• 대한소아치과학회지
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• 제41권4호
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• pp.292-297
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• 2014

구강 병원체의 검출 방법은 여러 가지가 있지만 그 중 PCR을 이용한 검출이 확실하고 빠른 방법으로 알려져 있다. PCR을 위한 많은 DNA 추출법이 사용되고 있으나 상업적인 DNA 추출 kit들은 일반적으로 가격이 비싸고 절차가 여러 단계로 되어있으며, 그 외의 방법은 페놀과 클로로포름과 같은 유해한 화학물질을 써야하는 등의 단점이 있다. 이 연구에서 NaOH 용액을 이용한 개선된 DNA 추출 방법은 치아우식증, 치주염과 관련된 병원체를 빠르고 간단하며 비용-효율적으로 검출하였다. 세균으로부터 DNA를 추출하기 위한 boiling은 기존의 10분이 아닌 1분으로 충분하였고 $4^{\circ}C$에서 최소 13개월 이상 DNA의 보관이 가능하였으며 sonication 유무에 따른 차이는 없었다. 따라서, 이 방법은 상업적인 kit나 유해한 화학물질을 쓰지 않고서도 타액 표본으로부터 직접적으로 빠른 시간 내에 DNA를 추출하여 병원체의 유무 결과를 확인하는데 매우 적합할 것으로 생각한다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제22권4호
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• pp.349-355
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• 2007

장수풍뎅이 유충(Allomyrina dichotoma larva, ADL)은 중국의 전통 약재로서, 특히 항산화 효과가 우수하여 항당료 제재로 사용되고 있다. 본 연구에서는 이러한 ADL의 추출물을 이용하여 헴스터 췌장의 ${\beta}$-세포(HIT-T15)에서 Streptozotocin에 의해 유발된 산화적 손상에 대한 보호효과 및 그 작용기전을 조사하였다. ADL추출물은 처리농도 의존적으로 Streptozotocin에 의해 유발된 지질과산화 및 세포 내 자유산 소종의 양을 억제함으로서 ${\beta}$-세포의 산화적 스트레스에 의한 손상을 보호하였다. 또한 DNA laddering 방법을 사용하여 Streptozotocin에 의해 유발된 DNA 손상을 조사한 결과, ADL추출물 처리농도에 비례하여 Streptozotocin에 의해 유발된 DNA 손상이 감소하였다. 이러한 산화적 손상의 억제능 관련 작용 기전을 조사하기 위해 DPPH free radical 소거능을 실시하였다. 그 결과 ADL추출물 자체가 DPPH 자유 레디컬 소거능이 있음을 확인하였으며, 또한 플라스미드를 이용한 Single-strand break 방법을 통한 DNA 손상 보호능을 측정한 결과도 $Fe^{3+}$ 및 $H_2O_2$에 의해 유발된 DNA 손상이 ADL추출물 처리농도에 비례하여 감소하였다. 이러한 결과들을 종합하여 볼 때, 장수풍뎅이 유충의 추출물들이 자체의 레디컬 소거능 및 산화적 손상에 의한 DNA손상을 억제함으로써, Streptozotocin에 의해 유발된 산화적 손상을 억제할 수 있을 것이라 사료된다.

• 한국식품과학회지
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• 제30권4호
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• pp.964-969
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• 1998

곡류 및 두류에탄올 추출물의 발암억제효과를 검토하기 위하여 10종의 곡류를 선정해서 70% 에탄올 추출물을 얻은 다음 항변이활성, 항산화활성, DNA 손상 억제효과 및 발암 promotion 억제효과를 비교하였다. E. coli PQ 37 균주를 이용한 SOS chromotest에 의해서 항변이활성을 검색한 결과 화곡류에 비해 두류의 활성이 높은 경향을 보였으며, 특히 검정콩과 팥의 항변이활성이 높았다. 변이원 물질로 사용되는 mitomycin C는 DNA의 strand scission 현상을 유발함으로써 DNA의 손상을 초래하게 되므로, 이의 처리를 통하여 쌀겨 및 곡류 추출물이 DNA의 손상을 억제하는 정도를 측정하였다. 곡류중 조와 율무의 70% 에탄올 추출물의 DNA 손상억제 효과가 큰 것으로 관찰되었으며 두류중에는 검정콩과 흰콩의 70% 에탄올 추출물에서 강한 DNA 손상억제효과를 관찰하였다. 곡류 및 두류 에탄올추출물의 DNA 손상억제효과가 확인되었으므로 이들의 효과를 검증하기 위하여 Linoleic acid model system을 이용한 항산화활성을 측정하였다. DNA 손상억제효과와 유사하게 두류의 항산화 효과가 컸으며 율무>검정콩>조>흰콩>보리>현미의 순이였다. Epstein-Barr Virus (EBV)활성화 시험법을 적용하여 곡류 및 두류 에탄올추출물의 발암 promotion 억제 효과를 측정한 결과, 수수와 메밀의 발암 promotion 억제 효과가 관찰되었고 두류 중 검정콩과 팥에 있어서 강한 억제효과가 관찰되었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제22권5호
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• pp.461-466
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• 2009

