• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2000년도 추계학술발표대회
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• pp.15-23
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• 2000

The subcellular localization of the SopB protein, which is encoded by the Escherichia coli F plasmid and is involved in the partition of the single-copy plasmid, was directly visualized through the expression of the protein fused to the jellyfish green fluorescent protein (GFP). The fusion protein was found to localize to positions close but not at the poles of exponentially growing cells. Examination of derivatives of the fusion protein lacking various regions of SopB suggests that the signal for the cellular localization of SopB resides in a region close to its N terminus. Overexpression of SopB led to silencing of genes linked to, but well-separated from, a cluster of SopB-binding sites termed sopC. In this SopB-mediated repression of sopC-linked genes, all but the N-terminal 82 amino acids of SopB can be replaced by the DNA-binding domain of a sequence-specific DNA -binding protein, provided that the sopC locus is also replaced by the recognition sequence of the DNA-binding domain. These results suggest a mechanism of gene silencing: patches of closely packed DNA-binding protein is localized to specific cellular sites; such a patch can capture a DNA carrying the recognition site of the DNA -binding domain and sequestrate genes adjacent to the recognition site through nonspecific binding of DNA.

• 미생물학회지
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• 제47권3호
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• pp.200-208
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• 2011

임상에서 가장 문제가 되는 MLS (macrolide-lincosamidestreptogramin B) 항생제 내성은 Erm 단백질에 의하여 23S rRNA의 A2058에 dimethylation시킴으로써 MLS 항생제의 부착능을 저해함으로써 나타내는 내성이다. ErmSF는 다른 Erm 단백질과 달리 매우 긴 N-terminal end region (NTER)을 가지고 있으며 RNA에 잘 부착되는 것으로 알려진 arginine이 25%를 차지하고 있다. 특히 NTER의 점차적인 제거는 이에 따른 점차적인 활성의 감소 그리고 이의 완전한 제거는 98%의 활성소실을 가져다 주는 것으로 밝혀져서 단순 부착에 의한 활성에의 기여를 암시하고 있다. 뿐만 아니라 NTER 다음에 붙어 있는 아미노산은 제거되었을 때 활성이 소실되는 매우 중요한 아미노산임이 밝혀졌다. 이러한 사실에 근거, 서로 다른 복제원점을 가짐으로써 동일한 세포 내에 존재할 수 있으며 발현 체계가 동일하나 copy수가 차이가 있어서 단백질 발현 양에 차이를 가져다 주는 새로운 단백질 동시 발현체계를 개발하고 이를 적용하여 NTER 함유 펩타이드를 copy수가 많은 pET23b 체계의 담체에서, ErmSF는 copy수가 적은 pACYC184 담체 체계에서 발현 시킴으로써 펩타이드가 한 세포 내에서 ErmSF 보다 훨씬 더 많이 발현되도록 하여 이 펩타이드가 ErmSF의 활성을 저해할 수 있는지 확인하였다. 계획된 대로 IPTG에 의한 유도 없이도 펩타이드가 ErmSF보다 세포 내에서 훨씬 많이 발현되었다. 그러나 생체 내에서는 그 활성의 저해를 확인 할 수 없었다. 따라서 ErmSF의 활성은 NTER 펩타이드의 단순한 부착에 의해서 이루어지는 것이 아니라 conformational change 등의 역동적인 상호작용을 통하여 이루어지는 것으로 사료되었다. 따라서 ErmSF와 23S rRNA와의 복합체 구조의 규명 그리고 NTER과 ErmSF protein body의 부착양식에 대한 구체적인 생화학적 규명이 이루어지면 이러한 접근법은 이 단백질의 억제제를 창출하는데 기여를 할 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제19권3호
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• pp.343-348
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• 2009

벼도열병균은 벼의 주요 병해인 벼도열병의 원인균이다. 식물병원균의 침입 시 식물체로부터 발생하는 ROS는 식물의 방어기작으로 중요하며, 특히 아미노산의 하나인 methionine은 ROS에 의해 산화되어 methionine sulfoxide로 변화될 수 있다. 식물병원균은 식물체로 부터의 ROS에 의한 산화반응을 회피하기 위해 methionine sulfoxide reductase B (MSRB)와 같은 항산화 효소를 가지는데 본 연구에서는 벼도열병균에서의 MSRB 유전자를 동정하고 분자적 특성을 살펴보았다. MSRB 유전자는 벼도열병균의 게놈 상에 단일 유전자로 존재하며 과산화수소 처리에 의해 유전자발현이 다소 증가하는 경향을 보였다. 이러한 결과로 MSRB 유전자는 벼도열병균의 항산화 기작에 관여할 가능성이 높다고 판단된다.

