• 농업생명과학연구
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• 제50권2호
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• pp.117-124
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• 2016

본 연구에는 경남의 혈통등록우 경매시장 A, B 지역에서 2014년도부터 2015년도에 경매된 한우송아지 중에서 경매가격이 있는 19,592두의 경매가격자료를 이용하였고 경매가격에 미치는 환경요인 및 요인별 기여도를 추정하였다. 연구의 결과를 살펴보면 송아지경매가격에 대한 모든 효과에서 고도의 유의적인 차이(p<0.01)를 나타내었고, 준부분 상관제곱(semi-partial correlation)값을 이용한 요인별 기여도 분석에서 회귀식의 수정모형 적합도(Adj R-Square)가 0.701로 나타났으며, 성, 경매체중, 출품개월령, 경매년도, 경매계절 및 경매지역의 준부분상관값은 각각 0.11563, 0.20013, 0.02823, 0.10727, 0.00330 및 0.02963으로 나타났다. 요인별 기여도에서 송아지 체중의 기여도가 가장 높은 것으로 나타났으며, 성, 경매년도, 경매지역 및 출품개월령 순으로 영향을 미치는 것으로 나타났다. 송아지 생산농가에서 경매가격을 잘 받기 위해서는 송아지의 발육정도를 측정할 수 있는 체중의 개량 및 적절한 사양 관리가 매우 중요할 것으로 사료된다. 또한 향후에는 개량방향과 맞는 우수한 유전자의 생산 및 확보가 농가 경쟁력 및 소득증대에 이바지할 것으로 사료된다. 송아지경매가격 및 요인별 기여도에 대한 연구는 아직 많이 부족한 상황으로 더 많은 연구가 이루어져야 할 것으로 사료된다.

• 농업생명과학연구
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• 제50권2호
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• pp.151-160
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• 2016

염증성 사이토카인은 파골세포형성과정에서 중요한 요인이며, 뼈의 흡수는 자주 골다공증과 연결된다. 설포라판은 보로콜리의 화뢰로 부터 분리된 물질로 염증성 사이토카인을 억제한다고 알려져 있다. 본 실험에서는 Receptor activator of nuclear factor kappaB ligand(RANKL)로 자극된 세포에서 설포라판이 파골세포 형성 억제에 대한 효과를 측정하였다. 설포라판은 대식세포인 RAW 264.7 세포에서 파골세포 특이 마커 유전자인 tartrate-resistant acid phosphatase(TRAP), Cathepsin K, matrix metalloproteinase 9(MMP-9), calcitonin receptor을 저해하였으며, TRAP, MMP-9, tumor necrosis factor receptor-associated factor 6(TRAF6)와 전사인자인 nuclease factor of activated T cells(NFATc1)의 단백질 발현과 RANKL로 자극하였을 때 전자인사인 nuclear factor kappaB(NF-kappaB)의 전사활성도 억제 하였다. 이와 같은 결과로 설포라판이 NF-kappaB의 전사활성 억제뿐만 아니라, 파골세포형성인자(TRAP, cathepsin K, MMP-9, calcitonin, NFATc1)와 NFATc1의 발현을 억제시키는 효과가 있음을 확인하였다.

• 예술인문사회 융합 멀티미디어 논문지
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• 제7권1호
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• pp.395-405
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• 2017

와송 유래 에틸아세테이트(EtOAc) 분획물의 인체 폐암세포 A549에 대한 항암활성을 확인하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 폐암 세포에 대한 세포 생존율을 측정하기 위하여 MTS assay를 수행한 결과, 농도 의존적으로 폐암세포 성장 억제효과를 보였다. 세포사멸 유도능을 확인하기 위하여 DAPI 핵염색을 통한 직접 육안관찰을 수행한 결과, EtOAc 분획물을 처리한 군에서 핵내 염색질 응축등의 세포사멸 지표가 관찰되었고, Annexin V-FITC를 이용하여 세포막에 노출된 phosphatidylinositol (PS)를 검출한 결과, 농도 의존적으로 초기 세포사멸 및 후기 세포사멸이 증가하였다. 세포사멸의 또다른 지표인 세포주기 억제능을 확인하기 위하여 G2/M기 관련 유전자인 CDK1, 4, cyclin B1, D1의 mRNA 발현정도를 RT-PCR을 이용하여 확인한 결과, 농도의존적으로 mRNA의 발현량이 현저히 감소하였으며, 세포사멸의 직접적 신호전달 표적 단백질인 p53, Bax, Bcl-2 및 pro-caspase-3등의 발현정도를 확인한 결과, p53과 Bax 단백질의 발현은 농도의존적으로 증가하였고, Bcl-2와 pro-caspase-3 단백질의 발현은 시간 및 농도의존적으로 감소하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권4호
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• pp.552-558
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• 2023

