• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제59권4호
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• pp.299-304
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• 2016

PCR 산물을 이용한 시퀀싱방법 중 Illumina 플랫폼으로 시퀀싱을 수행하면 100개 이상의 인위적인 시퀀스가 생겨나며, 그러한 인위적으로 형성되는 시퀀스에 의해 Operational taxonomic units를 기반으로 한 미생물생태 변화 및 네트워크 분석에 영향을 미친다. 이러한 문제점이 있음에도 불구하고 분변미생물생태를 분석하는데 Illumina에서 제공하고 있는 시퀀싱을 주된 방법으로 사용하고 있으며, 또한 그러한 시퀀스 기반의 분변미생물 생태분석 결과는 분변샘플상태(i.e., 분변 보관 기간, 분변양, 분변의 신선도)에 따라 상이하게 나타난다. 본 연구에서는 분변샘플의 동결건조가 시퀀스 데이터의 퀄리티를 향상시키는지 관해 조사하였으며, 이를 통해 분변샘플에 동결건조처리는 전체적인 미생물생태구조를 변화시키지는 않지만 인위적으로 형성되었을 가능성이 있는 시퀀스의 수를 감소시키는 것으로 확인되었다. 따라서, 분변으로부터 DNA를 추출하기 이전에 동결건조처리하는 방법을 Illumina 기반의 분변미생물생태분석에 사용하는 것을 권장한다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.31-31
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• 2017

Understanding the mechanism(s) to overcome or prevent seed ageing deterioration during storage is of fundamental interest to seed physiologists. Vitamin E (tocols) is known as a key metabolite to efficiently scavenge lipid peroxy radicals which cause membrane breakdown resulting in seed ageing. However, in rice research this hypothesis has been tested for very few lines only without considering intraspecific variation in genomic structure. Here, we present a correlation study between tocols and seed longevity using a diverse rice panel. Seeds of 20 rice accessions held in the International Rice Genebank at the International Rice Research Institute, representing aus, indica, temperate japonica and tropical japonica subpopulations, were used for tocols analysis (quantification of ${\alpha}$-, ${\beta}$-, ${\gamma}$-, ${\delta}$-tocopherol/tocotrienol by ultra performance liquid chromatography) and storage experiments at $45^{\circ}C$ and 10.9% seed moisture content (sample taken for germination testing every 3 days up to 60 days). To examine interactions between DNA sequences and phenotype, the 700k high-density single-nucleotide polymorphism marker data-set was utilized. Both seed longevity (time for viability to fall to 50%; $p_{50}$) and tocols content varied across subpopulations due to heterogeneity in the genetic architecture. Among eight types of tocol homologues, ${\alpha}$-tocopherol and ${\gamma}$-tocotrienol were significantly correlated with $p_{50}$ (negatively and positively, respectively). While temperate japonica varieties were most abundant in ${\alpha}$-tocopherol, indica varieties recorded 1.3 to 1.7-fold higher ${\gamma}$-tocotrienol than those of other subpopulations. It was highlighted that specific ratio of tocol homologues rather than total tocols content plays an important role in the seed longevity mechanism.

• Animal Bioscience
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• 제35권2호
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• pp.281-289
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• 2022

Objective: The aim of this study was to characterize the exopolysaccharides (EPS)-producing lactic acid bacteria from Taiwanese ropy fermented milk (TRFM) for developing a clean label low-fat fermented milk. Methods: Potential isolates from TRFM were selected based on the Gram staining test and observation of turbid suspension in the culture broth. Random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction, 16S rRNA gene sequencing, and API CHL 50 test were used for strain identification. After evaluation of EPS concentration, target strains were introduced to low-fat milk fermentation for 24 h. Fermentation characters were checked: pH value, acidity, viable count, syneresis, and viscosity. Sensory evaluation of fermented products was carried out by 30 volunteers, while the storage test was performed for 21 days at 4℃. Results: Two EPS-producing strains (APL15 and APL16) were isolated from TRFM and identified as Lactococcus (Lc.) lactis subsp. cremoris. Their EPS concentrations in glucose and lactose media were higher than other published strains of Lc. lactis subsp. cremoris. Low-fat fermented milk separately prepared with APL15 and APL16 reached pH 4.3 and acidity 0.8% with a viable count of 9 log colony-forming units/mL. The physical properties of both products were superior to the control yogurt, showing significant improvements in syneresis and viscosity (p<0.05). Our low-fat products had appropriate sensory scores in appearance and texture according to sensory evaluation. Although decreasing viable cells of strains during the 21-day storage test, low-fat fermented milk made by APL15 exhibited stable physicochemical properties, including pH value, acidity, syneresis and sufficient viable cells throughout the storage period. Conclusion: This study demonstrated that Lc. lactis subsp. cremoris APL15 isolated from TRFM had good fermentation abilities to produce low-fat fermented milk. These data indicate that EPS-producing lactic acid bacteria have great potential to act as natural food stabilizers for low-fat fermented milk.

