• 한국식품위생안전성학회지
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• 제39권3호
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• pp.209-220
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• 2024

캐비어에 대한 수요가 증가하면서 캐비어 종류의 진위여부를 확인 할 수 있는 분석법 마련이 필요해졌다. 본 연구에서는 캐비어 종류을 나누는 철갑상어 종 특이 KASP 마커를 개발하였고 모니터링을 통해 국내 유통중인 불법 캐비어 제품을 확인하고자 하였다. 본 연구에서는 16S ribosomal RNA gene, cytochrome b gene, cytochrome coxidase subunit I gene, cytochrome c oxidase subunit II gene, NADH dehydrogenase subunit 5 gene에서 철갑상어종 특이적인 SNP를 선정하고 이를 표적하는 KASP 마커 11종을 개발하였다. 개발한 KASP 마커를 이용하여 한국의 온라인 마켓에서 유통중인 캐비어 10종을 모니터링 분석한 결과 2개의 제품에서 제품에 표기된 철갑상어 종과 다른 것으로 확인하였으며 두 제품 모두 실제보다 더 비싼 캐비어로 둔갑하여 판매한 것으로 확인되었다. 본 연구를 통해 제작한 KASP 분석방법으로 유통되는 캐비어 종류 분류가 가능하였고 모니터링을 통해 국내 유통되고 있는 불법 캐비어 제품도 확인하였다. 이에 따라 본 연구에서 개발한 SNP기반 KASP 분석법으로 불법 캐비어 제품 유통 근절에 기여 할 수 있을 것으로 기대한다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권2호
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• pp.159-163
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• 2020

Parasesarma bidens(De Haan, 1835) has been designated as a marine protected species by the Act on conservation and management of marine ecosystems. This crab has been recorded only from Jeju-do and Geomun-do, Republic of Korea. In this study, we describe for the first time the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I(COI) sequences of P. bidens. The intra-specific genetic distance among the Korean populations and between the Korean and Chinese populations ranged from 0% to 0.9% and 1.9% to 2.7%, respectively. The inter-specific genetic distances among the four Parasesarma species ranged from 10.9% to 12.8%. The finding of this study will be helpful to better describe P. bidens using COI DNA barcodes and can be used as basic data for their restoration and conservation research.

• 동의생리병리학회지
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• 제22권2호
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• pp.427-430
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• 2008

Serious controls and cares using ID numbers and barcode needed throughly to have appropriate management in clinical tissues and nucleic acids inventories because these samples are the most essential and important materials in the experimental research laboratories. While almost all of the laboratories using and handling DNA samples as starting materials in their research, problems such as mixing up of two or more different samples together, contamination with other samples, and/or mistakes can occur, especially when it comes with large number of samples. These problems are rather frequent even though researchers pay more attentions to be far away from these obstacles. It has been such a long time since PCR became useful as an important and essential biological research tool among lots of bio-scientific research methods. In this research, we tried to set up a simple and cost-effective genotyping method using PCR and agarose gels, instead of expensive automated machines, for identification and discrimination among those DNA samples, as a kind of low level quality control and sample inventory management.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제35권1호
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• pp.33-36
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• 2019

The marine interstitial annelid Pharyngocirrus uchidai(Sasaki, 1981) has been only known from Japan. In this study, we report the occurrence of P. uchidai for the first time in four localities along the eastern coast of Korea: Bukmyeon, Gamchu, Gase, and Oeongchi. Species identification was confirmed by comparison of DNA barcoding sequences with morphological examination from the type locality, Oshoro, Japan. We generated a total of 25 sequences of a partial segment (580 bp) of the cytochrome c oxidase subunit I gene (COI), representing five specimens from each locality. Maximum intra-specific variation was 1.2% in terms of Kimura two-parameter (K2P) distance, observed between two individuals each from Gamchu (i.e., between two specimens from the single locality), Gamchu and Oeongchi, Gamchu and Oshoro, and Oeongchi and Oshoro. On the other hand, an identical haplotype was found in all the five localities, substantiating our species identification for the Korean populations. Inter-specific K2P distance between P. uchidai and an unidentified Saccocirrus sp. from Canada (based on public database entries) was 22.4-23.4%.

