• 대한두경부종양학회지
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• 제12권2호
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• pp.169-176
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• 1996

결핵의 진단은 특징적 병리조직양상, 항산균 염색에 의한 균 증명과 M. tuberculosis균 배양으로 이루어지나 형태적으로는 결핵이 의심되더라도 항산균이 조직표본이나 도말에서 검출되지 않거나 M. tuberculosis가 배양되지 않아 정확한 원인적 진단이 불가능할 경우가 많다. 이에 저자들은 경부 결핵성 임파선염으로 적출되어 보내어진 경부 임파선 조직의 신선한 조직이나 통상적으로 처리되어 제작된 파라핀 블록을 이용하여 M. tuberculosis에 특수한 반복성 DNA sequence인 IS986를 표적으로 한 primers을 사용하여 nested PCR방법을 이용하여 예민도가 높은 M. tuberculosis 검출로 빠른 시간 내에 결핵을 진단하고자 본 연구를 실시하였다. 최근 유전자 기술의 진보로 M. tuberculosis의 여러 항원들의 유전자가 클론화되고 그 염기 배열이 밝혀졌으며 이에 저자들은 결핵의 확진을 위하여 파라핀 포매조직을 대상으로 nested PCR에 의한 188bp의 DNA를 증폭한후 증폭한 DNA분절의 염기 배열을 결정한 후 Bst UI와 Hha I 효소를 이용한 소화과정을 거친 후 restriction fragment length polymorphism(RFLP)을 은염색에 의해 그 패턴에 의해 M. tuberculosis를 확인하고 또한 다른 종의 Mycobacteria를 배제시킬 수 있었다. 본 방법은 1$\sim$2일에 끝나며, 방사선물질을 사용하지 않으면서도 감도 및 특이성이 우수하여 일반 병리실힘실에서도 M. tuberculosis를 포함한 각종 항산균의 신속한 검출법으로 손쉽게 사용할 수 있다고 생각되어 이에 보고하였다.

• Laboratory Medicine Online
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• 제7권1호
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• pp.13-19
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• 2017

배경: 저자들은 FLT3-ITD (fms-like tyrosine kinase-internal tandem duplication) 돌연변이의 정량 및 반복 염기 길이를 동시에 측정하는 정량 절편 분석법(fragment analysis)의 민감도를 평가하고, 분석적 성능을 검증하였다. 방법: FLT3-ITD 돌연변이의 정량과 수는 절편분석법으로 측정하였다. 변이 대립유전자와 정상 대립유전자를 혼합한 계대희석 표준물질로 절편 분석법, 일반 PCR법, 염기서열분석법의 FLT3-ITD 변이 검출한계를 측정하였다. 정상 공여자 50검체를 이용하여 특이도를 평가하였다. 급성골수성백혈병 환자의 481검체에 대하여 절편 분석법과 일반 PCR법으로 검사를 시행하고 그 결과를 비교 분석하였다. 결과: 절편 분석법의 돌연변이 최소 검출 농도는 5%였으며, 일반 PCR 검사법과 직접염기서열분석법은 각각 10%, 20%의 결과를 보였다. 급성골수성백혈병 환자의 481 검체를 분석한 결과, FLT3-ITD는 40.1% (193/481)에서 양성이었다. 변이 대립유전자의 정량값은 1.7-94.1% (중앙값 28.2%)로 다양하였으며, 반복 염기의 길이의 범위는 14bp-153 bp (중앙값 49bp)였다. 일반 PCR 검사법과 비교한 결과 방법간 일치도는 97.7% (470/481)였다. 절편 분석법이 일반 PCR 검사법에 비해 더 높은 민감도를 보였고, 11건의 돌연변이가 더 검출되었다. 이 중 7검체는 변이 대립유전자의 양이 10% 미만으로 일반 PCR 검사에서 검출되지 않았다(3.3-9.5%). 또 다른 불일치 세 검체에서는 PCR inhibitor의 영향으로 일반 PCR 방법에서 위음성 결과를 보였으며, 다른 한 검체는 돌연변이 중복 길이가 14 bp로 매우 짧아 일반 PCR에서 정상 밴드와 구별되지 않는 경우였다. 결론: 본 연구에서 저자들이 사용한 절편 분석법은 FLT3-ITD 돌연변이의 정량값과 중복된 길이를 동시에 측정할 수 있는 검사법으로, 민감하고 정확하여 급성골수성백혈병 환자에서 FLT3-ITD의 진단 및 추적 검사에 유용할 것으로 기대된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제50권2호
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• pp.161-164
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• 2012