• 한국동물번식학회:학술대회논문집
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• 한국동물번식학회 2001년도 춘계학술발표대회
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• pp.52-52
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• 2001

Many nucleoside diphosphate (NDP) kinases are ubiquitous enzymes responsible for the exchange of ${\gamma}$-phosphates between tri- and diphosphonucleosides. The catalytic Many nucleoside diphosphate (NDP) kinases are ubiquitous enzymes responsible for the exchange of ${\gamma}$-phosphates between tri- and diphosphonucleosides. The catalytic reaction follows a ping-pong mechanism in which the enzyme is transiently phosphorylated on a histidine residue conserved in all nucleoside diphosphate kinases. Beside their role in nucleotide synthesis, these enzymes present additional functions, possibly independent of catalysis, in processes such as differentiation, cell growth, tumor progression, metastasis and development. To clone murine nm23-M5, several expressed sequence tags (ESTs) of the GenBank data base, selected according to their homology to nm23-H5 cDNA, reconstituted a complete open reading frame (GenBank AF222750). To test whether murine NDPKs (1, 2, 3, 4, 5, and 6) can inhibit Bax-mediated toxicity in yeast, co-transformation was performed respectively. The yeast S.cerevisiae was transformed with a copy expression plasmid containing the histidine selection marker and expressing murine Bax under the control of a galactose-inducible promoter. Several clones were selected and found to be growth inhibited when Bax expression was induced with galactose. A representative clone was transformed again with a copy expression plasmid containing the tryptophane selection marker and expressing either murine Bcl-xL or NDPK under the control of a galactose-inducible promoter. Several subclones of the double-transformants were selected and characterized. The ability of Bcl-xL and NDPKs to suppress Bax-mediated toxicity was determined by growing yeast cells overnight in galactose media and spot-testing on galactose plates starting with an equal number of yeast cells as determined by taking the OD$_{600}$. Ten-fold serial dilutions were used in the spot-test. Plates were grown at 3$0^{\circ}C$ for 2-3 days. All murine NDPKs suppressed Bax dependent apoptosis. Futher study will be peformed whether Bax-toxicity inhibition was caused by NDP kinase activity or additional function.n.

• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제10권6호
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• pp.484-498
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• 2004

본 논문에서는 Apache Axis나 .Net과 같은 SOAP 기반 미들웨어 상에 존재하는 SOAP 노드에 대한 실시간 성능 모니터링을 수행하는 방법으로써 네트워크 패킷 필터링을 통한 SOAP 오퍼레이션 검출 방법인 "TCP 흐름을 이용한 SOAP 오퍼레이션 검출 방법"을 제시하였다. 네트워크 패킷 필터링에 의한 SOAP 오퍼레이션 검출 방법은 Raw 패킷 내부에 단편화되어서 전송되는 SOAP 메시지를 직접 분석하기 때문에 다양한 SOAP 기반 미들웨어에 독립적으로 SOAP 노드를 모니터링 할 수 있게 한다 그러나 Raw 패킷들로부터 SOAP 메시지를 추출하여 분석하는 과정은 시스템의 많은 자원을 필요로 한다. 이러한 문제점을 해결하기 위하여 본 논문에서는 "TCP 플래그를 이용한 선별적인 TCP 흐름에서의 SOAP 오퍼레이션 검출 방법"을 제시하고 첫 번째 방법과의 성능을 비교하였다. 본 논문에서는 제시한 검출 방법을 바탕으로, 패킷 필터링을 통하여 SOAP 오퍼레이션을 검출하는 SOAP Sniffer 컴포넌트와 이를 이용한 SOAP 모니터링 시스템을 구현하였다. 본 논문에서 구현한 SOAP 모니터링 시스템은 SOAP 기반 미들웨어에 독립적인 모니터링 방법을 제공하므로 서로 다른 SOAP 기반 미들웨어 상에 존재하는 SOAP 노드 간 트랜잭션 모니터링이나 로드밸런싱을 위한 모니터링 등의 다양한 활용이 가능할 것이다.

