• Mycobiology
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• 제41권4호
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• pp.252-255
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• 2013

Fungal pathogens have caused severe damage to the commercial production of Pleurotus eryngii, the king oyster mushroom, by reducing production yield, causing deterioration of commercial value, and shortening shelf-life. Four strains of pathogenic fungi, including Trichoderma koningiopsis DC3, Phomopsis sp. MP4, Mucor circinelloides MP5, and Cladosporium bruhnei MP6, were isolated from the bottle culture of diseased P. eryngii. A species-specific primer set was designed for each fungus from the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 sequences. PCR using the ITS primer set yielded a unique DNA band for each fungus without any cross-reaction, proving the validity of our method in detection of mushroom fungal pathogens.

• 한국버섯학회지
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• 제18권1호
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• pp.72-78
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• 2020

2016년과 2017년 서천, 장흥, 부여, 여주에 소재하는 표고 재배사에서 진균성 병원균을 모니터링 하는 과정에서 Acrodontium crateriforme, Naganishia friedmannii, Pestalotiopsis trachicarpicola, Penicillium wollemiicola, Trichoderma thailandicum 등 5 종의 국내 미기록 진균을 재배사내 실내 공기, 버섯 파리, 버섯 배지재료 등에서 분리하였다. 이들 진균은 PDA 배양하여 생장시키면서 형태적 특성 조사하고 26S rDNA, 28S rDNA, β-TUB 유전자, TEF 유전자 등을 PCR 기술로 증폭하고 그 염기서열 분석을 수행하여 동정하였다. 본 논문에서는 이들의 분류학적 위치와 위해성에 대해 보고하고자 한다.

• Journal of Microbiology
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• 제39권2호
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• pp.126-132
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• 2001

For rapid and secure differentiation of P. infestans from other Phytophthora species, two fragments obtained from randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) profiles were selected as markers. Also, primers for in polymerase chain reaction (PCR) to detect P. infestans specifically were developed by analyzing the sequences of ITSII regions in rDNA of Phytophthora species. The primers, PISP-1 and ITS3 amplified a single. Fragment 450 bp of about in P. infestans, but not in other fungal or bacterial isolates. Annealing temperatures and template DNA quantities were varied for the optimization of PCR conditions. From the result of the PCR detection study, species-specific primers were selected under annealing temperatures ranging from 55$^{\circ}C$ to 61$^{\circ}C$, and template DNA levels ranging from 10 pg to 100 ng.

• The Plant Pathology Journal
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• 제32권1호
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• pp.53-57
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• 2016

Major diseases in grafted cacti have been reported and Fusarium oxysporum, Bipolaris cactivora, Phytophthora spp. and Collectotrichum spp. are known as causal pathogens. These pathogens can lead to plant death after infection. Therefore, some European countries have quarantined imported cacti that are infected with specific fungal pathogens. Consequently, we developed PCR detection methods to identify four quarantined fungal pathogens and reduce export rejection rates of Korean grafted cacti. The pathogen specific primer sets F.oF-F.oR, B.CF-B.CR, P.nF-P.nR, and P.cF-P.CR were tested for F. oxysporum, B.cactivora, P. nicotinae, and P. cactorum, respectively. The F.oF-F.oR primer set was designed from the Fusarium ITS region; the B.CF-B.CR and P.nF-P.nR primers respectively from Bipolaris and Phytophthora ITS1; and the P.cF-P.CR primer set from the Ypt1protein gene region. The quarantine fungal pathogen primer pairs were amplified to the specific number of base pairs in each of the following fungal pathogens: 210-bp (F. oxysporum), 510-bp (B. cactivora), 313-bp (P. nicotinae), and 447-bp (P. cactorum). The detection limit for the mono- and multiplex PCR primer sets was 0.1 ng of template DNA under in vitro conditions. Therefore, each primer set successfully diagnosed contamination of quarantine pathogens in export grafted cacti. Consequently, our methodology is a viable tool to screen contamination of the fungal pathogen in exported grafted cacti.

• Mycobiology
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• 제40권2호
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• pp.94-99
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• 2012

During an investigation of fungi from an elm tree infested with bark beetles in Korea, one isolate, DUCC401, was isolated from elm wood. Based on morphological characteristics and phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer and 28S rDNA (large subunit) sequences, the isolate, DUCC401, was identified as Mariannaea samuelsii. Mycelia of the fungus grew faster on malt extract agar than on potato dextrose agar and oatmeal agar media. Temperature and pH for optimal growth of fungal mycelia were 25oC and pH 7.0, respectively. The fungus demonstrated the capacity to degrade cellobiose, starch, and xylan. This is the first report on isolation of Mariannaea samuelsii in Korea.

