We examined the minimal amino acid sequence of bovine lactoferricin (Lfcin-B), a cationic peptide corresponding to residues 17-41 near the N-terminus of bovine lactoferrin, to induce apoptosis in THP-l human monocytic leukemic cells using synthetic peptides. A synthetic peptide (Lfc-17/29, amino acid sequence; FKCRRWQWRMKKL) which is consist of 13 amino acids near the N-terminus of Lfcin-B induced cell death in THP-1 cells in a dose-dependent manner, showing apparent apoptotic changes such as hypodiploid forms of genomic DNA and apoptotic DNA fragmentation. (omitted)
Hong Gi Youn;Park Seung Taeck;Jeon Byung Hun;Seo Eun A
Journal of Physiology & Pathology in Korean Medicine
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v.16
no.2
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pp.338-342
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2002
In order to evaluate the effect of Ginseng Radix(GR) against endocrine disrupting chemicals(EDC), cultured mouse osteoblasts were preincubated with various concentrations of GR extract before the exposure of Bisphenol A for 12 hours. Cytotoxic effect of Bisphenol A was measured by the XTT assay. In addition, the protective effect of GR over Bisphenol A-induced cytotoxicity on osteoblasts was assessed by the DNA and protein synthesis in these cultures. The results were as follows : Osteoblastic cell viability was decreased in dose and time dependent manner after exposed to various concentrations of Bisphenol A. Midcytotoxicity value(MCV50) of Bisphenol A was determined at 6μM Bisphenol A after osteoblasts were grown for 12 hours in the media containing various concentrations of Bisphenol A. Amount of DNA synthesis was increased in dose-dependent manner after cultured osteblasts were pretreated with GR for 2hrs before exposure to Bisphenol A for 12 hours. Amount of protein synthesis was increased in dose-dependent manner after cultured osteoblasts were pretreated with GR for 2 hours before exposure of Bisphenol A for 12 hours. From these results, it is suggested that Bisphenol A was highly toxic by the decrease of the cell viability, and GR is effective in the prevention of Bisphenol A-induced cytotoxicity by the increase of DNA and protein syntheses in cultured mouse osteoblasts.
In past few years, high-throughput sequencing, big-data generation, cloud computing, and computational biology are revolutionary. RNA sequencing is emerging as an attractive alternative to DNA microarrays. And the methods for constructing Gene Regulatory Network (GRN) from RNA-Seq are extremely lacking and urgently required. Because GRN has obtained substantial observation from genomics and bioinformatics, an elementary requirement of the GRN has been to maximize distinguishable genes. Despite of RNA sequencing techniques to generate a big amount of data, there are few computational methods to exploit the huge amount of the big data. Therefore, we have suggested a novel gene selection algorithm combining Support Vector Machines and Intensity-dependent normalization, which uses log differential expression ratio in RNAseq. It is an extended variation of support vector machine recursive feature elimination (SVM-RFE) algorithm. This algorithm accomplishes minimum relevancy with subsets of Big-Data, such as NCBI-GEO. The proposed algorithm was compared to the existing one which uses gene expression profiling DNA microarrays. It finds that the proposed algorithm have provided as convenient and quick method than previous because it uses all functions in R package and have more improvement with regard to the classification accuracy based on gene ontology and time consuming in terms of Big-Data. The comparison was performed based on the number of genes selected in RNAseq Big-Data.
The antitumor activity of the insect pathogenic fungus Paecilomyces japonica has been attributed to apoptotic cell death. However, the mechanism underlying the induced apoptosis has not yet been elucidated. In this study, we for the first time show that mitochondria-dependent caspase-3 activation were associated with the apoptotic activity of P. japonica in human acute leukemia Jurkat T cells. When Jurkat T cells were treated with the ethyl acetate extract of P japonica at concentrations ranging from $2-6{\mu}g/ml$, apoptotic cell death. accompanied by several biochemical events such as caspase-9 activation, caspase-3 activation, degradation of poly (ADP-ribose) polymerase (PARP), and apoptotic DNA fragmentation, was induced in a dose-dependent manner. In addition, the release of cytochrome c from mitochondria was detected. Under these conditions, the expression of Fas and Fas-ligand (FasL) remained unchanged. Ethyl acetate extract-induced mitochondrial cytochrome c release, caspase-3 activation, PARP cleavage, and apoptotic DNA fragmentation were suppressed by the ectopic expression of Bcl-2, which is known to block mitochondrial cytochrorme c release. Accordingly, these results demonstrate that P. japonica-induced apoptotic cell death is mediated by a cytochrome c-dependent caspase-3 activation pathway that can be interrupted by Bcl-2.
