Many Firms consider the application of a cross-docking system to reduce inventory and lead-time. However, most studies mainly concentrate on the design of a cross-docking system. This study presents the method that selects the cross-docking center under the existing logistics network. Describing the operation environment to apply the cross-docking system, the selection criteria of the cross-docking center, and the main constraints of transportation planning under the environment of multi-level logistics network, we define the selection problem of the cross-docking center applied to a logistics field. We also define the simulation model that can analyze variously the cross-docking volume and develop the selection methodology of the cross-docking center. The simulation model presents the algorithm and influence factors of the cross-docking system, the decision criteria of the system, policy parameter, and input data. In addition, this study analyzes the effect of increasing the number of simultaneous receiving and shipping docks, and the efficiency of the overnight transportation and cross-docking by evaluating each scenario after simulating the scenarios with the practical data of the logistics field.
The more deeply the researches make progress in ocean researches including the seabed resource investigation or the oceanic ecosystem investigation, the more important the role of UUV gets. In case of study on the deep sea, there are difficulties in telecommunications between AUV and ships, and in data communication and recharging. Therefore, docking is required. In AUV docking system, the AUV should identify the position of docking device and make contact with a certain point of docking device. MOERI (Maritime & Ocean Engineering Research Institute), KORDI has conducted the docking testing on AUV ISIMI in KORDI ocean engineering water tank. As AUV ISIMI approachs the docking device, there is some cases of showing an unstable attitude, because the lights which is on Image Frame are disappeared. So we propose the docking algorithm that is fixing the rudder and stem, if the lights on image frame are reaching the specific area in the Image Frame. Also we propose the new docking device, which has a variety of position and light number. In this paper, we intend to solve the some cases of showing an unstable attitude that were found in the testing, which, first, will be identified the validity via simulation.
Recently many firms operate a cross-docking center in addition to run a distribution center to reduce logistics costs and maintain or enhance logistics service. However, it is true that many firms just operate their cross-docking centers as they are without any change, in spite of that the location of the cross-docking center should be changed and operated when the location of distribution center is changed and moved. This study presents the method that re-selects the location of the cross-docking center when the existing distribution center is changed. Describing the operation environment to apply the cross-docking system and the selection criteria of the cross-docking center under the environment of changeable logistics network, we define the simulation model which can analyze and select the location of the cross-docking center applied to a logistics field. The simulation model presents experiential algorithm selecting the location with the data of the demand point such as volume, transportation costs, and delivery distance.
Dockings of 4,5-diarylpyrroles into cyclooxygenase-1 and cyclooxygenase-2 were carried out by GOLD program. The sulfonyl groups bonded to 5-phenyl ring of 4,5-diarylpyrroles are directed to Arg513 of COX-2 and Tyr385 of COX-2 docking modes of pyrroles are different from COX-1. Tyr385 and Arg120 of COX-1 and COX-2 have been recognized as important residues. Val523 of COX-2 may be also important. A new COX-2 selective inhibitors could be designed from the docking study.
한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium
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pp.221-233
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2004
Molecular docking falls into the general category of global optimization problems since its main purpose is to find the most stable complex consisting of a receptor and its ligand. Conformational space annealing (CSA), a powerful global optimization method, is incorporated with the Tinker molecular modeling package to perform molecular docking simulations of six receptor-ligand complexes (3PTB, 1ULB, 2CPP, 1STP, 3CPA and 1PPH) from the Protein Data Bank. In parallel, Monte Carlo with minimization (MCM) method is also incorporated into the Tinker package for comparison. The energy function, consisting of electrostatic interactions, van der Waals interactions and torsional energy terms, is calculated using the AMBER94 all-atom empirical force field. Rigid docking simulations for all six complexes and flexible docking simulations for three complexes (1STP, 3CPA and 1PPH) are carried out using the CSA and the MCM methods. The simulation results show that the docking procedures using the CSA method generally find the most stable complexes as well as the native -like complexes more efficiently and accurately than those using the MCM, demonstrating that CSA is a promising search method for molecular docking problems.
In this study, the model developed by Hong (2012) was modified to describe the consecutive docking/undocking situation and was also applied to investigate the effect on seawater circulation in Busan port by consecutive docking/undocking at the connecting bridge of Busan port. Numerical experiments for various docking/undocking cases were performed by dumping the initial concentration within Busan Port and indicated that the concentration in Busan port becomes steady state without numerical wiggles after sufficient time (at least 20 or 30 days). In addition, it was found that the seawater circulation under ship docking was slightly reduced in comparison with that under ship undocking, and the approach time to the target concentration under all the docking cases increased in comparison with the undocking case.
