• The Plant Pathology Journal
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• 제26권1호
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• pp.70-79
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• 2010

Rice blast is one of the serious devastating diseases. This study was carried out to determine the genetic diversities of blast resistance (R) genes form 86 accessions of aromatic rice with eight SNP markers, z4792, zt4792, z60510, zt6057, k6415, k6411, k39575 and t256, which showed the close-set linkage to 6 major genes, Piz, Piz-t, Pik, Pik-m, Pik-p, and Pit. Four accessions of indica type, Mayataung, Yekywin Yinkya Hmwe, Basmati9-93, and Basmati5854, showed the positive amplicons of six major genes. Among 86 accessions, 83 accessions were detected both or one of Piz and Piz-t genes. Seventy three accessions contained the Piz gene with z4792 marker. In addition, 30 and 71 accessions possessed Piz-t gene with zt4792 and zt6057 markers, respectively. Ten accessions showed the positive bands for the Piz-t gene with both zt4792 and zt6057 markers. Only one accession, Khau Nua Keo, was not amplified for both Piz and Piz-t gene. But japonica type, Gerdeh, possessed only Piz gene between Piz and Piz-t. Fifty two accessions showed the three of Pik multiple genes and Pit gene. Four accessions, Iari7447, Daebunhyangdo2, Shiyayuuine, and Basmati 6129 possessed a Pik-p gene. Especially, Pit gene on chromosome 1 was detected with t256 marker in all of 83 accessions, exception of A-2, one accession of japonica type.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제14권10호
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• pp.2365-2370
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• 2010

마이크로어레이를 기반으로 하는 암 분류 방법은 암 종류에 따라 다르게 발현되는 유전자 양상을 통계적으로 발견함으로써 정확한 암 분류에 기여할 수 있다. 따라서 현재의 마이크로어레이 기술을 이용해서 효과적으로 암을 분류하기 위해서는 특정 암과 밀접하게 관련이 있는 정보력 있는 유전자를 선택하는 과정이 필수적이다. 본 논문에서는 난소 암 마이크로어레이 데이터를 이용하여 암에 영향을 미치는 가장 다르게 발현할 가능성이 있는 표지 유전자를 추출할 수 있는 시스템을 고안하고, 다층퍼셉트론 분류기를 이용하여 기존의 마이크로어레이 시스템과 분류 성능을 비교분석하였다. 그 결과 ANOVA를 이용하여 선택된 표지 유전자를 포함하는 마이크로어레이 데이터 셋에서 98.61%의 향상된 분류 성능을 보였다.

• 한국작물학회지
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• 제29권2호
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• pp.136-151
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• 1984

수도에 있어서 흰등멸구에 대한 저항성 유전자를 가진 것으로 알려진 N22(Wbphl)와 ARC 10239(Wbph2)의 흰등멸구 저항성 유전자의 연관 분석을 하기 위하여 V번 연관군을 제외한 11개 연관군의 표식 유전자를 가진 semi-dwarf 초형의 검정친과 N22및 ARC10239와의 교잡 F$_2$세대에서 12개 표식 유전자의 유전양식을 조사하고 F$_3$ 세대에서 흰등멸구에 대한 저항성의 분리를 조사하여, 이들을 이용하여 연관분석을 한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. N22와 검정친들과의 교잡 세대 F$_2$에서 lg, d-t, g, la, nl, bl, gl 둥은 우성과 열성이 3 : 1로, Bh는 9 : 7로 이론치에 맞게 분리하였으며, Cl, gh, Lh, bc 등 4개 형질은 오차가 컸지만 대체로 이론분리비에 비슷한 분리비를 보였다. 2. ARC 10239와 검정친들과의 조합 F$_2$에서 Cl, lg, Pn, g, la, bl, gl 등은 우성과 열성이 3 : 1로, Bh는 9 : 7로 분리하였으며, gh, Lh, nl, bc 등은 이론분리에 비하여 오차가 크게 나타났다. 3. N22의 Wbph1 유전자와 ARC 10239의 Wbph 유전자는 단순우성유전자이었으며 저항성 계통, 분리계통 및 감수성 계통의 분리비는 모든 조합에서 1 : 2 : 1 의 이론치에 합당하였다. 4. Wbph1은 II번 연관군의 liguleless (lg)와 36.8%의 조환가로 연관되어 있으며 Black hull(Bl)과도 35.9%의 조환가로 연관된 것으로 나타났으며, Bh는 II번 연관군의 Ph(Phenol staining)와 보족적으로 발현됨 을 고찰하였다. 5. Wbph 2는 검정된 I,II,III,IV,VI,VII,VIII,IX,X,XI,XII번 연관군의 Cl, lg, Pn, g, gh, Lh, la, nl, bl, bc, gl, Bh와 독립적인 것으로 나타났다. 6. 이상에서 흰등멸구 저항성 유전자 Wbph2의 연관관계가 분명하지 못한 것은 사용된 Marker 유전자가 염색체상에서 저항성 유전자와 원거리에 있거나 Marker 형질의 발현특성에서 기인된 것으로 생각된다. 7. Wbph2의 연관관계는 본 실험에서 검토되지 못한 V번 연관군을 포함하여 독립성 검정에서 변이가 큰 것으로 나타난 Ⅶ, Ⅷ, Ⅹ 및 XII 번 연관군과의 조합에 대하여는 재검토되어야 할 것으로 판단된다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제42권3호
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• pp.95-104
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• 2012

