• 제목/요약/키워드: GC analysis

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Analysis of whole genome sequencing and virulence factors of Vibrio vulnificus 1908-10 isolated from sea water at Gadeok island coast

  • Hee-kyung Oh;Nameun Kim;Do-Hyung Kim;Hye-Young Shin;Eun-Woo Lee;Sung-Hwan Eom;Young-Mog Kim
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제26권9호
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    • pp.558-568
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    • 2023
  • Vibrio vulnificus is an aquatic bacterium causing septicemia and wound infection in humans. To understand this pathogen at the genomic level, it was performed whole genome sequencing of a cefoxitin-resistant strain, V. vulnificus 1908-10 possessing virulence-related genes (vvhA, viuB, and vcgC) isolated from Gadeok island coastal seawater in South Korea. The genome of V. vulnificus 1908-10 consisted of two circular contigs and no plasmid. The total genome size was estimated to be 5,018,425 bp with a guanine-cytosine (GC) content of 46.9%. We found 119 tRNA and 34 rRNA genes respectively in the genome, along with 4,352 predicted protein sequences. Virulence factor (VF) analysis further revealed that V. vulnificus 1908-10 possess various virulence genes in classes of adherence, antiphagocytosis, chemotaxis and motility, iron uptake, quorum sensing, secretion system, and toxin. In the comparison of the presence/absence of virulence genes, V. vulnificus 1908-10 had fur, hlyU, luxS, ompU, pilA, pilF, rtxA, rtxC, and vvhA. Of the 30 V. vulnificus comparative strains, 80% of the C-genotype strains have all of these genes, whereas 40% of the E-genotype strains have all of them. In particular, pilA were identified in 80% of the C-type strains and 40% of the E-type strains, showing more difference than other genes. Therefore, V. vulnificus 1908-10 had similar VF characteristics to those of type C strains. Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin (MARTX) toxin of V. vulnificus 1908-10 contained 8 A-type repeats (GXXGXXXXXG), 25 B.1-type repeats (TXVGXGXX), 18 B2-type repeats (GGXGXDXXX), and 7 C-type repeats (GGXGXDXXX). The National Center for Biotechnology Information (NCBI) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) showed that the RtxA protein of V. vulnificus 1908-10 had the effector domain in the order of cross-liking domain (ACD)-C58_PaToxP-like domain- α/β hydrolase-C58_PaToxP-like domain.

운전스트레스 대처방식에 따른 교통사고 위험의 변화 (The Change of Traffic Accident Risk Degree by Driving Stress Coping Patterns)

  • 이순열 ;이순철
    • 한국심리학회지 : 문화 및 사회문제
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    • 제15권3호
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    • pp.431-446
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    • 2009
  • 본 연구는 운전자들의 운전스트레스 대처방식이 교통사고 발생위험에 어떠한 영향을 미치는지를 알아보고자 실시되었다. 이 목적을 위하여 전국 5개 지역의 372명의 운전자들에게 64개로 구성된 운전스트레스 대처행동 척도 예비문항을 실시한 후 요인분석을 한 결과, 2개(순행적, 역행적)의 요인으로 구성된 총 24개 문항의 운전스트레스 대처행동 척도(DS-CBS)가 개발되었다. 이들 요인에 대한 신뢰도는 모두 .90 이상으로 높게 나타났다. 타당화 연구를 위해서 운전스트레스 대처행동 척도(DS-CBS)와 운전자 대처 질문지(DCQ), 그리고 운전자의 위험한 운전행동(음주운전, 과속운전, 법규위반, 피해사고, 가해사고)과의 상관관계 분석을 실시하였다. 상관관계 분석결과 운전스트레스 대처행동 척도(DS-CBS)는 운전자 대처 질문지(DCQ)와 운전자의 위험한 운전행동에서 유의한 상관관계가 있는 것으로 나타났다. 또한 운전스트레스 대처행동 척도(DS-CBQ)의 순행적 요인과 역행적 요인이 교통사고 발생위험(아차사고, 주변평가 사고위험, 자기평가 사고위험)에 어떠한 영향을 미치는지 알아보기 위하여 구조방정식 모형분석을 실시하였다. 분석결과 순행적 요인과 역행적 요인이 교통사고 발생위험으로 향하는 구조방정식 모형은 적절한 적합도 지수를 보였다. 경로들의 영향관계에서 순행적 요인은 교통사고 발생위험을 유의하게 낮추지만, 역행적 요인은 교통사고 발생위험을 유의하게 높이는 것으로 나타났다.

