• 제목/요약/키워드: D-MDR

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연속형자료의 유전자 상호작용 규명을 위한 SVM MDR과 D-MDR의 방법 비교 (A Comparison Study on SVM MDR and D-MDR for Detecting Gene-Gene Interaction in Continuous Data)

  • 이종형;이제영
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제18권4호
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    • pp.413-422
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    • 2011
  • 유전학에서 유전자 상호작용효과 규명을 위한 방법으로 비모수적인 방법인 Multifactor Dimensionality Reduction(MDR) 방법이 제안되어 현재까지 사용되고 있다. MDR 방법은 이분형 자료에 적합한 방법으로 연속형 자료에는 적용할 수 없는 단점이 있다. 이러한 한계를 극복하기 위해서 Dummy MDR(D-MDR) 방법 그리고 SVM을 활용한 MDR(SVM MDR) 방법 등이 제안 되었다. 본 논문에서는 연속형 자료에 적용 가능한 SVM MDR 방법과 D-MDR 방법을 비교하고, 실제 한우 데이터에 두 방법에 적용한다. 그리고 각 방법의 적용결과를 바탕으로 한우의 종합경제형질에 영향을 주는 유전자 상호작용 조합을 규명한다. 그리고 마지막으로 기존의 SVM MDR 방법과 D-MDR 방법의 장단점 비교를 통해서 추후 새로운 연구방향을 제시한다.

연속형 데이터에서 E-MDR과 D-MDR방법 비교 (A Study on the Comparison between E-MDR and D-MDR in Continuous Data)

  • 이제영;이호근
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제16권4호
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    • pp.579-586
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    • 2009
  • 통계모형의 상호작용 효과를 분석하기위해 비모수적인 방법인 다중인자 차원 축소(MDR)방법을 사용해 왔다. MDR 방법은 사례-대조 데이터에만 적용 할 수 있다. 본 논문에서는 Regression tree 알고리즘과 더미 변수를 활용한 회귀분석 알고리즘을 사용하여 다중 범주를 High 범주와 Low범주로 분류함으로써, MDR방법에서 연속형 데이터에 적용 할 수 없는 문제를 해결하는 방법으로 제시된 Expanded MDR방법과 Dummy MDR방법을 한우의 주요 경제형질(longissimus muscle dorsi area: LMA, carcass cold weight: CWT, average daily gain: ADG)데이터에 적용하여 한우의 경제형질에 영향을 주는 주요 SNPs 마커를 규명하고, Permutation test를 통해 그 결과를 비교한다.

우수 유전자 조합 선별을 위한 통계적 상호작용 방법비교 (Statistical Interaction for Major Gene Combinations)

  • 이제영;이용원;최영진
    • 응용통계연구
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    • 제23권4호
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    • pp.693-703
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    • 2010
  • 대개 인간의 질병과 관련된 유전자나 가축의 경제적인 특성과 관련된 유전자는 주로 상호작용으로 일어난다. 유전자의 상호작용을 찾기 위한 방법으로 다양한 방법들이 제시되었다. 본 논문에서는 유전자의 상호작용 효과를 규명하기 위해 개발된 확장된 MDR방법(E-MDR)과 더미변수를 활용한 MDR방법(D-MDR), 대규모 유전자들 중에서 주요 유전자 조합을 선별하는 SNPHarvester방법을 비교하여 인간의 질병이 아닌 한우의 경제적인 특성에 적용하여 우수한 유전자 조합을 선별하고 우수 유전자형을 밝힌다.

MDR과 온톨로지를 결합한 3계층 정보 통합 시스템 (A 3-Layered Information Integration System based on MDRs End Ontology)

