• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제22권10호
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• pp.733-741
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• 2022

해양범죄에서 발견되는 다양한 증거물 중 지문과 DNA(Deoxyribo nucleic acid)는 용의자를 특정할 수 있다는 점에서 매우 중요하다. 본 연구에서는 실제 해양환경에서 증거물로 많이 발견되는 비다공성 재질 5종(플라스틱, 스테인리스, 유리, 세라믹, FRP(Fiber reinforced plastic))을 선정하여 자연 및 혈액지문을 유류한 후 동해 해경서 전용부두에서 약 7일간 침지하였다. 그 후 CA(Cyanoacrylate) 훈증법과 4가지 분말법(Swedish black powder, Concentrated black powder, Supranano red powder, Dazzle orange powder)을 이용하여 지문 현출 후 DNA 추출, 정량, STR(Short tandem repeat) 프로필을 분석하였다. 지문현출방법 중 Supranano red powder를 적용하였을 때 DNA 농도가 상대적으로 높은 양이 나타났으며 STR 프로필 분석을 실시한 결과 평균 16.8~9개의 유전자좌위를 확보할 수 있었고, 유리 및 세라믹 재질에서는 20개 모두 확인할 수 있었다. 연구 결과 약 7일 동안 침지된 가상증거물에 지문 현출법을 적용 후 DNA를 추출 및 정량하여 STR 프로필을 확보할 수 있었으며, VMD(Vacuum metal deposition), SPR(Small particle reagent) 등 다양한 지문현출방법을 적용한 뒤 DNA를 분석하여 STR 프로필을 확보할 수 있는 추가적인 연구가 필요할 것으로 판단된다.

• Korean Chemical Engineering Research
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• 제48권2호
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• pp.147-156
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• 2010

폐가스 처리용 바이오필터의 핵심 요소 기술은 생촉매(미생물), 담체, 설계 운전 기술 및 진단 관리 기술이다. 특히, 바이오필터의 성능은 부하 조건과 바이오필터 내 미생물 군집 구조에 의해 영향을 받는다. 지금까지 바이오필터의 미생물 연구는 대부분 배양법을 기초로 하여 수행되어 왔으나, 최근에 보다 신속하고 정확하게 미생물 군집을 분석할 수 있는 방법들이 제시되고 있다. 본 논문에서는 생리적, 생화학적 및 분자생물학적 미생물 군집 분석 방법과 이를 활용한 바이오필터의 미생물 군집 특성을 조사한 연구사례를 소개하고, 미생물 군집 분석법의 바이오필터에 적용 가능성에 대해 고찰하였다. Community-level physiological profile 방법은 시료 중에 포함된 종속영양미생물의 탄소기질 이용능력을 기반으로 군집 특성을 조사하는 것이며, Phospholipid fatty acid analysis는 미생물 세포막 지방산을 분석하여 군집 특성을 조사하는 방법이다. 환경시료로부터 직접 추출한 DNA를 활용하는 분자생물학적 분석법에는 "partial community DNA analysis"와 "whole community DNA analysis"가 있다. 전자의 방법은 PCR 과정에 의해 증폭시킨 염기서열을 분석하는 것으로 ribosomal operon 유전자가 가장 많이 활용되었다. 이 방법은 다시 PCR fragment cloning 및 genetic fingerprinting으로 구분되며, genetic fingerprinting 방법으로는 denaturing gradient gel electrophoresis, terminal-restriction fragment length polymorphism, ribosomal intergenic spacer analysis 및 random amplified polymorphic DNA 방법으로 세분화된다. 추출된 전체 군집의 DNA를 분석하는 방법에는 total genomic cross-DNA hybridization, 총 추출 DNA의 열 변성/재결합 방법 및 밀도구배를 이용하여 추출한 DNA를 분획화하는 방법 등이 있다.