식물세포에 마(Dioscorea batatas Dence) 추출액의 전처리가 방사선 스트레스에 노출된 배양세포의 활력, 생장 및 핵 DNA 손상에 미치는 영향을 조사하였다. 마의 분획추출물 중 EtOAc 분획추출물을 식물세포에 전처리하고 20 Gy의 방사선에 노출시키면, 마 추출물을 전처리하지 않고 방사선 20 Gy만 처리한 세포보다 세포의 활력과 생체중이 20%이상 증가하였다. Comet 분석에서 꼬리부분의 길이 (T)와 머리부분의 길이 (H)를 측정하여 T/H 비율을 조사하였다. 무처리 세포와 방사선 20 Gy를 처리한 세포의 T/H 비율은 각각 1.05 및 1.68로 나타났고, head DNA 량은 각각 86.7% 및 71.3%로 무처리 세포와 방사선을 처리한 세포간에는 큰 차이를 보여, 방사선에 의한 심각한 핵 DNA 손상을 관찰할 수 있었다. 그러나 마 추출물 중 MeOH, EtOAc 및 n-BuOH 분획추출물을 식물세포에 전처리하고 20 Gy 방사선을 처리하면, T/H 비율은 각각 1.37, 1.01 및 1.10이었고, head DNA량은 81.5%, 87.6% 및 88.7%로 방사선을 처리 하지 않은 무처리 세포 수준으로 회복되었다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제39권5호
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• pp.403-408
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• 1996

토양에서 세균군집의 DNA를 추출하여 이사디 분해세균의 밀도와 군집변화를 tdfA 유전자와 Spa Probe를 이용하여 조사하였다. 이사디 분해균주인 Pseudomonas cepacia/pJP4을 토양에 여러 가지 밀도로 접종한 후 추출된 토양세균군집의 DNA를 Southern blot에서 분석한 결과, 본 실험에 사용된 DNA probe method에 의해 이 세균을 $10^5\;cells/g$ soil 수준까지 검출할 수 있는 것으로 나타났다. 이사디를 가해준 microcosm 토양에서 추출된 세균군집의 DNA를 분석한 실험에서는 Pseudemonas pickettii와 Sphingomonas Paucimobilis가 우점종으로 검출되었고, 사용된 두 가지의 DNA probes는 토양의 이사디 분해미생물에 대해 매우 높은 특이성을 가지고 있는 것으로 나타났다. 밭에 이사디를 장기 적으로 가해준 후 추출된 토양세균군집의 DNA를 분석 한 실험에서는 이사디를 최소한 10 ppm 이상 가해주어야 토양의 이사디 분해세균을 DNA probe method에 의해 검출할 수 있었고, tfdA 유전자는 실제의 밭토양에서도 높은 특이성을 나타냈으나 Spa probe는 일부의 토착세균에 비특이적으로 반응하는 것으로 나타났다. 토양에서 추출된 세균군집의 DNA를 분석하는 DNA probe method는 Southern blot과 함께 사용되었을 때 토양에 존재하는 이사디 분해미생물을 실험실 배지에 배양하지 않고 검출할 수 있었고,이 미생물들의 밀도, 군집변화, 유전적 변화 등을 효과적으로 분석할 수 있는 것으로 나타났다.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2016년도 춘계 종합학술대회 논문집
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• pp.185-186
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• 2016

최근 DNA 복구 기작 저해가 암 전이를 억제한다는 연구결과가 발표되었다. 이번 연구에서는 DNA 복구 기작을 효율적으로 저해시킬 수 있는 단백질을 선정하고자 했다. 먼저 HPRD에서 59개의 DNA repair 단백질 정보를 얻고 각각의 도메인 정보를 추출하였다. 이 단백질과 상호작용하는 단백질을 KEGG로 부터 추출하고 추출한 단백질의 도메인 정보는 HPRD에서 얻었다. Cytoscape를 통하여 DNA 복구 단백질-상호작용 단백질-도메인의 네트워크를 시각화하였다. 네트워크 상에서 보존적이며 핵심적인 단백질 후보 및 도메인 후보를 선정 하였다. KEGG에서 제공하는 암의 경로(pathways in cancer)을 이용하여 후보의 적용 가능성을 확인하였다. 선정한 최종 후보들은 향후 암 전이 억제에 사용될 수 있는 타깃이 될 수 있을 것으로 기대한다.

