• 제목/요약/키워드: F gene

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Functional Analysis of the marB gene of Escherichia coli K-12

  • Lee, Chang-Mi;Park, Byung-Tae
    • 대한의생명과학회지
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    • 제10권2호
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    • pp.153-161
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    • 2004
  • Antibiotic resistance is often associated with the production of inner membrane proteins (for example, AcrAB/TolC efflux pump) that are capable to extrude antibiotics, detergents, dyes and organic solvents. In order to evaluate the unknown MarB function of Escherichia coli, especially focused on the function of OmpF porin, several mutants were construted by T4GT7 transduction. MarA plays a major roles in mar (multiple antibiotic resistance) phenotype with AcrAB/TolC efflux pump in E. coli K-12. Futhermore, MarA decreases OmpF porin expression via micF antisense RNA. Expression of acrAB is increased in strains containing mutation in marR, and in those carrying multicopy plasmid expressing marA. MarB protein of E. coli K-12 showed its activity at OmpF porin & TolC protein as target molecule. Some paper reported MarB positively regulates OmpF function. MarA shows mar phenotype, and MarB along with MarA show decreased MIC through OmpF function. By this experiment, MarB could decrease MIC through the OmpF porin & TolC protein as target.

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RIN-m5F 세포에서 야관청혈탕(夜關淸血湯)이 인슐린 분비에 미치는 영향 (Effect of YCT on Insulin Secretion in RIN-m5F Cells)

  • 김진미;조충식;김철중
    • 대한한의학회지
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    • 제31권4호
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    • pp.20-37
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    • 2010
  • Objective: This study was performed to investigate the effect of Yagwan-cheunghyeoltang (YCT) on insulin secretion in RIN-m5F cells. Methods: After treatment with various concentrations of YCT to RIN-m5F cells, cell viability, free radical-scavenging activity, SOD activity, and insulin secretion were measured. Additionally, insulin-related gene expressions were measured using real-time RT-PCR. Results: 1. YCT didn't show any influence on RIN-m5F cells viability. 2. YCT showed free radical-scavenging activity by 16% at $100{\mu}g/m{\ell}$ of concentration. 3. YCT showed enhancement of SOD activity by 60% at $100{\mu}g/m{\ell}$ of concentration. 4. YCT significantly increased insulin secretion in RIN-m5F cells in a dose-dependent manner. 5. YCT up-regulated INS-1, INS-2, IRS-1, IRS-2 and IRS-3 mRNA expressions compared to the control group. 6. YCT down-regulated INS-R, GCK, GLP-1R and GLP-2R mRNA expressions compared to the control group. Conclusion: YCT has pharmaceutical properties enhancing insulin production and controlling glucose-associated metabolism, and could be a candidate for drug development after further research.

Cloning and Characterization of the psbEF Gene Encoding Cytochrome b-559 of the Panax ginseng Photosystem II Reaction Center

  • Lee, Won-Kyu;Park, Dae-Sung;Tae, Gun-Sik
    • BMB Reports
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    • 제32권2호
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    • pp.189-195
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    • 1999
  • From the Panax ginseng chloroplast, the psbE and psbF genes, encoding the $\alpha$- and $\beta$-subunits of cytochrome b-559 of the photosystem II reaction center, respectively, were cloned and characterized. The psbE and psbF genes were composed of 252 and 117 nucleotides, respectively. The deduced amino acid sequence of the $\alpha$-subunits showed 95%, 93%, and 91% homology to monocots, dicots, and liverwort, respectively, whereas the $\beta$-subunits showed approximately 98% to 95% homology to the same species. Southern blot analysis revealed that a single copy of the psbEF gene exists in the chloroplast plastid. Northern blot analysis indicated that the psbE and psbF genes are cotranscribed as a polycistron.

