• 한국수산과학회지
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• 제48권5호
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• pp.798-804
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• 2015

The distributions of demersal fish along the coast of the South Sea, Korea, were estimated from a hydroacoustic survey and bottom trawl catches in April of 2015. Acoustic data were collected at 38 kHz, and converted into the nautical area scattering coefficient (NASC, m²/n·mile²) for 0.1 n∙mile along eight transects during day and nighttime. Various demersal fish species were collected and the dominant species comprised no more than half of the catch. The estimated acoustic density of demersal fish compared well with the cumulative catch weight from bottom trawl catches in daytime, but showed a low correlation at nighttime. The NASC of pelagic fish determined for anchovy was correlated with water temperature. The combined hydroacoustic and trawl method can be used to understand the spatial/temporal structure and estimate the density of demersal fish in coastal areas.

• 한국수산과학회지
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• 제50권4호
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• pp.421-428
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• 2017

The spatial distribution and abundance of fish species was estimate near Dok-do, East Sea of Korea by conducting midwater trawl survey with hydroacoustic method. Acoustic and midwater trawl data were collected onboard the R/V Tamgu 21 during 7-8 March 2016. Acoustic data were collected at the frequencies of 38 and 120 kHz and converted to nautical area scattering strength ($m^2/nmile^2$). Species are distributed mainly over an extent of 30-55 m, generally around southwest of Dok-do; the squid Watasenia scintillans was the dominant species found. The length-weight function and target strength of squid and other fishes were used to estimate the W. scintillans stock at 2499.1 tons and other fish at 43.8 tons during the winter season. The hydroacoustic method offers an approach for the determination of the biomass and vertical and spatial distributions of species aggregating near Dok-do, East Sea of Korea.

• Applied Microscopy
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• 제51권
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• pp.4.1-4.12
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• 2021

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique to visualize specific DNA/RNA sequences within the cell nuclei and provide the presence, location and structural integrity of genes on chromosomes. A confocal Whole Slide Imaging (WSI) scanner technology has superior depth resolution compared to wide-field fluorescence imaging. Confocal WSI has the ability to perform serial optical sections with specimen imaging, which is critical for 3D tissue reconstruction for volumetric spatial analysis. The standard clinical manual scoring for FISH is labor-intensive, time-consuming and subjective. Application of multi-gene FISH analysis alongside 3D imaging, significantly increase the level of complexity required for an accurate 3D analysis. Therefore, the purpose of this study is to establish automated 3D FISH scoring for z-stack images from confocal WSI scanner. The algorithm and the application we developed, SHIMARIS PAFQ, successfully employs 3D calculations for clear individual cell nuclei segmentation, gene signals detection and distribution of break-apart probes signal patterns, including standard break-apart, and variant patterns due to truncation, and deletion, etc. The analysis was accurate and precise when compared with ground truth clinical manual counting and scoring reported in ten lymphoma and solid tumors cases. The algorithm and the application we developed, SHIMARIS PAFQ, is objective and more efficient than the conventional procedure. It enables the automated counting of more nuclei, precisely detecting additional abnormal signal variations in nuclei patterns and analyzes gigabyte multi-layer stacking imaging data of tissue samples from patients. Currently, we are developing a deep learning algorithm for automated tumor area detection to be integrated with SHIMARIS PAFQ.

• 한국어병학회지
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• 제28권2호
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• pp.99-107
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• 2015

Despite its economic importance as an aquaculture species, the molecular and genetic information regarding physiologically important elements in rock bream (Oplegnathus fasciatus) is not completely understood. Rab proteins play a vital role in cellular mechanisms and immunity as one of the key regulators of membrane trafficking. In this investigation, a Rab gene, named as RbRab-5C-like, was identified from Oplegnathus fasciatus. RbRab-5C-like protein exhibited high homology with Rab proteins of other species and possessed signature characteristics of Rab proteins with four conserved cysteine residues. Phylogenetic analysis showed that RbRab-5C-like clustered with other fish counterparts. The RbRab-5C-like genomic sequence possesses six exons and five introns. Transcriptional analysis revealed that RbRab-5C-like was ubiquitously expressed in all examined tissues with the highest expression occurring in the liver. While the structural and homologic characteristics of RbRab-5C-like suggest a strong conservation of this element in different species, its mRNA distribution implies a wide range of biological significance in rock bream.