• 과학기술학연구
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• 제3권2호
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• pp.83-104
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• 2003

최근 질병관련 영역 못지않게 유전정보 이용이 눈에 띄게 증가하고 있는 분야가 개인식별 영역이다. 일부 국가에서는 범죄자유전자은행이 구축되어 운영되고 있으며, 군대, 이민국 등에서도 유전정보를 이용하고 있다. 국내에서도 이미 90년대 중반부터 친자확인, 사체확인, 범죄수사에 활용되고 있고 수사기관들은 신원확인을 위한 유전자정보은행을 준비하고 있다. 그런데 질병과 관련된 유전자 검사에 대한 높은 관심과는 달리 유전정보를 개인식별에 이용하는 것에 대해서는 사회적 관심이 별로 높지 않고 법적 윤리적 논의 또한 부족한 상황이다. 그러나 유전정보를 신원확인에 이용하는 과정에서도 개인의 프라이버시 침해, 유전정보의 오남용, 국가의 시민 감시체계확장 등 다양한 문제가 발생할 수 있다. 특히 유전자 감식을 개별적으로 사용하는데 그치지 않고 이를 데이터베이스로 구축할 경우 더욱 다양한 문제들이 발생할 수 있다. 본 논문에서는 그 동안 사회적으로 잘 알려지지 않았던 신원확인 유전자정보은행(DNA databank)의 추진 현황과 사회적 쟁점을 국내 논의 중심으로 살펴보고자 한다. 이를 위해 유전정보의 특징과 수사기관이 추진하고 신원확인 유전자정보은행에 대해서 살펴본다. 이어서 유전자정보은행 구축으로 인해 발생할 수 있는 사회적 문제를 검토해 본 후 논쟁이 건설적으로 이루어지기 위한 방안을 모색한다.

• 대한의생명과학회지
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• 제16권3호
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• pp.193-196
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• 2010

Multiplex PCR-based short tandem repeat (STR) analysis is considered as a good tool for monitoring bone marrow engraftment after sex-mismatched allogeneic transplantation and provides a sensitive and accurate assessment of the contribution of both donor and/or recipient cells in post-transplantation specimens. Forensic STR analysis and quantitative real time PCR are used to determine the proportion of donor versus recipient each contained within the total DNA. The STR markers were co-amplified in a single reaction by using commercial $PowerPlex^{(R)}$ 16 system and $AmpFISTR^{(R)}$ $Identifiler^{(R)}$ / $Yfiler^{(R)}$ PCR amplification kits. Separation of the PCR products and fluorescence detection were performed by ABI $PRIS^{(R)}$ 3100 Genetic Analyzer with capillary electrophoresis. The $GeneMapper^{TM}$ ID software were used for size calling and analysis of STR profiles. Extracted DNA was quantified by the $Quantifiler^{TM}$ Human DNA / Y Human Male DNA Quantification Kit The intent of this study was to analyze the ratio of donor versus recipient cells in the post-transplant peripheral blood, spleen, lung and kidney specimens. Specimens were taken from the traffic accident male victim who had been engrafted from bone marrow female donor. Blood and spleen specimens displayed female donor DNA profile. Kidney specimen showed male recipient DNA profile. Interestingly, lung tissue showed mixed profiles. The findings of this study indicate that the forensic STR analysis using fluorescence labeling PCR combined with capillary electrophoresis is quick and reliable enough to assess the ratio of donor versus recipient cells and to monitor the mixed chimeric patterns.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2001년도 제2회 생물정보 워크샵 (DNA Chip Bioinformatics)
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• pp.29-44
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• 2001

DNA damage by physical insult including UV and g-radiation might provoke genetic alterations in cells, which is followed by either acute cell death or tumorigenesis. The responsiveness to g-radiation depends on cellular context of target cells. To understand the mechanisms of checkpoint control, repair and cell death following genotoxic stimu]i, cDNA microarray can provide the gene expression profile. To make a profile of gene expression in irradiated Jurkat T cells, we hybridized the cDNA microarray using cDNA from g-irradiated Jurkat T cells. Jurkat T cells were exposed to 4Gy to 16Gy, and total RNA were extracted at 4 to 24 hrs after irradiation. The hybridization of the microarray to fluorescence-labeled cDNA from treated and untreated cells was analyzed by bioinformatic analysis to address relative changes in expression levels of the genes present in the array. Responses varied widely in different time points, suggesting acute stress response and chronic restoration or cell death. From these results we could select 384 genes related to radiation response in Tcells, and radiation response might be different in various types of cells. Using Radchip, we could separate "the exposed" from control PBMCs. We propose that Radchip might be useful to check the radiation research as well as radiation carcinogenesis.