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Isolation of Human CYP4F2 genomic DNA and its $5^I$ End Regulatory Region Structure

  • Jin, Hyung-Jong
    • Archives of Pharmacal Research
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    • 제21권1호
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    • pp.35-40
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    • 1998
  • Human cytochrome P450 4F2 shows high regioselectivity in hydroxylation of stearic acid and leukotriene $ B_4.$ As a first step of its regulation study, human cytochrome P450 4F2 genomic DNA was isolated from liver of a person who was administered clofibrate for 10 years. From Southern hybridization, restriction enzyme digestion and sequencing experiments, isolated genomic DNA fragment was found to contain around 32 Kb DNA and more than 20 Kb of $5^I$ end regulatory region. Sequences of the structural gene region revealed exon 1 and exon 2. Further regulation studies would elucidate the feedback mechanisms of the oxidative degradation of fatty acids, inflammatory response and the clearance of leukotriene B4 in the liver. Furthermore, regulation study of this gene could explain the species difference in responses to peroxisome proliferator and help in the safety evaluation of peroxisome proliferating chemicals to human being.

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이면교배(二面交配)에 의한 수도량적(水稻量的) 형질(形質)의 유전분석(遺傳分析)에 관(關)한 연구(硏究) (Genetic Analysis of Quantitative Characters of Rice (Oryza sativa L.) by Diallel Cross)