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가락동 농수산물도매시장 반입 들깻잎과 상추의 잔류농약 실태 및 안전성 평가 (Pesticide Residues Survey and Safety Evaluation for Perilla Leaf & Lettuce on the Garak-dong Agricultural & Marine Products Market)

  • 박원희;황인숙;김은정;조태희;홍채규;이재인;최수정;김진아;이윤정;김미선;김지혜;김무상
    • 농약과학회지
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    • 제19권3호
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    • pp.151-160
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    • 2015
  • 2010년부터 2012년까지 서울 가락동 농수산물도매시장에서 경매되는 채소류 중 들깻잎 4,063건 상추 2,248건을 대상으로 잔류농약 검사를 실시하였다. 들깻잎은 812건에서 농약이 검출되었고 40건이 부적합판정을 받았다. 상추의 경우 108건에서 농약이 검출되었고 잔류허용기준을 초과한 상품은 10건이었다. 검출된 농약은 들깻잎 61종, 상추는 28종이었다. 들깻잎 및 상추 섭취에 따른 다종농약 성분에 대한 안전성 평가는 들깻잎이 0.05% 이하, 상추가 0,1% 이하로서 인체에 대한 위해성은 낮은 것으로 평가되었다.

국내 유통되는 퓨어 및 정제 올리브유의 이화학적 특성 및 향기 분석 (Analysis of Physicochemical Characterization and Volatiles in Pure or Refined Olive Oils)

  • 남하영;이주운;홍장환;이기택
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제36권11호
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    • pp.1409-1416
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    • 2007
  • 국내 시중에서 유통되는 국내외 브랜드의 퓨어 및 정제올리브유에 대한 이화학적 특성 및 이들의 향기 성분을 비교 분석하였다. 총 7종의 퓨어 및 정제 올리브유의 지방산 조성을 비교한 결과 palmitic(16:0, $10.2{\sim}16.8$ mole%), palmitoleic(16:1, $0.7{\sim}2.4$ mole%), stearic(18:0, $1.9{\sim}3.0$ mole%), oleic(18:1, $61.2{\sim}74.7$ mole%), linoleic(18:2, $9.4{\sim}18.0$ mole%) 및 linolenic acid(18:3, $0.5{\sim}0.9$ mole%)로 분석되었다. 색도 분석에서 퓨어 및 정제 올리브유의 $L^*$값은 $92.2{\sim}99.0$, $a^*$값은 $-22.2{\sim}-3.2$, $b^*$값은 $18.5{\sim}55.0$을 나타내었다. 이들의 총 페놀 함량 측정 결과 국내 브랜드 퓨어 올리브유에서는 $2.2{\sim}13.3$ mg/100g, 수입 브랜드 퓨어 및 정제 올리브유에서는 $1.9{\sim}5.1mg/100g$으로 나타났고, ${\alpha}$-토코페롤 함량은 $7.91{\sim}13.88$ mg/100g로 조사되었다. 퓨어 및 정제올리브유 시료들의 초기 POV는 $6.83{\sim}20.31$ meq/kg의 수치를 보였고, 이들의 induction period time은 $17.37{\sim}34.72$ hr로 나타났다. 주요 향 성분의 구별을 위해 SPME-GC/MS 분석을 실시한 결과, 올리브유의 주요 향 성분으로 acetic acid, hexanal, heptanal, 2,4-dimethyl-heptane 등이 동정되었고, MOS 유형의 전자코를 이용하여 퓨어 및 정제 올리브유 향기패턴에 대한 주성분분석을 한 결과, 이들의 원산지별과 국내 수입 브랜드 및 혼합율에 의한 향기 성분 패턴 경향성을 찾아보기 어려웠다.

