Analyses of now karyotypes using different maize (Zea mays L.) inbred lines have been performed. The accumulation and isolation of high quality and quantity metaphase chromosomes from root tips can be achieved from many kinds of maize lines. The chromosome suspensions were prepared by a simple slicing method from synchronized maize root tips and analyzed with a now cytometry. The variations of experimental now karyotypes were detected among inbred lines in terms of the positions and/or the numbers of chromosome peaks. The 2C DNA amount among 8 inbred lines ranged from 5.09 to 5.52 pg. The variability of DNA content in maize chromosome 1 was 9.1 % ranging from 0.685 to 0.747 pg. The selection of appropriate maize lines is critical for sorting specific single chromosome types. At least five different chromosome types can be discriminated and sorted from five maize lines.
Ju, Min-Yeong;Baek, Seung-Hun;Kim, Eun-Ju;Nguyen, Nguyen Le Thao;Park, Chan-Yeong;Park, Tae-Jeong
Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
/
2016.02a
/
pp.375.1-375.1
/
2016
Polymerase chain reaction (PCR) has revolutionized genetics and become one of the most popular techniques in modern biological and medical sciences. It can be used not only as an in vitro DNA amplification method but also used in many bioassay applications. The PCR can be used to exponentially produce a large number of DNA copies from a small quantity of DNA molecules in a few hours. However, as unwanted DNA fragments are also often manufactured, the amplification efficiency of PCR is decreased. To overcome this limitation, several nanomaterials have been employed to increase the specificity of the PCR reaction. Recently, graphene has attracted a great interest for its excellent electron transfer, thermal and biocompatibility. Especially, gold nanoparticle-coated graphene oxide (GO/AuNPs) led to enhance electron and thermal transfer rate and low-charge transfer resistance. Therefore, we report the development of a demonstration for the PCR efficiency using a large-scale production of the GO and combination of gold nanoparticles. Because a thermal conductivity is an important factor for improving the PCR efficiency in different DNA polymerases and different size samples. When PCR use GO/AuNPs, the result of transmission electron microscopy and real-time quantitative PCR (qPCR) showed an enhanced PCR efficiency. We have demonstrated that GO/AuNPs would be simply outperformed for enhancing the specificity and efficiency of DNA amplification procedure.
Telomeres consist of TTAGGG tandem repeated DNA sequences with specific proteins and locate at chromosome ends. Telomeres are essential for chromosome stability and are related with cell senescence, apoptosis and cancer. Telomerase is a ribonucleoprotein which has a template for the synthesis of telomeric DNA. This study was carried out to analyze the amount of telomeric DNA and telomerase activity in cattle cells. Analysis of the quantity of telomere in lymphocytes was done at different ages, sex and among Korean cattle and Holstein breeds. The telomerase activity was also analyzed in liver, brain, heart, kidney, and testis tissues of fetal calf and of 18 month old cattle. The amount of telomeres in lymphocytes and other tissue cells was analyzed by Quantitative-Fluorescence in situ Hybridization (Q-FISH) technique using a telomeric DNA probe. Telomerase activity was analyzed by Telomeric Repeat Amplification Protocol assay (TRAP). The amount of telomeric DNA on the lymphocytes during the whole life span was decreased along with age. Quantity of telomeres in Korean cattle was significantly higher than that in Holstein breed. The amount of telomeric DNA in males was significantly higher than that in females. Telomerase activity was up-regulated in most bovine tissues during fetal stage, but was down-regulated in most tissues at mature 18 month age except the testis cells. This study indicates that the amount of telomeres and telomerase activity of cells can be used as an age marker or/and a physiological marker of cattle.