• 한국어병학회지
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• 제11권1호
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• pp.29-33
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• 1998

양식 조피볼락에 기생하는 단생흡충류인 Microcotyle sebastis의 분포패턴을 아가미 새궁별, 새엽별(전방과 후방) 및 등면, 중앙면, 복면으로 구분하여 조사하였다. 조사 결과 M. sebastis는 제 2 및 제 3 새궁에 유의성 있는 선호도를 나타냈으며, 후방보다는 전방부의 새엽과 중앙 부위에서 집중적으로 발견되었다. 이러한 결과로 부터 각 아가미 새엽으로 들어오는 물의 양과 아가미의 표면적이 M. sebastis의 분포에 영향을 미칠 수 있는 것으로 여겨지며, 또한 전방 중앙부에 집중적으로 기생하는 원인은 미소서식처의 범위를 좁힘으로써 개체간의 접촉을 증가시기고, 이를 통해 교미의 효율을 높이기 위한 것으로 사료된다.

• 해양환경안전학회지
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• 제29권7호
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• pp.802-811
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• 2023

해양공간계획(Marine spatial planning)은 해양의 합리적인 이용과 지속 가능한 해양 공간 활용을 위한 중요한 요소이다. 특히 어업활동 보호구역은 지속 가능한 어업을 위한 핵심 용도구역으로, 해양공간계획 경계 내에서 약 45.6%를 차지한다. 그러나, 현재 어업활동보호구역의 지정과 평가는 미래 수요와 잠재적 가치를 충분히 반영하지 못하고 있으며, 중장기 계획 수립을 위한 보다 합리적인 평가 방법과 예측 도구가 필요한 상황이다. 이러한 문제를 해결하기 위해, 본 연구는 어업활동보호구역 내 주요 어종인 고등어, 갈치, 멸치, 참조기를 대상으로 어종 분포 예측을 시도하고, 현재 용도구역과의 비교를 통해 예측 도구의 가능성을 평가하였다. 한편, IPCC 6차 기후변화 시나리오(SSP1-2.6 및 SSP5-8.5)를 적용한 종분포 모델(MaxEnt)을 사용하여 미래 기후변화에 따른 어종의 이동 및 분포 변화를 분석한 결과, 고등어, 갈치, 참조기의 분포 면적은 현재보다 약 28~86% 증가했으나, 멸치의 분포 면적은 약 6~11% 감소했다. 이 결과를 바탕으로 주요 4종의 종풍부도 지도를 작성하였으며, 해양공간계획 경계 내에서 '높음'으로 평가된 종풍부도 해역과 어업활동보호구역이 중복되는 비율은 약 15%, SSP1-2.6 시나리오에서 21%, SSP5-8.5 시나리오에서 34%로 증가하였다. 연구 결과는 향후 용도구역 평가나 유보구역 변경 시 과학적 근거로 활용될 수 있으며, 어종의 현재 종분포와 기후변화에 따른 분포 예측을 통해 현재 용도구역 평가의 한계를 보완하고, 지속 가능한 유용 해양 자원의 이용을 위한 계획 수립에 기여할 것으로 판단된다.

• 수산해양기술연구
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• 제50권4호
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• pp.476-486
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• 2014

This study is aimed to understand the vertical distribution of fish in the daytime and nighttime using an acoustic survey in Yondam reservoir of Jeollabuk-do, and an acoustical backscattering strength of dominant species, bass (Micropterus salmoides) and a bluegill (Lepomis macrochirus), which are classified as the ecosystem disturbing species. The results showed that the fish school was distributed in the shallow areas of less than 10 m depth during the period of Aug. and Oct. where it had a strong thermocline, otherwise, it was distributed over 10-times density under stable water temperatures as $13^{\circ}C$ in Nov. There was no vertical patchiness difference between daytime and nighttime unlike the typical marine ecosystem. The dominant species were crucian carp, bluegill, bass. The hydroacoustic method can provide the spatial distribution and effective removal ways of the ecosystem disturbing species in inland fisheries.

