• 미생물학회지
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• 제49권3호
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• pp.270-274
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• 2013

서양뒤영벌(Bombus terrestris)은 꿀벌의 봉군붕괴증후군(colony collapse disorder)에 대한 대체 화분매개곤충으로서 농업분야에서 중요한 역할을 하고 있다. 최근 서양뒤영벌에서 바이러스, 세균, 응애 등의 여러 병원체와 기생체가 발견되었고, 이들은 서양뒤영벌의 수명과 생식력 등에 영향을 주는 것이 알려져 있다. 서양뒤영벌 야외개체군에서 Nosema spp.를 탐지하기 위해, 서양뒤영벌 성충으로부터 genomic DNA를 추출하여 Nosema spp. 유전자들에 대해 polymerase chain reaction (PCR)을 수행하였다. 이들 유전자 중에서 small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) 유전자만이 증폭되었고, 염기서열분석을 통해 N. ceranae로 확인된 것은 조사된 야외개체군에서 N. ceranae가 서양뒤영벌의 주된 감염체임을 보여준다. Quantitative real-time PCR (qRT-PCR)을 이용하여 SSU rRNA 유전자를 탐지하기 위해, 먼저 PCR을 통해 SSU rRNA 유전자의 2개 영역에 대한 유전자 특이적 증폭을 확인하였다. qRT-PCR을 이용하여 각 개체에서 얻은 genomic DNA의 순차적인 농도희석를 통해 $0.85ng/{\mu}l$ 이하의 genomic DNA 농도에서도 SSU rRNA 유전자가 성공적으로 증폭되는 것이 확인되었다. 이러한 실험 결과, qRT-PCR를 이용한 N. ceranae 특이 유전자 증폭은 서양뒤영벌의 병원체 감염 진단 뿐만 아니라 생태계 위해성 평가에도 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제28권11호
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• pp.1268-1276
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• 2018

Cytidine analog decitabine (DEC)은 핵산 합성의 억제제로서 골수이형성 증후군 및 급성 골수성 백혈병 치료제로 사용되고 있다. 산화질소 합성에서 번역 단계를 억제하는 것으로 알려진 ammonium pyrrolidine dithiocarbamate (PDTC)는 $NF-{\kappa}B$의 대표적인 억제제이다. 본 연구에서는 인체 위암 AGS 세포를 대상으로 DEC와 PDTC의 병용 처리에 따른 세포증식 억제 기전을 조사하였다. 본 연구의 결과에 따르면 PDTC에 의한 AGS 세포의 증식 억제 효과는 DEC에 의해 농도 의존적으로 유의하게 증가하였으며, 이는 G2/M기의 세포주기 정지 및 apoptosis 유도와 관련이 있었다. PDTC와 DEC의 병용 처리에 의한 세포 사멸의 유도는 DNA 손상 유도와 관련이 있음을 H2AX의 인산화 증가로 확인하였다. 아울러 PDTC와 DEC의 병용 처리는 미토콘드리아 막 전위의 파괴를 유도하고, 세포 내 활성산소종(ROS)의 생성과 Bax의 발현을 향상시키고, Bcl-2 발현을 감소시켰으며 미토콘드리아에서 세포질로의 cytochrome c 유출을 증가시켰다. 또한 PDTC과 DEC의 병용 처리는 외인성 및 내인성 apoptosis 개시 caspase에 해당하는 caspase-8과 caspase-9의 활성뿐만 아니라 caspase-3의 활성화와 PARP 단백질의 분해를 유도하였다. 결론적으로 본 연구의 결과는 PDTC와 DEC의 병용 처리가 DNA 손상을 유발하고, ROS 증가와 연계된 외인성 및 내인성 apoptosis 사멸 경로를 활성화시킴으로써 AGS 세포의 증식을 억제하였음을 의미한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제9권2호
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• pp.184-190
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• 1999

The use of the polymerase chain reaction (PCR) method was described using two sets of primers based on the ceuN gene (JEJ 1 and JEJ 2) which encodes a protein involved in siderophore transport and 16S rRNA gene (pA and pB) for the sensitive and specific detection of enteropathogen Campylobacter jejuni. Six oligonucleotides were utilized in an amplification experiment and PCR products of predicted sizes were generated from whole cells and boiled cell lysates at the same intensity. Two sets of the primer pairs, JEJ and pAB, were specific enough for all C. jejuni strains tested for the direct use of whole cells without DNA extraction or lysis steps. In the PCR using the pAB primer pair, the detection limit, as determined by the ethidium bromide staining of the amplification products on agarose gels, was at the level of $10^1$ bacteria cells or less in both the pure culture and artificially inoculated milk and chicken enrichment samples, whereas the detection limit with the JEJ primer pair was relatively low, i.e. $10^3$ cells or more in the same PCR samples. The PCR method using either a primer JEJ or pAB was both repeatable and specific for the detection of C. jejuni in food. This method is simply completed within 4 h.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권1호
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• pp.63-69
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• 1997

