• 제목/요약/키워드: Differentially Expression genes

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Doxorubicin에 의한 내인성 산화질소가 인간 대장암 세포주에서의 세포사멸에 미치는 효과 (Endogenous Nitric Oxide Strengthens Doxorubicin-induced Apoptosis in Human Colorectal Cell Lines)

  • 임순재;김지혜;김민영
    • 생명과학회지
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    • 제24권10호
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    • pp.1137-1143
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    • 2014
  • Doxorubicin은 광범위한 암을 치료하는데 사용되는 일반적인 항암제이지만, 내인성 산화질소 생성량과 Doxorubicin의 항암 효과의 상관 관계에 대해서는 아직 명확하게 밝혀지지 않았다. 본 연구에서는 인간 대장암 세포에서 Doxorubicin의 항암 활성에 내인성 산화질소가 미치는 영향을 확인하고자 하였다. HCT116 (p53-WT)과 HT29 (p53-MUT) 세포에서 Doxorubicin 처리에 의해 세포 생존율의 차이를 보였으며, NMA 병행처리는 Doxorubicin의 효과를 감소시켰음을 확인할 수 있었다. 추가 연구를 통해 HCT116과 HT29 세포에서 sub-$G_1$ 기의 세포 빈도와 DNA 단편화의 결과를 통해 내인성 산화질소가 Doxorubicin에 의한 apoptosis를 조절하는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 인간 대장암 세포에서 내인성 산화질소와 IAP 발현, p53의 상태에 따른 조절이 Doxorubicin에 의해 유도된다는 것을 보여주며, 이러한 메커니즘은 대장암에서 화학요법의 효율을 향상시키기 위한 전략적인 표적으로 이용할 수 있을 것으로 생각된다.

누에 후부실샘 특이 발현 유전자 클로닝 (Cloning of the posterior silk glands specific-expressed gene of silkworm)

  • 박옥란;김성렬;김성완;강석우;구태원;최광호
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제53권1호
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    • pp.44-49
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    • 2015
  • 본 연구는 누에 후부실샘에서 특이적으로 발현하는 새로운 전사체를 탐색하고 이의 프로모터 영역을 분석함으로서 향후 형질전환누에 제작용 전이벡터 시스템의 효율성 제고를 위해 활용하고자 하였다. 우선 새로운 후부실샘 특이 발현 전사체 선발을 위해 ACP-based dd-PCR 방법으로 후부실샘에서 특이적으로 발현하는 34개 PCR 증폭 산물이 선발되었는데, 이 중 지금까지 보고된 바 없는 새로운 전사체인 ACP-16(366 bp)이 선발되었다. Northern blotting hybridization 분석 결과, ACP-16은 후부실샘에서 특이적으로 발현되는 것이 확인되었으며 전사체 발현량에서는 fibroin light chain 보다는 적었으며 전사체 크기에서는 fibroin light chain 보다는 다소 큰 것으로 확인되었다. ACP-16 유전자 프로모터 영역을 클로닝 하기 위해 게놈 유전자은행으로부터 ACP-16 (366 bp)를 탐침으로 전체 17.4 kb 크기의 파이지 클론을 선발할 수 있었으며, 전사체 상류에 유전자 발현조절에 필요한 TATA box와 Cap box 구조를 확인할 수 있었다. 본 연구에서 확보된 ACP-16 유전자의 프로모터 영역은 이후 코어 프로모터 개발 연구를 통하여 효과적인 누에 형질전환 시스템 구축에 적용할 수 있을 것으로 기대된다.

Screening of Anti-Biofilm Compounds from Marine-Derived Fungi and the Effects of Secalonic Acid D on Staphylococcus aureus Biofilm

  • Wang, Jie;Nong, Xu-Hua;Zhang, Xiao-Yong;Xu, Xin-Ya;Amin, Muhammad;Qi, Shu-Hua
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제27권6호
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    • pp.1078-1089
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    • 2017
  • Biofilm formation of Staphylococcus aureus is one of its mechanisms of drug resistance. Anti-biofilm screening of 106 compounds from marine-derived fungi displayed that 12 compounds inhibited S. aureus biofilm formation by >50% at the concentration of $100{\mu}g/ml$, and only secalonic acid D (SAD) and B inhibited by >90% at $6.25{\mu}g/ml$ without inhibiting cell growth after 24-h incubation. Meanwhile, it was found that the double bond between C-1 and C-10 of citrinin derivatives and the C-C connection position of two chromone monomers may be important for their anti-biofilm activities. Moreover, SAD slightly facilitated biofilm eradication and influenced its architecture. Furthermore, SAD slowed the cell growth rate in the preceding 18-h incubation and differentially regulated transcriptional expression of several genes, such as agr, isaA, icaA, and icaD, associated with biofilm formation in planktonic and biofilm cells, which may be the reason for the anti-biofilm activity of SAD. Finally, SAD acted synergistically against S. aureus growth and biofilm formation with other antibiotics. These findings indicated that various natural products from marine-derived fungi, such as SAD, could be used as a potential biofilm inhibitor against S. aureus.

