• 제목/요약/키워드: Fragment size

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HQSAR Study of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase (mPGES-1) Inhibitors

  • San Juan, Amor A.;Cho, Seung-Joo;Cho, Hoon
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제27권10호
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    • pp.1531-1536
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    • 2006
  • Microsomal prostaglandin $E_2$ synthase (mPGES-1) is an enzyme that is associated with inflammation, pain, fever and cancer. Hologram quantitative structure activity relationship (HQSAR) was conducted on the series of MK-886 compounds acting as mPGES-1 inhibitors. A training set with 24 compounds was used to establish the HQSAR model. The best model was chosen based on the cross-validated correlation coefficient ($q^2$=0.884) and the correlation coefficient($r^2$=0.976). The model was utilized to predict the activity of the eight-test set of compounds giving the predictive $r^2$ value of 0.845. The descriptors of the model are based on fragment distinction (atoms, bond and connectivity) and fragment size (2-5 atoms). The atomic contribution maps generated from HQSAR were useful in identifying the important structural features responsible for the inhibitory activity of MK-886 inhibitors. Based on the generated model, the presence of hydrophobic biphenyl group seems to enhance inhibition of mPGES-1 that is in agreement with the previous experiments. In addition, it seems important for a halogen to be substituted to the biphenyl ring and for an acyl group to be attached to the indole moiety for enhanced activity.

팽나무버섯 균사체에서 ${\beta}-isopropylmalate$ dehydrogenase(Leu 2) gene 의 cloning 및 E. coli에서 발현 (Cloning and Expression of Leu 2 Gene (${\beta}-isopropylmalate$ dehydrogenase) from the Basidiomycete Flammulina velutipes in E. coli)

  • 변명옥;유영복;고승주;유창현;차동열;박용환
    • 한국균학회지
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    • 제17권1호
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    • pp.35-38
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    • 1989
  • 팽나무버섯 균사체 DNA를 대장균 프라스미드인 PBR322를 이용하여 gene library를 작성 하였다. 팽나무버섯에서 ${\beta}-isopropyl$ malate dehydrogenase 유전자 클론을 얻었으며 이 클론은 대장균 Leucine 요구성 균주를 complementation 시켰다. 이 클론의 팽나무버섯 DNA 크기는 약 lKb였으며 BamH1과 Ava 1 제한효소 절단부위를 지니고 있었다.

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Hologram Based QSAR Analysis of Caspase-3 Inhibitors

  • Sathya., B
    • 통합자연과학논문집
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    • 제11권2호
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    • pp.93-100
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    • 2018
  • Caspases, a family of cysteinyl aspartate-specific proteases plays a central role in the regulation and the execution of apoptotic cell death. Caspase-3 has been proven to be an effective target for reducing the amount of cellular and tissue damage because the activation of caspases-3 stimulates a signalling pathway that ultimately leads to the death of the cell. In this study, Hologram based Quantitative Structure Activity Relationship (HQSAR) models was generated on a series of Caspase-3 inhibitors named 3, 4-dihydropyrimidoindolones derivatives. The best HQSAR model was obtained using atoms, bonds, and hydrogen atoms (A/B/H) as fragment distinction parameter using hologram length 61 and 3 components with fragment size of minimum 5 and maximum 8. Significant cross-validated correlation coefficient ($q^2=0.684$) and non cross-validated correlation coefficients ($r^2=0.754$) were obtained. The model was then used to evaluate the eight external test compounds and its $r^2_{pred}$ was found to be 0.559. Contribution map show that presence of pyrrolidine sulfonamide ring and its bulkier substituent's makes big contributions for improving the biological activities of the compounds.

Orbital wall restoring surgery with primary orbital wall fragments in blowout fracture

  • Kang, Dong Hee
    • 대한두개안면성형외과학회지
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    • 제20권6호
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    • pp.347-353
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    • 2019
  • Most orbital surgeons believe that it's difficult to restore the primary orbital wall to its previous position and that the orbital wall is so thin that cannot be firmly its primary position. Therefore, orbital wall fractures generally have been reconstructed by replacing the bony defect with a synthetic implant. Although synthetic implants have sufficient strength to maintain their shape and position in the orbital cavity, replacement surgery has some drawbacks due to the residual permanent implants. In previous studies, the author has reported an orbital wall restoring technique in which the primary orbital wall fragment was restored to its prior position through a combination of the transorbital and transantral approaches. Simple straight and curved elevators were introduced transnasally to restore the orbital wall and to maintain temporary extraorbital support in the maxillary and ethmoid sinus. A transconjunctival approach provided sufficient space for implant insertion, while the transnasal approach enabled restoration of the herniated soft tissue back into the orbit. Fracture defect was reduced by restoring the primary orbital wall fragment to its primary position, making it possible to use relatively small size implant, furthermore, extraorbital support from both sinuses decreased the incidence of implant displacement. The author could recreate a natural shape of the orbit with the patient's own orbital bone fragments with this dual approach and effectively restored the orbital volume and shape. This procedure has the advantages for retrieving the orbital contents and restoring the primary orbital wall to its prior position.

