• 대한지하수환경학회지
• /
• 제4권3호
• /
• pp.161-167
• /
• 1997

지하 LPG 저장공동의 모니터링 자료를 이용하여 투수계수를 추정하기 위한 Galerkin 유한요소역해석 수치모형(SK-EST)이 개발되었다. 이 역해석 수치모형은 해석영역 전체구간에 대해 수두(압)분포를 근사하여 구성된 행렬방정식을 계산함으로서 투수계수를 산출한다. 실제 적용성을 검증하기 위해 현재 운영중인 지하 LPG 저장공동 간극수압계의 모니터링 자료를 이용한 역해석을 실시하였다. 또한 간극수압계의 작동상태를 확인하기 위해 측정된 심도별 수압측정 자료를 이용하여 심도별 투수계수 변화를 개발된 수치모형(SK-EST)을 이용하여 추정하고 수압시험 결과와 비교하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제28권9호
• /
• pp.1502-1510
• /
• 2018

Organic solvent-tolerant (OST) enzymes are widely applied in various industries for their activity and stability in organic solvents, for their higher substrate solubility, and for their greater stero-selectivity. However, the criteria for identifying OST enzymes largely remain undefined. In this study, we compared the amino acid composition of 19 OST esterases with that of 19 non OST esterases. OST esterases have increased the ratio of Ala and Arg residues and decreased the ratio of Asn, Ile, Tyr, Lys, and Phe residues. Based on our amino acid composition analysis, we cloned a carboxylesterase (EstSP2) from a psychrophilic bacterium, Sphingomonas glacialis PAMC 26605, and characterized its recombinant protein. EstSP2 is a substrate specific to p-nitrophenyl acetate and hydrolyzed aspirin, with optimal activity at $40^{\circ}C$; at $4^{\circ}C$, the activity is approximately 50% of its maximum. As expected, EstSP2 showed tolerance in up to 40% concentration of polar organic solvents, including dimethyl sulfoxide, methanol, and ethanol. The results of this study suggest that selecting OST esterases based on their amino acid composition could be a novel approach to identifying OST esterases produced from bacterial genomes.

• Computers and Concrete
• /
• 제18권3호
• /
• pp.421-439
• /
• 2016

Corrosion of embedded reinforcing bars is recognized as being the major cause of deterioration of reinforced concrete structures. With regard to maintenance strategies of concrete nuclear structures, the monitoring of cracking remains of primary importance. Recently, authors have developed a post-treatment technique to extract crack features from continuous computations. In this paper, such technique is applied to carry out a numerical analysis of an accelerated corrosion test. Obtained results allow highlighting specific propagation and failure mechanisms that characterize corrosion-induced cracking.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제44권4호
• /
• pp.372-378
• /
• 2017

과육색이 다르게 발현되는 사과(Malus domestica L.) 품종의 유전자 발현을 비교하기 위해 2개의 cDNA library를 제작하였다. 붉은 색 과육 품종인 'Redfield'와 백색 과육 품종인 'Granny Smith'의 유전자 발현 차이를 보기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술을 사용하였고 두 품종으로부터 얻은 EST의 염기서열을 결정하고 기존에 보고된 유전자와의 상동성을 분석하였다. HRM 기술은 붉은 색 과육 품종 사과와 백색 과육 품종 사과의 짧은 PCR 증폭산물에서 한 개의 서로 다른 염기서열을 구분하여 분리해낼 수 있다. 'Redfield'와 'Granny Smith'의 EST database로부터 103쌍의 단일염기다형성(SNP) 분자표지를 선발하였고, 붉은 색 과육 품종 10개와 백색 과육 품종 11개를 구분할 수 있는 SNP 분자표지를 HRM 방법으로 분석하였다. 본 연구에서는 사과 EST database를 기반으로 HRM 분석 방법을 이용하여 사과 품종의 적육계와 백육계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하였다. 이러한 SNP 분자표지는 사과육종에 유용하게 사용할 수 있으며 사과 품종의 다양한 색 변화에 관한 분자 기작 연구에 좋은 참고자료가 될 수 있을 것이다.