• Molecules and Cells
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• 제25권2호
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• pp.272-278
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• 2008

The carbon-ion beam (CIB) generated by the heavy-ion medical accelerator in Chiba (HIMAC) was targeted to 7-day-old rice. Physiological parameters such as growth, and gene expression profiles were examined immediately after CIB irradiation. Dose-dependent growth suppression was seen three days post-irradiation (PI), and all the irradiated plants died by 15 days PI. Microarray (Agilent rice 22K) analysis of the plants immediately after irradiation (iai) revealed effects on gene expression at 270 Gy; 353 genes were up-regulated and 87 down-regulated. Exactly the same set of genes was affected at 90 Gy. Among the highly induced genes were genes involved in information storage and processing, cellular processes and signaling, and metabolism. RT-PCR analysis confirmed the microarray data.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제55권4호
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• pp.227-234
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• 2012

유채 종자 성숙단계별 변화하는 종자의 특성을 살펴본 결과, 개화 후 25일된 미성숙 종자에서 지방산 생성이 관찰되기 시작하였으며, 개화 후 35일된 미성숙 종자에서 지방산 생성이 거의 최고치에 달하는 것을 관찰하였으며, 이 때 백립중이 406 mg으로 가장 무거웠다. 유채 300k Microarray를 이용하여 유채 종자 성숙단계별 발현되는 유전자의 발현양상을 살펴보았다. 유채 300k Microarray는 NCBI에 등록되어 있는 543,448개의 ESTs와 780개의 cDNA정보를 군집 분석하여 80,696개의 유전자정보를 얻어 제작되었다. 개화 후 10, 25, 그리고 35일된 종자에서 total RNA를 분리하여 유채 300k Microarray 실험을 수행한 결과, 약 7,000개의 유전자에 해당하는 8.5%가 잎에 비해 종자(25DAF)에서 발현 양이 2배 이상 증가됨을 알 수 있었고, 10배 이상 증가하는 유전자 비율도 0.4%에 해당하였다. 종자 특이 발현 유전자의 발현양상을 보면, 초기에는 저장 및 세포분화 관련 유전자들의 발현 양이 높게 나타난 반면, 후기에는 지방산 대사 관련 유전자를 포함한 에너지 축적 관련 유전자들의 발현 양이 높게 나타나는 것을 관찰 할 수 있었으며, reverse transcriptase-polymerase chain reaction을 통해서 이를 확인하였다. 본 실험 결과는 종자 특이 발현 프로모터를 발굴하거나 특정 대사 기작 연구에 관여하는 유전자 발현 양상을 광범위하게 살펴봄으로써 좀 더 심도 있는 연구를 할 수 있는 기초자료를 제공하는데 많은 도움이 될 거라 사료된다.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제15권3호
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• pp.101-107
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• 2014

본 논문에서는 랜드마크 윈도우 기반의 빈발 패턴 마이닝 기법을 분석하고 성능을 평가한다. 본 논문에서는 Lossy counting 알고리즘과 hMiner 알고리즘에 대한 분석을 진행한다. 최신의 랜드마크 알고리즘인 hMiner는 트랜잭션이 발생할 때 마다 빈발 패턴을 마이닝 하는 방법이다. 그래서 hMiner와 같은 랜드마크 기반의 빈발 패턴 마이닝을 온라인 마이닝이라고 한다. 본 논문에서는 랜드마크 윈도우 마이닝의 초기 알고리즘인 Lossy counting와 최신 알고리즘인 hMiner의 성능을 평가하고 분석한다. 우리는 성능평가의 척도로 마이닝 시간과 트랜잭션 당 평균 처리 시간을 평가한다. 그리고 우리는 저장 구조의 효율성을 평가하기 위하여 최대 메모리 사용량을 평가한다. 마지막으로 우리는 알고리즘이 안정적으로 마이닝이 가능한지 평가하기 위해 데이터베이스의 아이템 수를 변화시키면서 평가하는 확장성 평가를 수행한다. 두 알고리즘의 평가 결과로, 랜드마크 윈도우 기반의 빈발 패턴 마이닝은 실시간 시스템에 적합한 마이닝 방식을 가지고 있지만 메모리를 많이 사용했다.