• 한국산림과학회지
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• 제112권4호
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• pp.554-560
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• 2023

불법 목재 유통을 막기 위해 DNA를 활용한 수종 및 원산지 식별이 이루어지고 있지만, 목재의 물리·화학적 특성 때문에 양질의 DNA를 얻기 어렵다. 본 연구에서는 목재 DNA 추출 수율과 polymerase chain reaction (PCR) 성공률에 목재 조직의 나이가 영향을 미치는지 알아보기 위하여, 국내 주요 수종인 소나무 원목에서 DNA를 추출하여, 목재의 나이테 생성 시기와 추출 DNA 농도(ng/μl) 및 순도(A260/A280) 그리고 PCR 성공률(%)의 관계를 확인하였다. 분석 결과, 나이테가 형성층으로부터 멀어질수록, 즉 오래 전에 생성된 목재일수록, 추출한 DNA의 농도와 순도는 유의하게 감소하였다. 증폭 길이가 짧은 trnM-trnV(285 bp) 영역과 rpoC1(298 bp) 영역의 경우 PCR 증폭 성공률이 100 %였으나, rbcL(1.3 kb) 영역의 경우 66.67 %였고 30년보다 오래된 조직에서는 모두 증폭에 실패하였다. 시간이 지남에 따라 목재 세포의 사멸과 함께 양질의 DNA가 파괴되어 DNA 농도, 순도, PCR 성공률이 감소한 것으로 판단된다. 본 연구 결과는 향후 목재를 활용한 수종 동정 등에 유용하게 활용될 것으로 기대된다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권1호
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• pp.53-58
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• 2010

목 적: 모체 혈장으로부터 가장 효과적으로 세포 유리 DNA(cell free DNA, cf-DNA)를 추출하는 방법을 찾기 위해 우리는 viral DNA 추출 방법과 일반 혈액DNA 추출 방법을 이용하여 비침습적 임신 초기 태아 성별 확인 결과를 비교하였다. 대상 및 방법: 임신 초기 44명의 임산부로부터 모여진 모체 혈장을 통한 전향적 연구가 구성되었다. Cf-DNA는 viral DNA 추출 방법과 일반 혈액 DNA 추출 방법을 이용하여 각각 추출되었다. 정량 형광-중합효소 연쇄 반응(QF-PCR)을 이용하여SRY 와AMXY 유전자를 검출하였다. QF-PCR의 진단 정확도는 최종 분만 기록을 토대로 결정하였다. 결 과: 전체 44명의 여성이 실험에 참여하였지만, 최종 분만 기록은 단지 36명의 여성에서 획득하였다. 이들 중 16명은 남아를 20명은 여아를 임신하였다. 두 추출 방법에서 태아 성별의 진단적 정확도는 일반 혈액 DNA 추출 방법에 경우 63.9% (23/26)였으며 viral DNA 추출 방법에 경우 97.2% (35/36) 였다. 결 론: QF-PCR을 이용한 비침습적 임신초기 태아 성별 확인에 있어 viral kit를 사용하는 것이 높은 진단적 정확도를 이끌 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제34권6호
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• pp.557-561
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• 2019

본 연구에서는 가축분퇴비에 존재할 수 있는 식중독균의 검출을 위하여 기존의 배양을 이용한 방법을 대체할 수 있는 real-time PCR을 적용하고자 하였으며, 이에 따라 유전자 증폭에 영향을 미치는 DNA 추출 방법에 따른 식중독균 검출 효율을 비교하였다. 적용한 방법은 가열 처리, 유기용매 및 흡착제 처리, 효소 처리의 3가지로 구분할 수 있으며, 각 방법에 따른 DNA의 검출 효율을 실험 결과로 나타내었다. 가열 처리 방법에서는 가열 시간의 증가에 따라 DNA 검출 효율이 높아지는 경향을 나타냈으며, 유기용매 및 흡착제는 효과를 나타내지 않았고, 효소 처리의 경우에는 그람 양성균 보다는 그람 음성균의 DNA가 추출 효율이 더 높은 것으로 나타났다. 결론적으로 퇴비에서 30분 이상의 가열 처리와 효소의 처리를 통한 DNA 추출 방법은 real-time PCR을 적용한 식중독균 검출에 적합한 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제23권1호
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• pp.31-37
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• 2013

본 연구는 줄날도래(Hydropsyche kozhantschikovi) 에탄올 추출물이 산화적 스트레스에 미치는 영향을 알아보기 위해 활성산소에 의한 세포와 DNA의 손상 억제력을 조사하였다. 줄날도래 에탄올 추출물의 DPPH 유리 라디칼과 수산화 라디칼 제거능은 대조군에 비해 각각 60.4%, 60.0%로 나타났으며, $Fe^{2+}$-chelating 효과는 37.5%로 조사되었다. 줄날도래 추출물이 활성산소에 의해 유도되는 세포손상에 미치는 억제 효과를 조사하기 위해 지질과산화의 상대적 수준과 p21 단백질의 발현율을 해보면 줄날도래 추출물은 라디칼 처리군에 비해 지질과산화를 거의 완벽하게 억제하고 있으며, p21 단백질의 발현은 대조군의 92.2%로 회복되는 것으로 조사되었다. 또한 줄날도래 추출물의 DNA 분절화 억제 활성은 대조군에 비해 74.1%로 나타나 산화적 스트레스에 의해 유발되는 DNA 분절화를 효율적으로 억제하고 있으며, H2AX 단백질의 인산화비는 라디칼 처리군의 16.7%에 해당하는 수준으로 조사되어 줄날도래 추출물은 히스톤 단백질의 인산화를 83.3% 억제하는 것으로 확인되었다. 이러한 결과로 보아 줄날도래 추출물은 활성산소에 대한 항산화 효과 뿐만 아니라 세포와 DNA의 손상을 억제하는데 효과적인 것으로 사료된다.