• 대한토목학회논문집
• /
• 제29권2B호
• /
• pp.193-205
• /
• 2009

태풍은 열대태평양 지역에서 발생하여 북상하면서 우리나라에 영향을 끼치게 되며, 태풍이 우리나라를 지나면서 강풍과 호우를 통하여 자연재해를 유발시키게 된다. 따라서 본 연구에서는 태풍으로 인해 발생하는 호우 사상을 여러 통계적 기법을 통해 정량적으로 평가하였다. 첫 번째로 빈도해석을 통해 확률강우량과 태풍 확률강우량을 산정하여 비교하였다. 두 번째로 미공병단에서 개발한 EST 기법을 통해 태풍의 극치강우량을 평가하여 EST 확률강우량을 산정하였다. 마지막으로 비매개변수적 모의발생기법과 지역가중다항식을 결합하여 태풍에 의한 NL 확률강우량을 추정하였다. 분석결과에서 대상지점 중에서 강릉과 목포는 태풍의 영향을 다른 지점에 비해 많이 받으며, 서울과 인천은 태풍에 의한 호우의 영향이 미비한 것으로 나타났다. 또한, EST 확률강우량과 NL 확률강우량은 관측 자료를 이용하여 장기간의 모의를 통하여 quantile을 산정하므로 주요 수공구조물과 태풍의 영향이 큰 지역에서는 이를 검토할 필요성이 있으며, 태풍특성인자의 모의를 통하여 강우량을 평가하므로 지구온난화 등에 따른 기후변화의 영향에 대한 연구에 활용 할 수 있다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제45권1호
• /
• pp.63-70
• /
• 2017

독도 해저 2,000 미터 퇴적토를 이용한 메타게놈 유전자 은행의 60,672 클론을 기름 성분 tributyrin이 첨가된 배지에서 스크리닝 하였다. 활성을 가진 클론에서 EstES1 유전자를 선발하였다. EstES1은 553개 아미노산으로 구성된 분자량 59.4 kDa 단백질로, 가장 높은 유사성은 Haliangium ochraceum의 carboxylesterase와 44%이었다. EstES1 서열 내부에는 carboxylesterase의 전형적인 penta-peptide motif, catalytic triad 및 N-terminal 부위 37개의 leader sequence가 존재했다. 서열기반 계통분석 결과, EstES1은 신규한 esterase 임을 보여주었다. EstES1 효소의 leader 서열을 제거한 재조합 수용성 RLES1 효소는 탄소 2-12까지 포함된 long acyl ethyl ester 기질을 모두 이용할 수 있지만, p-Nitrophenyl butyrate (C4)에 가장 높은 활성과 turn-over 값을 보였다. 최적 활성은 $45^{\circ}C$, pH 9.0이다(specific activity 255.4 U/mg). 또한 강알칼리 상태인 pH 10.5까지 80% 이상의 활성이 유지되었다. EstES1의 활성은 $60^{\circ}C$에서 내열성을 보여, 1시간 동안 활성을 100% 유지할 수 있다. 효소 활성은 여러 종류의 유기용매 하에서도 안정하게 유지되었다. 따라서, EstES1은 배양이 불가능한 난배양 미생물로부터 유래된 신종 효소 유전자로서, 고온의 지방산 가수분해, 알칼리 상태나유기용매가 존재하는 여러 공정분야에 활용될 수 있다.

• 생명과학회지
• /
• 제19권5호
• /
• pp.587-592
• /
• 2009

임신초기의 배아는 peri-implantation 단계에서 매우 극적인 형태학적변화가 일어나는데, 이는 임신 인식 인자로 작용하는 배아에서 제공된 signal(s)에 의해서 시작되어지며, 나아가서 모성자궁과 배아의 상호 신호전달이 임신의 시작과 유지에 필수적인 인자로 작용한다. 배아형태의 급격한 리모델링에 관련된 세포학적, 생화학적, 유전학적 연구를 위하여, 또한 자궁과 배아의 상호 신호전달에 관여하는 잠재적 유전자 군을 발굴하기 위하여, peri-implantation 시기의 돼지배아를 이용하여 expresses sequences tag (EST) 분석을 실행하였다. 돼지배아 EST 분석으로 임신초기 특히 전 착상 단계에서 발현되는 유전자들의 카탈로그(Transcriptome)를 작성하였다. 그중에서 6개의 clone을 선택하여 그 발현 양식을 배아 및 자궁 등에서 관찰한 결과, 각각의 유전자들은 조직, 세포 유형 및 임신 시기에 따른 특이적인 발현 현상을 나타내었다. 본 연구결과는, 배아와 자궁 내막에서의 유전자 발현이 임신 시기에 따라서 다이내믹한 상호 조절 작용을 하고 있음을 나타낸다. 이는 전 착상단계의 모성자궁에서 배아와 자궁 내막의 상호 신호전달이 전 착상 단계의 배아의 급격한 형태학적 변화를 가능하게하고 또한 착상에 필요한 적절한 자궁 내부 환경을 제공하고 있음을 보여준다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
• /
• 한국자원식물학회 2020년도 춘계학술대회
• /
• pp.45-45
• /
• 2020