Levulinic acid (LA) is a valuable chemical used in fuel additives, fragrances, and polymers. In this study, we proposed possible biosynthetic pathways for LA production from lignin and poly(ethylene terephthalate). We also created a genetically encoded biosensor responsive to LA, which can be used for screening and evolving the LA biosynthesis pathway genes, by employing an LvaR transcriptional regulator of Pseudomonas putida KT2440 to express a fluorescent reporter gene. The LvaR regulator senses LA as a cognate ligand. The LA biosensor was first examined in an Escherichia coli strain and was found to be non-functional. When the host of the LA biosensor was switched from E. coli to P. putida KT2440, the LA biosensor showed a linear correlation between fluorescence intensity and LA concentration in the range of 0.156-10 mM LA. In addition, we determined that 0.156 mM LA was the limit of LA detection in P. putida KT2440 harboring an LA-responsive biosensor. The maximal fluorescence increase was 12.3-fold in the presence of 10 mM LA compared to that in the absence of LA. The individual cell responses to LA concentrations reflected the population-averaged responses, which enabled high-throughput screening of enzymes and metabolic pathways involved in LA biosynthesis and sustainable production of LA in engineered microbes.

• 대한임상검사과학회지
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• 제55권2호
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• pp.93-104
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• 2023

이전 연구에서 83명의 한국인 폐선암 환자의 차세대 염기서열 분석법(next generation sequencing, NGS) 분석 결과 돌연변이 빈도가 높은 상위 5개 유전자 TP53 (60%), EGFR (48%), KRAS (14%), PIK3CA (8%), CDKN2A (6%)를 확인했다. 본연구는 NGS 분석을 이용하여 최근 한국인의 폐선암에서 돌연변이 발생 빈도가 높은 상위 5개 유전자에 대한 돌연변이 핫스팟을 분석하여 폐선암을 유발하는 새로운 표지자를 확인하고자 했으며 가장 많은 돌연변이가 발생한 TP53 유전자의 돌연변이 유형과 패턴을 폐암의 주요 원인인 흡연과의 연관성을 분석했으며 TP53 P72R SNP가 발생한 폐선암 환자의 임상병리학적 특성을 분석하고자 했다. TP53, EGFR, KRAS, PIK3CA, CDKN2A의 돌연변이 핫스팟을 분석한 결과 이전에 보고된 결과와 일치했으나 TP53의 경우 약간의 차이를 나타냈다. TP53 돌연변이 핫스팟은 DBD에 집중하여 발생하는 점은 기존 연구 결과와 같았으나 코돈 72에서 발생하는 높은 돌연변이 빈도는 이전에 보고된 연구 결과와 다르게 나타났다. TP53 돌연변이가 발생한 폐선암 환자의 임상 특성을 분석한 결과 남성보다 여성, 흡연자보다 비흡연자에게 더 많이 발생했다. 또한, TP53 돌연변이 유형은 흡연 여부와 상관없이 전환의 비율이 가장 높았으며 전환 또는 결실 그리고 전환과 결실이 동시에 발생하는 비율이 전이의 발생 비율보다 높게 나타났다. 한국인의 폐선암 증례에서 흡연 여부와 상관없이 가장 발생 빈도가 높은 돌연변이 핫스팟은 TP53 코돈 72 뉴클레오타이드 염기가 C에서 G로의 전환되어 아미노산이 proline에서 arginine으로 치환되는 TP53 P72R SNP 발생 비율이 가장 높게 나타났다. TP53 P72R SNP가 발생한 폐선암 증례들의 임상병리학적 특성을 분석한 결과 환자의 연령, 성별, 흡연 유무 그리고 종양의 분화도와 유의한 상관관계를 보이지 않았지만 낮은 병기와 유의한 상관관계를 나타냈다(P-value=0.026). 본연구는 NGS를 통해 한국인의 폐선암에서 돌연변이 발생 빈도가 가장 많이 보고되었던 EGFR이 아닌 TP53의 증가를 확인했고 그중에서도 흡연 여부와 관계없이 TP53 P72R SNP의 발생 빈도가 가장 높음을 보고하는 바이다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제55권2호
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• pp.105-112
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• 2023

Leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2)는 파킨슨병과 같은 신경퇴행성 질환의 병태생리학적인 측면에서 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있고 주로 뇌뿐만 아니라 폐에서도 발현된다. 그러나 LRRK2 발현이 폐 편평세포암(lung squamous cell carcinoma, LUSC)과 같은 일반적인 폐암의 아형과 병인성이 있는지는 불분명하다. 본 연구에서는 Kaplan Meier 플로터 생물정보학 온라인 도구를 사용하여 폐 편평세포암종 내에서 LRRK2와의 예후 진단가치를 분석하였다. 폐 편평세포암종 환자는 LRRK2의 발현이 높아지면 더 나쁜 예후를 나타낸다고 알려져 왔다. LRRK2 발현이 높은 환자의 경우 종양 돌연변이 부담, 높은 신항원부하, 더 나쁜 생존율, 성별과 상관관계를 보였다. 더욱이, gene expression profiling interactive analysis 데이터분석에서 높은 LRRK2 발현을 가진 환자에서의 심각한 증상은 항염증성 사이토카인(예, IL-4, IL-10)의 높은 발현에 양의 상관관계를 보였지만 염증성 사이토카인은 상관성이 없었다. 이러한 결과에서 IL-10관련 유전자의 높은 발현은 더 나쁜 예후를 보이는 LRRK2-high 환자들에서 유의미하게 연관성을 보였다. 또한, tumor immunity estimation resource 데이터는 큰포식세포가 LRRK2-high LUSC환자에서 IL-10의 기원세포 중 하나임을 보여주었다. 본 연구를 통해 결과적으로 LRRK2-IL10 축의 가설이 LUSC 환자의 잠재적이 치료 표적과 예후 바이오 마커일 수 있음을 보여주었다.

• Nutrition Research and Practice
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• 제17권4호
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• pp.682-697
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• 2023

BACKGROUND/OBJECTIVES: Tibetan tea is a kind of dark tea, due to the inherent complexity of natural products, the chemical composition and beneficial effects of Tibetan tea are not fully understood. The objective of this study was to unravel the composition of Tibetan tea using knowledge-guided multilayer network (KGMN) techniques and explore its potential antioxidant and hypolipidemic mechanisms in mice. MATERIALS/METHODS: The C57BL/6J mice were continuously gavaged with Tibetan tea extract (T group), green tea extract (G group) and ddH2O (H group) for 15 days. The activity of total antioxidant capacity (T-AOC) and superoxide dismutase (SOD) in mice was detected. Transcriptome sequencing technology was used to investigate the molecular mechanisms underlying the antioxidant and lipid-lowering effects of Tibetan tea in mice. Furthermore, the expression levels of liver antioxidant and lipid metabolism related genes in various groups were detected by the real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR) method. RESULTS: The results showed that a total of 42 flavonoids are provisionally annotated in Tibetan tea using KGMN strategies. Tibetan tea significantly reduced body weight gain and increased T-AOC and SOD activities in mice compared with the H group. Based on the results of transcriptome and qPCR, it was confirmed that Tibetan tea could play a key role in antioxidant and lipid lowering by regulating oxidative stress and lipid metabolism related pathways such as insulin resistance, P53 signaling pathway, insulin signaling pathway, fatty acid elongation and fatty acid metabolism. CONCLUSIONS: This study was the first to use computational tools to deeply explore the composition of Tibetan tea and revealed its potential antioxidant and hypolipidemic mechanisms, and it provides new insights into the composition and bioactivity of Tibetan tea.

• 생약학회지
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• 제54권2호
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• pp.72-79
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• 2023

MRSA is Staphylococcus aureus resistant to β-lactam antibiotics, and is a worldwide infectious disease. Even with the discovery of new antibiotics, resistance develops rapidly, so new alternatives are needed. Jakyakgamcho-tang (JGT) is a combination of Jakyak and Gamcho, and has been mainly used as an antispasmodic and analgesic in oriental medicine. This study was conducted to find out whether there is an effect on MRSA in relation to the anti-inflammatory effect of JGT and the antibacterial effect of Jakyak and Gamcho found in previous studies. In this study, in order to investigate the antibacterial activity of JGT and the combined effect of existing antibiotics, after extracting JGT with 70% EtoH, the disc diffusion method, minimum inhibitory concentration (MIC), drug combination effect (FICI), and time-kill analysis (Time-kill assay), metabolic inhibition, Western blot and qRT-PCR analysis were used to confirm the antibacterial activity mechanism of MRSA of JGT. As a result of the experiment, all of MRSA showed antibacterial activity in JGT's disc diffusion method, and the MIC was 250-1000 ㎍/mL. When existing antibiotics and JGT were combined with drugs, most had synergy or partial synergy. In addition, it was confirmed that the degree of bacterial growth was suppressed over time when simultaneous administration for 24 hours. JGT showed a synergistic effect when administered together with the ATPase-inhibitor DCCD, suggesting that it affected the inhibition of ATPase. As a result of observing the expression of PBP2a, and hla protein in the JGT-treated group and the untreated control group through wstern blot, it was confirmed that the protein expression of the JGT-treated group was significantly suppressed, and the expression levels of mecA, mecR1 and hla genes were also suppressed during JGT treatment. was observed by qRT-PCR. Combining the results of the experiment, it can be seen that JGT has antibacterial activity in MRSA, and when combined with existing antibiotics, the effect was increased compared to treatment with the drug alone. This suggests that JGT can be an alternative to treatment for antibiotic resistance of MRSA.