  • 조재성
    • 농업과학연구
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    • 제4권2호
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    • pp.254-282
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    • 1977
  • 벼의 생육(生育) 및 수량(收量)에 관(關)한 주요양적형질(主要量的形質)의 유전(遺傳)에 관(關)한 정보(情報)를 얻고져 1974년(年) 농백(農白), 통일(統一), 팔굉(八紘), 만경(萬頃), 금남풍(金南風)을 교배친(交配親)으로 전조합(全組合) 이면교배(二面交配)를 실시(實施)하여 $F_1$종자(種子)를 얻었으며 1975년(年) 이들 $F_1$ 및 교배친(交配親) 품종(品種)을 재배(栽培)하여 여러 형질(形質)을 조사(調査)하고 그 결과(結果)를 Griffing 및 Hayman의 방법(方法)에 따라 유전분석(遺傳分析)을 하였던 바 그 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 통일(統一)을 교배친(交配親)으로 한 조합(組合)에서는 출수기(出穗期)가 늦어지는 쪽이 우성(優性)이었고 출수기(出穗期)가 늦어지는 방향(方向)으로 각(各) 조합(組合)에서 모두 높은 Heterosis를 나타내었던 바 높은 우성효과(優性效果)와 비대립유전자간(非對立遺傳子間)의 교호작용(交互作用)도 인정(認定)되었는데 통일(統一)을 제외(除外)한 품종(品種)을 양친(兩親)으로 한 조합(組合)에서는 출수기(出穗期)가 빠른 쪽이 우성(優性)이었고 상가적효과(相加的效果)가 우성효과(優性效果)에 비(比)해 현저(顯著)히 큰 부분우성(部分優性)을 나타내었으며 비대립유전자간(非對立遺傳子間)의 교호작용(交互作用)도 인정(認定)되지 않았다. 2. 통일(統一)을 교배친(交配親)으로 한 조합(組合)에서는 장간(長稈)쪽으로 높은 Heterosis율(率)을 나타내었으며 간장(稈長)이 긴 것이 짧은 것에 비(比)해 우성(優性)이었고 상가적효과(相加的效果)에 비(比)해 우성효과(優性效果)가 매우 커서 초월우성(超越優性)을 나타내었으며 협의(狹意)의 유전력(遺傳力)은 아주 낮았다. 그리고 교배조합(交配組合)에 따라 모본효과(母本效果)와 정역효과(正逆效果)가 현저(顯著)하였다. 3. 이삭의 추출도(抽出度)는 모든 조합(組合)에서 양친(兩親)의 평균(平均)보다 약간 길었으며 추출도(抽出度)가 길어지는 방향(方向)으로 부분우성(部分優性)을 나타내고 있었다. 우성효과(優性效果)에 비(比)해 상가적작용(相加的作用)이 현저(顯著)히 컷고 광의(廣意) 및 협의(狹意)의 유전력(遺傳力)도 모두 높았다. 추출도(抽出度)에서도 간장(稈長)에서와 같이 모본효과(母本效果)와 정역효과(正逆效果)가 유의(有意)하였다. 4. 지엽각(止葉角)은 대체로 예각(銳角)의 방향(方向)이 우성(優性)이었으나 팔굉(八紘)에서만은 교배조합(交配組合)에 따라 예각(銳角)과 둔각(鈍角)의 두 가지 상반(相反)되는 방향(方向)으로 Heterosis를 보였다. 우성효과(優性效果)가 상가적효과(相加的效果)보다 약간 높았는데 지엽각(止葉角)의 유전(遺傳)에는 교배조합(交配組合)에 따라 비대립유전자간(非對立遺傳子間)의 교호작용(交互作用)도 상당히 크게 작용(作用)한 것으로 보여진다. 5. 지엽장(止葉長)과 지엽폭(止葉幅)에서는 모두 이들이 증가(增加)되는 방향(方向)이 우성(優性)이었으나 Heterosis의 정도(程度)는 교배조합(交配組合)에 따라 각각 다르게 나타났다. 지엽장(止葉長)의 유전(遺傳)에서는 상가적효과(相加的效果)에 비(比)해 아주 높은 우성효과(優性效果)를 보여 초월우성(超越優性)이 인정(認定)되었던 반면(反面) 지엽폭(止葉幅)에서는 우성효과(優性效果)는 적었고 상가적효과(相加的效果)가 매우 크게 나타나 부분우성(部分優性)을 보였으며 광의(廣意) 및 협의(狹意)의 유전력(遺傳力)이 모두 높았다. 그리고 지엽장(止葉長), 지엽폭(止葉幅) 및 지엽각(止葉角)에서는 모두 모본효과(母本效果)나 정역효과(正逆效果)는 인정(認定)되지 않았다. 6. 통일(統一)을 한쪽친(親)으로 하는 조합(組合)의 수장(穗長)은 모두 양친(兩親)에 비(比)해 현저(顯著)히 길었으나 그 외의 조합(組合)에서는 $F_1$의 수장(穗長)이 양친(兩親)의 평균치(平均値)와 비슷하였고 수장(穗長)의 유전(遺傳)에는 상가적(相加的) 효과(效果)보다 우성효과(優性效果)가 크게 작용(作用)하였으며 수장(穗長)이 길어지는 방향(方向)이 우성(優性)이었고 협의(狹意)의 유전력(遺傳力)은 아주 낮았다. 7. 수수(穗數)가 많은 것이 적은 것에 대(對)해 우성(優性)이었으며 $F_1$의 Heterosis 정도(程度)는 교배조합(交配組合)에 따라 각각상이(各各相異)하였다. 수수(穗數)의 유전(遺傳)에는 우성효과(優性效果)가 상가적효과(相加的效果)보다 약간 크게 작용(作用)하고 있어 완전우성(完全優性)에 가까우며 모본효과(母本效果)와 정역효모(正逆效母)에 유의성(有意性)이 인정(認定)되었다. 8. 수당입수(穗當粒數)는 교배조합(交配組合)에 따라 각각(各各) 정부(正負)의 상반(相反)되는 방향(方向)으로 Heterosis가 나타났으며 Heterosis의 정도(程度)도 조합(組合)에 따라 상이(相異)하였다. 평균(平均) 우성방향(優性方向)은 수당입수(穗當粒數)가 증가(增加)되는 쪽이었으나 조합(組合)에 따라 우성(優性)의 방향(方向)은 수당입수(穗當粒數)가 증가(增加)되는 경우와 감소(減少)되는 경우를 동시(同時)에 인정(認定)할 수 있었다. 수당입수(穗當粒數)의 유전(遺傳)에는 우성효과(優性效果)가 아주 크게 나타났으며 비대립유전자(非對立遺傳子)의 교호작용(交互作用)도 인정(認定)되었다. 9. 등숙비율(登熟比率)은 조합(組合)에 따라 출수기(出穗期)의 지연(遲延)에 기인(基因)되는 등숙장해(登熟障害)와 기타 환경(環境)의 영향으로 그 유전양식(遺傳樣式)의 파악(把握)이 거의 불가능(不可能)하였으나 통일(統一)을 제외(除外)한 조합(組合)에서는 등숙비율(登熟比率)이 증가(增加)하는 방향(方向)의 우성효과(優性效果)가 인정(認定)되었다. 10. 천입중(千粒重)은 무거운 것이 가벼운 것에 대(對)해 우성(優性)이었고 우성(優性)의 정도(程度)는 상가적효과(相加的效果)가 우성효과(優性效果)에 비(比)해 현저(顯著)히 높아 부분우성(部分優性)을 나타내었다. 천입중(千粒重)은 광의(廣意) 및 협의(狹意)의 유전력(遺傳力)이 모두 높았으며 모본효과(母本效果)나 정역효과(正逆效果)는 인정(認定)되지 않았다. 11. 고중(藁重)은 통일(統一)을 한쪽 친(親)으로 하는 조합(組合)에서는 고중(藁重)이 무거워지는 방향(方向)으로 높은 Heterosis를 보였으나 그외(外)의 조합(組合)에서는 양친(兩親)의 평균(平均)보다 고중(藁重)이 감소(減少)되었고 조합(組合)에 따라 우성(優性)의 방향(方向)이 정부(正負)로 나타날 뿐 아니라 그 정도(程度)도 서로 다르며 비대립유전자간(非對立遺傳子間)의 교호작용(交互作用)도 현저(顯著)하였다.