To evaluate the efficacy of ronidazole for treatment of Tritrichomonas foetus infection, 6 Tritrichomonas-free kittens were experimentally infected with a Korean isolate of T. foetus. The experimental infection was confirmed by direct microscopy, culture, and single-tube nested PCR, and all cats demonstrated trophozoites of T. foetus by day 20 post-infection in the feces. From day 30 after the experimentally induced infection, 3 cats were treated with ronidazole (50 mg/kg twice a day for 14 days) and 3 other cats received placebo. Feces from each cat were tested for the presence of T. foetus by direct smear and culture of rectal swab samples using modified Diamond's medium once a week for 4 weeks. To confirm the culture results, the presence of T. foetus rRNA gene was determined by single-tube nested PCR assay. All 3 cats in the treatment group receiving ronidazole showed negative results for T. foetus infection during 2 weeks of treatment and 4 weeks follow-up by all detection methods used in this study. In contrast, rectal swab samples from cats in the control group were positive for T. foetus continuously throughout the study. The present study indicates that ronidazole is also effective to treat cats infected experimentally with a Korean isolate of T. foetus at a dose of 50 mg/kg twice a day for 14 days.

• 대한임상검사과학회지
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• 제39권2호
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• pp.113-121
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• 2007

선천성난청은 비교적 흔한(1/1,000) 유전성질환으로 여러 유전자와 관련이 있으며, 최근에는 connexin 26 단백질내의 GJB2 유전자 돌연변이와의 관련성이 보고되고 있다. 유전질환을 예측하기 위한 유전자선별검사를 임상에 적용하기 위해서는 각 해당 국가별로 정상인에서 유전자돌연변이의 빈도를 구하고, 환자의 결과를 비교하여 활용성을 검토한 후 사용하여야 한다. 본 연구에서는 청력검사(TEOAE)가 정상인 신생아에서 GJB2 유전자 돌연변이 빈도를 구하여 screening test를 위한 한국인의 database를 수립하고자 하였다. 검체로는 437 명의 건강한 신생아의 발꿈치를 천자하여 얻은 혈액을 이용하였고, DNA는 Intron 사의 킷트를 사용하여 추출하였으며, GJB2 PCR을 실시한 후 증폭산물(783 bps)은 2% agarose gel로 전기영동을 실시하였고, DNA 자동염기서열분석기를 이용하여 분석을 실시하였다. 총 437명의 한국인 신생아에서 GJB2 유전자 중 8곳의 돌연변이(35delG, 167delT, 235delC, V27I, V37I, M34T, E114G, I203T)를 분석하였으며, 이 중 5곳에서 돌연변이가 발견되었다. 총 437명 중 301명(68.9%)에서 GJB2 유전자돌연변이가 발견되었는데, 그 중 154명이 단일돌연변이였다. V27I 변이가 271명으로 가장 많이 발견되었으며, 대부분의 V27I 변이는 E114G 변이와 함께 나타났다. E114G 변이는 총 146명, I203T 변이는 17명, V37I 변이는 14명, 235delC 변이는 1명의 순으로 나타났다. 이중돌연변이의 대부분은 V27I/E114G였으며, V27I/I203T는 3명에서 나타났고, 삼중돌연변이 V27I/E114G/I203T는 1명에서 발견되었다. 본 연구결과, PCR을 이용한 자동염기분석검사는 GJB2 유전자의 돌연변이 검출에 매우 유용하며, 본 결과는 향 후 신생아 난청선별검사를 위한 한국인의 database로 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제38권2호
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• pp.99-104
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• 2006

