• Title/Summary/Keyword: DNA-chip

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Development of microarrayer for manufacturing DNA chip used in genome project (II) - The performance test of developed robot system (유전자 검색을 위한 DNA chip 제작용 로봇 시스템의 개발(II) - 로봇 시스템의 성능실험)

  • 이현동;김기대;김찬수;김성환;나건영;임용표
    • Proceedings of the Korean Society for Agricultural Machinery Conference
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    • 2002.07a
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    • pp.333-338
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    • 2002
  • 인간 게놈 프로젝트가 지속적으로 진행됨에 따라 계속적으로 대량의 유전체 정보가 밝혀지고 있으며, 이미 밝혀진 유전체의 염기서열을 바탕으로 다양한 생물의 전체 유전자의 기능을 효율적으로 해석하는 기술의 개발이 요구되고 있다. 식물 게놈 프로젝트 또한 식량확보라는 단순하면서도 전략적인 차원에서 가장 절실히 요구되는 기본 과학기술 연구분야이다. (중략)

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Classification of Gene Expression Data Using Membership Function and Neural Network (소속도 함수와 신경망을 이용한 유전자 발현 정보의 분류)

  • 염해영;문영식
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2004.04b
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    • pp.757-759
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    • 2004
  • 유전자 발현은 유전자가 mRNA와 생체의 기능을 일으키게 하는 단백질을 만들어내는 과정이다. 유전자 발현에 대한 정보는 유전자의 기능을 밝히고 유전자간의 상관 관계를 알아내는데 중요한 역할을 한다. 이러한 유전자 발현 연구를 위한 정보를 대량으로 신속하게 얻을 수 있는 도구가 DNA Chip이다. DNA Chip으로 얻은 수백-수천 개의 데이터는 그 데이터만으로는 의미를 갖지 못한다. 따라서 유전자 발현 정도에 따라 수치적으로 획득된 데이터에서 의미적인 특성을 찾아내기 위해서는 클러스터링 방법이 필요하다. 본 논문에서는 수많은 유전자 데이터 중에서 주요 정보를 포함한 것으로 판단되는 유전자 데이터를 선택하여 특징간을 계산하고 신경망 학습을 이용한 클러스터링하는 알고리즘에 대해서 기술한다.

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A Study on the Development of Electrochemical Biochip (전기화학적 바이오칩의 개발에 관한 연구)

  • Choi, Yong-Sung;Kwon, Young-Soo;Park, Dae-Hee
    • Proceedings of the KIEE Conference
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    • 2003.10a
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    • pp.300-302
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    • 2003
  • This research aims to develop the multi-channel type label-free DNA chip that has the above characteristics and be able to solve the problems. At first, we fabricated a high integrated type DNA chip array by lithography technology. It is able to detect a various genes electrochemically after immobilization of a various probe DNA and hybridization of label-free target DNA on the electrode s simultaneously.

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Development of Ultra-Rapid Multiplex PCR Detection against 6 Major Pathogens in Honeybee (꿀벌 6종 주요 병원체에 대한 초고속 다중 PCR 검출법의 개발)

  • Lim, Su-Jin;Kim, Jung-Min;Lee, Chil-Woo;Yoon, Byoung-Su
    • Journal of Apiculture
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    • v.32 no.1
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    • pp.27-39
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    • 2017
  • PCR-chip-based ultra-rapid multiplex PCRs for detection of six major infectious pathogens in honeybee were developed. The 6 kinds of major infectious pathogens in honeybee included Paenibacillus larvae causing American Foulbrood, Melissococcus plutonius causing European Foulbrood as bacteria, Ascosphaera apis (Chalkbrood), Aspergillus flavus (Stonebrood), Nosema apis and Nosema ceranae (Nosemosis) as fungi. The developed PCR-chip-based ultra-rapid multiplex PCR showed successful amplification for all six major pathogens in the presence of more than $10^3$ molecules. The time for confirming amplification (Threshold cycles; Ct-time) was about 7 minutes for two species, and about 9 minutes for four species. Total 40 cycles of PCR took 11 minutes 42 seconds and time for melting point analysis was 1 minute 15 seconds. Total time for whole PCR detection was estimated 12 minutes 57 seconds (40 cycles of PCR and melting point analysis). PCR-chip based ultra-rapid multiplex PCR using standard DNA substrates showed close to 100% accuracy and no false-amplification was found with honeybee genomic DNA. Ultra-rapid multiplex PCR is expected to be a fast and efficient pathogen detection method not only in the laboratory but also in the apiary field.

An Ultrasensitive FRET-based DNA Sensor via the Accumulated QD System Derivatized in the Nano-beads

  • Yang, Lan-Hee;Ahn, Dong June;Koo, Eunhae
    • BioChip Journal
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    • v.12 no.4
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    • pp.340-347
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    • 2018
  • $F{\ddot{o}}rster$ resonance energy transfer (FRET) is extremely sensitive to the separation distance between the donor and the acceptor which is ideal for probing such biological phenomena. Also, FRET-based probes have been developing for detecting an unamplified, low-abundance of target DNA. Here we describe the development of FRET based DNA sensor based on an accumulated QD system for detecting KRAS G12D mutation which is the most common mutation in cancer. The accumulated QD system consists of the polystyrene beads which surface is modified with carboxyl modified QDs. The QDs are sandwich-hybridized with DNA of a capture probe, a reporter probe with Texas-red, and a target DNA by EDC-NHS coupling. Because the carboxyl modified QDs are located closely to each other in the accumulated QDs, these neighboring QDs are enough to transfer the energy to the acceptor dyes. Therefore the FRET factor in the bead system is enhancing by the additional increase of 29.2% as compared to that in a single QD system. These results suggest that the accumulated nanobead probe with conjugated QDs can be used as ultrasensitive DNA nanosensors detecting the mutation in the various cancers.

어류 rhabdovirus의 신속 진단을 위한 oligonucleotide chip의 개발 1. Oligonucleotide chip의 probe 설계와 특이성 확인

  • 김영주;강지희;김수미;박수일;이명숙
    • Proceedings of the Korean Society of Fisheries Technology Conference
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    • 2003.05a
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    • pp.309-310
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    • 2003
  • 현재 어류 질병 바이러스를 검출해내기 위해 이용되는 PCR법이나 ELIZA법 만으로는 신속성을 필요로 하는 바이러스 검출에서는 불리하다(Bruchhof et. al., 1995). 따라서 기존의 유전자 진단법을 대체할 수 있고, 동시에 수백 개 이상의 유전자를 빠른 시간 내에 검색할 수 있는 DNA chip 기술을 이용하여 넙치, 돔등의 해산어와 일부 연어과 어류에 질병을 일으키는 rhabdovirus를 신속하고 정확하게 진단할 수 있는 저밀도 oligonucleotide chip을 개발하고자 한다(Chizhikov et at., 2001). (중략)

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SNP (Single Nucleotide Polymorphism) Detection Using Indicator-free DNA (비수식화 DNA를 이용한 SNP의 검출)

  • Choi, Yong-Sung;Park, Dae-Hee;Kwon, Young-Soo
    • Proceedings of the Korean Institute of Electrical and Electronic Material Engineers Conference
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    • 2003.11a
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    • pp.224-226
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    • 2003
  • In this paper, we succeeded SNP discrimination of DNA hybridization on microarray using new electrochemical system. Using the electrochemical method with a label-free DNA has Performed DNA chip microarray. This method is based on redox of an electrochemical ligand. We developed scanning system with high performance.

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DNA Chip

  • 박재찬
    • The Magazine of the IEIE
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    • v.29 no.3
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    • pp.19-28
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    • 2002
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