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돼지의 POU1F1 Intron 3영역 유전자에 따른 도체특성 분석 (Analysis of Carcass Characteristics in the 3rd Intron of Pig POU1F1 Gene)

  • 김계웅;유재영
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제51권4호
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    • pp.283-288
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    • 2009
  • 본 연구는 비육돈 268두를 대상으로 13번 염색체 중 POU1F1 intron 3영역의 유전자 Single Nucleotide Polymorphism(SNP)은 Msp I 제한효소에 의해서 구분된다. 직접 제작한 Primer로 POU1F1 유전자 중 intron 3영역을 증폭할 수 있도록 제작하였고, 823bp의 증폭산물을 기대할 수 있었다. 그 SNP 유전자형을 3개 군으로 분류하여 빈도 추정과 함께 육질관련 형질과의 연관성을 분석한 결과는 다음과 같다. POU1F1 SNP의 DD 유전자형은 84.33%로 가장 높은 출현율을 보인 반면에 CC 유전자형은 0.75%로 매우 낮게 나타났다. 대립유전자 D 빈도는 0.918로 매우 높게 출현하였으나, C 빈도는 0.082로 매우 낮게 출현하였다. Hardy-Weinberg 법칙에 따른 적합도 검정에서는 유의성 없이(p>0.05) 유전적 평형을 이루고 있는 집단임을 알 수 있었다. CD와 DD 유전자형 집단에서 등지방두께, 도체중, Hunter a 및 b값, 그리고 pH에서는 모두 유의한 차이를 보이지 않았으나, Hunter $L^*$값은 CD(37.26) 보다 DD(40.15) 유전자형 개체군에서 짙게 나타났고(p<0.05), 육색도판에 의한 육색은 DD(3.91) 보다 CD(5.09) 유전자형 개체에서 짙게 나타났다((p<0.001). 따라서 이러한 POU1F1 유전자의 SNP 유전자형은 돼지의 성장이나 도체관련 형질과의 연관성을 더욱 깊이 있게 탐색하여 명확한 구명으로 우량 돈육 생산을 위한 DNA marker로 활용되어야 할 것으로 사료된다.

