• 한국작물학회지
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• 제65권3호
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• pp.161-171
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• 2020

본 연구에서는 국내 벼 직파재배 활성화 및 재배면적 확대를 위하여 담수발아 관련 QTLs 단편이 이입된 자포니카형 우량 계통을 육성하였다. 더불어 담수 중 혐기발아 내성과 관련 분자표지를 개발하였으며, 이를 우량계통 선발에 직접 활용하였다. 인공교배를 통해 국내 자포니카 잡초벼인 PBR을 수여친으로 남평을 반복친으로 여교잡을 수행하였으며, 이 조합으로부터 담수 혐기 발아성이 개선된 자포니카 형 우량계통을 육성하였다. 그리고 혐기 발아 내성 관련 QTL 판별을 위한 CAPS 분자표지(NP01.014, NP03.077, NP11.091)를 개발하였다. 여교잡 집단을 육성하고, 작물학적 특성, 담수저항성 검정 등의 표현형 선발과 분자표지 선발을 통해 주요 농업형질, 담수 혐기 발아성이 양호한 5계통이 최종 선발되었으며, 이들 계통은 모두 QC1 혹은 QC2 조합으로 남평에 비해 온실에서 평균 2.3배, 포장에서 2.6배 가량 유묘 생존율이 개선된 것으로 나타났다. 선발된 5계통에 대한 생산력 검정 예비시험(PYT), 주요 작물학적 특성 및 담수 혐기 발아성 등의 검정을 통해 28708을 담수직파 우량계통으로 최종 선발하고 '전주643호'로 계통명을 부여하였다.

• 생명과학회지
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• 제18권10호
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• pp.1442-1446
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• 2008

본 연구는 10개의 Microsatellite를 이용하여 국내 한우집 단 586두(경기: 100, 전남: 100, 전북: 100, 경남: 100, 경북:86, 강원: 100)와 보증종모우 집단(39두)간의 유전적 거리추정 및 계통지도의 작성을 통해 보증종모우 집단과 지역별 한우집단의 유전적 특성과 유연관계 분석을 실시하였다. 10개의 MS marker의 분석 결과 기대이형접합도의 경우 경남지역에서 가장 높은 0.780을 나타내었으며 종모우 집단에서 가장 낮은 0.760을 나타내었다. 관측된 이형접합도의 경우 종모우 집단에서 가장 높은 0.818을 나타내었으며 경북지역에서 가장 낮은 0.721을 나타내었다. 검출된 대립유전자의 수에서는 것으로 확인 되었다. 종모우 집단은 가장 높은 관측이형접합도를 나타냈음에도 불구하고 가장 낮은 대립유전자의 수를나타내고 음을 확인하였다. 7개의 집단 간의 유전적 유연관계 분석한 결과 강원도 집단의 한우와 경기, 경북의 유전적 거리가 각 0.021로 가장 가까운 것으로 확인 되었으며 경기와 경북 간의 유전적 거리는 0.032인 것으로 가장 먼 것으로 확인 되었다. 또한 경북은 전남과도 0.032의 먼 유전적 거리를 나타내고 있음을 확인하였다. 종모우 집단의 경우 각 지역별 집단 간의 유전적 거리에 비해 상당히 큰 차이의 유전적 거리를 나타내고 있는데 이는 각 지역별 암소집단에 소수의 종모우를 이용해 계획 교배를 실시하고 있어 나타난 것으로 사료된다. 각 개체들 간의 유전적 거리에 대한 추정값을 계산하여 개체별 분지도를 작성한 결과 같은 지역 내의몇몇 개체들이 그룹을 이루어 존재하기는 하지만 일반적으로 넓게 분포되어 있어 각 지역별로 그룹을 이루어 존재하고 있다고 보기엔 어려움이 있음을 확인 하였다. 반면 종모우 집단의 경우 크게 두개의 그룹을 이루어 분지도 내에 분포하고 있음을 확인 할 수 있었다. 따라서 종모우의 유전적 배경이 상당히 좁게 나타나고 있음을 확인 할 수 있었으며 이러한 결과로 인해 국내의 유전자원의 다양성이 작아질 수도 있을 것으로 추정된다. 따라서 국내 유전자원의 다양성 보존을 위해 종모우의 선발 및 사업 추진에 있어 대책을 마련하기 위한 고찰이 진행되어질 필요가 있는 것으로 사료된다.

