• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제58권6호
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• pp.681-687
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• 2020

Giardia lamblia is a common enteric pathogen associated with diarrheal diseases. There are some reports of G. lamblia infection among different breeds of cattle in recent years worldwide. However, it is yet to know whether cattle in Jiangxi province, southeastern China is infected with G. lamblia. The objectives of the present study were to investigate the prevalence and examine the multilocus genotypes of G. lamblia in cattle in Jiangxi province. A total of 556 fecal samples were collected from 3 cattle breeds (dairy cattle, beef cattle, and buffalo) in Jiangxi province, and the prevalence and genotypes of G. lamblia were determined by the nested PCR amplification of the beta-giardin (bg) gene. A total of 52 samples (9.2%) were positive for G. lamblia. The highest prevalence of G. lamblia was detected in dairy cattle (20.0%), followed by that in beef cattle (6.4%), and meat buffalo (0.9%). Multilocus sequence typing of G. lamblia was performed based on sequences of the bg, triose phosphate isomerase and glutamate dehydrogenase loci, and 22, 42, and 52 samples were amplifiable, respectively, forming 15 MLGs. Moreover, one mixed G. lamblia infection (assemblages A and E) was found in the present study. Altogether, 6 novel assemblage E subtypes (E41*-E46*) were identified for the first time. These results not only provided baseline data for the control of G. lamblia infection in cattle in this southeastern province of China, but also enriched the molecular epidemiological data and genetic diversity of G. lamblia in cattle.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권10호
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• pp.1307-1314
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• 2022

In this study, we sought to investigate the various characteristics of Salmonella spp. isolated from raw chicken meats available in Korean markets. The data collected, such as food source of isolation, sampling information, serotype, virulence, and genetic profile including sequence type, were registered in the database for further comparative analysis of the strains isolated from the traceback investigation samples. To characterize serotype, virulence and gene sequences, we examined 113 domestically distributed chicken meat samples for contamination with Salmonella spp. Phylogenetic analysis was conducted on 24 strains (21.2%) of Salmonella isolated from 113 commercially available chicken meats and by-products, using pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Serotyping of the isolated Salmonella spp. revealed S. Enteritidis in 11 strains (45.8%), S. Virchow in 6 strains (25%), S. Montevideo in 2 strains (8.3%), S. Bsilla in 2 strains (8.3%), S. Bareilly in 1 strain (4.2%), S. Dessau in 1 strain (4.2%), and S. Albany in 1 strain (4.2%). The genetic correlation indicated that 24 isolated strains were classified into 18 clusters with a genetic similarity of 64.4-100% between them. Eleven isolated S. Enteritidis strains were classified into 9 genotypes with a sequence identity of 74.4%, whereas the most distantly related S. Virchow was divided into five genotypes with 85.9% identity. Here, the MLST analysis indicated that the major Sequence Type (ST) of the Salmonella spp. isolated from domestic chicken sold in Chungcheong Province belongs to the ST 11 and 16, which differs from the genotype of Salmonella isolated from imported chicken. The differential sequence characteristics can be a genetic marker for identifying causative bacteria for epidemiological investigations of food poisoning.

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.24-37
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• 2005