Proceedings of the Korea Society of Poultry Science Conference
/
2004.11a
/
pp.16-18
/
2004
This study was carried out to analyze the amount of telomeres and telomerase activity of several chicken cells. Telomere quantity and telomerase activity were analyzed during organ development, growth and aging in embryonic and adults chicken. Analyzed cells were whole embryos and the cells from brain, heart, liver, kidney, lymphocytes and germinal tissues in Korean Native Chicken. The amount of telomeric DNA was analyzed by quantitative fluorescence in situ hybridization (Q-FISH) techniques using a chicken telomere repeat probe. Telomerase activity was performed by Telomeric Repeat Amplification Protocol (TRAP) assay. In results, telomerase activity was highly detectable in early embryonic cells, germinal cells and kidney cells. Whereas the cells from brain, heart, and liver had gradually down-regulated pattern of telomerase activity. Analyzing the telomere quantities on chicken cells, the amount of telomeric DNA of most chicken cells gradually decreased as growth. From these results, the amount of telomeric DNA was directly affected by telomerase activity. Consequently the telomere quantity and telomerase activity are closely relate to cell differentiation and tissue specificity during developmental and growing stages.
Seo, Hyo-seok;Lee, Yung-gi;Jeon, Eun-young;Lee, Jeong-heon
Journal of the Korean Society of Tobacco Science
/
v.37
no.1
/
pp.25-33
/
2015
Genome walking is a par ticular application for identifying sequences of unknown genomic regions adjacent to a known region. Many genome walking methods based on polymerase chain reaction (PCR) are available. Even if earlier techniques suffer from low reproducibility, inefficiency, and non-specificity, improved strategies have been developed. In this study, we present an alternative strategy: the genomic DNA is digested with restriction enzymes. After cytosine overhangs at 5' ends, the fragments are ligated to linker adaptor s had guanine overhang at 3' ends. Then nested PCR is performed. The improvements in this strategy focus on two points. The first is the C tailing method using Pfu polymerase instead of the A tailing method based on nontemplate-dependent terminal transferase activity of Taq polymerase. Therefore unintended modification of target DNA can be prevented without A tailing error. The second point is the use of C/G-specific ligation had advantage in the ligation efficiency compared with A/T-specific ligation. Therefore, the C-G linker PCR method increases ligation efficiency between digested genomic DNA and adaptor DNA. As a result, the quantity of target DNA to amplify by PCR is enriched. We successfully used G-C linker PCR to retrieve flanking regions bordering the phophinothricin resistance gene in genetically modified tobacco (GMO).
In an age when a small quantity of sperm can lead to pregnancy through in vitro fertilization or intracytoplasmic sperm injection, selecting healthy sperm is important. Sperm DNA fragmentation (SDF) is known to be higher in infertile men. Terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated deoxyuridine triphosphate nick end labeling (TUNEL) and the alkaline comet test are SDF tests that directly measure DNA damage and have shown closer correlations with assisted reproduction results than indirect tools such as the sperm chromatin structure assay or the sperm chromatic dispersion test. It is difficult; however, to endorse a single test as the best test overall; instead, it is best to select a testing method based on each patient's clinical condition and goals. In a couple struggling with infertility, if the male partner has a high level of SDF, he should aim to decrease SDF through lifestyle modifications, antioxidant treatment, and ensuring an appropriate duration of abstinence, and physicians need to treat the underlying diseases of such patients. If sperm DNA damage continues despite the patient's and physician's efforts, other methods, such as micromanipulation-based sperm selection or testicular sperm extraction, should be used to select healthy sperm with nuclear DNA integrity.
This study aimed to explore efficient DNA extraction methods using tree nuts. Four different DNA extraction procedures, including silica membrane method, modified silica method, cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) method, and modified CTAB method were examined for their relative efficiency in extracting DNA from pistachio, pine nut, almond, hazelnut, cashew nut, walnut, and peanut. The quality and quantity of the extracted DNA were subsequently assessed by spectrometric measurements, gel electrophoresis, and PCR amplifications. CTAB method was the most appropriate one for extracting DNA from pine nut, cashew nut, pistachio, and peanut. However, it could be replaced by the silica membrane method for walnut and modified CTAB method for almond and hazelnut.