• 한국작물학회지
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• 제49권3호
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• pp.227-231
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• 2004

최근 급격히 증가되는 유전자 변형 식품의 안정성 논란과 관련하여 콩나물 및 콩나물 원료에 사용되는 국산 및 수입산 콩에 대한 유전자 변형 유전자의 정량 검사를 실시하고, 미량이나마 함유된 변형 유전자의 도입과정에 관한 연구를 실시하여 다음과 같은 결과를 얻을 수 있었다. 1.콩나물의 유전자 변형 농산물 검사는 2000년과 2001년에 원료콩 96건, 완제품 123건 등 총 219차례 실시하였다. 2. 원료콩에서는 단 한 건의 양성반응도 없었던 반면, 완제품에서는 2000년에 3건, 2001년에 8건에서 0.01-0.17％의 함량으로 CP4EPSPS 또는 35S promoter도입유전자가 검출되었으며 이는 법적 기준치인 3％보다 훨씬 낮은 비의도적 혼입이었다. 3. 외래유전자가 검출된 11건의 완제품은 국산콩으로 만든 7개 제품과 중국산 수입콩으로 만든 4개 제품이었다. 4. 이들 도입 유전자의 원료콩 및 제조과정 중 유입 경로를 확인하기 위하여 다양한 시료를 검사하였다. 샘플은 양성반응제품 원료콩 전수검사, 원료콩 표면, 저장고 바닥 및 정선기 주변, 그리고 콩나물 제품 포장 필름 표면 및 포장지 원료로 사용되는 옥수수 타분의 유전자 변형 여부를 정량검사하였다. 이들 중 두 개의 옥수수 타분 시료에서만 0.1％의 35S promoter 유전자가 검출되었다. 5. 콩나물 포장 공정 중 옥수수 타분을 사용하는 포장지에서 유래되는 변형 유전자 오염을 제시하였다. 향후, 콩나물 변형 유전자 검사시 용수, 필름 표면 등 제품주변에 존재하는 도입 유전자의 정량분석 방법 구축과 원료콩 샘플 방법 및 샘플량의 표준화가 시급히 필요하다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제57권4호
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• pp.341-357
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• 2019

Acanthamoeba, one of free-living amoebae (FLA), remains a high risk of direct contact with this protozoan parasite which is ubiquitous in nature and man-made environment. This pathogenic FLA can cause sight-threatening amoebic keratitis (AK) and fatal granulomatous amoebic encephalitis (GAE) though these cases may not commonly be reported in our clinical settings. Acanthamoeba has been detected from different environmental sources namely; soil, water, hotspring, swimming pool, air-conditioner, or contact lens storage cases. The identification of Acanthamoeba is based on morphological appearance and molecular techniques using PCR and DNA sequencing for clinico-epidemiological purposes. Recent treatments have long been ineffective against Acanthamoeba cyst, novel anti-Acanthamoeba agents have therefore been extensively investigated. There are efforts to utilize synthetic chemicals, lead compounds from medicinal plant extracts, and animal products to combat Acanthamoeba infection. Applied nanotechnology, an advanced technology, has shown to enhance the anti-Acanthamoeba activity in the encapsulated nanoparticles leading to new therapeutic options. This review attempts to provide an overview of the available data and studies on the occurrence of pathogenic Acanthamoeba among the Association of Southeast Asian Nations (ASEAN) members with the aim of identifying some potential contributing factors such as distribution, demographic profile of the patients, possible source of the parasite, mode of transmission and treatment. Further, this review attempts to provide future direction for prevention and control of the Acanthamoeba infection.