• 한국습지학회지
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• 제6권1호
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• pp.149-166
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• 2004

한강 하구의 염분 및 생태 환경에 관한 연구를 위하여 기존에 발표된 논문과 국립수산과학원의 국가해양환경측정망 자료를 이용하여 한강 하구의 염분 분포 특성을 구명하였으며, 염분과 연관하여 동식물플랑크톤, 저서생물 및 어류플랑크톤의 분포를 논의하였다. 염분의 시공간적 분포를 고려할 때 인천북항 주변 해역은 계절에 무관하게 연중 한강 유입수의 직접적인 영향을 받고 있으며, 담수 유입량이 많은 하계에는 팔미도 해역까지 담수 영향권이 확대되었다. 반면 해수의 직접적인 영향을 받는 상한선은 한강 본류인 경기도 김포시 고촌면 신곡리의 신곡수중보에 이르며, 해침이 상시적으로 발생하는 수역은 이보다 더 하류인 경기도 김포시 하성면 전류리로 판단된다. 동식물플랑크톤의 분포는 담수 및 해수 지역에서 혼재되어 분포하며, 일반적으로 염분의 분포 범위보다 훨씬 광범위한 분포를 보였다. 그러나 기수성 어류플랑크톤은 매우 제한된 수역에 분포하는 반면, 성어는 그 분포범위가 담수에서 해수에 이르는 광범위한 분포를 보였다. 경험적 분석에 의한 한강하구 환경의 문제점은 1)한강 하구 및 유수지역의 개발 압력에 따른 환경 파괴, 2)갯벌 매립에 의한 조간대 상실, 3)군사용 철책에 의한 육수전이환경(陸水轉移環境)의 생태적 단절이 매우 심각하였다.

• 수산해양기술연구
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• 제35권2호
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• pp.178-195
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• 1999

낙동강 하구 주변 해역에서 1987년 2월부터 1988년 1월까지 1년 동안 매월 소형 기선저인망(otter trawl)을 이용하여 어류의 종조성 및 계절변동을 조사하였다. 조사기간 동안 100개 어종에 속하는 23,008마리의 어류가 채집되었다. 가장 많이 채집된 어종은 실양태(Repomucenus valenciennei), 흰베도라치(Pholis fangi), 주둥치(Leiognathus nuchalis), 전갱이(Trachurus japonicus), 밴댕이 (Sardinella zunasi)였는데, 이들 5어종은 총 개체수의 63.0%와 생체량의 47.8%를 차지하였다. 계절별 우점종을 보면, 봄에는 흰베도라치와 실양태, 여름에는 실양태와 참서대(Cynoglossus joyneri), 가을에는 열동가리돔(Apogon lineatus)과 청멸(Thryssa kammalensis), 그리고 겨울에는 설양태, 주둥치, 밴댕이 등이 우점종으로 나타났다.어종수, 채집 개체수 및 종다양도지수는 뚜렷한 계절 변동을 보였다. 또한 어종 수 및 채집 개체수는 정점에 따라 차이를 보였는데, 낙동강 하구쪽으로 갈수록 어종수 및 채집 개체수가 감소하였다. 수온은 어류 종조성의 계절변동에 가장 큰 영향을 주는 요인이었으며, 염분은 어류의 공간 분포에 영향을 주는 것으로 나타났다.

• 대한원격탐사학회지
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• 제38권6_1호
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• pp.1329-1341
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• 2022

해양환경 및 해양생태계를 파괴하고 해양사고의 원인이 되는 해양쓰레기는 매년 늘어나고 있으나 그 중 해양침적쓰레기는 해저에 위치해 있어 파악과 수거에 어려움이 있다. 이에 효율적인 수거와 분포량 파악을 위해 수중촬영 이미지를 이용하여 폐그물과 폐밧줄을 대상으로 딥러닝 기반의 의미론적 분할을 실험하였다. 분할에는 최신 딥러닝 기법인 high-resolution network (HRNet)을 사용하고 최적화 알고리즘(optimizer) 별 성능 비교를 하였다. 분할 결과 그물에서는 adaptive moment estimation (Adam), Momentum, stochastic gradient descent(SGD) 순으로 F1 score=(86.46%, 86.20%, 85.29%), IoU=(76.15%, 75.74%, 74.36%) 이며, 밧줄은 F1 score=(80.49%, 80.48%, 77.86%), IoU=(67.35%, 67.33%, 63.75%)로 그물과 밧줄에서 모두 Adam의 결과가 가장 높게 나타났다. 연구 결과를 통해 optimizer 별 분할 성능 평가와 최신 딥러닝 기법의 해양침적쓰레기 분할에 대한 가능성을 확인하였다. 이에 따라 수중촬영 이미지를 통한 해양침적쓰레기 식별에 최신 딥러닝 기법을 적용시킴으로써 육안을 통한 식별보다 정확하고 효율적인 식별을 통해 해양침적쓰레기의 분포량 산정에 기여할 수 있을 것으로 사료된다.