알카리 내성 Bacillus sp. YA-14의 Pectate Lyase 유전자의 클로닝과 발현 (Cloning of Pectate Lyase Gene of Alkali-tolerant Bacillus sp. YA-14 and Its Expression in Escherichia coli)

  • Yu, Ju-Hyun;Park, Yoon-Suk;Kim, Jin-Man;Kong, In-Soo;Chung, Yong-Joon
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제16권4호
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    • pp.316-319
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    • 1988
  • 토양으로부터 분리한 알카리내성 Bacillus sp. YA-14의 Pectate lyase(PL) 유전자를 E. coli에 cloning하여 제조한 재조합 plasmid pYPC29는 삽입 된 1.6kb 단편내에 PL 유전자를 함유하고 있었으며, 이 외래 DNA가 Bacillus sp. YA-14의 chromosomal DNA에서 유래된 것임을 Southern hybridization을 통하여 확인하였다. 재조합 plasmid pYPC29는 E. coli내에서 안정하게 존재하였으며 이를 함유한 재조합체의 전체 PL 활성 중 약 70%가 periplasmic space에 존재하였다.

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GBⅠ-Ⅱ 와 관련된 Cyclic Peptide 들의 합성과 단백질 분해 효소에 대한 저해활성 연구 (Synthesis of Cyclic Peticdes Related to GBⅠ-Ⅱand Study of Their Inhibitory Activity for Proteinases)

  • 강신원;허남원
    • 대한화학회지
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    • 제34권3호
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    • pp.288-296
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    • 1990
  • GBⅠ-Ⅱ의 antielastic 고리과 LBI의 antitryptic 고리는 $P_1$ 위치의 아미노산 잔기만 차이가 있으며 나머지 모든 아미노산 잔기는 동일하다. Inhibitor의 $P_1$을 키모트립신에 효과적인 특이성이 있다고 알려진 Tyr 잔기로 치환시킨 cyclic nonapeptide와 저해작용에 필수적으로 생각되는 5개의 아미노산 잔기만으로 선정된 cyclic pentapeptide 유도체를 액상법으로 합성하였다. 이들 펩티드 유도체를 3종의 단백질 분해효소에 작용시켜 그 저해활성을 측정한 결과 cyclic nonapeptide는 키모트립신에는 저해작용이 없었고 의외로 에라스타제와 트립신에 저해활성이 있었다. 또한 cyclic pentapeptide는 키모트립신에만 저해활성이 있었다.

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한국산 무미류에 대한 유전학적 연구 : 청개구리속 2종(Hyla japonira, H. suweonensis)에 대한 mtDNA의 크기 및 제한효소 인식위치의 변이 (Genetic Studies on Korean Anurans: Length and Restriction Site Variation in the Mitochondrial DNA of Tree Frogs, Hyla japonica and H. suweonensis)

  • 이혜영;박창신
    • 한국동물학회지
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    • 제35권2호
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    • pp.219-225
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    • 1992
  • The genetic variation in mitochondrial DNA (mtDNA) was analysed within and between two species of tree frogs. Hyla japonica and H. suweonensis from South Korea. Purified mtDNAs were digested with each of 11 restriction enLvmes which cleave at six base recognition sequences. The genome size of H. iaponica revealed ho types (20.0 $\pm$ 0.3 and 19.6 $\pm$ 0.3 kb) and this difference is explained by either addition or deletion of about 0.4 kb fragment. On the other hand, the genome sire of H. suueonensis was about 19.0 $\pm$ 0.4 kb only. For the analysis, level of fragment homology (F) and nucleotide sequence divergence (p) were estimated from comparisons of digestion profiles. Among four populations of H. iaponica, substantial mean sequence divergence was 0.017 (range 0.001-0.026); between identical types, 0.001 IslilaRl type) and 0.004 (Large type) respectively; between different ones, 0.024 (range 0.023-0.026). The level of sequence divergence between he species was 0.142 (range 0.131-0.146). This result suggested that he species ㅂwere distinctly differentiated species. The divergence time between ko species was estimated 7.1 million years.