In order to avoid the high cost and high risk of demonstration mission of rendezvous-docking technology, missions using nanosatellites have recently been increasing. However, there are few successful mission cases due to many limitations of nanosatellites like small size, power limitation, and limited performances of sensor, thruster, and controller. To improve the probability of rendezvous-docking mission success using nanosatellite, a rendezvous-docking phase analysis tool for nanosatellites is developed. The tool serves to analyze the relative position and attitude control of the chaser satellite at the docking phase. In this tool, the Model Predictive Controller (MPC) is implemented as a controller, and Extended Kalman Filter (EKF) is adopted as a filter for noise filtering. To verify the performance and effectiveness of the developed tool for nanosatellites, simulation study was conducted. Consequently, we confirmed that this tool can be used for the analysis of relative position and attitude control for nanosatellites in the rendezvous-docking phase.
Since it is of great importance to know how a ligand binds to a receptor, there have been a lot of efforts to improve the quality of prediction of docking poses. Earlier efforts were focused on improving search algorithm and scoring function in a docking program resulting in a partial improvement with a lot of variations. Although these are basically very important and essential, more tangible improvements came from the reduction of search space. In a normal docking study, the approximate active site is assumed to be known. After defining active site, scoring functions and search algorithms are used to locate the expected binding pose within this search space. A good search algorithm will sample wisely toward the correct binding pose. By careful study of receptor structure, it was possible to prioritize sub-space in the active site using "receptor-based pharmacophores" or "hot spots". In a sense, these techniques reduce the search space from the beginning. Further improvements were made when the bound ligand structure is available, i.e., the searching could be directed by molecular similarity using ligand information. This could be very helpful to increase the accuracy of binding pose. In addition, if the biological activity data is available, docking program could be improved to the level of being useful in affinity prediction for a series of congeneric ligands. Since the number of co-crystal structures is increasing in protein databank, "Ligand-Guided Docking" to reduce the search space would be more important to improve the accuracy of docking pose prediction and the efficiency of virtual screening. Further improvements in this area would be useful to produce more reliable docking programs.
The respective delivering vehicle loaded with the own cargo moves into the respective delivery area. At the base, the delivery points D1 and D2, for example, have the same starting point but the destination is different. The average delivering time of the delivery vehicle is mostly more than 8 hours a day. Therefore, the efficiency of delivery is generally low. In this study, the deliveries will be forwarded from a base station to a delivery point where cross docking will be applied to a single vehicle, and will be distributed from the cross docking point through cross docking. If the distribution is implemented, one vehicle will not have to be operated from the base to the cross docking point. In that case, logistics cost will be reasonably saved by the reduction of transportation cost and labor time. If one vehicle only runs from the base to the cross docking point, each vehicle will be operated in two shifts, and the vehicle operation can be efficiently implemented. This research model is based on the assumption that the 3 types of ratios between the traffic volume of the vehicles starting at the base and the vehicles waiting at the cross docking point are set to the first ratio of 30% to 70%, the second ratio of 50% to 50% and the final ratio of 70% to 30%. As a result of the study, The delivery time in the cross docking point is much higher than that in present on the condition that the cargo volume in the D2 area is more than 50%. Likewise, the delivery time is slightly higher on the condition that the cargo volume is less than 50%. Time is reduced in terms of 50% model like AS-IS model.
We have studied unbound docking for 12 protein-protein complexes using conformational space annealing (CSA) combined along with statistical pair potentials. The CSA, a powerful global optimization tool, is used to search the conformational space represented by a translational vector and three Euler amgles between two proteins. The energy function consists of three statistical pair-wise energy terms; one from the distance-scaled finite ideal-gas reference state (DFIRE) approach by Zhou and the other two derived from residue-residue contacts. The residue-residue contact terms describe both attractive and repulsive interactions between two residues in contact. The performance of the CSA docking is compared with that of ZDOCK, a well-established protein-protein docking method. The results show that the application of CSA to the protein-protein docking is quite successful, indicating that the CSA combined with a good scoring function is a promising method for the study of protein-protein interaction.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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