• 식물분류학회지
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• 제49권3호
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• pp.224-239
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• 2019

본 연구에서는 DNA 바코드, 즉 엽록체 DNA의 rbcL, matK와 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열을 이용하여 한국산 도둑놈의갈고리족 식물들의 종 식별을 실시하였다. 총 5개속 25분류군(총 75개체)의 식물에 대한 염기서열이 밝혀졌고, DNA 바코드 구간 조합에 따라 neighbor-joining 계통수들이 작성되었다. 그 결과, 종 식별률은 DNA 바코드 3개의 구간을 모두 사용하였을 때 가장 높게 나타났다(72%). rbcL+matK+ITS 계통수에서 본 족의 두 개의 아족과 다섯 속들은 단계통군으로 유집되었다. 도둑놈의갈고리아족군에서 도둑놈의 갈고리속과 갈고리속이 된장풀속보다 더 가깝게 묶였다. 갈고리속군에서 큰도둑놈의갈고리는 개도둑놈의갈고리 복합체의 자매군으로 형성되었고, 개도둑놈의갈고리의 종내분류군들은 각각 단계통을 형성하였다. 특히 형태적 변이로 인해 도둑놈의갈고리의 변종 또는 개도둑놈의갈고리와의 중간형으로 인식된 바 있는 긴도둑놈의갈고리는 개도둑놈의갈고리와 가장 가깝게 묶였다. 한편 도둑놈의갈고리의 변종이나 이명으로 인식되어온 애기도둑놈의갈고리는 변종으로 판단되었다. 싸리아족군의 경우, 매듭풀속 분류군들은 계통수상에서 각각 단계통으로 지지되었으나, 싸리속의 식물 16분류군 중 9분류군만 종식별이 가능하였다. 특히 싸리속내 땅비수리절보다 싸리절에서 낮은 종판별 해상능이 나타났다(싸리절=28.5%, 비수리절=77.8%). 싸리속 식물 중에 비수리는 계통수상에서 형태적으로 유사한 자주비수리와 확연히 구분되었다. 잡종으로도 인식된 바 있는 해변싸리와 청비수리 중, 해변싸리는 독립종으로 판단되었다. 반면 청비수리는 잡종 여부를 판단할 수는 없었지만, 땅비수리와 근연 관계에 있는 것으로 사료된다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제27권1호
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• pp.142-158
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• 2013

The bumblebee, Bombus ignitus (Hymenoptera: Apidae), is a valuable natural resource that is widely utilized for greenhouse pollination in South Korea. Understanding the magnitude of genetic diversity and geographic relationships is of fundamental importance for long term preservation and utilization. As a first step, we sequenced a partial COI gene of mitochondrial DNA (mtDNA) corresponding to the "DNA barcode" region and the complete internal transcribed spacer 2 (ITS2) of nuclear ribosomal DNA from 88 individuals collected in nine South Korean localities. The complete ITS2 sequences were longest among known insects, ranging in size from 2,034 bp ~ 2,052 bp, harboring two duplicated 112-bp long repeats. The 658-bp long mtDNA sequences provided only six haplotypes with a maximum sequence divergence of 0.61% (4 bp), whereas the ITS sequences provided 84 sequence types with a maximum sequence divergence of 1.02% (21 sites). The combination of the current COI data with those of published data suggest that the B. ignitus in South Korea and China are genetically a large group, but those in Japan can be roughly separated into another group. Overall, a very high per generation migration ratio, a very low level of genetic fixation, and no discernable hierarchical population were found to exist among the South Korean populations of B. ignitus, which suggests panmixia. This finding is consistent with our understanding of the dispersal capability of the species.

• 한국환경생태학회지
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• 제28권5호
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• pp.523-530
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• 2014

2011년 6월 28일에 파주시 조리읍 장곡리 인근 도로에서 두부쪽이 손상되고, 해당연도에 태어난 맹금류 어린새를 발견하였고, 이를 DNA 바코드 기법으로 동정하였다. Mitochondrial DNA(mtDNA) cytochrome c oxidase I(COI) 유전자의 695bp 절편을 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)으로 증폭하고 염기서열을 결정하였다. 결정된 염기서열을 BOLD systems과 NCBI의 BLAST에서 유사도 분석을 수행한 결과 총 5개체의 왕새매가 검색되었고, 염기서열의 동일성은 100%로 조사되었다. 또한, DNA 분자성판별 결과는 해당 개체가 암컷임을 나타내었다. 이러한 결과는 경기도 파주에서 1968년 이후 43년만에 왕새매의 번식이 확인된 중요한 정보로, 향후 광역야생동물구조센터는 야생동물의 사체 수거 시 인근 기탁등록보존기관과 연계하여 DNA시료를 확보하고 보다 정확한 종동정과 성판별 정보를 기록하는 등의 체계적인 관리시스템이 필요할 것으로 사료된다. 또한 이렇게 확보한 왕새매의 DNA 시료와 DNA 바코드 COI 유전자 서열은 유사종 연구의 참조표본(reference standard)로 이용될 수 있을 것이다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제45권1호
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• pp.9-16
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• 2018

