• 제목/요약/키워드: Detection Sequence

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Development of SCAR Markers for the Identification of Phytophthora katsurae Causing Chestnut Ink Disease in Korea

  • Lee, Dong Hyeon;Lee, Sun Keun;Lee, Sang Yong;Lee, Jong Kyu
    • Mycobiology
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    • 제41권2호
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    • pp.86-93
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    • 2013
  • Sequence characterized amplified region (SCAR) markers are one of the most effective and accurate tools for microbial identification. In this study, we applied SCAR markers for the rapid and accurate detection of Phytophthora katsurae, the casual agent of chestnut ink disease in Korea. In this study, we developed seven SCAR markers specific to P. katsurae using random amplified polymorphic DNA (RAPD), and assessed the potential of the SCAR markers to serve as tools for identifying P. katsurae. Seven primer pairs (SOPC 1F/SOPC 1R, SOPC 1-1F/SOPC 1-1R, SOPC 3F/SOPC 3R, SOPC 4F/SOPC 4R, SOPC 4F/SOPC 4-1R, SOPD 9F/SOPD 9R, and SOPD 10F/SOPD 10R) from a sequence derived from RAPD fragments were designed for the analysis of the SCAR markers. To evaluate the specificity and sensitivity of the SCAR markers, the genomic DNA of P. katsurae was serially diluted 10-fold to final concentrations from 1 mg/mL to 1 pg/mL. The limit of detection using the SCAR markers ranged from $100{\mu}g/mL$ to 100 ng/mL. To identify the limit for detecting P. katsurae zoospores, each suspension of zoospores was serially diluted 10-fold to final concentrations from $10{\times}10^5$ to $10{\times}10^1$ zoospores/mL, and then extracted. The limit of detection by SCAR markers was approximately $10{\times}10^1$ zoospores/mL. PCR detection with SCAR markers was specific for P. katsurae, and did not produce any P. katsurae-specific PCR amplicons from 16 other Phytophthora species used as controls. This study shows that SCAR markers are a useful tool for the rapid and effective detection of P. katsurae.

신호등 주기를 이용한 교차로 교통사고감지 알고리즘 (Detection Algorithm of Crossroad Traffic Accident Using the Sequence of Traffic Lights)

  • 정성환;이준환
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제16B권1호
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    • pp.17-24
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    • 2009
  • 본 논문에서는 교차로 내 사고를 감지하기 위하여 배경영상과 교차로 내에 설치된 사거리 신호등의 주기를 이용한 교차로 사고감지 알고리즘을 제안한다. 기존의 영상을 이용한 방법에서는 새로운 사고모델이나 혼잡한 상황, 음원을 이용할 경우에 소음이 크게 발생하는 상황에서 사고 검지율이 낮아지는 문제점을 내포한다. 본 논문에서는 차량 및 외부 그림자 또는 차량의 조명등의 영향으로 인한 사고 오 판단을 줄이기 위하여 신호등의 주기와 배경영상의 히스토그램의 속성을 이용한 필터를 개발하여 사고감지에 이용하였다. 제안된 알고리즘의 성능을 알아보기 위하여 15개의 실제 사고영상을 획득하여 실험한 결과 15개의 동영상에서 모두 사고를 감지하였으며, 새로운 사고 모델에 대해서도 교차로 내사고를 감지 할 수 있었다.

영상열에서의 유동적 형태의 이동물체 판별에 관한 연구 (The Moving Object Detection Of Dynamic Targets On The Image Sequence)

  • 이호
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제6권2호
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    • pp.41-47
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    • 2001
  • 본 연구에서는 카메라로부터 입력되는 영상열에서 사람과 같은 유동적인 이동 물체를 신뢰성 있게 판별하는 방법을 제안한다. 실시간 처리가 요구되는 시스템으로 빠른 수행속도와 적은 계산망, 신뢰성 있는 동작을 위해 입력영상과 참고영상에서 차영상을 구하고, 차영상의 히스토그램을 분석하여 여러개의 임계치을 결정한 후, 이를 사용하여 이동물체 영역을 신뢰성 있게 분리하고, 효율적으로 패턴을 분류할 수 있는 신경망을 이용하여 분리된 영역을 판별한다. 제안된 방법은 실제 상황에서 얻은 다양한 영상을 적용하여 실험하였으며, 4개층의 신경망을 적용하여 이동물체 검출 결과를 제시한다.