• Journal of Chest Surgery
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• 제31권4호
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• pp.362-368
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• 1998

편평세포폐암 환자 혈청내 SCC항원(squamous cell carcinoma antigen)의 암표지자로서의 유용성을 검정하고 암종이 성장함으로써 정상조직으로 침범하는 기전을 규명하기 위하여 폐암수술후 절제해 낸 폐암조직의 중심부와 말초부 그리고 암세포가 없는 정상 폐조직을 채취하여 SCC항원 농도와 DNA합성을 통해 세포성장과 분화에 관련이 있는 것으로 알려진 EGFr(epidermal growth factor receptor)의 농도를 측정하였다. 편평세포폐암종 조직내 SCC항원의 농도는 69＋25 ng/ml로 정상 폐조직 34＋7 ng/ml, 폐선암 35＋25 ng/ml보다 높았으며(p<0.05), EGFr의 농도는 폐암조직, 즉 편평세포암 47＋6 pmol/min, 선암 69＋20 pmol/min으로 정상 폐조직 34＋5 pmol/min, 39＋8 pmol/min보다 각각 높게는 나타났으나 유의성은 없었다. 암종의 크기에 따른 부위별 SCC항원의 농도는 암종이 직경이 3cm이하인 경우는 암종의 중심부(100＋82 ng/ml)가 말초부(55＋24 ng/ml)보다 높게 나타났으나(p>0.05), 5cm이상인 경우는 암종의 말초부(324＋92 ng/ml)가 중심부(34＋18 ng/ml)보다 현저히 높았다.(p<0.05) 그러나 부위별 EGFr의 농도는 암종의 크기에 따라 차이가 없었다. 암병기에 따른 부위별 SCC항원의 농도는 암중심부에서는 1, 2병기에서 3, 4병기로 암병기가 높아짐에 따라 감소하는 경향을 보였으나 통계적 유의성은 없었고(p>0.05), 암말초부에서는 1, 2병기 68＋37 ng/ml, 87＋35 ng/ml에서 3,4병기414＋87 ng/ml, 473＋226 ng/ml로 병기가 높아짐에 따라 현저하게 증가하였다.(p<0.05) 그러나 EGFr은 암중심부에서 1병기에서 2, 3, 4병기로 병기가 높아짐에 따라 증가하는 경향을 보였으나 통계적 유의성이 없었고(p<0.05), 암말초부에서는 병기에 따른 농도의 특이한 변화를 관찰할 수 없었다. 이상의 결과로 편평세포폐암종 조직내 SCC항원의 농도는 정상 폐조직이나 폐선암조직에서 보다 높게 나타나 혈청내 SCC항원의 농도가 편평세포폐암의 진단 및 치료효과를 예측하는데 유용한 암표지자로 생각되나, 암종내 부위별 SCC항원의 농도와 EGFr의 농도가 일치하지 않음으로써 암종이 성장함으로써 주위조직으로의 침범과 SCC항원의 농도와의 관계에 대해서는 보다 더 많은 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• 식물분류학회지
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• 제35권3호
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• pp.161-174
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• 2005

한국산 반하속 식물의 종간 및 종내 집단간의 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석을 수행하였으며, PCR 과정을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 300 bp에서 2,500 bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 7개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 70개의 유효한 polymorphic band makers를 확인하였고, Nei-Li의 유전적 거리지수를 이용하여 분석하였다. 또한 이러한 자료에 근거하여 종내 개체군 군집에 대한 UPGMA 유집분석 및 NJ tree를 도출하였다. 반하의 지역별 개체군 집단간에는 각각 낮은 유전적 거리지수 수준에서 유집되어 전반적으로 개체군간 유연관계가 밀접한 것으로 조사되었다. 반하는 지역별 개체군에 따라 잎의 형태와 꽃의 색에 따른 형태학적 변이 및 체세포염색체수의 세포학적 변이 패턴을 다양하게 보이고 있어 이는 생육지의 다양성에 의해 나타난 형질분화의 차이로 추정된다. 이런 특성은 반하의 분화속도를 빠르게 하는 주요 원인으로 판단된다. 본 연구를 통해 볼 때 새로운 종은 반하속에 속하는 분류군으로 제주도와 일본의 반하 개체군과 매우 가까운 유연관계를 형성하고 있는 것으로 밝혀졌다. RAPD 분석은 한국산 반하속 식물종의 종간 및 종내 개체군 집단간의 유연관계 파악에 매우 유용한 실험적 접근방법임을 보여주었다.

