한 결과를 나타내지 못한 것으로 사료된다. 본 연구결과를 바탕으로 하여 검정농가의 산자능력에 대한 폭넓은 연구가 가능할 것으로 사료된다.