파필로마바이러스(Human papilloma virus; HPV)는 자궁경부암의 주요한 원인균으로 30종 이상의 여성성기감염과 관련된 유전자형이 보고되었으며 자궁경부암과 관련성이 높은 고위험군과 관련성이 낮은 저위험군으로 나뉘어 진다. 최근 HPV 유전자형의 임상적 활용이 높아짐에 따라 신속하고 정확하게 HPV 유전자형을 선별할 수 있는 방법이 요구되고 있다. 본 연구의 목적은 여러 가지 분자생물학적 방법 중에서 정확도가 높은 DNA 염기서열분석을 이용하여 한국인 여성에서 HPV의 유전자형분포와 빈도를 구하고자 하였다. 전국 각 지역의 3,978명으로부터 채취한 자궁경부 검체에서 DNA를 추출하고, HPV L1 유전자 영역에서 PCR을 실시하였다. PCR 양성이 나온 경우 DNA 염기서열분석을 실시하였으며 GenBank BLAST program을 이용하여 HPV 유전자형을 분석하였다. 검사대상의 평균 년령은 37.6세였으며 년령 범위는 20-73세였고, 30대 여성이 검사를 가장 많이 실시하였다(42.2%). 총 3.978명 중에서 1,174명(1,174/3,978, 29.5%)이 HPV 양성을 보였으며 136명(11.6%)이 중복감염을 보여, 총 1,310개의 HPV 유전자를 분석하였다. 본 연구에서는 21종의 고위험군, 16종의 저위험군을 포함하여 총 37종의 HPV 유전자형이 검출되었으며, HPV 고위험군의 빈도는 69.8%(914/1,310), 저위험군은 26.0% (340/1,310)로 나타났다. 년령은 20대에서 HPV 양성률이 가장 낮았으며(69.5%), 60대 이상의 검체에서 발견된 HPV는 대부분이 고위험군이었다. 고위험군에서는 HPV 16형이 13.21%로 가장 높게 나타났으며, HPV 53형이 9.62%, 58형이 9.24%로 높게 나타났다. 다음으로 HPV 70(5.50%), 33(4.73%), 66(4.20%), 18(4.05%), 52 (4.05%), 31(3.97%), 56(3.51%)의 순으로 나타났다. 저위험군에서는 HPV 62(4.20%), 61(3.89%), 6(3.59%), 81(3.59%), 84(3.51%), 11(2.6%)의 순으로 검출되었다. DNA 염기서열분석을 이용한 한국인 여성의 HPV 유전자형빈도 분석 결과는 HPV의 역학적 연구와 백신개발을 위한 자료로 유용할 것이며, 자궁경부암의 치료와 관련한 특이적 HPV 유전자형 관련 연구에 도움을 줄 것으로 사료된다.

• 대한의생명과학회지
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• 제19권2호
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• pp.90-97
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• 2013

The tuberculin skin test (TST) and interferon gamma (IFN-${\gamma}$) release assay (IGRA) have been widely used for diagnosis of latent tuberculosis infection (LTBI). In order to overcome limitations of current LTBI diagnostic methods, the development of a novel molecular assay which is able to measure the IFN-${\gamma}$ messenger RNA (mRNA) expression level after stimulation with Mycobacterium tuberculosis (MTB) specific antigen was recently developed. The ability of a molecular assay to detect MTB infection was similar to commercial IGRA however, the optimal incubation time for stimulating IFN-${\gamma}$ was not yet established. Therefore, in this study the direct comparisons of MTB Ag stimulation times (4 and 24 hrs) were performed for diagnosis of MTB infection. Data showed that the coincident rate between QFT-GIT IFN-${\gamma}$ ELISA and IFN-${\gamma}$ RT-PCR (4 hrs) was 88.35% and that of QFT-GIT and IFN-${\gamma}$ RT-PCR (24 hrs) was 70.85%. Based on a receiver operating characteristic (ROC) curve, the 4 hrs-MTB specific Ag stimulation time for IFN-${\gamma}$ RT-PCR had the significant P value, 95% CI value, and AUC (P < 0.0001, 95% CI=0.82 to 1.02, and AUC=0.9214) in comparison with 24 hrs-MTB specific Ag stimulation time (P = 0.009, 95% CI=0.06 to 0.94, and AUC=0.7711). These results show that 4-hr was the most optimal MTB Ag stimulation time for performing IFN-${\gamma}$ RT-PCR. Although semi-quantitative RT-PCR had a few analytical limitations, it might be useful as an alternative molecular diagnostic method for detecting MTB infection.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제69권4호
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• pp.271-278
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• 2010

Background: Recent studies have demonstrated that the epidermal growth factor receptor (EGFR) genotype is the most important predictive marker to EGFR-tyrosine kinase inhibitors (TKIs) and first-line gefitinib treatment will be approved in the near future for use in non-small cell lung cancer (NSCLC) patients with the EGFR mutation. Direct sequencing is known to be the standard for detecting EGFR mutations; however, it has limited sensitivity. Peptide nucleic acids (PNA)-mediated PCR clamping method is a newly introduced method for analyzing EGFR mutations with increased sensitivity and stability. Methods: A total of 71 NSCLC patients were analyzed for EGFR mutations using the PNA-mediated PCR clamping technique. Sixty-nine patients were analyzed for clinicopathologic correlation with EGFR genotype; 2 patients with indeterminate results were excluded. In order to determine EGFR-TKI drug response, 57 patients (42 gefitinib, 15 erlotinib) were included in the analysis. Results: The EGFR mutation rate was 47.8%. Being female, a non-smoker, and having adenocarcinoma were favorable clinicopathologic factors, as expected. However, more than a few smokers (33.3%), male (28.1%), and patients with non-adenocarcinoma (28.6%) had the EGFR mutation. Having a combination of favorable clinicopathologic factors did not increase the EGFR mutation rate significantly. Drug response to EGFR-TKIs showed significant differences depending on the EGFR genotype; ORR was 14.3% for wild type vs 69.0% for mutant type; DCR is 28.6% for wild type vs 96.6% for mutant type. The median EGFR-TKI treatment duration is 7.6 months for mutant type group and 1.4 months for wild type group. Conclusion: EGFR genotype determined using the PNA-mediated PCR clamping method is significantly correlated with the clinical EGFR-TKI responses and PNA-mediated PCR.