국내 사육 하우 염소, 돼지, 개, 닭 및 마우스 등을 포함한 각종 동물과 사람환자에서 분리한 총 116주의 S. aureus 분리주에 대해서 5종의 PCR 기법을 적용하여 분자역학적 특성을 분석하였다. 먼저 종특이 유전자(SSG: aroA, coa, nuc 및 spa-gene)의 다양성을 PCR 기법으로 조사하였고, 또한 약제내성의 MRSA 균주의 분포양상과 내독소(Enterotoxin)산생유전자(SE)의 분포양상에 대해서도 조사하였다. 그리고 이 연궁선 수행한 5종의 PCR 기법 들이 생산한 개별성적을 객관적으로 비교하여, 가장 신뢰도 높고 효율적 PCR기법을 선발하였다. 먼저 PCR기법을 적용한 SSG의 분포양상 조사에서는 $nuc-gene\;(100\%)$, $spa-gene\;(91.4\%)$, $coa-gene\;(87.9\%)$, 및 $aroA-gene\;(26.7\%)$의 빈도로 조사되었다. 그리고 aroA와 coa-gene PCR 증폭산물에 대한 RsaI과 AluI 효소로 소화시킨 RELP 성적에서 coa-Bene PCR-RFLP에서는 모두 10 type의 con-type이 동정되었고, 그중 coa-3 type (809 bp)이 닭, 마우스, MRSA 및 사람유래 균주를 포함한 총 36주 $(33.0\%)$로서 가장 대표적인 genotype으로 결정되었다. 반면에 aroA-gene PCR-RELP에서는 단지 7 type의 genotype만이 산생되어 대조를 보였고, 17주 $(73.9\%)$가 대표적인 그룹으로 분류되었다. 한편 spa-gene PCR에서는 총 11 type의 spa-type이 확인되었고, 그중 spa-7 type (9 repeats; 263 bp)이 한우, 닭, 개, 염소, 마우스 및 MRSA 균주 등을 포함한 총 39주 $(34.8\%)$로서 가장 대표적인 genotype으로 결정되었다. 또한 총 116주에 대해 MRSA 균주의신속한 검출을 위해서 mecA-gene PCR을 적용하였던 바, 단지 사람유래의 14주 $(12.1\%)$에서만 양성의 증폭산물 (533 bp)이 검출되었고, 이들 증폭된 PCR산물의 유전학적 검증을 위해 HhaI으로 소화시켰던바 14주 모두 $(100\%)$가 알려진 2개의 DNA band (332 & 201 bp)로 양분되어 유전자수준에서 MRSA 양성균주로 검증되었다. 한편 내독소 산생유전자 (SE-gene)는 multiplex-PCR기법으로 조사하였으며 sea-gene $(63.7\%)$이 가장 지배적이었고, 이어서 seb-gene $(10.0\%)$ 및 sec-gene $(7.2\%)$의 순서였다. 특히 sea+sec의 2종의 SE genes를 보유한 균주도 11주로서 가장 많았으며 그 외에도 sea+seb (2주)및 seb+see (1주) genes를 보유한 균주도 함께 검출되었다. 최종적으로 5종의 PCR기법들이 생산한 성적들을 수치 (SID)로 변환하여 객관적으로 감별능력 (DA)을 비교하였던바, aroA-gene PCR-RFLP는 가장 저조한 DA [SID=0.462]을 나타내었고, 반면에 coa-gene PCR-RELP는 5종의 분석기법 중에서 가장 신뢰도 높은 DA [SID=0.894]을 발현하였다. 따라서 현재의 연구결과con-gene PCR-RELP기법이 사람을 포함한 다양한 동물종유래 S. aureus 균주들의 유전학적 분석목적에 가장 신뢰도 높고 감별능력이 뛰어난 분석기법으로 선발되었다.

• 미생물학회지
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• 제50권4호
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• pp.285-295
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• 2014

병원성 대장균은 최근 3년간 경기도에서 발생한 학교급식식 중독의 주된 원인균으로서 그 역학적 특성을 정리하고 PFGE typing과 항생제 감수성 시험으로 분리균주의 특성을 알아보고자 하였다. 2010년부터 2012년까지 19건의 학교급식 식중독에 대한 역학조사보고서를 분석한 결과, 급식의 주된 운영방식은 직영(18건, 95%)이며, 고등학교에서 주로 발생하였다. 계절적 요인으로는 13건(65%)이 6월부터 9월에, 특히 여름방학 후 학기 초인 8월말부터 9월에 더 많이 발생하였다. 수요일(7건, 37%)과 목요일(7건, 37%)에 최초환자가 발생되어, 목요일 7건(37%) 금요일 5건(26%)에 주로 신고가 이루어 졌다. 추정위험에는 월요일(4건, 21%), 화요일(7건, 37%), 수요일(4건, 21%)에 노출되었고, 추정원인체로서 가능성이 높은 식품은 김치류가 50%(5건)를 차지하였다. 분리된 98균주는 EPEC, ETEC, EAEC, EHEC가 각각 50%, 34%, 15%, 1%이며, 항생제 감수성 시험 결과 ampicillin, nalidixic acid, sulfamethoxazole/trimethoprim, tetracycline에 대하여 각각 40%, 37%, 24%, 19%의 내성을 나타내었고, 2, 3세대 cephalosporins계, cabarpenem계, aminoglycosides계, 2세대 quinolones계 항생제에는 감수성이 있었으며, cefalotin, ampicillin/sulbactam, chloramphenicol에는 각각 29%, 25%, 6%가 중간내성을, 그리고 70%에서 한 가지 이상의 항생제에 내성이 관찰되었다. PFGE 분석결과, 57.6%의 similarity로 8개의 group과 32개의 profiles로 분류되었다. 개별적인 소규모 식중독에서 항생제 감수성과 유전자형의 연관성을 찾기가 어려웠으며, 동시에 발생한 대규모 식중독의 경우, 항생제 내성과 PFGE 유형이 매우 유사하여 동일 기원으로부터 유래한 병원성대장균에 의해 식중독 사고가 발생한 것으로 추정이 가능하였다.