Hybridization by an Electrical Force and Electrochemical Genome Detection Using an Indicator-free DNA on a Microelectrode-array DNA Chip

  • Choi, Yong-Sung;Lee, Kyung-Sup;Park, Dae-Hee
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제26권3호
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    • pp.379-383
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    • 2005
  • This research aims to develop DNA chip array without an indicator. We fabricated microelectrode array by photolithography technology. Several DNA probes were immobilized on an electrode. Then, indicator-free target DNA was hybridized by an electrical force and measured electrochemically. Cyclic-voltammograms (CVs) showed a difference between DNA probe and mismatched DNA in an anodic peak. Immobilization of probe DNA and hybridization of target DNA could be confirmed by fluorescent. This indicator-free DNA chip microarray resulted in the sequence-specific detection of the target DNA quantitatively ranging from $10^{-18}\;M\;to\;10^{-5}$ M in the buffer solution. This indicator-free DNA chip resulted in a sequence-specific detection of the target DNA.

An Approach to Eliminate Ambiguity of Blind ML Detection for Orthogonal Space-Time Block Codes

  • Pham, Van-Su;Le, Minh-Tuan;Mai, Linh;Kabir, S. M. Humayun;Yoon, Gi-Wan
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2007년도 추계종합학술대회
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    • pp.83-86
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    • 2007
  • In the blind Maximum-likelihood (ML) detection for Orthogonal Space-Time Block Codes (OSTBC), the problem of ambiguity in determining the symbols has been a great concern. A solution to this problem is to apply semi-blind ML detection, i.e., the blind ML decoding with pilot symbols or training sequence. In order to increase the performance, the number of pilot symbols or length of training sequence should be increased. Unfortunately, this leads to a significant decrease in system spectral efficiency. This work presents an approach to resolve the aforementioned issue by introducing a new method for constructing transmitted information symbol. Thus, by transmitting information symbols drawn from different modulation constellation, the ambiguity can be easily eliminated in blind detection. Also, computer simulations are implemented to verify the performance of the proposed approach.

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Accurate and Rapid Methods for Detecting Salmonella spp. Using Polymerase Chain Reaction and Aptamer Assay from Dairy Products: A Review

  • Hyeon, Ji-Yeon;Seo, Kun-Ho;Chon, Jung-Whan;Bae, Dongryeoul;Jeong, Dongkwang;Song, Kwang-Young
    • Journal of Dairy Science and Biotechnology
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    • 제38권4호
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    • pp.169-188
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    • 2020
  • Salmonella spp. is the most common cause of gastrointestinal food poisoning worldwide, and human salmonellosis is mostly caused by the consumption of contaminated food. Therefore, the development of rapid detection methods for Salmoenlla spp. and rapid identification of the source of infection by subtyping are important for the surveillance and monitoring of food-borne salmonellosis. Therefore, this review introduces (1) History and nomenclature of Salmoenlla spp., (2) Epidemiology of Salmoenlla spp., (3) Detection methods for Salmoenlla spp. - conventional culture method, genetic detection method, molecular detection methods, and aptamer, and (4) Subtyping methods for Salmoenlla spp. - pulsed-field gel electrophoresis and repetitive sequence-based polymerase chain reaction (PCR).

Rhizina undulata rDNA ITS 영역의 PCR 검정 및 염기배열 분석 (PCR Detection and Sequence Analysis of the rDNA ITS Regions of Rhizina undulata)

  • 이선근;이종규;김경희;이승규;이상용
    • 한국산림과학회지
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    • 제96권4호
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    • pp.425-431
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    • 2007
  • Rhizina undulata의 PCR 검정 및 유전적 특성 분석을 목적으로, rDNA ITS 영역의 염기배열 해석 및 PCR 방법에 의한 토양으로부터 R. undulata의 진단법을 개발하였다. 18S rDNA 부분의 염기서열 분석 결과, 공시한 4종의 균주 모두 1,375 nt의 크기로 동일하였으며, 염기배열도 100% 일치하였다. 한편, rDNA ITS 영역의 염기배열은 585 nt이었고, PDK-1, PTT-1 및 PDJ-9 균주는 염기배열이 100% 동일하였으나, PDS-5균주에서는 두 곳에서 염기의 치환이 발견되었다. 이와 같은 염기배열을 분석하여 제작한 R. undulata rDNA ITS 영역 특이적 primer를 이용한 PCR 검정 결과, R. undulata 균주들에서만 약 525 bp 크기의 ITS 영역 특이적인 증폭산물이 검출되었다. PCR 방법에 의하여 검출할 수 있는 토양 중의 R. undulata 최소 균사량의 한계를 확인하기 위해서, 순수 배양한 R. undulata 균사현탁액을 순차 희석하여 100g의 사양토에 혼합한 다음, 농도별로 균사 혼합한 각각의 토양 시료로부터 추출한 total DNA의 PCR 증폭산물을 분석한 결과, PCR 방법에 의하여 100g의 토양 중에 1 ng의 R. undulata 균사가 함유되어 있는 경우까지 검출이 가능하였다.