Incidence, Molecular Characteristics and Pathogenicity of Gibberella fujikuroi Species Complex Associated with Rice Seeds from Asian Countries

  • Jeon, Young-Ah;Yu, Seung-Hun;Lee, Young Yi;Park, Hong-Jae;Lee, Sokyoung;Sung, Jung Sook;Kim, Yeon-Gyu;Lee, Ho-Sun
    • Mycobiology
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    • 제41권4호
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    • pp.225-233
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    • 2013
  • Gibberella fujikuroi species complex (GFSC) was isolated from rice (Oryza sativa L.) seed samples from ten Asian countries and investigated for incidence of GFSC, molecular characteristics, and pathogenicity. Regardless of geographic origin, GFSC was detected with incidences ranging from 3% to 80%. Four species, Fusarium fujikuroi, F. concentricum, F. proliferatum, and F. verticillioides, were found to show an association with rice seeds, with F. fujikuroi being the predominant species. In phylogenetic analyses of DNA sequences, no relationship was found between species, isolates, and geographic sources of samples. Unidentified fragments of the ${\beta}$-tubulin gene were observed in ten isolates of F. fujikuroi and F. verticillioides. With the exception of three isolates of F. fujikuroi, F. fujikuroi, F. proliferatum, and F. verticillioides were found to have FUM1 (the fumonisin biosynthetic gene); however, FUM1 was not found in isolates of F. concentricum. Results of pathogenicity testing showed that all isolates caused reduced germination of rice seed. In addition, F. fujikuroi and F. concentricum caused typical symptoms of bakanae, leaf elongation and chlorosis, whereas F. proliferatum and F. verticillioides only caused stunting of seedlings. These findings provide insight into the characteristics of GFSC associated with rice seeds and might be helpful in development of strategies for management of bakanae.

육지면품종의 유용형질의 유전에 관한 연구 (Studies on the Inheritance of Agronomic Characteristics in Upland Cotton Varieties (Gossypium hirsutum L.) in Korea)