  • 백두권;최요한;박성공;이정욱;정동원
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제10D권2호
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    • pp.247-260
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    • 2003
  • 한 도메인 내에서 다양한 데이터베이스의 데이터를 공유하고 표준화하기 위해 MDR(Metadata Registry)을 이용하여 정보를 통합할 수 있다. 그러나 MDR을 구축하는 조직간 데이터요소 표현의 불일치 때문에 MDR간 광역적인 정보를 통합하는데 어려움이 있다. 또한 웹과 같은 다양한 데이터베이스가 존재하는 환경에서 통합된 정보를 검색하고자 하는 사용자는 각각의 데이터베이스 스키마 정보를 확보하기엔 한계가 있다. 따라서 본 논문에서는 MDR과 온톨로지(Ontology)를 결합한 3계층 정보 통합 시스템을 제안한다. MDR간 데이터요소의 관계를 사상시키고 표현의 불일치를 해결하기 위해 MDR의 표준성기능과 온톨로지의 개념과 관계기능을 결합한 정보 통합 모델을 정의하고 에이전트 기술을 적용한 계층적이고 독립적인 정보 통합 아키텍처를 제안한다. 온톨로지는 사용자의 질의에서 개념을 추출하기 위한 의미망(semantic network)의 역할과 MDR간의 데이터요소 관계를 설정하기 위한 기능으로 적용되었다. MDR과 지식베이스(Knowledge Base)는 데이터요소간 표현 불일치를 해결하기 위해 적용하였다. 이러한 핵심요소를 고려하여 제안된 아키텍처를 사용하여 MDR과 온톨로지를 결합한 3계층 정보 통합 시스템을 구현하였다.

다제 내성 암세포에서의 Polyamine 특성 (Polyamines in Multi-drug Resistant Cancer Cells)

  • 권혁영;이종호;이동권
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제5권3호
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    • pp.265-271
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    • 1997
  • Since the advent of chemotherapy, certain types of cancer have been particularly resistant to chemotherapeutic treatment. One of the most well-studied types of resistance is resistance to multiple struc-turally dissimialr hydrophobic chemotherapeutic agents, or multidrug resistance (MDR). We found that MDR cells (KBV20C, KB7D) being highly resistant to colchicine, etoposide, and vincristine were found to have very low level of putrescine and low level of spermidine than the drug sensitive parental cells (KB) but they had almost same level of spermine as the drug sensitive cells. Although both MDR and drug sensitive cells had almost same rate of polyamine uptake, MDR cells were much more sensitive to an inhibitor of polyamine synthesis, methylglyoxal-bis guanylhydrazone (MGBG), suggesting that MDR cells might be defective in polyamine synthesis. These results also suggest that HGBG can be used for treatment of MDR in vivo.

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Risperidone pharmacokinetics in relation to CYP2D6 and MDR1 in healthy male Korean subjects

  • Kang, Hyun-Ah;Cho, Hea-Young;Lee, Suk;Baek, Seung-Hee;Lee, Yong-Bok
    • 대한약학회:학술대회논문집
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    • 대한약학회 2003년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2-2
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    • pp.238.2-239
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    • 2003
  • The purposes of this study were to evaluate the relationship between the genetic polymorphisms in CYP2D6*10 allele, MDR1 (exon 21 and 26) gene and risperidone pharmacokinetics in healthy male Korean subjects. A single dose of 2 mg risperidone tablet was given orally to 23 healthy male Korean volunteers. Blood samples were taken during the 12 hours after the dose. Serum concentrations of risperidone and 9-hydroxyrisperidone were measured using HPLC with UV detector. 23 subjects were genotyped for CYP2D6*10 allele, MDR1 G2677 T and C3435T by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP). (omitted)

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Timing and predictors of death during treatment in patients with multidrug/rifampin-resistant tuberculosis in South Korea

  • Eunjeong Son;Hongjo Choi;Jeongha Mok;Young Ae Kang;Dawoon Jeong;Doosoo Jeon
    • The Korean journal of internal medicine
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    • 제39권4호
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    • pp.640-649
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    • 2024
  • Background/Aims: This study aimed to investigate the timing and predictors of death during treatment among patients with multidrug/rifampin-resistant tuberculosis (MDR/RR-TB) in South Korea. Methods: This was a retrospective cohort study that included MDR/RR-TB cases notified between 2011 and 2017 in South Korea. Results: Among 7,226 MDR/RR-TB cases, 699 (9.7%) died at a median of 167 days (IQR 51-358 d) from the initiation of MDR-TB treatment. The cumulative proportion of all-cause death was 35.5% at 90 days and 52.8% at 180 days from treatment initiation. TB-related deaths occurred at a median of 133 days (IQR 32-366 d), which was significantly earlier than the median of 184 days (IQR 68-356 d) for non-TB-related deaths (p = 0.002). In a multivariate analysis, older age was the factor most strongly associated with death, with those aged ≥ 75 years being 68 times more likely to die (aHR 68.11, 95% CI 21.75-213.26), compared those aged ≤ 24 years. In addition, male sex, comorbidities (cancer, human immunodeficiency virus, and end stage renal disease), the lowest household income class, and TB-specific factors (previous history of TB treatment, smear positivity, and fluoroquinolone resistance) were identified as independent predictors of all-cause death. Conclusions: This nationwide study highlights increased deaths during the intensive phase and identifies high-risk groups including older people and those with comorbidities or socioeconomic vulnerabilities. An integrated and comprehensive strategy is required to reduce mortality in patients with MDR/RR-TB, particularly focusing on the early stages of treatment and target populations.