초임계수를 이용한 표고버섯 골목의 가수분해 (Supercritical Water Hydrolysis of Waste Logs after Oak Mushroom Production)

  • 구본욱;이재원;최준원;최돈하;최인규
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제34권6호
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    • pp.81-95
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    • 2006
  • 표고버섯 골목의 바이오에탄올 생산 자원으로서의 활용 가능성을 모색하고, 새로운 당화 공정으로 주목받고 있는 초임계수 가수분해 공정에 대한 기초 기술을 제공하기 위하여 버섯 골목으로 사용되는 상수리나무 정상재를 다양한 초염계수 가수분해 공정에 적용하고 분해산물의 분석을 실시하였다. 초임계수 가수분해 반응 시간 및 온도의 증가에 의하여 수용성 분해산물 및 비수용성 잔사의 색 진해짐, 분해율의 증가 그리고 비수용성 잔사의 결정화도가 증가하였다. 반응 압력의 증가는 낮은 반응 온도와 짧은 반응 시간 조건에서만 분해 산물의 색변화 및 분해율의 증가에 영향을 주었다 초염계수 가수분해는 반응 초기에 hemicellulose의 분해가, 반응 후기에는 cellulose 분해가 진행되었다. 반응 시간의 증가는 당화 수율을 향상시켰고 반응 온도의 증가는 $415^{\circ}C$까지는 당화 수율을 증가시켰지만 $415^{\circ}C$ 이상에서는 급격히 감소시켰다. 낮은 반응 온도조건에서 반응 압력의 증가는 당화 수율을 증가시컸지만, 높은 반응 온도 조건에서는 오히려 당화 수율을 감소시켰다. 확인된 당화 수율의 결과를 토대로 상수리나무 정상재의 최적 초엄계수 가수분해 조건은 $415^{\circ}C$, 23 MPa, 60초로 결정하였으며, 당화 수율은 2.68%로 확인되었다. 결정된 최적 조건에서 골목의 초임계수 가수분해를 실시한 결과 당화 수율이 3.58%로 정상재의 당화 수율보다 높았다. GC-MS를 이용한 수용성 분해산물의 분석 결과, 주요 분해 산물은 1,1'-oxybis-benzene과 1,2-benzendicarboxylic acid로 확인되었고, 낮은 분해율을 보인 반응 조건에서는 pentadecanoic acid, 14-methyl-heptadecanoic acid 등과 같은 지방산류가 공통적으로 검출되었다. 반응 온도 및 시간이 증가함에 따라 phenol, benzene류의 증가가 확연되었지만 비수용성 잔사에서는 반응 압력의 차이에 의한 분해 산물의 변화는 없었다. 비수용성 잔사의 성분 분석 결과 60.6~79.2%의 holocellulose를 함유하고 있었고, 산 촉매 가수분해에 의하여 49.2~67.5%의 당화 수율을 보여주었다. 희산을 이용한 수용성 분해산물의 2차 가수분해에 의하여 수용성 분해 산불 내 당화 수율이 큰 폭으로 향상되었다.

청주지역 도매 및 재래시장 유통 엽채류 중 잔류농약 모니터링 (Monitoring of Pesticide Residues in Leafy Vegetables Collected from Wholesale and Traditional Markets in Cheongju)

  • 노현호;박영순;강경원;박효경;이광헌;이재윤;엽경원;최송림;경기성
    • 농약과학회지
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    • 제14권4호
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    • pp.381-393
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    • 2010
  • 청주지역 유통 엽채류 중 농약잔류실태를 파악하기 위하여 2010년 6월과 8월 두 차례에 걸쳐 청주농수산물도매시장과 재래시장에서 상추 등 15종 엽채류 총 180점을 채취하여 103종의 농약을 대상으로 GC-ECD/NPD와 HPLC-DAD/FLD를 이용한 다성분 동시분석법으로 잔류농약을 분석하였다. 180점의 농산물 중 12점에서 7종의 농약이 검출되었으며, 검출율은 6.7%이었다. 6월에 채취한 시료에서는 근대를 포함한 6종의 농산물에서 tefluthrin 등 5종의 농약이 검출되었으며, 8월에 채취한 시료에서는 취나물을 포함한 3종의 농산물에서 pendimethalin 등 3종의 농약이 검출되었다. 검출농약 중 잔류허용 기준을 초과한 농약은 재래시장의 쑥갓에서 검출된 azoxystrobin 1종으로 잔류허용기준 초과율은 0.6%이었으며, 취나물에서 검출된 azoxystrobin과 부추에서 검출된 tefluthrin을 제외한 모든 검출농약은 해당 작물에 잔류허용기준이 설정되지 않은 농약이었다. 엽채류에서 검출된 농약의 일일섭취허용량은 일일섭취추정량의 7% 미만으로 안전한 것으로 판단되었다.