  • 계봉명
    • 한국작물학회지
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    • 제21권2호
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    • pp.281-313
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    • 1976
  • 면화의 유용형질의 개별적 유전관계를 조기에 검정하고 이들의 상호관련성을 육종사업에 효율적으로 이용할 수 있는 기초자료를 얻고저 1969년부터 1972년까지 작물시험장목포지장실험포장(북위 $34^{\circ}47',$ 동경 $126^{\circ}20',$ 표고 1.5m)에서 육지면품종간의 Partial Diallel Cross $F_1$ 및 Paymaster$\times$Heujueusseo Trice의, 분리집단을 공시하여 Hetesosis, Combining Ability, 품종별우열성, 유전분산의 분할, 표현형 및 유전상관등을 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. Heterosis는 주당삭수와 소면수량에서 양친평균 보다 각각 27.84%, 37.26%의 증가경향을 보였고 기타 형질에서는 유의성이 없었다. 2. GCA에 있어서는 모든 형질에서 유의성이 있었고, SCA보다 GCA 효과가 컸으며, 품종별 GCA효과푸 Suwon# 1이 조숙으로, Paymaster 및 Arijona는 고소면로, Arijona는 장섬유의 방향으로 했다. 3. 소면수량의 SCA는 Mokpo #4, Mokpo #6, Heujueusseo Trice등을 편친으로 한 조합이 변이가 컷고, 기중 SCA효과가 가장 큰 조합은 Mokpo# 4$\times$Acala 1517W, Mokpo#$\times$D.P.L, Heujoeusseo Trice$\times$Paymaster 조합등으로서 비교적 대립형질이 많은 조합이었다. 4. 조만성의 유전은 조숙이 만숙에 대하여 완전우성조합 또는 조숙과 만숙의 상호간의 우성을 나타내지 못하는 중간성조합이 있었음에 따라 이것은 상가적 유전성분이 큰 Multi gene의 지배를 받는 것으로 추찰되였다. 조숙성의 우성강도가 가장 큰 품종으로서는 Heujueusseo Trice. Mokpo#6, Suwon#1 등이였다. 5. 삭중 및 종자 100립중의 유전은 뚜렸한 경향이 없었다. 6. 장섬유성인 Paymaster와 단섬유성인 Heujueusseo Trice간의 교잡조합의 $F_2,$ $F_3에$ 있어서의 섬유장분리는 장섬유가 단섬유에 대하여 완전 또는 부분우성의 단인자지배에 의하여 분리되였으며 세대가 진전됨에 따라 우성개체발현율이 감소되는 경향이였다. 또한 Diallel Cross $F_1으로$ 동시에 수개품종을 비교할 경우는 각품종의 섬유장의 폭이 다르고 우성의 정도가 다르기 때문에 다소 복잡한 대립인자작용으로 나타났다. 7. 주당삭수는 대체로 초월우성이 강하게 나타났으며 따라서 상가적부분이 적게 표현되여 비대립유전자의 작용도 존재하는 것으로 였다. 8. 소면수량도 초월우성이 강하게 나타내여 비대립유전자의 작용도 존재하는 Multi gene에 의하여 지배되는 것으로 보였으며 대체로 다수성품종이 소수성품종에 비하여 우성이였다. 그러나 Heujeusseo Trice는 소수성품종으로서 초월우성을 나타내여 품종 및 조합에 따라서 상리한 반응을보였다. 9. 개화소요일수의 유전력은 39~34%였으나 협의 11%로 낮은 것은 우리 나라에서는 개체변이가 심하여 유전력이 다소 낮게 표현되는 것으로 사료된다. 또한 삭중의 유전력은 광의 30%, 협의 22%로 낮은 경향이였으나 Diallel Cross $F_1$ 에서는 다소 높게 나타났다. 10. 섬유장 및 소면비율의 유전력은 어느 경우에서도 높았으므로 선발효율이 클것으로 기대된다. 11. 주당삭수의 유전력 Diallel Cross 에서 30%, $F_2에서$ 협의 36%로 낮은 경향을 보였으나 광의 67%로 높았으므로 $F_2,$ $F_3에서는$ 양친의 특성을 어느정도 나타낼것으로 기대된다. 12. 소면수량의 유전력은 Diallel Cross 에서는 초월우성이 강하게 작용했기 때문에 낮은 우전력을 보였으나, $F_2,$ $F_3에서는$ 광의 38%, 협의 50%로서 비교적 높았다. 따라서 수량의 유전력은 $F_1에서는$ 극히 낮았으나, $F_2,$ $F_3세대에서는$ 높아가는 경향이였다. 13. 개화소요일수, 소면비율 및 섬유장의 상호간에는 $F_1,$ $F_2,$ F3에서 모두 표현형상관이 높았으므로 만숙품종 및 개체가 대체로 장섬유 및 고소면의 경향이였고 이들의 유전상관도 높기때문에 유전적관계가 컸었다. 개화소요일수와 소면수량과의 상관관계가 극히 낮았으므로 이들은 서로 독립형질로 사료되지만 주당 삭수와는 $F_3에서$ 부의 상관이 있으므로 조숙개체가 다삭성인 경향을 많이 보였다. 14. 소면비율과 섬유장과의 표현형 및 유전상관은 $F_1,$ $F_2,$ $F_3$ 모두 높았으므로 이 두 형질은 대체로 흡사한 형질이라고 인정할 수 있음에 따라 장섬유품종이 대체로 고소면성이였다. 또한 소면수량과 소면비율과는 Diallel Cross $F_1에서$ 정의 상관, $F_2에서는$ 섬유장과의 정의 상관을 보여 소면비율 및 섬유장도 소면수량에 다소 관여하는 것으로 나타났다. 15. 소면수량은 주당삭수와의 표현형상관이 $F_1,$ $F_2,$ $F_3$ 모두 고도의 전상관을 나타냈고, 유전상관도 높음에 따라 유전적인 관련성이 크다고 인정되였다. 따라서 다수성을 선발하려면 주당삭수가 많은 개체를 후기세대에서 선발하는 것이 선발효율이 크다고 사료된다. 또한 양질계통을 선발하기 위해서는 장섬유 및 고소면개체를 초기세대부터 선발해도 선발효율은 클것으로 기대되지만 이러한 개체는 동시에 만숙성을 내포할 가능성이 있었다.

