• 제목/요약/키워드: DsbA

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Crystal Structure of DsbA from Corynebacterium diphtheriae and Its Functional Implications for CueP in Gram-Positive Bacteria

  • Um, Si-Hyeon;Kim, Jin-Sik;Song, Saemee;Kim, Nam Ah;Jeong, Seong Hoon;Ha, Nam-Chul
    • Molecules and Cells
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    • 제38권8호
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    • pp.715-722
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    • 2015
  • In Gram-negative bacteria in the periplasmic space, the dimeric thioredoxin-fold protein DsbC isomerizes and reduces incorrect disulfide bonds of unfolded proteins, while the monomeric thioredoxin-fold protein DsbA introduces disulfide bonds in folding proteins. In the Gram-negative bacteria Salmonella enterica serovar Typhimurium, the reduced form of CueP scavenges the production of hydroxyl radicals in the copper-mediated Fenton reaction, and DsbC is responsible for keeping CueP in the reduced, active form. Some DsbA proteins fulfill the functions of DsbCs, which are not present in Gram-positive bacteria. In this study, we identified a DsbA homologous protein (CdDsbA) in the Corynebacterium diphtheriae genome and determined its crystal structure in the reduced condition at $1.5{\AA}$ resolution. CdDsbA consists of a monomeric thioredoxin-like fold with an inserted helical domain and unique N-terminal extended region. We confirmed that CdDsbA has disulfide bond somerase/reductase activity, and we present evidence that the N-terminal extended region is not required for this activity and folding of the core DsbA-like domain. Furthermore, we found that CdDsbA could reduce CueP from C. diphtheriae.

DDS(Direct Digital Synthesis)를 이용한 6채널DSB(Double-SideBand) 변조기 구현에 관한 연구 (A Study on Implementation of 6 Channel DSB Modulator using DDS)

  • 하재승
    • 한국컴퓨터산업학회논문지
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    • 제2권8호
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    • pp.1063-1068
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    • 2001
  • 본 논문에서는 DDS 기법을 사용하여 광학음향효과 발생기의 고 정밀 6채널 DSB 변조기를 설계를 하였다. 또한 IEEE-488 인터페이스를 사용하여 다른 계측기와의 연동이 가능하도록 구성하였으며, DDS와 DAC의 제어를 위한 디바이스 드라이버를 80C51계열의 마이크로프로세서 어셈블러를 이용하여 작성하였다. 이러한 결과로 고 정밀 6채널 DSB 변조기는 기존의 변조기에 비해 주파수 가변 범위, 분해능, 스위칭 시간 등의 중요한 특성들이 개선되었으며, 이로 인해 정밀한 주파수 합성 시스템으로 사용이 가능할 것이라 예측된다.

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광 반송파가 억압된 양측 대역 방식의 광 혼합을 통하여 발생된 밀리미터파 대역 연속파에서 광 반송파 억압 레벨에 따른 위상 잡음 특성 분석 (Phase Noise Characterization with Optical Carrier Suppression Level on Continuous Wave in the Ranges of Millimeter Waves Generated by Photomixing of Optical Double Sideband-Suppressed Carrier(DSB-SC))

  • 김성일;강광용
    • 한국전자파학회논문지
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    • 제20권9호
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    • pp.974-982
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    • 2009
  • 주파수 안정성 이 우수한 밀리미터파 및 테라헤르츠파 대역 연속파(Continuous Wave: CW) 신호를 발생시키기 위하여 상관관계가 큰 서로 다른 두 파장의 광 신호를 비팅(beating) 시켜 광 혼합(photomixing) 방법에 관한 많은 연구가 진행되고 있다. 광 반송파가 억압된 양측 대역(Double Sideband-Suppressed Carrier: DSB-SC) 방식은 단일 파장 광 신호를 국부 발진기와 광 변조기를 이용하여 CW 변조함으로써 상관관계가 큰 서로 다른 두 파장의 광 신호를 생성하는 방법이다. 본 논문에서는 DSB-SC를 이용한 광 혼합 밀리미터파 및 테라헤르츠파 대역 CW신호 발생 방법에서 광 반송파 억압 레벨에 따른 밀리미터파 및 테라헤르츠파 대역 CW 신호의 파워 및 위상 잡음 특성을 수치적으로 분석하고 실험적으로 증명하였다. 측정 결과, 광 반송파의 억압 레벨에 따라서 밀리미터파 및 테라헤르츠파 대역 CW 신호의 파워와 위상 잡음이 각각 23.9 dB와 21 dBc/Hz(@ 1 MHz offset frequency) 개선됨을 확인하였다. DSB-SC 방법을 다룬 기존 문헌에서는 직관적으로 광 반송파 억제 레벨을 중요성을 언급하였으나, 본 논문에서는 수식 및 측정 데이터에 기반한 밀리미터파 및 테라헤르츠파 대역 CW신호의 특성 향상을 위한 광 반송파 억제 레벨의 중요성을 확인하였다. 따라서 본 논문의 결과는 광 혼합 방법을 이용한 밀리미터파 및 테라헤르츠파 대역 CW 신호 발생 연구를 위한 기본적인 데이터로서 활용 가치가 높다.