• Applied Biological Chemistry
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• 제40권6호
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• pp.495-500
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• 1997

Cyclodextrin을 합성하는 효소 CGTase를 호염기성 Bacillus sp. E1으로부터 분리하기 위하여 PCR을 실시하였다. PCR을 위하여 합성한 primer의 염기서열은 현재까지 보고된 CGTase 유전자의 염기서열을 비교 분석하여 가장 높게 보존된 영역을 찾아내어 선택하였다. PCR 증폭 결과 1.2 kbp 크기의 DNA 절편을 얻을 수 있었고 이를 molecular probe로 이용하여 Southern blot 분석을 실시하였다. Southern blot 분석결과 CGTase 유전자는 염색체 DNA를 제한효소 XbaI으로 절단한 5.3 kbp 절편내에 존재한다는 사실을 알아내었다. CGTase 유전자를 분리하기 위하여 유전자 은행을 제조한 후 선별작업을 실시하여 genomic clone인 pCGTE1을 얻을 수 있었다. pCGTEl의 염기서열을 결정한 결과 분리한 CGTase 유전자는 2109 bp의 open reading frame을 가지며 이는 703개의 아미노산으로 구성된 단백질을 coding하는 것으로 나타났다. 아미노산 서열의 유사성을 비교한 결과 Bacillus sp. KC201의 CGTase 와 가장 높은 94.3% 동질성을 나타내었다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.136.1-136
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• 2003

Bacterial grain rot by Burkholderia gluae cause severe damage in seedling and grain of rice after heading season. This seed-borne pathogen play a role as first infection agent that could be cause disease following cropping season. Until now the direct isolation of the bacteria has some trouble by interference of other bacteria existed inside seed. This study established convenient identification method as simple isolation with KB medium from seed showing symptom and using PCR identification. By this isolation method, B. glumae was isolated from 40 to 50％ in brown rice and inner hull, however, there were saprophytic bacteria and fungi outer hull. In PCR identification with Ogf4 and Ogr3 primer to these 25 isolates, the amplified products were presented in all of the collections but not in 10 saprophytic germs. The isolation rate was constant to 3 months stored seeds. This result provide a rapid and convenient isolation and identification of B. glumae.

• 한국수정란이식학회지
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• 제14권1호
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• pp.3-5
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• 1999

이식 전 수정란의 성판정은 많은 축산인의 소망이었다. 많은 방법이 제기되었지만, 세포유전학적 분석방법은 ET의 상용화에 거의 무의미할 정도로 한계가 많았고, 이후 개발된 응성 특이적 항원이나 X-염색체에서 발현되는 효소의 활동을 통한 성판정 방법은 흥미롭기는 하나 산업적 적용에 제약이 많았다. 80년대 중반 Y-염색체 특이적인 DNA 탐침자의 개발과 PCR을 통한 DNA증폭기술의 개발은 수정란 성판정을 획기적으로 개선시켰다. DNA기술을 통한 수정란의 성판정은 분자생물학을 현장으로 진출시킨 첫 경우이기도 했다. 90년대에 세포유전학적 분석에서 FISH가 소개되었으며, 염색체 특이적 library는 다른 기초적이고 응용세포유전학적 연구에 유용한 도구가 되었다. 최근에는 사람에서는 착상전 수정란의 성판별 및 유전진단을 위해 실시되고 있는 형광직접접합법(fluorescent in situ hybridization, FISH)은 효소적 유전자 증폭(polymerase chain reaction; PCR)에 비해 높은 민감도와 정확성을 보이고 있으나 hybridization 및 washing 과정에 매우 긴 시간이 소요되고, 절차도 까다로워 현장에서의 적용이 용이치 않았다. 그러나 direct labelled probe의 이용, heat programmable instrument의 개발, denaturing chemical의 사용배제 등을 통해 소요시간 및 절차의 대폭적인 간소화를 이루어 현장의 적용 가능성을 한층 높이고 있다. 현재 사람의 세포유전학 및 종양학에서는 FISH의 다양한 기술이 많이 이용하고 있으나 소에서는 탐침자(probe)가 개발되어 있지 않아 그 이용이 미미하다. 본 연구는 FISH를 이용하기 위한 탐침자의 개발을 궁극적인 목표로 삼았으며, 이를 위해 접근이 용이한 방식을 개발하여 기존의 방식과는 다른 소 배아세포의 성을 판별 할 수 있는 접근방법을 소개 하고자한다.