Erythropoietin(EPO)은 적혈구 모세포의 분화와 성장을 중재하는 당단백질이며 담배 식물체에서 재조합 사람 EPO를 생산하기 위해 CaMV 35S promoter를 갖는 발현 vector인 pBI$\Delta$GUS121, pBD$\Delta$ GUS121, pPEV-1을 이용하여 5.4kb의 EPO genomic DNA를 cloning 하였고 Agrobacterium tumefaciens에 의한 형질전환에 의해 Nicotiana tabacum (var. Xanthi)으로 도입되었다. Kanamycin을 포함하는 MS 배지에서 각각의 construct에 대하여 10 km 저항성 식물체들이 얻어졌다. 형질전환된 식물체의 게놈에 EPO genomic DNA의 정확한 결합은 polymerase chain reaction에 의해 332bP의 DNA 조각에 의해 확인되었으며 Northern blot 결과 1.8 kb의 전사체들이 식물체 잎에서 발현 축적되는 것이 확인되었다. Promoter의 수나 5'-UTS 서열에 의한 mRNA 양에는 변화가 없었지만 식물체 게놈에 결합된 위치 및 copy number에 의해 mRNA 수준에 영향을 주는 것으로 밝혀졌다. EPO 항체를 이용한 Western blot 결과 식물체에서 발현된 EPO 단백질의 크기는 동물세포에서 발현된 37kDa 보다 작은 30 kDa 이었다. 이는 식물체에서 modification(glycosylation) system은 동물세포에서와는 다르다는 것을 보여준다.

• 대한수의학회지
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• 제57권2호
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• pp.79-88
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• 2017

The study of canine vector-borne diseases in the Philippines started in the 1970s but only gained interest in the past decade. Characterization of such diseases in the Philippines remains incomplete, thus, it is necessary to obtain additional information on the prevalence and diversity of canine tick-borne diseases in the country. In this study, blood samples were obtained at two veterinary clinics in Metro Manila, Philippines from 114 dogs suspected of having canine tick-borne pathogens. Polymerase chain reaction (PCR) was performed on whole blood DNA extracts followed by sequencing, and the following pathogens were detected: Hepatozoon (H.) canis (5.26%), Babesia (B.) vogeli (5.26%), Ehrlichia (E.) canis (4.39%), and Anaplasma platys (3.51%). Additionally, a set of multiplex PCR primers were developed to detect H. canis, Babesia spp. (B. canis and B. vogeli), and E. canis in canine blood. Multiplex and conventional single-reaction PCR results for the 114 dog blood samples were similar, except for one H. canis sample. Multiplex PCR is, therefore, a useful tool in screening infected dogs in veterinary clinics. This study's results, together with those of previous studies in the country, show that canine vector-borne pathogens are an emerging veterinary concern in the Philippines.

• 생명과학회지
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• 제9권5호
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• pp.556-563
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• 1999

Presence of antibody to the capsid protein p24 is the main diagnostic criterion, since this reflects reliable antibody response to HIV infection. However, it takes about 6-8 weeks for antibody production after infection and people who are infected but antibodies are not produced yet are classified as seronegative. Therefore, there is a strong need for an improved diagnostic method for better health security. As a first step for developing such an improved diagnostic system, gag protein of human immunodificiency virus type 1 was expressed in E. coli DH5$\alpha$. The gag fragment of HIV-1 (including a portion of p17 and whole p24) was amplified by polymerase chain reaction (PCR) and BamH I/EcoR I sites were created during PCR. The amplified DNA fragment was cleaved with BamH I/EcoR I and was subcloned into the GEX-2T vector which had been digested with BamHI/EcoRI, resulting gene fusion with gst gene of pGEX-2T. The recombinant DNA was transferred into E. coli DH5$\alpha$. The transformed bacteria were grown at 37$^{\circ}C$ for 3h and protein expression was induced with 0.1mM IPTG at $25^{\circ}C$ for 3h. Recombinant gag protein or GST-gag fusion protein was purified with glutathione-sepharose 4B bead and migrated as a single band when analyzed by 10% polyacrylamide gel. These proteins were confirmed by immunoblotting with anti-GST goat sera or Korean AIDS patients sera. The results of this study establish the expression and single step pulification of HIV-1 gag protein which can specifically bind with Korean AIDS patients sera.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제52권12호
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• pp.1358-1363
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• 2009