• BMB Reports
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• 제40권6호
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• pp.986-1001
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• 2007

Cold acclimation improves freezing tolerance in plants. In higher plants, many advances have been made toward identifying the signaling and regulatory pathways that direct the low-temperature stress response; however, similar insights have not yet been gained for simple nonvascular plants, such as bryophytes. To elucidate the pathways that regulate cold acclimation in bryophytes, we used two PCR-based differential screening techniques, cDNA amplified fragment length polymorphism (cDNA-AFLP) and suppression subtractive hybridization (SSH), to isolate 510 ESTs that are differentially expressed during cold acclimation in Physcomitrella patens. We used realtime RT-PCR to further analyze expression of 29 of these transcripts during cold acclimation. Our results show that cold acclimation in the bryophyte Physcomitrella patens is not only largely similar to higher plants but also displays distinct differences, suggests significant alteration during the evolution of land plants.

• 원예과학기술지
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• 제32권6호
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• pp.853-863
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• 2014

국내외에서 재배되고 있는 딸기 100품종의 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 다형성이 높은 microsatellite 마커의 선정과 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 딸기 21품종을 274개의 microsatellite 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 25개의 다형성이 높은 마커를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 딸기 100품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 7.50개로 나타났고, 3-13개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 마커의 유전자형에 따라 0.333-0.841 범위에 속하였으며 평균값도 0.706으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커의 대립유전자를 이용하여 딸기 100 품종에 대한 계통도를 작성하였을 때 품종 육성의 계보 및 육성 지역에 따라 7개의 그룹으로 크게 나누어졌으며 2품종을 제외한 98품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 본 연구에서 얻어진 딸기 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 재배심사 및 품종진위성과 관련된 종자분쟁을 해결하는 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제33권4호
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• pp.331-340
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• 1995

형태적으로 Aconthamoeba polyphaga로 동정긴 일곱 분리주의 동위효소 profile과 Mitochondria (Mt) DNAangerprint를 비교 분석하였다. 8가지 제한효소(B91 II. Sca I, Cla I, EcoR I, Xba I, Kpa I, Sal I. 및 Sst I)에 의한 Mt DNA fhlgerprint는 주간의 심한 다양성을 나타내었다. B가지 동위효소 (acid phosphatase, lactate dehydrogenase 및 glucose-6-phosphate dehydrogenase)는 주간의 심한 다양성을 나타내었으나 다른 3가지 동위효소(glucose phosphate isomerase, leucine aminopeptidase 및 malatedehydrogenase)는 비슷한 양상으로 나타났다 Ap 주의 동위효소 양상과 Mt DNA fmgerprint는 Jones 주와 동일하였다. Mt DNA fingerprinting은 대식가시아메바 주의 동정과 분리에 매우 유용함을 알았다. Aconthamoeba polvphasa의 우리말 학명을 대식가시아메바로 제안한다.

• 대한의생명과학회지
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• 제10권2호
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• pp.75-84
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• 2004

Massive identification of differentially expressed patterns has been used as a tool to detect genes that are involved in disease related process. We employed circular single stranded sense molecules as probe DNA for a DNA chip. The circular single stranded DNAs derived from 1,152 unigene cDNA clones were purified in a high throughput mode from the culture supernatant of bacterial transformants containing recombinant phagemids and arrayed onto silanized slide glasses. The DNA chip was examined for its utility in detection of differential expression profile by using cDNA hybridization. Hybridization of the single stranded probe DNA were performed with Cy3- or Cy5-labeled target cDNA preparations at $60^\circ$C. Dot scanning performed with the hybridized slide showed 29 up-regulated and 6 down-regulated genes in a cancerous liver tissue when compared to those of adjacent noncancerous liver tissue. These results indicate that the circular single stranded sense molecules can be employed as probe DNA of arrays in order to obtain a precious panel of differentially expressed genes.

• Molecules and Cells
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• 제19권2호
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• pp.167-179
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• 2005

The cells of metazoans respond to DNA damage by either arresting their cell cycle in order to repair the DNA, or by undergoing apoptosis. This response is highly conserved across species, and many of the genes involved in this DNA damage response have been shown to be inactivated in human cancers. This suggests the importance of DNA damage response with regard to the prevention of cancer. The DNA damage checkpoint responses vary greatly depending on the developmental context, cell type, gene expression profile, and the degree and nature of the DNA lesions. More valuable information can be obtained from studies utilizing whole organisms in which the molecular basis of development has been well established, such as Drosophila. Since the discovery of the Drosophila p53 orthologue, various aspects of DNA damage responses have been studied in Drosophila. In this review, I will summarize the current knowledge on the DNA damage checkpoint response in Drosophila. With the ease of genetic, cellular, and cytological approaches, Drosophila will become an increasingly valuable model organism for the study of mechanisms inherent to cancer formation associated with defects in the DNA damage pathway.