경쟁시장내의 수요자원입찰을 고려한 모선별 한계가격의 구성요소산정 기법 (Calculation for Components of Locational Marginal Price considering Demand-Side Bidding in a Competitive Electricity Market)

  • 김현홍;김진호;박종배;신중린
    • 전기학회논문지
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    • 제57권7호
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    • pp.1157-1166
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    • 2008
  • This paper presents a new approach for the evaluation of location marginal prices (LMPs) considering demand-side bidding (DSB) in a competitive electricity market. The stabilization of the electric power supply and demand balance is one of the major important activities in electric power industry. In this paper, we present an analytical method for calculation of LMPs considering DSB, which has opportunity to compete with generating units, as England & Wales Pool's DSB scheme[1]. Also, we propose a new approach that LMP considering DSB is divided into three components. The proposed approach can be used for the evaluation of demand-side bidding into the electricity market and the assessment of the influence of DSB on total production costs and LMPs as well as three components.

Ubiquitin E3 ligases in cancer: somatic mutation and amplification

  • Eun-Hye Jo;Mi-Yeon Kim;Hyung-Ju Lee;Hee-Sae Park
    • BMB Reports
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    • 제56권5호
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    • pp.265-274
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    • 2023
  • Defects in DNA double-strand break (DSB) repair signaling permit cancer cells to accumulate genomic alterations that confer their aggressive phenotype. Nevertheless, tumors depend on residual DNA repair abilities to survive the DNA damage induced by genotoxic stress. This is why only isolated DNA repair signaling is inactivated in cancer cells. DNA DSB repair signaling contributes to general mechanism for various types of lesions in diverse cell cycle phases. DNA DSB repair genes are frequently mutated and amplified in cancer; however, limited data exist regarding the overall genomic prospect and functional result of these modifications. We list the DNA repair genes and related E3 ligases. Mutation and expression frequencies of these genes were analyzed in COSMIC and TCGA. The 11 genes with a high frequency of mutation differed between cancers, and mutations in many DNA DSB repair E3 ligase genes were related to a higher total mutation burden. DNA DSB repair E3 ligase genes are involved in tumor suppressive or oncogenic functions, such as RNF168 and FBXW7, by assisting the functionality of these genomic alterations. DNA damage response-related E3 ligases, such as RNF168, FBXW7, and HERC2, were generated with more than 10% mutation in several cancer cells. This study provides a broad list of candidate genes as potential biomarkers for genomic instability and novel therapeutic targets in cancer. As a DSB related proteins considerably appear the possibilities for targeting DNA repair defective tumors or hyperactive DNA repair tumors. Based on recent research, we describe the relationship between unstable DSB repairs and DSB-related E3 ligases.

DSB-SC 변조에 의한 광 밀리미터파 신호 발생 (Optical Millimeter-Wave Generation Based on DSB-SC Modulation)

  • 최재원;최경선;서동선;전영민;이석
    • 한국광학회:학술대회논문집
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    • 한국광학회 2002년도 제13회 정기총회 및 2002년도 동계학술발표회
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    • pp.178-179
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    • 2002
  • We generate optical millimeter-waves by double-sideband suppressed carrier (DSB-SC) modulation using a Mach-Zehnder (MZ) modulator biased at the minimum power. The DSB-SC modulation allows the high-frequency intensity modulation for millimeter-wave generation at the twice of the MZ modulator driving frequency.

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유류오염 토양/지하수 정화를 위해 개발된 DSB(Deep-Site Biopile) System 현장적용특성 (Site Application Characteristics of Deep-Site Biopile System for Cleaning Oil-Contaminated Soil/Underground Water)

  • 한승호;공성호;강정우
    • 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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    • 제10권2호
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    • pp.28-34
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    • 2005
  • 본 논문은 유류로 오염된 부지를 DSB(Deep-site Biopile) system을 이용하여 정화함으로써 적용 가능한 현장특성을 평가하기 위한 것이다. 오염부지는 유류가 유출되어 깊이 약 2.5 m 부근에 위치하는 지하수의 흐름에 띠라 광범위하게 오염(총 $7,201m^3$) 되어 있었으며, 투수성이 좋은 Sand층으로 구성되어 있다. 부지 내 설치된 배관은 각 지점마다 독립적으로 제어될 수 있도록 하였으며, DSB system의 가동은 24시간을 기준으로 30분 가동/30분 정지되도록 하였다. 오염부지 내 오염원이 저감되는 현황을 파악하기 위하여 DSB system 가동시간에 따른 시료채취 작업을 수행한 결과, DSB system 가동 후 약 30여일 만에 총석유계탄화수소 및 BTEX 오염원이 약 50% 이상 저감되었으며 약 165일이 경과한 후에는 토양오염 확인기준 이하로 저감되어 정화작업이 정상적으로 완료되었다. 이와 같이 본 DSB system은 기존에 적용되어 왔던 생물학적 공법들과는 달리 높은 농도의 유류화합물로 오염되어 있는 토양 및 지하수를 약 6개월의 단기간에 효과적으로 처리할 수 있었으며 정화 system을 지상이 아닌 지중에 설치함으로써 별도의 부지가 확보되지 않은 경우에도 적용할 수 있는 특성이 있음을 알 수 있었다.