목 적:호흡기 감염의 증상이 없는 소아들을 대상으로 다중 역전사중합효소연쇄반응법(multiplex reverse transcription-polymerase chain reaction; mRT-PCR)을 이용하여 비인두 상주균의 이환율을 알아보고자 하였다. 방 법:2008년 7월 25일부터 28일까지 33명의 소아들을 대상으로 비강 면봉채취법으로 검체를 채취하였으며, 이들은 검체 채취 당시 심각한 호흡기 감염의 증상이 없었다. 모아진 검체에서 DNA를 추출한 후 multiplex primer set ($Seeplex^{(R)}$ PneumoBacter ACE Detection, Seegene, Seoul, Korea)로 PCR을 진행하였다. 증폭된 반응산물은 2% agarose gel과 전기 영동 자동화 시스템인 screen tape system (Lab901, Scottland, UK)에 각각 전기 영동하여 확인하였다. 결 과:전체 33명의 소아 중 남아는 15명 여아는 18명이었으며, 나이는 3.2세에서 16.3세로 중앙값은 8.2세였다. mRT-PCR 결과 30명(90.9%)의 소아들에서 양성을 보였으며(S. pneumoniae, H. influenzae, C. pneumoniae, B. pertussis), 이들 중 13명(39.4%)에서 2가지 이상의 균이 검출되었다. 균의 종류로는 12명(36.4%)에서는 S. pneumoniae와 H. influenzae, 1명(3.0%)에서는 S. pneumoniae, H. influenzae와 C. pneumoniae이 검출되었다.. 결 론:mRT-PCR은 비인두 상주균의 동정에 있어서 민감도가 높은 방법으로 생각된다. 하지만 비인두 상주균에 대한 PCR 결과가 소아들의 임상 양상과 어느 정도 일치할지에 대해서는 더 많은 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• 원예과학기술지
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• 제18권2호
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• pp.103-106
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• 2000

RAPD 방법을 이용하여 국내자생 자란과 일본자생 자란의 유전적 다형성을 연구하였다. PCR 결과 156개의 재현성을 보이는 band를 얻었으며 그 중 58개가 다형성을 보였고 98개는 단일성을 나타냈다. 유연관계 분석 결과 자란은 세가지의 그룹으로 분류되었다. 첫 번째 그룹은 국내 A(자생일반종), B(목포산 자생 반엽종), C(자생 반엽종) 그리고 일본품종 D와 E(일본자생 일반종)가 속한다. 국내 무늬종 B와 C의 유사도 0.806, 일본품종 D와 E는 0.778로 매우 높게 나타났다. 두 번째 그룹은 일본품종 G(일본자생 왜성종)만이 분류되었다. 그리고 세 번째 그룹은 일본자생 무늬종인 F와 H(일본자생 무늬종)가 포함되었다.

• Journal of Veterinary Science
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• 제24권3호
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• pp.38.1-38.12
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• 2023

Background: Poor disease management and irregular vector control could predispose sheltered animals to disease such as feline Bartonella infection, a vector-borne zoonotic disease primarily caused by Bartonella henselae. Objectives: This study investigated the status of Bartonella infection in cats from eight (n = 8) shelters by molecular and serological approaches, profiling the CD4:CD8 ratio and the risk factors associated with Bartonella infection in shelter cats. Methods: Bartonella deoxyribonucleic acid (DNA) was detected through polymerase chain reaction (PCR) targeting 16S-23S rRNA internal transcribed spacer gene, followed by DNA sequencing. Bartonella IgM and IgG antibody titre, CD4 and CD8 profiles were detected using indirect immunofluorescence assay and flow cytometric analysis, respectively. Results: B. henselae was detected through PCR and sequencing in 1.0% (1/101) oral swab and 2.0% (1/50) cat fleas, while another 3/50 cat fleas carried B. clarridgeiae. Only 18/101 cats were seronegative against B. henselae, whereas 30.7% (31/101) cats were positive for both IgM and IgG, 8% (18/101) cats had IgM, and 33.7% (34/101) cats had IgG antibody only. None of the eight shelters sampled had Bartonella antibody-free cats. Although abnormal CD4:CD8 ratio was observed in 48/83 seropositive cats, flea infestation was the only significant risk factor observed in this study. Conclusions: The present study provides the first comparison on the Bartonella spp. antigen, antibody status and CD4:CD8 ratio among shelter cats. The high B. henselae seropositivity among shelter cats presumably due to significant flea infestation triggers an alarm of whether the infection could go undetectable and its potential transmission to humans.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제45권6호
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• pp.911-916
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• 2003

돼지 Duroc 품종의 mitochondria DNA D-loop전체 유전자를 증폭하기 위하여 많은 동물에서 고도로 상동성이 높은 tRNA-Pro와 tRNA-Phe 염기서열 일부를 이용하여 oligonucleotide primer를 제작하였다. 그 결과 Duroc 품종의 D-loop 전체 유전자는 1,145 base pairs 였으며, 그 중간위치에 10bp의 Sus Scrofa-specific sequence (TACACGTGCG)가 10개 존재하고 있었다. 돌연변이 검출을 위하여 가장 변이가 심한 지역을 primer 제작하여 345 bp의 DNA 단편을 증폭하였으며, Single Stranded Conformation Polymorphism(SSCP) 분석은 8% polyacrylamide gel에서 200 V, 16시간 전기영동하여 ethidium bromide (EtBr)로 10분간 염색하여 UV image analyzer로 관찰하였다. 그 결과 두 개의 서로 다른 밴드유형을 관찰하였으며, 21개 부위에서 염기서열 변이가 관찰되었다. 이러한 결과는 유전적 다양성 변이를 검출하는데 SSCP 분석이 유용한 도구라고 사료된다.