• 대한의생명과학회지
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• 제4권2호
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• pp.143-151
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• 1998

1998년 8월 5일부터 1998년 8월 12일까지 8일간 경상북도 울릉도에서 지역 여성 330명을 대상으로 자궁경부암 발생과 관련된다고 알려진 역학적 요인의 설문과 자궁경부암 집단검진으로 많이 이용되는 자궁경부 Pap. smear를 실시하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 검사자의 평균연령은 52.1세였고 50대와 60대의 연령분포가 전체 검사자의 49.0%를 차지하였으며, 교육정도는 중학교 이하가 56.9%로 낮은 교육수준을 나타내었고, 첫 성교연령은 21세 이하가 43.9%를 차지하였고, 첫 임신연령은 21세 이하에서 33.3%로 나타났다. 총 임신횟수는 5회 이상인 대상자는 전체의 52.1%를 차지하였고, 5회 이상의 출산을 한 응답자는 전체의 24.5%였다. 전체의 68.8%에서 유산경험이 있었으며, 대상자의 80.0%에서 남편이 포경수술을 하지 않은 것으로 나타났다. 증상은 전체의 52.1%에서 증상이 있다고 응답하였으며, 증상이 있는 응답자의 증상으로는 대하 48.3%, 소양증 21.5%로 나타났다. 자궁암세포검사 경험과 빈도에서 자궁암세포검사를 받아본적이 있는 응답자는 전체의 63.9%였으며, Pap. smear결과와 검사유무의 관찰에서 정상군보다 비전형세포와 이형성증이 있는 군에서 검사를 받아 본 경험이 유의하게 낮게 관찰되었다(p＜0.05).검사를 받아 본 응답자 중 검사경험자의 44.1%에서 단 1회의 검사를 받아보았고, 30.3%는 비정기적으로 검사하였다. 한 번도 검사를 받은 경험이 없는 응답자의 이유로는 특별한 이상이 없었기 때문 51.3%, 부끄러움 때문에 16.8%나타났다. 자궁경부도말의 세포학적 검사결과는 정상 45.8%, 염증 47.3%, 트리코모나스증과 캔디다증이 1.8%, 비정형세포 4.5%, 이형성증이 0.6%였다.인되어, 국내에서도 진드기 교상시 이들 두 가지 열성질환이 동시에 감염될 가능성이 있는 것으로 사료됨으로 진드기 매개성 열성질환에 대한 적절한 진단법 등을 보다 체계적으로 연구하여야 할 것으로 판단된다.A typing 방법은 비교적 빠른 시간 내에 많은 종류의 HLA 대립 유전자형을 정확하게 구분할 수 있으므로 앞으로 tissue typing 실험실에서 유용하게 활용될 수 있을 것으로 생각된다. 또한 DNA typing방법을 이용하여 분석한 한국인의 HLA-class I, II 유전자군의 유전자형 빈도는 골수이식을 비롯한 각종 이식검사, 특수 질환 관련검사나 인류유전학연구 등 HLA 유전자의 임상적 활용을 위한 자료로 사용될 수 있을 것으로 기대된다.있음을 볼 수 있으며 하루 세끼의 식사형태에서 밥을 중심으로 하는 비율은 국내 보다 크게 낮았지만 여전히 다른 식사형태 보다 높은 것을 알 수 있다. 한국 고유의 식문화 특성을 가지면서 거주지역의 식품생산 및 사회 문화적 특성에 영향을 받음으로써 거주국의 식품, 식사 형태, 조리방법을 도입하는 등 부분적으로 변화가 진행되고 있음을 확인 할 수 있었다.가장 시급한 개선점이라고 생각된다. 따라서 효과적인 급식운영을 하기 위해서는 학교식당은 맛, 다양한 메뉴의 식단, 위생, 가격의 저렴 등을 통해서 급식대상자들이 만족한 급식을 할 수 있도록 체계적인 관리 및 운영을 통해 적극적으로 개선해 나가야 할 것으로 사료된다.er (p<0.05), $T_{max}$ might be an insignificant parameter because cyclosporin A generally requires long-term administration. From these results, the two products