Purpose: The purpose of this study was to determine whether increasing the Ti6Al4V surface oxide negative charge through heat ($600^{\circ}C$) or radiofrequency plasma glow discharge (RFGD) pretreatment, with or without a subsequent coating with fibronectin, stimulated osteoblast gene marker expression in the MC3T3 osteoprogenitor cell line. Methods: Quantitative real-time polymerase chain reaction was used to measure changes over time in the mRNA levels for osteoblast gene markers, including alkaline phosphatase, bone sialoprotein, collagen type I (${\alpha}1$), osteocalcin, osteopontin and parathyroid hormone-related peptide (PTH-rP), and the osteoblast precursor genes Runx2 and osterix. Results: Osteoprogenitors began to differentiate earlier on disks that were pretreated with heat or RFGD. The pretreatments increased gene marker expression in the absence of a fibronectin coating. However, pretreatments increased osteoblast gene expression for fibronectin-coated disks more than uncoated disks, suggesting a surface oxide-mediated specific enhancement of fibronectin's bioactivity. Heat pretreatment had greater effects on the mRNA expression of genes for PTH-rP, alkaline phosphatase and osteocalcin while RFGD pretreatment had greater effects on osteopontin and bone sialoprotein gene expression. Conclusions: The results suggest that heat and RFGD pretreatments of the Ti6Al4V surface oxide stimulated osteoblast differentiation through an enhancement of (a) coated fibronectin's bioactivity and (b) the bioactivities of other serum or matrix proteins. The quantitative differences in the effects of the two pretreatments on osteoblast gene marker expression may have arisen from the unique physico-chemical characteristics of each resultant oxide surface. Therefore, engineering the Ti6Al4V surface oxide to become more negatively charged can be used to accelerate osteoblast differentiation through fibronectin-dependent and independent mechanisms.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제15권10호
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• pp.1395-1397
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• 2002

The tyrosinase gene was selected as a candidate for uncovering genetic mechanism causing 'black ear' coat color in rabbits. A PCR-SSCP detection method was established for the $881^A{\rightarrow}881^G$ mutation located in the central region of the tyrosinase gene between the CuA and CuB binding region signatures, and this was confirmed by sequencing and alignment. Fully consistent associations between the SNP and 'black ear' coat color were observed by analysis in a "black ear" pedigree and on 61 unrelated individuals. This SNP can serve as a molecular marker for use in "back ear" wool rabbit breeding.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제21권1호
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• pp.9-13
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• 2001

Essential hypertension is considered to be a multifactorial disease that is influenced not only by environmental factors but also by genetic factors. Genes involved in lipoprotein synthesis, modification and metabolism are candidates for essential hypertension. The purpose of this study was to estimate gene frequencies of paraoxonase/arylesterase (PON1) gene in Korean population and investigate the relationship between genotypes of this gene and essential hypertension or cardiovascular risk factors. In order to estimate the genotype frequencies, Alw I RFLP of PON1 gene was used as genetic marker. There were no significant differences in allele and genotype frequencies between normotensives and essential hypertensives, respectively. However, Alw I RELP of PON1 gene were significantly associated with plasma HDL-cholesterol level in Korean population (one-way ANOVA test, p=0.008). Therefore, our result suggest that this RFLP of PON1 gene may be protective marker on cardiovascular disease in Korean population.