DNA 바코딩 기술은 다양한 약용식물 종들의 기원을 확인하기 위해 폭넓게 이용되고 있는 연구방법이다. 그러나, 시중에 판매되고 있는 유사 식물종을 재료로 사용한 상품이나 혼재되어 있는 상품에서 확인하고자 하는 약용식물을 선별 가능한 실질적인 기술의 개발은 아직 많이 미흡한 실정이다. 최근에는 보다 신속하고 정확도가 높은 기술을 개발하고자 DNA barcoding (Bar) 기술과 high-resolution melting (HRM) curve pattern 분석기술을 혼합한 Bar-HRM 분석기술을 이용한 연구가 진행 중에 있다. 본 리뷰논문에서는 국제적인 시장에서 다양한 기원의 약용식물 판별에 실질적으로 적용 가능한 Bar-HRM 기술의 최근의 발전 과정과 그 이용에 대해서 정리하였다. 다양한 연구들을 통해서 일부 성공적인 결과들이 보고되고 있지만, 제한된 DNA 바코드 및 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 등 아직 해결되어야 할 과제들이 많다. 특히, 핵 내 바코드로는 ribosomal DNA의 internal transcribed sequence (ITS)단편 이외에는 보고된 사례가 한건도 없었다. 또한, 약용식물을 끓는 물로 추출하여 가공한 약탕, 잼, 젤리, 쥬스 등의 제품은 DNA 단편이 분해되어 분리가 안 되는 경우에는 DNA바코딩 기술을 적용하기가 곤란한 것으로 알려져 있으나 비교적 짧은 DNA단편이 요구되는 Bar-HRM 분석기술을 이용하여 일부 성공한 보고도 있어 향후 그 응용사례가 증가할 것으로 전망된다.

• ALGAE
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• 제33권1호
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• pp.69-84
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• 2018

We examined the species diversity of Herposiphonia on Korean coasts, based on a combination of morphology and molecular analyses of the mitochondrial COI-5P DNA barcode marker and plastid rbcL gene. We report the presence of eight species including three novel species: H. donghaensis sp. nov., H. jejuinsula sp. nov., H. sparsa sp. nov., H. caespitosa, H. fissidentoides, H. insidiosa, H. parca, and H. subdisticha. Specimens were separated into eight clades in both the COI-5P and rbcL gene analyses, with 1.3-19.6 and 6.6-15% interspecific sequence divergence, respectively. These eight species are also distinguishable by several morphological characteristics such as: branching pattern (d/i pattern in H. donghaensis sp. nov. and H. sparsa sp. nov.; d/d/d/i pattern in others), shape of determinate branch (ligulate in H. fissidentoides; terete in others), number of vegetative trichoblasts (1-2 in H. insidiosa and H. sparsa sp. nov.; 3-4 in H. caespitosa; absent in others), and number of segments and pericentral cells in determinate branches. About three novel species revealed by our analyses, H. donghaensis sp. nov. is newly discovered, and H. jejuinsula sp. nov. and H. sparsa sp. nov. were previously reported in Korea as H. nuda and H. secunda, respectively. Our results show that DNA barcoding and rbcL analyses are useful for delimiting species boundaries and discovering cryptic species diversity in the genus Herposiphonia.

• 생태와환경
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• 제48권4호
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• pp.280-286
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• 2015

점봉산의 한 소하천에 서식하는 녹색강도래 Sweltsa illiesi와 S. lepnevae의 생활환이 추정되었다. 약충은 DNA barcode로 동정되었다. 이들의 약충은 성충으로 우화하기 몇 달 전부터 머리에 종 특이적 무늬가 나타났으며, 더듬이 셋째 마디의 모양이 서로 달랐다. 두 종은 거의 동일한 semivoltine 생활환을 가지며, 산란된 알은 6월에 부화하여 약 701일의 생육기간을 보내는 것으로 나타났다. 두 종의 통합된 연평균 생물량은 회분외질량 (AFDM)으로 $96mg\;AFDM\;m^{-2}$으로 추정되었다. 통합 2차생산력은 size frequency법으로는 373 mg, increment summation법으로는 $297mg\;AFDM\;m^{-2}\;yr^{-1}$인 것으로 추정되었다.