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Genome-wide survey and expression analysis of F-box genes in wheat

  • Kim, Dae Yeon;Hong, Min Jeong;Seo, Yong Weon
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.141-141
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    • 2017
  • The ubiquitin-proteasome pathway is the major regulatory mechanism in a number of cellular processes for selective degradation of proteins and involves three steps: (1) ATP dependent activation of ubiquitin by E1 enzyme, (2) transfer of activated ubiquitin to E2 and (3) transfer of ubiquitin to the protein to be degraded by E3 complex. F-box proteins are subunit of SCF complex and involved in specificity for a target substrate to be degraded. F-box proteins regulate many important biological processes such as embryogenesis, floral development, plant growth and development, biotic and abiotic stress, hormonal responses and senescence. However, little is known about the F-box genes in wheat. The draft genome sequence of wheat (IWGSC Reference Sequence v1.0 assembly) used to analysis a genome-wide survey of the F-box gene family in wheat. The Hidden Markov Model (HMM) profiles of F-box (PF00646), F-box-like (PF12937), F-box-like 2 (PF13013), FBA (PF04300), FBA_1 (PF07734), FBA_2 (PF07735), FBA_3 (PF08268) and FBD (PF08387) domains were downloaded from Pfam database were searched against IWGSC Reference Sequence v1.0 assembly. RNA-seq paired-end libraries from different stages of wheat, such as stages of seedling, tillering, booting, day after flowering (DAF) 1, DAF 10, DAF 20, and DAF 30 were conducted and sequenced by Illumina HiSeq2000 for expression analysis of F-box protein genes. Basic analysis including Hisat, HTseq, DEseq, gene ontology analysis and KEGG mapping were conducted for differentially expressed gene analysis and their annotation mappings of DEGs from various stages. About 950 F-box domain proteins identified by Pfam were mapped to wheat reference genome sequence by blastX (e-value < 0.05). Among them, more than 140 putative F-box protein genes were selected by fold changes cut-offs of > 2, significance p-value < 0.01, and FDR<0.01. Expression profiling of selected F-box protein genes were shown by heatmap analysis, and average linkage and squared Euclidean distance of putative 144 F-box protein genes by expression patterns were calculated for clustering analysis. This work may provide valuable and basic information for further investigation of protein degradation mechanism by ubiquitin proteasome system using F-box proteins during wheat development stages.

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Comparison of D-[18F]FMAU and L-[18F]FMAU as PET Imaging Agents for HSV1-TK Gene Expression

  • Moon, Byung-Seok;Jo, Nam-Hyun;Lee, Kyo-Chul;El-Gamal, Mohammed I.;An, Gwang-Il;Hong, Su-Hee;Choi, Tae-Hyun;Choi, Won-Kyoung;Park, Jin-Hun;Cho, Jung-Hyuck;Cheon, Gi-Jeong;Oh, Chang-Hyun
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제31권11호
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    • pp.3309-3312
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    • 2010
  • D-[$^{18}F$]FMAU and L-[$^{18}F$]FMAU are F-18 labeled nucleoside analogue which have been efficiently synthesized in order to be a PET imaging probe. D-[$^{18}F$]FMAU and L-[$^{18}F$]FMAU were compared as PET imaging agents using HSV1-TK gene expressing tumor-bearing mice. Their cellular uptake profiles were also compared using MCA and MCA-TK cell lines. D-[$^{18}F$]FMAU demonstrated higher cellular uptake and higher accumulation in MCA-TK tumor regions than L-[$^{18}F$]FMAU. On the other hand, L-[$^{18}F$]FMAU showed higher MCA-TK/MCA ratio of %ID/g than that of D-[$^{18}F$]FMAU. L-[$^{18}F$]FMAU can be utilized as a good candidate for HSV1-TK PET imaging. It can be used for antiviral drug evaluation.