• Applied Biological Chemistry
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• 제47권2호
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• pp.182-186
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• 2004

아바스큘라 내생균근(arbuscular mycorrhizae, AM) 균은 대부분의 육상식물 뿌리와 공생하며, 식물의 성장에 도움을 주는 균이다. 인삼은 다년생 식물로서 뿌리를 약재로 사용하는 대표적인 약재 중 하나이다. 본 연구에서는 우리나라 8개 지역에서 인삼을 채집하여 AM 균을 염색을 통하여 형태적으로 관찰하고, 분자생물학적인 방법을 사용하여 뿌리내에 공생하는 다양한 AM 균을 확인하였다. 인삼의 뿌리에 감염되어 있는 AM 균을 염색하여 형태적으로 관찰한 결과 감염률이 낮고 흐리게 염색되었다. 또한 균사와 vesicle 이 발견되었고 이들은 Arum type 으로 판단되지만 arbuscule을 관찰하지 못했기 때문에 Arum-type으로 단정하기는 어려웠다. 식물 내에 공생하는 AM균들의 종류를 확인하기 위하여 채집된 인삼의 뿌리에서 내생균근 균의 DNA를 AM균에 특이적인 18s rDNA primer를 이용한 nested PCR을 수행하여 AM 균의 18S rDNA중 일부를 확보하였다. 증폭된 DNA는 클로닝을 통해서 개별 내생균근 균 종의 염기서열들로 분리하였고, 이들은 AluI, HinfI과 같은 제한 효소를 사용하여 RELP하였다. RELP 패턴에 따라 그룹을 나누어, 각 그룹에서 1개씩 염기서열 분석을 수행하였다. 염기서열은 기존의 서열과의 유사성과 계통 관계의 분석을 통하여 모두 AM균인 것으로 확인되었고, 다음 2개의 종과 가장 유사한 것으로 판단되었다; Paraglomus brasilianum, Glomus spurcum이 중 Paraglomus에 속하는 종인 P. brasil-ianum. 이 인삼의 뿌리에서 공통적으로 관찰되어 이들 균과 인삼과의 특이적 관계에 관하여 추측할 수 있었고, G. spurcum은 유사한 것으로 분석된 염기서열들이 계통도 상에서 특이한 분지를 형성하는 것으로 나타났는데, 이들 분지에 대해서는 확충된 염기서열들과 비교 분석과 같은 연구가 필요한 것으로 생각된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권8호
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• pp.743-748
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• 2009

Fungal diversity during composting was investigated by culture-independent rDNA sequence analysis. Composting was carried out with pig manure and mushroom cultural waste using a field-scale composter (Hazaka system), and samples were collected at various stages. Based on partial sequence analysis of large subunit (LSU) ribosomal RNA (rRNA) and sequence identity values, a total of 12 different fungal species were found at six sampling sites; Geotrichum sp., Debaryomyces hansenii, Monographella nivalis, Acremonium strictum, Acremonium alternatum, Cladosporium sphaerospermum, Myriangium durosai, Pleurotus eryngii, Malassezia globosa, Malassezia restricta, Rhodotorula glutinis, and Fusarium sporotrichioides. Geotrichum sp. of the class Saccharomycetes was the most predominant fungal species throughout the composting process (185 out of a total of 236 identified clones, or 78.4%), followed by Acremonium strictum (7.6%), Monographella nivalis (5.1%), and Pleurotus eryngii (3.8%). The prevalence of Geotrichum sp. was the lowest (61.1%) at the beginning of composting, and then gradually increased to 92.5% after 10 days of composting.

• 한국균학회지
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• 제44권1호
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• pp.8-15
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• 2016

진균 오염은 톱밥배지를 이용한 실내 표고 재배에 있어서 피해를 주는 요인 중 하나이다. 표고 재배사를 대상으로 진균을 모니터링하는 중, 재배사의 실내공기와 재배사내에서 채집한 버섯파리로부터 여러 진균을 분리 동정하였다. 동정된 진균 중에는 Mucor nidicola, Perenniporia medulla-panis, Discosia artocreas, Pseudozyma prolifica, Ascochyta hordei 등을 국내 미기록종으로 보고하고, Penicillium charlesii와 Penicillium brevicompactum의 국내존재를 확인하였다. 본 논문에서는 이들 미기록 균류에 대한 형태적 특성과 더불어 internal transcribed spacer (ITS) rDNA region 또는 calmodulin 유전자 염기서열에 기반한 계통학적 관계에 대해 기술하였다.

• 한국균학회지
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• 제22권2호
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• pp.117-121
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• 1994

여름느타리버섯 Pleurotus sajor-caju 균주를 인디아, 파푸아뉴기니아를 포함한 5개국으로부터 수집하였다. 파푸아뉴기니아 균주는 흰색 자실체를 형성하나 나머지 4개 지역 균주는 갈색 자실체를 형성하였다. 갈색 자실체와 백색 자실체로부터 각각1핵 균주를 얻어 서로 교배하였다. 그들은 다른 교배형을 나타냈으며 갈색종은 $A_1A_2B_1B_2$이었고 백색종은 $A_3A_4B_3B_4$이었다. 여름느타리버섯 5개 균주의 균사체에서 DNA를 분리하였으며, 미토콘드리아 DNA는 bisbenzimide-CsCl 초원심 분리에 의해 핵 DNA와 분리되었다. 5개 균주중 2개 균주의 미토콘드리아 DNA는 EcoRI 제한효소 패턴이 다르게 나타났다. 분리된 각 band의 절편 크기를 합산한 미토콘드리아 DNA크기는 60-65 kb로 추정되었다.

• 한국균학회지
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• 제44권3호
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• pp.132-137
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• 2016

A unrecorded hyphomycete species of Phialocephala was isolated for the first time during the investigation of fungal community in the soil samples collected from different regions of Korea. The fungal isolate was identified as Phialocephala lagerbergii, based on the morphological characteristics and phylogenetic analysis of the ribosomal DNA sequence. In addition, cultural and micro-morphological features were described in detail.