Purpose : ${\beta}$-sitosterol is kind of phytosterols or plant which are structurally similar to cholesterol. This study was aimed to investigate the inhibitory effect of the ${\beta}$-sitosterol on the proliferation of human uterine leiomyoma cells and the expression of gene related the mechanism of cell apoptosis. Methods : We counted the number of death cells treated with indicated time of the ${\beta}$-sitosterol and investigated cell death rate by cell count assay. Furthermore, flow cytometry analysis and DNA fragmentation assay were used to dissect between necrosis and apoptosis. and then we observed the differential gene expression by western blot analysis. Results : 1) The inhibitory effect on the growth of uterine leiomyoma cell treated with the ${\beta}$-sitosterol $16{\mu}M$ was increased in a time dependent. 2) The result of flow cytometry analysis, subG1 phase arrest related cell apoptosis was investigated 16.97% in uterine leiomyoma cell treated with the ${\beta}$-sitosterol $16{\mu}M$ and showed the fashion of proportional time dependent. 3) The gene expression of p27, p21 related cell cycle was increased according to increasing time interval but cyclin E-CDK2 complex was decreased expression. 4) The character of apoptosis, DNA fragmentation was significantly observed on the time dependent. 5) The expression of pro-caspase 3 and PARP were decreased dependent on treatment with time dependent. Conclusion : This study showed that the ${\beta}$-sitosterol have the inhibitory effect on the proliferation of human uterine leiomyoma cell and the effect was related with apoptosis.
INtegrase Interactor 1 protein (INI1/hSNF5) or BRG1-associated factor 47 (BAF47) is a SWI/SNF-related matrix associated actin dependent regulator of chromatin subfamily B member. DNA binding domain of INI1/hSNF5 is cloned into E.coli expression vectors, pET32a and purified as a monomer using size exclusion chromatography. NMR data show that $INI1^{DBD}$ has folded state with high population of ${\alpha}$-helices. By fluorescence-quenching experiments, binding affinities between $INI1^{DBD}$ and two double stranded DNA fragments were determined as $29.9{\pm}2.6{\mu}M$ (GAL4_1) and $258.7{\pm}5.8$ (GAL4_2) ${\mu}M$, respectively. Our data revealed that DNA binding domain of INI1/hSNF5 binds to transcriptional DNA sequences, and it could play an important role as a transcriptional regulator.
Ginkgo biliba has been used for bronchitis and asthma in oriental countries and its leaf extract(GBE) contains 24% ginkgoflavone glycoside and 6% terpenoid. Flavonoids and terpenoids are known to have various antioxidant effects such as scavenging of free radicals and chelation of transtional metals. Antioxidant effect of GBE against 1,2,4-benzenetriol(BT), one of toxic metabolites of benzene, was demonstrated throughbsister chromatid exchange(SCE) analysis, single cell gel electrophoresis(SCGE) analysis, DNA cleavage assay and lipid peroxidation production analysis. The means of SCE frequencies at 10, 25 and 50$\mu$M concentration of BT were 7.72, 8.02, 9.22 respectively. In addition of GBE with concentration of 50, 200 and 500$\mu\textrm{g}$/$m\ell$, SCE frequencies were decreased significantly.(p<0.05) According to SCGE analysis, BT induced DNA damage in a dose-dependent manner at concentration of 10 and 50 $\mu$m and the DNA damage induced by BT was significantly protected by GBE(p<0.001). No genotoxicity was observed by GBE treatment alone on DNA cleavage. The effect of BT on lipid peroxidation product, Malondiadehyde(MDA), was increased with concentration of BT(10 and 50 $\mu$M) and reduction in MDA was noted when GBE was added. From above results it is suggested that GBE could protect the cell and DNA from pro-oxidant effect by reactive oxigen species induced by BT.