• 대한치과보철학회:학술대회논문집
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• 대한치과보철학회 2004년도 추계학술대회
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• pp.52-52
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• 2004

• 농업과학연구
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• 제45권2호
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• pp.238-247
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• 2018

The overall consumption of meat is increasing as the level of national income increases. The end weight is a trait closely associated with dressed meat. Genome-wide association study (GWAS) is an effective method of analyzing genetic variation and gene identification associated with a number of natural alternative traits because it can detect variations. So this paper did a GWAS analysis to identity the location on the genome related to the end weight in purebred landrace pigs and to explore the relevant candidate gene. This study identified a significant single nucleotide poly morphism (SNP) marker in chromosome 6 (ASGA0029422, $p=1.22{\times}10^{-6}$). Adhesion G protein-coupled receptor L2 (ADGRL2) was found to be the candidate gene at the identified SNP marker location. ADGRL2 genes have been found to be associated with cell development in relation to the external and internal environment of a cell. In addition, genotype and statistical analyses were done on nine variations on the exon of ADGRL2. The results show that the SNP marker (ASGA0029422, $p=1.32{\times}10^{-6}$) was significant, but the significance of the nine variations on the ADGRL2 exon was not verified. However, by performing further experiments and functional studies on other SNPs showing possible genetic ADGRL-Exon mutations, objects with high associations of high-end weights can be selected.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권2호
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• pp.111-118
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• 2011

교배와 원형질체 융합을 통한 배수체인 야생형 산업균주의 개발을 위하여, hybrid의 선별표지로서 우성의 선별표지인 aureobasidin A 내성이 사용될 수 있는 지를 알아보고자 하였다. 선별배지에서 aureobasidin A의 최적농도는 야생형 균주인 경우 SD와 YPD 배지에서는 0.5 ${\mu}g$/mL 이상이었고, SG와 YPG에서는 0.2-0.3 ${\mu}g$/mL 이었다. 한편 호흡결여돌연변이주는 야생형 균주보다 훨씬 높은 농도의 aureobasidin A에도 내성이 있음을 나타내었다. 우리는 K114/YIP균주의 전분분해 능력이 배수체 야생형 산업 균주에 전달 될 수 있는지를 이 방법을 통하여 관찰하였다. 반수체 영양요구성 균주 K114/YIP에 aureobasidin에 대한 내성을 부여하는 pAUR112가 도입된 균주와 야생형 균주 KL 혹은 C6와의 rare-mating 후 aureobasidin A 함유 배지에서 성장한 hybrid를 분리할 수 있었다. Hybrid는 전분분해 능력을 함유하고 있었을 뿐 아니라 두 양친의 특성을 동시에 지녔으며, 전자현미경 관찰 결과에서도 hybrid는 양친주의 특성을 모두 갖는 것으로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제19권1호
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• pp.152-155
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• 2009

old-gold-crimson ($og^c$) 과색 돌연변이는 라이코펜의 함량이 증가된 진붉은색 토마토 과실을 생산한다. 이러한 돌연변이는 토마토의 carotenoid 생합성경로에 관여하여 라이코펜을 ${\beta}$-carotene으로 전환시키는 라이코펜 ${\beta}$-cyclase (Crt-b) 유전자(B)에 point mutation을 일으켜 정상적인 효소생성을 저해한다. 높은 함량의 라이코펜을 생성시키는 토마토 품종개발은 유전자 연관 DNA 마커를 이용한 분자표지이용선발(MAS)을 통해 가속화 될 수 있다. $og^c$ 돌연변이는 라이코펜 ${\beta}$-cyclase(Crt-b) 유전자 내 poly-A 서열반복 지점에서 adenine (A) 단일 뉴클레오티드의 결손에 의한 frame-shift mutation에 의해 일어나며, 이러한 대립유전자의 운영과 검증을 위해 $og^c$ 대립유전자로부터 합성되는 PCR 산물에 Hin fI 제한효소 인식부위가 인위적으로 생성되도록 PCR 프라이머에 단일 뉴클레오티드 mismatch 부위를 만들어 dCAPS 마커를 개발하였다. 본 dCAPS 마커는 유전자 유래의 공우성 PCR 마커로서 고함량 라이코펜 토마토개발을 위한 육종 프로그램의 MAS에 효과적으로 사용될 수 있다.