• 생명과학회지
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• 제22권5호
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• pp.600-604
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• 2012

인천지역 병 의원에 내원한 급성위장염환자의 대변 검체 총 11,607건을 효소 면역법(ELISA)을 이용하여 group A rotavirus의 계절별 발생 양상을 조사한 결과 2005년부터 2010년간 인천지역에서는 1~2월이 가장 많이 발생하였으나, 기간별로 차이가 존재했다. 또, group A rotavirus 양성 검체 160건에 유전자 분석 결과 VP4는 P8형, VP7는 G1형, G와 P 조합형으로는 G1P8이 가장 많았다. 그러나 이전의 연구와 비교했을 때 연구 지역과 기간에 따라 혈청형과 유전형의 변화가 빈번하였으므로 효율적인 방역을 위해 지속적인 모니터링이 필요하다고 사려된다. 또 이번 연구는 현재 유통 중인 rotavirus 백신의 효율적인 사용의 기초 자료가 될 것이다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제51권3호
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• pp.363-367
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• 2013

The prevalence of Toxoplasma gondii infection in birds has epidemiological significance because birds are indeed considered as a good indicator of environmental contamination by T. gondii oocysts. In this study, the prevalence of T. gondii in 313 house sparrows in Lanzhou, northwestern China was assayed by the modified agglutination test (MAT). Antibodies to T. gondii were positive in 39 (12.46%) of 313 samples (MAT titer ${\geq}$ 1:5). Tissues of heart, brain, and lung from the 39 seropositive house sparrows were tested for T. gondii DNA, 11 of which were found to be positive for the T. gondii B1 gene by PCR amplification. These positive DNA samples were typed at 9 genetic markers, including 8 nuclear loci, i.e., SAG1, 5'- and 3'-SAG2, alternative SAG2, SAG3, GRA6, L358, PK1, c22-8 and an apicoplast locus Apico. Of them, 4 isolates were genotyped with complete data for all loci, and 2 genotypes (Type II variants; ToxoDB #3 and a new genotype) were identified. These results showed that there is a potential risk for human infection with T. gondii in this region. To our knowledge, this is the first report of T. gondii seroprevalence in house sparrows in China.

• 생명과학회지
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• 제21권7호
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• pp.947-952
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• 2011

현재까지 다수의 역학연구를 통해 피부에 발생한 보통사마귀에서 제 1, 2, 3, 4, 7, 10, 27, 57 및 65형의 인유두종바이러스가 검출되었다. 그러나 기존의 중합효소연쇄반응(conventional polymerase chain reaction, PCR)을 이용하는 경우 절차가 복잡하여 시간이 오래 걸리는 단점이 있었다. 이번 연구를 통해 저자들은 보통사마귀에서 가장 흔히 검출되는 6가지 유전자형의 인유두종바이러스를 한번에 확인 가능한 간편한 muliplex PCR의 개발을 목표로 하였다. 인유두종바이러스의 염기서열분석을 통해, L1에서 E6, 그리고 E2에서 L2 사이의 유전자간영역(intergenic region)으로 부터 6쌍의 primer를 고안하였으며, L1 유전자서열 분석을 통해 multiplex PCR의 특이성을 확인하였다. 총 129개의 조직표본 중 109개에서 제 1, 2, 3, 4, 27, 57형의 인유두종바이러스를 확인하였다. 이번 연구의 primer를 이용한 인유두종바이러스 검출의 민감도와 특이도는 각각 85%와 99.5%였다. 이러한 primer 세트로 인유두종바이러스가 검출되지 않은 20개의 조직표본의 경우, 또 다른 HPV primer를 사용한 추가적인 multiplex PCR을 시행하여 7개 표본에서 제 7형 및 65형의 인유두종바이러스가 검출되었다. 이상의 결과는 본 연구를 통해 새롭게 고안된 multiplex PCR 기법을 통해 보통사마귀에서의 인유두종바이러스를 보다 정확하고 빠르게 검출할 수 있다는 것을 보여 준다.