• 생명과학회지
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• 제25권8호
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• pp.925-931
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• 2015

미립 품질 향상을 위하여 미립 형태를 결정하는 특성을 위한 분자육종기술을 확립하기 위하여 미립과 관련된 양적형질 유전자좌를 탐색하고, 이들 환경요인과 상호작용 효과를 분석한 결과는 다음과 같다. 인디카 품종인 ‘청청’과 자포니카형인 ‘낙동’이 교배된 조합 F₁의 약배양에 의해 양성된 120 계통(DH 집단)과 217개의 DNA 마커를 이용하여 전체 길이가 2,067cM이고, 마커간 평균거리가 9.5cM인 유전자 지도를 작성하였다. 미립형태 관련 유전자좌 분석에서 미립의 외형인 길이, 폭, 두께, 장폭비, 천립중과 관련하여 14개의 QTL이 탐색되었다. 현미의 미립길이 관련 3개의 QTL (qGL2, qGL5, qGL7), 미립 폭 관련 3개의 QTL (qGW2-1, qGW2-2, qGW2-3), 미립 두께 관련 1개의 QTL (qGT2), 장폭비 관련 6개의 QTL (qLWR2-1, qLWR2-2, qLWR2-3, qLWR2-4, qLWR7, qLWR12) 및 천립중 관련 1개의 QTL (qTGW8)이 선발되었다. 미립 장폭비 관련 4개의 QTL은 미립길이와 미립두께에서 동일한 염색체 상에서 확인되었다. 본 연구에서 구명된 QTL 마커들은 쌀 품종개량을 위하여 이용될 수 있을 것이라 판단된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권19호
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• pp.8319-8324
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• 2014

Although genetic markers identifying women at an increased risk of developing breast cancer exist, the majority of inherited risk factors remain elusive. Mutations in the BRCA1/BRCA2 gene confer a substantial increase in breast cancer risk, yet routine clinical genetic screening is limited to the coding regions and intronexon boundaries, precluding the identification of mutations in noncoding and untranslated regions. Because 3' untranslated region (3'UTR) polymorphisms disrupting microRNA (miRNA) binding can be functional and can act as genetic markers of cancer risk, we aimed to determine genetic variation in the 3'UTR of BRCA1/BRCA2 in familial and early-onset breast cancer patients with and without mutations in the coding regions of BRCA1/BRCA2 and to identify specific 3'UTR variants that may be risk factors for cancer development. The 3'UTRs of the BRCA1 and BRCA2 genes were screened by heteroduplex analysis and DNA sequencing in 100 patients from 46 BRCA1/2 families, 54 non-BRCA1/2 families, and 47 geographically matched controls. Two polymorphisms were identified. SNPs $c.^*1287C$ >T (rs12516) (BRCA1) and $c.^*105A$ >C (rs15869) (BRCA2) were identified in 27% and 24% of patients, respectively. These 2 variants were also identified in controls with no family history of cancer (23.4% and 23.4%, respectively). In comparison to variations in the 3'UTR region of the BRCA1/2 genes and the BRCA1/2 mutational status in patients, there was a statistically significant relationship between the BRCA1 gene polymorphism $c.^*1287C$ >T (rs12516) and BRCA1 mutations (p=0.035) by Fisher's Exact Test. SNP $c.^*1287C$ >T (rs12516) of the BRCA1 gene may have potential use as a genetic marker of an increased risk of developing breast cancer and likely represents a non-coding sequence variation in BRCA1 that impacts BRCA1 function and leads to increased early-onset and/or familial breast cancer risk in the Turkish population.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제80권2호
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• pp.159-168
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• 2017

Background: Streptomycin (SM) is recommended by the World Health Organization (WHO) as a part of standard regimens for retreating multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) cases. The incidence of MDR-TB in retreatment cases was 19% in Thailand. To date, information on SM resistance (SMR) gene mutations correlated to the SMR of Mycobacterium tuberculosis Thai isolates is limited. In this study, the mutations in rpsL, rrs, gidB, and whiB7 were investigated and their association to SMR and the lineage of M. tuberculosis were explored. Methods: The lineages of 287 M. tuberculosis collected from 2007 to 2011 were identified by spoligotyping. Drug susceptibility profiles were evaluated by the absolute concentration method. Mutations in SMR genes of 46 SM-resistant and 55 SM-susceptible isolates were examined by DNA sequencing. Results: Three rpsL (Lys43Arg, Lys88Arg, and Lys88Thr) and two gidB (Trp45Ter and Gly69Asp) mutations were present exclusively in the SM resistant M. tuberculosis. Lys43Arg rpsL was the most predominant SMR mutations (69.6%) and prevailed among Beijing isolates (p<0.001). No SMR-related mutation in was found rrs. The combination of rpsL and gidB mutations provided 76.1% sensitivity for detecting SMR in M. tuberculosis Thai isolates. whiB7 was not responsible for SMR in SM resistant isolates lacking rpsL and rrs mutations. The significance of the three gidB mutations, 276A>C, 615A>G, and 330G>T, as lineage signatures for Beijing and EAI were underscored. This study identified 423G>A gidB as a novel sub-lineage marker for EAI6-BGD1. Conclusion: Our study suggested that the majority of SMR in M. tuberculosis Thai isolates were responsible by rpsL and gidB polymorphisms constantly providing the novel lineage specific makers.

