Genotype Frequency of Human Papillomavirus Determined by PCR and DNA Sequencing in Korean Women

Human Papilloma viruses (HPVs) are etiological agents for cervical cancer and are classified into low- and high-risk categories. The aim of this study was to determine the frequency of the HPV genotype in the HPV screening test of Korean women using PCR-direct sequencing. Consensus primers of L1 legion were used for the amplification of HPV DNA and the PCR products (450 bps) obtained were analyzed by automatic sequencing. Sequences were compared with those in GenBank by using the BLAST program. Cervical swab samples of 3,978 women (20-73 years) were tested and the average age was 37.6 years. In this study, 1,174 samples were HPV positive out of 3,978 cervical swab samples screened (29.5%) and 136 samples (11.6%) showed a double infection. A total of 1,310 HPV genotypes were analyzed. The HPV positive rate was the lowest in the 20 years group (69.5%) and most of the samples of the > 60 years group were found HPV positive. Among thirty seven different HPV types identified by sequencing, 21 were HPV high risk types and 16 HPV low risk types were 69.8% (914/1,310) and 26.0% (340/1,310), respectively. In HPV high-risk types, 16 (13.21%), was the most frequently found. HPV 53 (9.62%) and 58 (9.24%) were also frequently found. This group was followed by HPV types 70 (5.50%), 33 (4.73%), 66 (4.20%), 18 (4.05%), 52 (4.05%), 31 (3.97%) and 56 (3.51%) in descending order of frequency. Among HPV low-risk types, 62 (4.20%), 6 (3.59%), 81 (3.59%), 84 (3.51%), and 11 (2.6%) were frequently found. In conclusion, PCR-direct sequencing could be used for quick and reliable typing of known and novel HPVs from clinical specimens. This data could be useful for epidemiological study of HPV and it also allows type-specific follow-up of women who have been treated for cervical intraepithelial neoplasia.

파필로마바이러스(Human papilloma virus; HPV)는 자궁경부암의 주요한 원인균으로 30종 이상의 여성성기감염과 관련된 유전자형이 보고되었으며 자궁경부암과 관련성이 높은 고위험군과 관련성이 낮은 저위험군으로 나뉘어 진다. 최근 HPV 유전자형의 임상적 활용이 높아짐에 따라 신속하고 정확하게 HPV 유전자형을 선별할 수 있는 방법이 요구되고 있다. 본 연구의 목적은 여러 가지 분자생물학적 방법 중에서 정확도가 높은 DNA 염기서열분석을 이용하여 한국인 여성에서 HPV의 유전자형분포와 빈도를 구하고자 하였다. 전국 각 지역의 3,978명으로부터 채취한 자궁경부 검체에서 DNA를 추출하고, HPV L1 유전자 영역에서 PCR을 실시하였다. PCR 양성이 나온 경우 DNA 염기서열분석을 실시하였으며 GenBank BLAST program을 이용하여 HPV 유전자형을 분석하였다. 검사대상의 평균 년령은 37.6세였으며 년령 범위는 20-73세였고, 30대 여성이 검사를 가장 많이 실시하였다(42.2%). 총 3.978명 중에서 1,174명(1,174/3,978, 29.5%)이 HPV 양성을 보였으며 136명(11.6%)이 중복감염을 보여, 총 1,310개의 HPV 유전자를 분석하였다. 본 연구에서는 21종의 고위험군, 16종의 저위험군을 포함하여 총 37종의 HPV 유전자형이 검출되었으며, HPV 고위험군의 빈도는 69.8%(914/1,310), 저위험군은 26.0% (340/1,310)로 나타났다. 년령은 20대에서 HPV 양성률이 가장 낮았으며(69.5%), 60대 이상의 검체에서 발견된 HPV는 대부분이 고위험군이었다. 고위험군에서는 HPV 16형이 13.21%로 가장 높게 나타났으며, HPV 53형이 9.62%, 58형이 9.24%로 높게 나타났다. 다음으로 HPV 70(5.50%), 33(4.73%), 66(4.20%), 18(4.05%), 52 (4.05%), 31(3.97%), 56(3.51%)의 순으로 나타났다. 저위험군에서는 HPV 62(4.20%), 61(3.89%), 6(3.59%), 81(3.59%), 84(3.51%), 11(2.6%)의 순으로 검출되었다. DNA 염기서열분석을 이용한 한국인 여성의 HPV 유전자형빈도 분석 결과는 HPV의 역학적 연구와 백신개발을 위한 자료로 유용할 것이며, 자궁경부암의 치료와 관련한 특이적 HPV 유전자형 관련 연구에 도움을 줄 것으로 사료된다.