• 대한의생명과학회지
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• 제18권1호
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• pp.79-82
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• 2012

Acinetobacter infections are of great concern in clinical settings because of multi-drug resistance (MDR) and high mortality of the infected patients. The MDR Acinetobacter baumannii has emerged as a significant infectious agent in hospitals worldwide. The purpose of this study was to determine for molecular characterization of MDR A. baumannii clinical isolates obtained from the Wonju Christian Hospital in Gangwon province of Korea. A total of seventy nonduplicate A. baumannii isolates were collected from the Wonju Christian Hospital in Korea from March to April in 2011. All of the MDR A. baumannii isolates were encoded by $bla_{OXA-23-like}$ gene and all isolates with the $bla_{OXA-23-like}$ gene had the upstream element ISAba1 to promote increased gene expression and subsequent resistance to carbapenem. 16S rRNA methylase gene (armA) was detected in 44 clinical isolates which were resistant to amikacin, and phosphotransferase genes encoding aac(3)-Ia and aac(6')-Ib were the most prevalent. A combination of 16S rRNA methylase and aminoglycoside-modifying enzyme genes (armA, aac(3)-Ia, aac(6')-Ib, and aph(3')-Ia) were found in 31 isolates. The sequencing results for the quinolone resistance-determining region (QRDR) of gyrA and parC revealed the presence of Ser (TCA) 83 Leu (TTA) and Ser (TCG) 80 Leu (TTG) substitutions in the respective enzymes for all MDR. Molecular typing for MDR A. baumannii could be helpful in confirming the identification of a common source or cross-contamination. This is an important step in enabling epidemiological tracing of these strains.

• 대한의생명과학회지
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• 제16권2호
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• pp.75-82
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• 2010

The molecular epidemiological characteristics of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates have demonstrated their genetic diversity and evolution. A total of 137 strains of MRSA clinical isolates was collected from Korean healthcare facility in 2007. The MRSA clinical isolates were analyzed by molecular typings (SCCmec element and agr locus typing), virule nce factor gene detections {(Panton-Valentine leukocidin (PVL), enterotoxin, exfoliative toxin and toxic shock syndrome toxin-1), and amplified fragment length polymorphism (AFLP)}. The MRSA clinical isolates were classified as SCCmec type II-agr type 1 (2 strains), type II-agr type 2 (79 strains), type III-agr type 1 (24 strains), type III-agr type 2 (2 strains), type IV-agr type 1 (27 strains), type IV-agr type 2 (2 strains), and non-typable (1 strain, agr type 3). Based on SCCmec types, SCCmec type II (95.1%) and III (88.5%) indicated higher multidrug resistance rate than SCCmec type IV (10.3%) (P<0.001). The most common enterotoxin genes were seg (83.8%), sei (83.1%), and sec (80.2%). The tst gene was present in 86 out of 137 (62.8%) MRSA isolates. All MRSA isolates were negative for PVL and exfoliative toxin genes. The combinations of toxin genes were observed in particular SCCmec types; 97.6% of SCCmec type II strains carried sec, seg, sei and tst genes, 73.0% of SCCmec type III strains carried sea gene, and 89.7% of SCCmec type IV strains carried sec, seg and sei genes. Each of the SCCmec types of MRSA isolates had distinct AFLP profile. In conclusion, SCCmec type II, agr type 1 and 2 have demonstrated to be the most common types in Korea, and the results indicated that the virulence factors are closely associated with their molecular types (SCCmec and agr types).