The amount of telomeric DNA was quantified across different breeds(Landrace, Duroc, Yorkshire and Berksire), at different ages(90 days old and 180 days old) and among sexes(male and female) in pigs raised at the Performance Testing Station of Korea Swine Association, Jinkyo, Korea. The telomeric DNA amount was quantified by Quantitative Fluorescence In Situ Hybridization(Q-FISH) using a porcine telomeric DNA probe on interphase nuclei of lymphocytes. Analysis revealed that the amount of telomeric DNA on the pig lymphocytes was found to decrease with age. The quantity of telomeres significantly differed among breeds at 90 days of age. The colored breeds such as Berkshire and Duroc had higher amount of telomeric DNA than the Yorkshire and Landrace breed. In addition, the amount of telomeric DNA in male lymphocytes was significantly higher than that of females. In the correlation coefficients between the telomere quantity and their productive traits; average daily gain, loin percent and index value were positively correlated, whereas body length, feed efficiency and back fat thickness correlated negatively. However, the correlation coefficients were very low and not significant. Therefore, this study suggests that the amount of telomeres on lymphocytes can be considered as a physiological marker but not as a productive marker in pig.
Park, Sook-Young;Jang, Seol-Hwa;Oh, Soon-Ok;Kim, Jung A;Hur, Jae-Seoun
Mycobiology
/
v.42
no.4
/
pp.311-316
/
2014
Lichen studies, including biodiversity, phylogenetic relationships, and conservation concerns require definitive species identification, however many lichens can be challenging to identify at the species level. Molecular techniques have shown efficacy in discriminating among lichen taxa, however, obtaining genomic DNA from herbarium and fresh lichen thalli by conventional methods has been difficult, because lichens contain high proteins, polysaccharides, and other complex compounds in their cell walls. Here we report a rapid, easy, and inexpensive protocol for extracting PCR-quality DNA from various lichen species. This method involves the following two steps: first, cell breakage using a beadbeater; and second, extraction, isolation, and precipitation of genomic DNA. The procedure requires approximately 10 mg of lichen thalli and can be completed within 20 min. The obtained DNAs were of sufficient quality and quantity to amplify the internal transcribed spacer region from the fungal and algal lichen components, as well as to sequence the amplified products. In addition, 26 different lichen taxa were tested, resulting in successful PCR products. The results of this study validated the experimental protocols, and clearly demonstrated the efficacy and value of our KCl extraction method applied in the fungal and algal samples.
The applications of DNA barcoding have a wide range of uses, such as in taxonomic studies to help elucidate cryptic species and phylogenetic relationships and analyzing environmental samples for biodiversity monitoring and conservation assessments of species. After obtaining the DNA barcode sequences, sequence similarity-based homology analysis is commonly used. This means that the obtained barcode sequences are compared to the DNA barcode reference databases. This bioinformatic analysis necessarily implies that the overall quantity and quality of the reference databases must be stringently monitored to not have an adverse impact on the accuracy of species identification. With the development of next-generation sequencing techniques, a noticeably large number of DNA barcode sequences have been produced and are stored in online databases, but their degree of validity, accuracy, and reliability have not been extensively investigated. In this study, we investigated the extent to which the amount and types of erroneous barcode sequences were deposited in publicly accessible databases. Over 4.1 million sequences were investigated in three largescale DNA barcode databases (NCBI GenBank, Barcode of Life Data System [BOLD], and Protist Ribosomal Reference database [PR2]) for four major DNA barcodes (cytochrome c oxidase subunit 1 [COI], internal transcribed spacer [ITS], ribulose bisphosphate carboxylase large chain [rbcL], and 18S ribosomal RNA [18S rRNA]); approximately 2% of erroneous barcode sequences were found and their taxonomic distributions were uneven. Consequently, our present findings provide compelling evidence of data quality problems along with insufficient and unreliable annotation of taxonomic data in DNA barcode databases. Therefore, we suggest that if ambiguous taxa are presented during barcoding analysis, further validation with other DNA barcode loci or morphological characters should be mandated.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.