과숙김치의 생물.화학적 특성 (Characterization of Biological Chemistry from Over Ripened Kimchi)

  • 문영자;백경아;성창근
    • 한국식품영양학회지
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    • 제14권6호
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    • pp.512-520
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    • 2001
  • 한국의 대표적인 전통식품 중 하나인 김치의 발효시 문제가 되고 있는 저장성과 미생물의 과도 성장으로 인한 부패를 지연시키기 위한 방법을 모색하고자 과숙김치의 pH와 산도, 유기산, 효소활성 등의 이화학적 특성과 미생물학적 특성을 살펴 본 결과는 다음과 같다. 1. 김치의 발효초기단계에 pH는 급격히 감소하다가 산도가 0.5% 부근일 때부터 완만한 감소를 보였고 반면에 산도는 초기에는 완만히 증가하다가 pH가 4부근일 때부터 발효미생물의 영향으로 급격한 증가를 보였다. 2. 김치의 숙성과정시 생성되는 유기산은 oxalic acid, lactic acid, acetic acid, malic acid, succinic acid 등 이며, GC-MSD로 확인 작업을 하였다. 유기산들 중 lactic acid가 발효기간 중 가장 큰 변화를 보였으며, malic acid는 저장기간이 경과함에 따라 감소하였다. 3. 과숙김치에서 산도가 0.75%인 kimchi A의 acidic protease activity, lipase activity가 가장 높았고, Amylase activity는 산도 0.95%인 kimchi C가 가장 높았다. 4. 5가지 과숙김치 각각(A, B, C, D, E순으로)의 총균에서는 8.1$\times$$10^{5}$ , 4.7$\times$$10^4$, 1.2$\times$$10^3$, 3.2$\times$$10^4$, 4.9$\times$$10^{5}$ (CFU/ml)를 나타내었다. 유산균수는 1.0$\times$$10^{5}$ , 1.3$\times$10s, 1.2$\times$$10^3$, 2.3$\times$ $10^3$, 2.1$\times$$10^4$(CFU/ml)이 었다. 또한, 초산균수는 1.8$\times$$10^{5}$ , 9.3$\times$$10^4$, 7.0$\times$$10^1$, 4.5$\times$$10^4$, 5.3$\times$$10^3$(CFU/ml)으로 계수되었다.

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소면적 재배작물 산마늘(Allium ochotense Prokh.) 중 살균제 Tebuconazole 및 Fludioxonil의 잔류특성 (Residual characteristic of tebuconazole and fludioxonil in Allium victorialis (Allium ochotense Prokh.))

  • 우민지;허경진;김지윤;;김세원;허장현
    • 농약과학회지
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    • 제19권4호
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    • pp.354-360
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    • 2015
  • 본 연구는 소면적 재배작물인 산마늘을 대상으로 tebuconazole 및 fludioxonil의 잔류특성을 조사하여 잔류허용기준(MRL) 및 안전사용기준 설정을 위한 자료로 활용하고자 수행하였다. Tebuconazole 20% 액상수화제 및 fludioxonil 20% 액상수화제 농약을 기준량과 배량의 농도로 토양관주처리한 후, 15, 30, 45일차에 시료를 채취하여 분석하였다. 두 약제 모두 dichloromethane을 이용하여 분배하였으며, SPE-Silica cartridge와 SPE-$NH_2$ cartridge를 사용하여 정제한 후, GC/NPD를 이용하여 분석하였다. Tebuconazole과 fludioxonil의 회수율은 각각 108.8~119.5%, 91.3~104.8%였으며, 이 때의 분석검출한계는 모두 $0.01mg\;kg^{-1}$이었다. 산마늘 중 tebuconazole의 잔류량은 <$0.01{\sim}0.12mg\;kg^{-1}$이었으며, fludioxonil의 경우 $0.01{\sim}0.09mg\;kg^{-1}$이었다. 두 약제의 잔류량으로부터 산출한 ADI 대비 식이섭취율(% ADI)은 각각 17.44%, 25.75%로 산마늘 중 tebuconazole 및 fludioxonil에 대한 ADI 대비 식이섭취율(% ADI)은 80%를 초과하지 않으며, 식이를 통한 두 약제의 노출 위험도는 안전한 수준인 것으로 판단된다. 이에 따라 tebuconazole 20% 액상수화제 및 fludioxonil 20% 액상수화제는 산마늘의 병해를 방제하는데 활용할 수 있으며, 잔류농약 문제를 효율적으로 관리할 수 있을 것이라 판단된다.