• 한국수정란이식학회지
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• 제31권3호
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• pp.293-297
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• 2016

For evaluating the boar semen quality, sperm motility is an important parameter because the movement of sperm indicates active metabolism, membrane integrity and fertilizing capacity. Phospholipase C zeta (PLCz) is important enzyme in spermatogenesis, but the effect has not been confirmed in pigs yet. Therefore, this study was aimed to analyze their association with sperm motility and kinematic characteristics. DNA samples from 124 Duroc pigs with records of sperm motility and kinematic characteristics [total motile spermatozoa (MOT), curvilinear velocity (VCL), straight-line velocity (VSL), the ratio between VSL and VCL (LIN), amplitude of lateral head displacement (ALH)] were subjected. A SNP in non-coding region of PLCz g.158 A > C was associated with MOT (p < 0.05), VCL (p < 0.01), LIN (p < 0.01) and ALH (p < 0.05) in Duroc population. Therefore, we suggest that the intron region of the porcine PLCz gene may be used as a molecular marker for Duroc boar semen quality, although its functional effect was not defined yet. Whether the association is due to the candidate gene or not require further verification. Thus, it will be of interest to continue association studies in the regions surrounding those genes.

• 한국수정란이식학회지
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• 제31권3호
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• pp.281-285
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• 2016

Cluster-of-differentiation antigen 9 (CD9) gene expressed in the male germ line stem cells is crucial for sperm-egg fusion, and was therefore selected as a candidate gene to investigate Duroc boar semen motility and kinematic characteristics. This study was performed to investigatetheir association with semen motility and kinematic characteristics. DNA samples from 96 Duroc pigs with records of sperm motility and kinematic characteristics [Total motile spermatozoa (MOT, $82.27{\pm}5.58$), Curvilinear velocity(VCL, $68.37{\pm}14.58$), Straight-line velocity(VSL, $29.06{\pm}6.58$), the ratio between VSL and VCL(LIN, $47.36{\pm}8.42$), Amplitude of Lateral Head displacement(ALH, $2.88{\pm}0.70$)] were used in present study. A single nucleotide polymorphism (g.358A>T) in intron 6 was associated with MOT, VCL, VAP and ALH in Duroc population (p<0.05). Therefore, we suggest that the porcine CD9 may be used as a molecular marker for Duroc boar semen quality, although its functional effect was not clear yet. These results will improve the understanding of the functions of the CD9 in spermatogenesis within the reproductive tracts, and will shed light on CD9 as a candidate gene in the selection of good sperm quality boars.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제23권4호
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• pp.417-424
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• 2010

The purpose of this study was to detect significant SNPs for carcass quality traits using DNA chips of high SNP density in Hanwoo populations. Carcass data of two hundred and eighty nine steers sired by 30 Korean proven sires were collected from two regions; the Hanwoo Improvement Center of National Agricultural Cooperative Federation in Seosan, Chungnam province and the commercial farms in Gyeongbuk province. The steers in Seosan were born between spring and fall of 2006 and those in Gyeonbuk between falls of 2004 and 2005. The former steers were slaughtered at approximately 24 months, while the latter steers were fed six months longer before slaughter. Among the 55,074 SNPs in the Illumina bovine 50K chip, a total of 32,756 available SNPs were selected for whole genome association study. After adjusting for the effects of sire, region and slaughter age, phenotypes were regressed on each SNP using a simple linear regression model. For the significance threshold, 0.1% point-wise p value from F distribution was used for each SNP test. Among the significant SNPs for a trait, the best set of SNP markers were selected using a stepwise regression procedure, and inclusion and exclusion of each SNP out of the model was determined at the p<0.001 level. A total of 118 SNPs were detected; 15, 20, 22, 28, 20, and 13 SNPs for final weight before slaughter, carcass weight, backfat thickness, weight index, longissimus dorsi muscle area, and marbling score, respectively. Among the significant SNPs, the best set of 44 SNPs was determined by stepwise regression procedures with 7, 9, 6, 9, 7, and 6 SNPs for the respective traits. Each set of SNPs per trait explained 20-40% of phenotypic variance. The number of detected SNPs per trait was not great in whole genome association tests, suggesting additional phenotype and genotype data are required to get more power to detect the trait-related SNPs with high accuracy for estimation of the SNP effect. These SNP markers could be applied to commercial Hanwoo populations via marker-assisted selection to verify the SNP effects and to improve genetic potentials in successive generations of the Hanwoo populations.