Initial Timing Acquisition for Binary Phase-Shift Keying Direct Sequence Ultra-wideband Transmission

  • Kang, Kyu-Min;Choi, Sang-Sung
    • ETRI Journal
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    • 제30권4호
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    • pp.495-505
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    • 2008
  • This paper presents a parallel processing searcher structure for the initial synchronization of a direct sequence ultra-wideband (DS-UWB) system, which is suitable for the digital implementation of baseband functionalities with a 1.32 Gsample/s chip rate analog-to-digital converter. An initial timing acquisition algorithm and a data demodulation method are also studied. The proposed searcher effectively acquires initial symbol and frame timing during the preamble transmission period. A hardware efficient receiver structure using 24 parallel digital correlators for binary phase-shift keying DS-UWB transmission is presented. The proposed correlator structure operating at 55 MHz is shared for correlation operations in a searcher, a channel estimator, and the demodulator of a RAKE receiver. We also present a pseudo-random noise sequence generated with a primitive polynomial, $1+x^2+x^5$, for packet detection, automatic gain control, and initial timing acquisition. Simulation results show that the performance of the proposed parallel processing searcher employing the presented pseudo-random noise sequence outperforms that employing a preamble sequence in the IEEE 802.15.3a DS-UWB proposal.

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Adaptive Shot Change Detection using Mean of Feature Value on Variable Reference Blocks and Implementation on PMP

  • Kim, Jong-Nam;Kim, Won-Hee
    • 한국방송∙미디어공학회:학술대회논문집
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    • 한국방송공학회 2009년도 IWAIT
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    • pp.229-232
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    • 2009
  • Shot change detection is an important technique for effective management of video data, so detection scheme requires adaptive detection techniques to be used actually in various video. In this paper, we propose an adaptive shot change detection algorithm using the mean of feature value on variable reference blocks. Our algorithm determines shot change detection by defining adaptive threshold values with the feature value extracted from video frames and comparing the feature value and the threshold value. We obtained better detection ratio than the conventional methods maximally by 15% in the experiment with the same test sequence. We also had good detection ratio for other several methods of feature extraction and could see real-time operation of shot change detection in the hardware platform with low performance was possible by implementing it in TVUS model of HOMECAST Company. Thus, our algorithm in the paper can be useful in PMP or other portable players.

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윈도우 PE 포맷 바이너리 데이터를 활용한 Bidirectional LSTM 기반 경량 악성코드 탐지모델 (Bidirectional LSTM based light-weighted malware detection model using Windows PE format binary data)

  • 박광연;이수진
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제23권1호
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    • pp.87-93
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    • 2022
  • 군(軍) PC의 99%는 윈도우 운영체제를 사용하고 있어 안전한 국방사이버공간을 유지하기 위해서는 윈도우 기반 악성코드의 탐지 및 대응이 상당히 중요하다. 본 연구에서는 윈도우 PE(Portable Executable) 포맷의 악성코드를 탐지할 수 있는 모델을 제안한다. 탐지모델을 구축함에 있어서는 탐지의 정확도보다는 급증하는 악성코드에 효율적으로 대처하기 위한 탐지모델의 신속한 업데이트에 중점을 두었다. 이에 학습 속도를 향상시키기 위해 복잡한 전처리 과정 없이 최소한의 시퀀스 데이터만으로도 악성코드 탐지가 가능한 Bidirectional LSTM(Long Short Term Memory) 네트워크를 기반으로 탐지모델을 설계하였다. 실험은 EMBER2018 데이터셋을 활용하여 진행하였으며, 3가지의 시퀀스 데이터(Byte-Entropy Histogram, Byte Histogram, String Distribution)로 구성된 특성 집합을 모델에 학습시킨 결과 90.79%의 Accuracy를 달성하였다. 한편, 학습 소요시간은 기존 탐지모델 대비 1/4로 단축되어 급증하는 신종 악성코드에 대응하기 위한 탐지모델의 신속한 업데이트가 가능함을 확인하였다.