Ku complex suppresses recombination in the absence of MRX activity during budding yeast meiosis

  • Yun, Hyeseon;Kim, Keunpil
    • BMB Reports
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    • 제52권10호
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    • pp.607-612
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    • 2019
  • During meiosis, programmed double-strand breaks (DSBs) are repaired via recombination pathways that are required for faithful chromosomal segregation and genetic diversity. In meiotic progression, the non-homologous end joining (NHEJ) pathway is suppressed and instead meiotic recombination initiated by nucleolytic resection of DSB ends is the major pathway employed. This requires diverse recombinase proteins and regulatory factors involved in the formation of crossovers (COs) and non-crossovers (NCOs). In mitosis, spontaneous DSBs occurring at the G1 phase are predominantly repaired via NHEJ, mediating the joining of DNA ends. The Ku complex binds to these DSB ends, inhibiting additional DSB resection and mediating end joining with Dnl4, Lif1, and Nej1, which join the Ku complex and DSB ends. Here, we report the role of the Ku complex in DSB repair using a physical analysis of recombination in Saccharomyces cerevisiae during meiosis. We found that the Ku complex is not essential for meiotic progression, DSB formation, joint molecule formation, or CO/NCO formation during normal meiosis. Surprisingly, in the absence of the Ku complex and functional Mre11-Rad50-Xrs2 (MRX) complex, a large portion of meiotic DSBs was repaired via the recombination pathway to form COs and NCOs. Our data suggested that Ku complex prevents meiotic recombination in the elimination of MRX activity.

${\gamma}-Ray$ 조사에 따른 사람의 정상임파구와 마우스 정상임파구의 DNA Double Strand Break 발생율에 대한 비교분석 (Evaluation of DNA Double Strand Breaks in Human and Mouse Lymphocyte Following ${\gamma}-Irradiation$)

  • 김태환;김성호;정인용;조철구;고경환;류성렬
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제11권2호
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    • pp.219-225
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    • 1993
  • 각 방사선량의 조사에 따른 사람 정상임파구, 마우스 정상임파구, 그리고 EL-4마우스 백혈병 세포의 DNA double strand breaks 발생율에 대하여 비교분석 하였던 바 다음과 같은 결과를 얻었다. LPS와 PHA를 첨가하여 각각 배양한 마우스 정상임파구의 DNA double strand breaks의발생율을 strand scission factor의 기울기로 비교평가해 본 바 LPS를 첨가배양한 군이 DNA DSB가 더 많이 형성되었다(P<0.005). 이것으로 볼 때 DNA double strand breaks발생에 있어서는 B cells이 T cells보다 더 민감하였다. 또한 EL-4 백혈병 세포는 정상 임파구보다 유의하게 DNA DSB가 더 많이 형성된 것이 관찰되었다(p<0.005). 한편 사람 정상임파구와 마우스 정상임파구 사이의 intrinsic radiosensitivity는 시험관내 실험에서 비교적 유사한 kinetics를 나타냈으나, 마우스 정상임파구가 사람 정상임파구보다 DNA DSB수율이 더 낮았다. 그래서 방사선을 조사하고 3.5시간이 지난후에 $10\%$ DNA DSB발생에 필요한 선량을 두 군간에 비교평가해 본 바 마우스 정상임파구의 선량이 더 높게 나타났다. 이상의 실험결과를 정확하게 설명하기는 어 렵지만 아마도 환경적인 요인과 유전적인 요인 때문인 것으로 사료되었다. 그리고 본 연구결과는 방사선조사에 따른 임상반응의 이해와 cytometric assessment의 방사선 생물학적 parameter로 이용될 수 있을 것으로 판단되었다.

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단일전구체(1,3-DSB)에 의한 저온 SiC박막 성장에 관한 연구 (A Study on the Low Temperature Growth of SiC Film with a 1,3-DSB Precursor)

  • 양재웅;노대호;윤진국;김재수
    • 한국표면공학회지
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    • 제36권2호
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    • pp.141-147
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    • 2003
  • Silicon carbide thin film was deposited in APCVD and LPCVD system with 1,3-DSB precursor 1,3-DSB is the single precursor to deposit SiC on Si at low temperature. SiC film was deposited at $850^{\circ}C$ lower than ordinary temperature ($1000~1200^{\circ}C$) in CVD process. SiC thin film glowed to high oriented (111) plane in APCVD system. In LPCVD system, SiC film groved to preferred (220) plane at same temperature. This discrepancy between preferred planes can be described by the difference of deposition mechanism. Amorphous phase and crystal defect were observed in APCVD system with the main growth mechanism of mass transport limited region. But in LPCVD system, we got the SIC film of uniform, faceted structure and high quality.