수정된 이중 E-평면 구조를 이용한 MDR(Microwave Digital Relay)장비용 마이크로파대 협대역 도파관형 대역통과 여파기의 설계 (Design of the microwave narrow-band waveguide bandpass filters for MDR (Microwave Digital Relay) system using the modified double E-plane structures)

  • 임재봉;박준석
    • 전자공학회논문지A
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    • 제32A권7호
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    • pp.36-42
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    • 1995
  • In this paper, the CAD program for designing the microwave waveguide narrow-band bandpass filters has been developed by the passband correction method with filter synthesis for the MDR(Microwave Digital Relay) system. Here, the modified double E-plane structures are employed in the filter structure which is analyzed by the variational method. Using the developed CAD program, 0.01dB equi-ripple chebyshev type 6-section bandpass filters used in the MDR system operating nationally is designed at the center frequency of 11.0GHz, fabricated with tunable type and then measured by tuning process. The experimantal results show good agreements with the theoretical results.

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더미 다중인자 차원축소법에 의한 검증력과 주요 유전자 규명 (Power and major gene-gene identification of dummy multifactor dimensionality reduction algorithm)

  • 여정수;라부미;이호근;이성원;이제영
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제24권2호
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    • pp.277-287
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    • 2013
  • 광범위 유전자 관련 연구에서는 유전자-유전자 상호작용을 규명하는 것은 매우 중요하다. 최근 유전자-유전자 상호작용을 규명하는데에 대한 많은 연구가 진행되고 있다. 그 중 하나로 더미 다중인자 차원축소법이다. 이 연구의 목적은 모의실험을 통해 유전자-유전자 상호작용 파악하기 위한 더미 다중인자 차원축소의 검증력을 평가하는 것이다. 또한 이 방법을 적용하여 한우모집단에서 경제형질을 위한 단일 염기 다형성의 상호작용 효과를 확인하였다.

효율적인 비즈니스 프로세스 운용을 위한 XMDR 데이터 허브 설계 (The Design of XMDR Data Hub for Efficient Business Process Operation)

  • 황치곤;정계동;최영근
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제18D권3호
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    • pp.149-156
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    • 2011
  • 최근 기업의 시스템들은 데이터 공유와 협업을 위해 통합의 필요성을 제기하고 있다. 통합을 위한 방법론으로 서비스 통합을 위한 서비스 지향 아키텍처와 서비스에 사용되는 데이터의 통합을 위한 마스터 데이터가 등장했다. 본 논문은 BP(Business Process)를 효율적으로 운용하기 위한 방안을 제시한다. 우리는 BP를 지원하기 위한 지식 저장소로 XMDR(eXtended Meta Data Registry)과 이를 운용하기 위한 데이터 허브를 구성한다. XMDR은 데이터 통합을 위한 MDM(Master Data Management)을 관리하고, 데이터 간의 이질성을 해결하고, 업무 간의 연관관계를 효율적으로 제공한다. 이것은 MDR(Meta Data Registry), 온톨로지, BR(Business Relations)으로 구성된다. MDR은 구조적 이질성을 해결하기 위한 메타 데이터간의 관계성을 기술한다. 온톨로지는 의미적 이질성과 데이터 간의 관계성을 기술한다. BR은 업무 간의 관계성을 기술한다. XMDR 데이터 허브는 마스터 데이터의 관리를 지원하고, 프로세스 간의 상호작용을 효율적으로 지원할 수 있다.