Regulation of CYP1A1 and Inflammatory Cytokine by NCOA7 Isoform 4 in Response to Dioxin Induced Airway Inflammation

  • Cho, Sung-Hwan;Park, Shin Young;Lee, Eun Jeong;Cho, Yo Han;Park, Hyun Sun;Hong, Seok-Ho;Kim, Woo Jin
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제78권2호
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    • pp.99-105
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    • 2015
  • Background: Aryl hydrocarbon receptor (AhR), a ligand-dependent transcription factor, binds to a wide variety of synthetic and naturally occurring compounds. AhR is involved in the regulation of inflammatory response during acute and chronic respiratory diseases. We investigated whether nuclear receptor coactivator 7 (NCOA7) could regulate transcriptional levels of AhR target genes and inflammatory cytokines in 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD)-treated human bronchial epithelial cells. This study was based on our previous study that NCOA7 was differentially expressed between normal and chronic obstructive pulmonary disease lung tissues. Methods: BEAS-2B and A549 cells grown under serum-free conditions were treated with or without TCDD (0.15 nM and 6.5 nM) for 24 hours after transfection of pCMV-NCOA7 isoform 4. Expression levels of cytochrome P4501A1 (CYP1A1), IL-6, and IL-8 were measured by quantitative real-time polymerase chain reaction. Results: The transcriptional activities of CYP1A1 and inflammatory cytokines were strongly induced by TCDD treatment in both BEAS-2B and A549 cell lines. The NCOA7 isoform 4 oppositely regulated the transcriptional activities of CYP1A1 and inflammatory cytokines between BEAS-2B and A549 cell lines. Conclusion: Our results suggest that NCOA7 could act as a regulator in the TCDD-AhR signaling pathway with dual roles in normal and abnormal physiological conditions.

하악골의 발육중인 생쥐에서 기능력의 변화가 특이-유전자 발현에 미치는 영향 (THE EFFECT OF ALTERED FUNCTIONAL FORCE ON THE EXPRESSION OF SPECIFIC MRNAS IN THE DEVELOPING MOUSE MANDIBLE)

  • 김형태;박주철;이창섭;박헌동
    • 대한소아치과학회지
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    • 제30권2호
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    • pp.308-319
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    • 2003
  • 기능력은 뼈의 형성, 유지 및 개조 이외에도 치아이동, 교정치료, 기능성 악교정장치의 사용 등과 관련한 치주인대세포의 특성 변화 등에 중요한 영향을 미친다. 또한, 하악과두에서도 기능력의 변화에 따라서 다양한 특성의 변화가 나타난다. 본 연구에서는 ICR 생쥐를 8주 동안 soft-diet와 hard-diet의 식이 조절을 통해 기능력의 변화를 유도하여, 기능력의 변화와 관련한 특이 유전자를 검출하기 위하여 subtractive hybridization, northern 분석 및 mRNA in-situ hybidization 등의 실험을 시행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. Soft-diet군과 hard-diet군의 subtractive hybridization을 통하여 총 39개의 clone을 얻었고 이중에서 11개의 서로 다른 hard-diet군 특이 후보 유전자들을 분리하였다. 2. 11개의 후보 유전자들 중에서 homology 검색과 northern 분석을 통하여 기능력과 관련이 있을 것으로 생각되거나 hard-diet군에서 mRNA가 선택적으로 발현되는 FS-s2, FS-s5, FS-s18 및 Fs-s22 유전자를 선택하였다. 3. Soft-diet군과 hard-diet군의 형태학적 분석에서 soft-diet군은 hard-diet군에 비하여 골모세포의 활성과 골개조의 특성은 저하된 것으로 관찰되었으나, 하악과두의 연골성골화 과정은 오랜 시간동안 지속되는 것으로 나타났다. 4. FS-s2, FS-s5, FS-s18 및 Fs-s22 유전자의 cRNA 탐침자를 이용한 in-situ hybridization에서 4개의 유전자의 mRNA들은 hard-diet군의 세포들에서는 강하게 발현되었으나 soft-diet군의 세포들에서는 그 발현이 미약하거나 나타나지 않았다. 이상의 결과를 종합하여 FS-s2, FS-s5, FS-s18 및 Fs-s22 유전자들은 대부분이 기능이 거의 알려져 있지 않는 것들로 기능력의 변화 과정에서 중요한 역할을 할 것으로 생각되나 앞으로 보완 연구를 통하여 각 각의 유전자들의 보다 정확한 기능을 이해하는 것이 필요 할 것으로 사료된다.