Proceedings of the Korean Society of Toxicology Conference
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2000.11a
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pp.31-41
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2000
The major issue in the post genome sequencing era is determination of gene expression patterns in variety of biological systems. A microarray system is a powerful technology for analyzing the expression profile of thousands of genes at one experiment. In this study, we constructed cDNA microarray which carries 2,304 cDNAS derived from oligo-capped mouse cDNA library. Using this hand-made microarray we determined gene expression in various biological systems. To determine tissue specific genes, we compared Nine genes were highly-expressed in adult mouse brain compared to kidney, liver, and skeletal muscle. Tissue distribution analysis using DNA microarray extracted 9 genes that were predominantly expressed in the brain. A database search showed that five of the 9 genes, MBP, SC1, HiAT3, S100 protein-beta, and SNAP25, were previously known to be expressed at high level in the brain and in the nervous system. One gene was highly sequence similar to rat S-Rex-s/human NSP-C, suggesting that the gene is a mouse homologue. The remaining three genes did not match to known genes in the GenBank/EMBL database, indicating that these are novel genes highly-expressed in the brain. Our DNA microarray was also used to detect differentiation specific genes, hormone dependent genes, and transcription-factor-induced genes. We conclude that DNA microarray is an excellent tool for identifying differentially expressed genes.
Ganoderma lucidum is commonly known as medically potent mushroom, which has been widely used in China and other oriental countries for the treatment of various diseases, including cancer. In this report, we investigated the anti-oxidant and protective effect of Ganodema lucidum extract (GLE) against the DNA damage induced by free radical and U.V. In the assay of cell growth inhibition, the inhibitory cell growth rate induced by hydroxyl radical was dose-dependently decreased by GLE. This results support that GLE has a detoxifying activity against cytotoxicity of hydroxyl radical in E. coli cell. GLE also protected ColE1 plasmid DNA damage in the concentration of 200$\mu\textrm{g}$ per reaction on the DNA fragmentation assay. The nuclear tailing by hydrogen peroxide in single cell gel electrophoresis(SCGE) was decreased by GLE in the concentration of 50$\mu\textrm{g}$/ml. These data indicate that Ganoderma lucidum has an anti-oxidative activity to hydrogen peroxide. The mutation rate after irradiation of U.V. was reduced by 50$\mu\textrm{g}$/ml GLE and total number of Rif (Rifampicin) resistant mutants was decreased in a concentration dependent manner when added the GLE exogenously in a culture media. According to the results, it is likely that GLE has not only an anti-oxidative activity to hydroxyl radical but also an anti-mutagenic activity to U.V. mutagenesis.
Seo, Hyo-seok;Lee, Yung-gi;Jeon, Eun-young;Lee, Jeong-heon
Journal of the Korean Society of Tobacco Science
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v.37
no.1
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pp.25-33
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2015
Genome walking is a par ticular application for identifying sequences of unknown genomic regions adjacent to a known region. Many genome walking methods based on polymerase chain reaction (PCR) are available. Even if earlier techniques suffer from low reproducibility, inefficiency, and non-specificity, improved strategies have been developed. In this study, we present an alternative strategy: the genomic DNA is digested with restriction enzymes. After cytosine overhangs at 5' ends, the fragments are ligated to linker adaptor s had guanine overhang at 3' ends. Then nested PCR is performed. The improvements in this strategy focus on two points. The first is the C tailing method using Pfu polymerase instead of the A tailing method based on nontemplate-dependent terminal transferase activity of Taq polymerase. Therefore unintended modification of target DNA can be prevented without A tailing error. The second point is the use of C/G-specific ligation had advantage in the ligation efficiency compared with A/T-specific ligation. Therefore, the C-G linker PCR method increases ligation efficiency between digested genomic DNA and adaptor DNA. As a result, the quantity of target DNA to amplify by PCR is enriched. We successfully used G-C linker PCR to retrieve flanking regions bordering the phophinothricin resistance gene in genetically modified tobacco (GMO).
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[게시일 2004년 10월 1일]
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