A large number of expressed sequence tags (ESTs) in public databases have provided an opportunity for the systematic development of simple sequence repeat (SSR) markers. EST-SSRs derived from conserved coding sequences show considerable cross-species transferability in related species. In the present study, we assessed the utility of foxtail millet EST-SSRs in barnyard millet. A total of 312 EST-SSRs of foxtail millet were tested using 84 Echinochloa crus-galli germplasm accessions; a high rate of transferability (62%) and 46 primer sets (13%) were shown the polymorphism in barnyard millet. The 13% of functional EST-SSRs) was demonstrated between cereals and barnyard millet. SSR marker profile data were scored for the computation of pairwise distances as well as a Neighbor Joining (NJ) tree of all the genotypes. The averaged values of gene diversity (H_E) and polymorphism information content (PIC) were 0.213 and 0.179 within populations, respectively. The 84 barnyard millet germplasm accessions were divided into five different groups, which agreed well with their geographical origins. The exotic 12 accessions of India type barnyard millet (E. frumentacea) were all separated form Korean local collection genotype. The present results provide evidence of divergence between cultured and wild type barnyard, as a millet and grass. The polymorphic SSR markers indicated in this study were of great value in analysis of genetic diversity that can be further used for crop improvement through breeding.

• 한국육종학회지
• /
• 제40권1호
• /
• pp.1-7
• /
• 2008

An attempt was made to link rice embryo proteins to DNA sequences and to understand their functions. One hundred of the 700 spots detected on the embryo 2-DE gels were microsequenced. Of these, 28% of the embryo proteins were matched to DNA sequences with known functions, but 72% of the proteins were unknown in functions as previously reported (Woo et al. 2002). In addition, twenty-four protein spots with 100% of homology and nine with over 80% were matched to ESTs (expressed sequence tags) after expanding the amino acid sequences of the protein spots by Database searches using the available rice EST databases at the NCBI (http://www/ncbi.nlm.nih.gov/) and DDBJ (http://www.ddbj.nig.ac.jp/). The chromosomal location of some proteins were also obtained from the rice genetic map provided by Japanese Rice Genome Research Program (http://rgp.dna.affrc.go.jp). The DNA sequence databases including EST have been reported for rice (Oryza sativa L.) now provides whole or partial gene sequence, and recent advances in protein characterization allow the linking proteins to DNA sequences in the functional analysis. This work shows that proteome analysis could be a useful tool strategy to link sequence information and to functional genomics.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제15권5호
• /
• pp.1067-1072
• /
• 2005

A metagenomic library was constructed using a fosmid vector, and total genomic DNA was extracted directly from soil at Cisolok (hot spring area, Indonesia). This library was composed of 10,214 clones and screened for lipolytic enzyme on tributyrin agar plates. An esterase gene (estMa) was subcloned and sequenced from a positive lipolytic active clone. Esterase EstMa was encoded by a 954-bp open reading frame and showed low ($11-33\%$) amino acid similarity to known esterases. The amino acid sequence analysis demonstrated that the enzyme is a new member of lipolytic enzyme family VI. The estMa gene encodes a preprotein of 317 amino acids with a predicted molecular mass of 34,799 Da. The purified enzyme exhibited optimal activity at $50^{\circ}C$ and pH 6.5. The $K_m,\;and\;V_{max}$ values of EstMa for the hydrolysis of p-nitrophenyl valerate were $45.3\;{\mu}M$ and 4.45 U/mg, respectively.