• Animal Bioscience
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• 제35권9호
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• pp.1303-1313
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• 2022

Objective: The current study aimed to perform whole-genome resequencing of Chinese indigenous Mongolian sheep breeds including Ujimqin, Sunit, and Wu Ranke sheep breeds (UJMQ, SNT, WRK) and deeply analyze genetic variation, population structure, domestication, and selection for domestication traits among these Mongolian sheep breeds. Methods: Blood samples were collected from a total of 60 individuals comprising 20 WRK, 20 UJMQ, and 20 SNT. For genome sequencing, about 1.5 ㎍ of genomic DNA was used for library construction with an insert size of about 350 bp. Pair-end sequencing were performed on Illumina NovaSeq platform, with the read length of 150 bp at each end. We then investigated the domestication and signatures of selection in these sheep breeds. Results: According to the population and demographic analyses, WRK and SNT populations were very similar, which were different from UJMQ populations. Genome wide association study identified 468 and 779 significant loci from SNT vs UJMQ, and UJMQ vs WRK, respectively. However, only 3 loci were identified from SNT vs WRK. Genomic comparison and selective sweep analysis among these sheep breeds suggested that genes associated with regulation of secretion, metabolic pathways including estrogen metabolism and amino acid metabolism, and neuron development have undergone strong selection during domestication. Conclusion: Our findings will facilitate the understanding of Chinese indigenous Mongolian sheep breeds domestication and selection for complex traits and provide a valuable genomic resource for future studies of sheep and other domestic animal breeding.

• 운동과학
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• 제21권1호
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• pp.111-120
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• 2012

본 연구는 복부비만 여성을 대상으로 운동 트레이닝을 통해 심폐체력의 반응의 차이가 심혈관계 위험요인 및 아디포싸이토카인 분비 및 유전자 발현에 미치는 영향을 알아보는 데 그 목적이 있다. 본 연구는 운동 트레이닝 실시 후 심폐체력 향상의 유무를 이용하여 복부비만 여성 총 48명을 운동-반응 집단(n=34)과 운동-비반응 집단(n=14)으로 나누었다. 운동 트레이닝은 주당 1200kcal를 소모하도록 설계되었으며, 중등도-활발한 운동강도, 걷기나 간단한 조깅의 형태로 12주간 실시하였다. 측정 변인으로 실험 참가 전, 후에 신체조성, 혈압, 심폐체력, 혈중지질, 글루코스, 인슐린 그리고 유리지방산을 측정하였으며, 혈중 아디포싸이토카인과 복부지방 아디포싸이토카인 유전자 발현을 분석하였다. 본 연구의 결과 운동 트레이닝 후 두 집단 모두 비만지표에서 통계적으로 유의하게 감소하였지만, 허리둘레(p=0.040), 체지방률(p=0.031) 그리고 중성지방(p=0.023)과 수축기 혈압(0.046)은 운동-반응 집단과 운동-비반응 집단에서 상호작용 효과를 보였다. 혈중 렙틴은 두 집단에서 상호작용 효과(p=0.022)가 나타났으나 복부지방 렙틴 유전자는 두 집단 모두에서 트레이닝 후(p<0.001)에 유의하게 감소하였다. 이상의 결과를 종합해보면 12주간 운동 트레이닝 실시 후 심폐체력의 향상을 보인 운동-반응 집단은 운동-비반응 집단에 비해 심혈관계 질환 위험요소와 아디포싸이토카인 분비 및 유전자 발현에 더 효과적인 것으로 나타났다. 또한 운동 트레이닝 실시 후 심폐체력의 개선이 없었던 운동-비반응 집단에서도 비만지표와 혈중 렙틴 및 렙틴 유전자 발현이 감소되는 것을 살펴봤을 때 규칙적인 운동 자체가 비록 심폐체력의 개선이 없더라도 인간의 건강상의 이점을 주는 것으로 나타났다. 따라서 심폐체력이 향상되지 않더라도 규칙적인 운동 은 비만 관련 위험요인의 감소 및 예방에 좋은 영향을 주는 것으로 사료된다.