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무선 센서 네트워크를 위한 비동기 적응형 메시지 전달 기법 (Asynchronous and Adaptive Massage Passing Scheme for Wireless Sensor Networks)

  • 정종균;나인호
    • 한국지능시스템학회논문지
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    • 제23권3호
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    • pp.196-201
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    • 2013
  • 본 논문에서는 무선 센서 네트워크에서 발생하는 에너지 효율성 문제를 해결하기 위해 S-MAC 기반의 비동기 적응형 메시지 전달 기법을 제안한다. 제안된 기법은 패킷 충돌이나 간섭에 의해 발생하는 전송오류와 버퍼 오버플로우로 인한 혼잡 손실을 구별하는 차별화 전략과 트래픽 부하 변화에 따라 단편의 크기를 적응적으로 조절하는 기법으로 구성된다. 특히, 패킷 전송 차별화 기법을 사용하여 단편의 크기가 필요 이상으로 축소하지 않도록 제어함으로써 메시지에 대한 총 전송시간이 증가되지 않도록 방지하여 전송을 위한 에너지 사용을 최소화하도록 한다. 마지막으로 시뮬레이션 분석결과를 통해 본 논문에서 제안한 기법이 에너지 효율성 및 전송 지연 측면에서 S-MAC 기반의 메시지 전달 기법보다 성능이 우수함을 보인다.

기초콘크리트 구조물의 발파해체를 위한 발파설계 (Blast Design for Explosive Demolition of Concrete Foundation)

  • 박훈;박형기;석철기;이영섭;가네꼬 카츠히꼬초
    • 화약ㆍ발파
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    • 제30권1호
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    • pp.9-16
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    • 2012
  • 구조물의 노후화와 기능성 상실에 따른 해체 수요가 증가하고 있으며, 다양한 해체 기술이 개발되어왔다. 대규모 기초콘크리트의 경우에는 구조적 특성에 의한 일부 기계식 해체공법의 적용에 제한이 있으며, 지반진동에 의한 주변 환경의 영향으로 최근에는 발파해체공법을 적용하거나 발파해체와 기계식 해체를 혼합한 공법을 적용하고 있다. 본 연구에서는 기초콘크리트 발파해체 설계 시 비장약량과 입지상수, 감쇄지수와의 관계식, 콘크리트의 평균 파쇄도와 비장약량과의 관계식을 통해 평균 파쇄도와 지반진동속도를 비교하였다.

선박환경에서 에너지 효율성을 고려한 TDMA기반 고속 WPAN시스템의 전송파라미터 분석 (Energy Efficient Transmission Parameters Analysis of TDMA Based HR-WPAN System for Ship Environment)

  • 박영민;이우영;이성로;이연우
    • 한국통신학회논문지
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    • 제34권9A호
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    • pp.712-718
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    • 2009
  • 본 논문에서는 선박용 해양텔레매틱스(Maritime Telematics)를 위한 무선 PAN(WPAN: Wireless Personal Area Network) 시스템의 에너지 효율성을 결정하는 전송파라미터를 분석하여 최적의 전송파라미터 선택 방안을 제시한다. 본 논문에서 고려하는 WPAN 시스템은 IEEE 802.15.3의 TDMA 기반의 HR(high rate)-WPAN으로 선박네트워크에 적용할 경우에 고려 되어야하는 전송 파라미터를 분석하고 에너지를 절약할 수 있는 전송파라미터 결정방식에 대하여 제안한다. 특히 선박환경에서 에너지 소모량과 밀접한 채널 파라미터인 경로손실(path loss)을 결정하는 선박의 구성재질(철골구조의 대형선박, FRP소재의 중소형선박)과 HR-WPAN 전송파라미터들에 따른 에너지소모량을 분석하고 에너지 효율성을 극대화할 수 있는 선택방안을 제시한다. 시뮬레이션 결과 각 선박환경에 따라 전송률 선택방식, 전송전력 조절 방식 및 데이터 분할(fragment)크기의 선택에 따라 에너지 효율성능이 결정됨을 보였고 최적의 선택방안을 제시하였다.