Moutan radix의 mouse sarcoma 180 cell로 유발한 mouse ascites cancer에 대한 항암효과 (Potent Anticarcinogenic Action of Moutan radix for Mouse Ascites Cancer Induced by Mouse Sarcoma 180 Cells)

  • 반경녀;이은주;양민석;김정옥;하영래
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제38권4호
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    • pp.364-369
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    • 1995
  • 목단피의 mouse 복수암에 대한 항암성을 다른 생약제의 항암성과 비교하여 연구하였다. 천연생약제(목단피, 주목, 울금, 인경쓱, 여정실, 맥문동) methanol 추출물을 hexane, chloroform ($CHCl_3$), ethylacetate (EtOAc), butanol (BuOH)로 fractionation하여 mouse leukemia L1210 cell과 Sarcoma 180 (S-180) cell에 강한 독성을 나타낸 fraction에 대해 mouse 복수암 억제실험을 실시하였다. 복수형 종양세포 S-180을 ICR mouse (male, $6{\sim}7$주령, $23g{\pm}3g$, 처리당 7마리)의 복부에 주사 ($1{\times}10^{6}$ cells/0.1 ml PBS)한 1일 후 부터 10% DMSO에 용해한 시료 ($30{\mu}g/g$ body weight)를 매일 0.1ml씩 10일간 주사하고 수명연장 효과와 몸무게의 변화를 조사하였다. 처리 fraction 중에서 목단피의 EtOAc fraction이 가장 강한 항암성을 보였는데, 수명연장에서는 대조구의 17.2일 (100%)에 비하여 28.7일로서 167%로 연장되었으며, 체중 증가율도 대조구보다 낮았다 (p<0.05). 목단피의 농도별 (5, 10, 30, $60{\mu}g/g$ body weight) 항암효과는 $30{\mu}g$에서 가장 높았고, $60{\mu}g$처리구 에서는 독성이 나타났다. 목단피의 EtOAc fraction으로부터 GC-MS에 의해 잠정적으로 동정된 2-methoxyphenol, 1-(4-hydroxy-3- methoxyphenyl)-ethanone, 8-methyl-2,4(1H,3H)-pteridinedione, 2,5-furandicarboxylic dimethyl ester 가 mouse 복수암 억제에 관련이 있는 주요 화합물로 추정된다.

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$CO_{2}$$CO_{2}-O_{2}$ 시스템에서 알카놀아민류 흡수제를 이용한 $CO_{2}$ 흡수 및 흡수제 열화 특성 (Characteristics of $CO_{2}$ Absorption and Degradation of Aqueous Alkanolamine Solutions in $CO_{2}$ and $CO_{2}-O_{2}$ System)

  • 최원준;이종섭;한근희;민병무
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제49권2호
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    • pp.256-262
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    • 2011
  • 아민 흡수 공정에서 아민은 $O_{2}$ 및 고온에 의해 비가역반응을 일으키며, 이러한 현상을 열화반응이라 한다. 열화반응은 아민의 가치를 떨어뜨릴 뿐만 아니라 부식, fouling과 같은 문제를 일으킨다. 따라서, 본 연구에서는 여러가지 화학흡수제(MEA; monoethanolamine, AMP; 2-amino-2-methyl-propanol, DAM; 1,8-diamino-p-menthane)를 이용하여 i) 50, $120^{\circ}C$에서의 흡수평형, ii) $CO_{2}$$CO_{2}/O_{2}$ 계에서 흡수제의 열화에 따른 농도변화 및 초기열화속도상수, iii) 산소 $(O_{2})$에 의한 열화 영향을 살펴보았다. DAM은 흡수영역에서 MEA와 AMP에 비해 400~270% 높은 흡수평형부하를 보이며, MEA나 AMP에 비해 흡수/재생영역에서 흡수평형부하가 커 흡수능이 우수하였다. $CO_{2}$계에서 DAM의 초기열화속도상수는 $2.254{\times}10^{-4}$ $cycle^{-1}$로 MEA와 AMP의 $2.761{\times}10^{-4}$ $cycle^{-1}$, $2.416{\times}10^{-4}cycle^{-1}$에 비해 작아 열화가 늦게 진행되며, $O_{2}$ 주입시 초기열화속도상수는 1.3배 증가하여 2배 증가한 MEA보다 열화 영향이 적었다. 이러한, 일련의 열화반응은 GC chromatogram에서 새로운 peak의 생성과 FT-IR spectrum 분석을 통하여 확인할 수 있었다.