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내습성 고추 품종 육성을 위한 선발계통의 유전적 특성 구명 (Study on the Genetic Characteristics of Waterlogging Tolerant Pepper (Capsicum annuum L.) for Breeding Tolerant Varieties against Flooding Stress)

  • 양은영;채수영;홍종필;이혜은;박은준;문지혜;박태성;노미영;김옥례;김상규;김대영;이선이;조명철
    • 생명과학회지
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    • 제27권10호
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    • pp.1111-1120
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    • 2017
  • 내습성 및 감수성 선발계통 각 1점씩을 대상으로 침수처리 후 GO 분석을 통해 추출된 유전자들을 기능별로 분류해보면 생물학적 과정(biological process)에 관여하는 유전자 발현이 가장 크게 영향을 받았으며, 분자 기능(molecular function)과 세포 요소(cellular component) 관련 유전자를 포함하여 모든 기능의 유전자 발현 변화가 감수성 계통보다 내습성 계통에서 크게 일어났다. 침수처리 후 발현 양상이 유의하게 차이나는 유전자의 보다 자세한 기능을 측정한 결과 내습성 계통에서 발현량이 증가한 유전자는 CA02g26670은 CONSTANS protein과 관련있는 유전자로 일장조건에 따른 개화조절에 관여하는 유전자이며, 발현량이 감소한 유전자는 CA01g21450, CA01g22480, CA01g34470, CA02g00370, CA02g00380이었다. 감수성 계통에서 침수처리 후 발현량이 증가한 유전자는 CA02g09720, CA02g21290, CA03g16520, CA07g02110, CA12g17910이었는데 각각 단백질 분해효소 활성 저해, DNA binding, 세포벽 분해효소 억제, nodulin 관련 유전자 등으로 밝혀진 유전자들이었다. 감수성 계통에서 발현량이 감소한 유전자는 CA02g02820, CA03g21390, CA06g17700, CA07g18230로 각각 칼슘이온결합, 고온환경 발현기작, 레시틴 생합성 경로의 수용성중간대사체인 phosphocholine 합성 및 저온스트레스 관련 등의 기능을 한다. 내습성 계통과 감수성 계통에서 동시에 발현이 증가한 유전자는 고온 등 환경스트레스로 인한 apoptosis와 관련된 유전자와 peroxidase와 관련있는 유전자로 확인되었고, 발현이 동시에 감소한 유전자는 nucleoside transporter인 CA02g16990로 확인되었으며, 나머지 선발 유전자는 유전자 발현이 확인되지 않았다. 내습성 및 감수성 계통간 습해 조건에서 발현에 차이를 보이는 유전자 구명을 기반으로 향후 불량환경에 대해 저항성을 보이는 계통 육성 및 관련 생리반응에 대한 다양한 연구가 필요하다.

옥수수 영양생장기 한발 스트레스에 의한 광합성의 생리적 반응 및 프로테옴 변화 분석 (Physiological and Proteome Responses of Korean F1 maize (Zea mays L.) Hybrids to Water-deficit Stress during Tassel Initiation)

  • 배환희;권영상;손범영;김정태;고영삼;김선림;백성범;신성휴;김상곤
    • 한국작물학회지
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    • 제64권4호
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    • pp.422-431
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    • 2019
  • 본 연구는 옥수수 유수형성기(본 잎 6개)에 10일 동안 수분부족처리를 하였을 때 F1 옥수수 교잡종 식물체의 생리적 반응과 프로테옴 변화를 분석한 것이다. 실험에 사용한 품종은 일미찰과 광평옥이었다. 1. 정상구에 비해 수분이 결핍된 옥수수 교잡종에서는 평균 3개의 잎이 감소했고, 잎 면적은 각각 32~34 % 감소했으며, 경장은 일미찰에서는 약 14%, 광평옥에서는 약 27% 줄었다. 웅수 길이는 일미찰과 광평옥에서 각각 74, 82%가 감소하였다. 2. V4~6 엽기 때 10일간의 수분 결핍 처리는 옥수수의 모든 부분에서 건물중을 감소시켰으며 특히, 줄기의 건물중이 잎과 뿌리보다 훨씬 감소하였다. 일미찰과 광평옥에서 잎과 줄기의 건물중은 각각 약 83%, 73% 감소했으며, 수술 건물중은 각각 약 35, 86% 감소했다. 3. V4~6 엽기 때 10일간의 수분 결핍 처리는 옥수수의 모든 부분에서 건물중을 감소시켰으며 특히, 줄기의 건물중이 잎과 뿌리보다 훨씬 감소하였다. 일미찰과 광평옥에서 잎과 줄기의 건물중은 각각 약 83%, 73% 감소했으며, 수술 건물중은 각각 약 35, 86% 감소했다. 4. 이차원전기영동방법으로 정상구와 한발 스트레스를 받은 교잡종에서 다른 단백질 발현양상을 나타내는 21 개의 단백질 spot을 확인하였다. MALDI-TOF MS (matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry) 및 단백질 데이터베이스 분석을 통해 21개의 단백질 spot 중 탄수화물 대사에 관련된 단백질이 8개, 스트레스 관련 단백질이 6개, 지방산 이화작용 및 광합성에 관련된 단백질이 각각 2개, 에너지 대사 및 수송에 관련된 단백질이 각각 1개가 분석되었다. 5. 이들 단백질 중 Triosephosphate isomerase, fructose-bisphosphate aldolase, uncharacterized protein을 제외하고 한발 스트레스 처리시 일미찰과 광평옥 모두에서 단백질 발현양이 증가하였으며, lactoylglutathione lyase, delta 3,5-delta 2,4-dienoyl-CoA isomerase은 광평옥에서만 과발현되었다.