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제5권3호
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• pp.153-159
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• 2000

A 4.4 kb DNA fragment encompassing lacA (galactoside acetyltransferase) and lacZ($\beta$-galactosidase) genes from Lactococus lactis ssp. lactis ATCC 7962 (L. lactis 7962) was introduced ito a Lac strain, Lactococcus lactis ssp. lactis MG1363 (L. lactis MG1363) by using a lactococcal expression vector, pMG36e and expression level of lacZ was examined. Growth rates and $\beta$-galactosidase ($\beta$-gal) activities of MG1363 cells carrying recombinant plasmid, pMLZ3, on M17 broth containing different carbon sources (1%, w/v) were examined. Contrary to the expectations, MG1363 [pMLZ3] grown on lactose showed the lowest enzyme activity (17 units) and cells grown on galactose had the highest $\beta$-gal activity (41 units). Cells grown on glucose had intermediate activity (33 units). These activities are about one tenth of the values observed in L. lactis 7962 where lacZ is present as a single-copy gene in the chromosome. When the cellular concentrations of lacZ transcript were examined using slot blot hybridization, it was found that MG1363[pMLZ3] produced sufficient amounts of transcript. These results indicate that either proteolytic degradation of $\beta$-gal or other regulatory mechanism prevent the translation or accumulation of $\beta$-gal in L. lactis MG1363 cells. In regard to regulation, the presence of the ccpA gene in L. lactis MG1363 was confirmed by Southern blot.

• 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지
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• 제22권10호
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• pp.497-503
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• 2016

비휘발성 메모리 같은 차세대 저장장치의 등장으로 저장장치 지연시간은 거의 사라질 것이다. 예전에는 저장장치 지연시간이 가장 큰 문제였기 때문에 소프트웨어의 효율성은 중요한 문제가 아니었다. 하지만 이제는 소프트웨어 오버헤드가 해결해야 할 문제점으로 나타나고 있다. 소프트웨어 오버헤드를 최소화하기 위해 많은 연구자들은 메모리 매핑을 이용한 파일 입출력 기법을 제안하고 있다. 메모리 맵 파일 입출력 기법을 사용하면 기존 운영체제의 복잡한 파일 입출력 스택을 피할 수 있을 뿐 아니라 빈번한 사용자/커널 모드 변환도 최소화할 수 있다. 또한 다수의 메모리 복사 오버헤드도 최소화 할 수 있다. 하지만 메모리 맵 파일 입출력 기법에도 해결해야 할 문제점이 존재한다. 메모리 맵 파일 입출력 메커니즘도 느린 블록 디바이스를 효율적으로 관리하기 위해 설계된 기존 운영체제의 일부이기 때문이다. 본 논문에서는 메모리 맵 파일 입출력의 오버헤드 문제점을 설명하고 실험을 통해 그 문제점을 확인한다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권17호
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• pp.7997-8002
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• 2015

Gene amplification is an important mechanism in the development and progression of cancer. Currently, gene amplification status is generally determined by in situ hybridization (ISH). Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) is a PCR-based method that allows copy number detection of up to 50 nucleic acid sequences in one reaction. The aim of the present study was to compare results for HER2, CCND1, MYC and ESR1 gene amplification detected by MLPA with fluorescent in situ hybridization (FISH) and chromogenic in situ hybridization (CISH) as clinically approved methods. Tissue samples of 170 invasive breast cancers were collected. All were ER positive. Tissue samples had previously been tested for HER2 using immunohistochemistry. Amplification of the selected genes were assessed using MLPA, FISH and CISH and results were compared. HER2 MLPA and ISH results were also compared with HER2 immunohistochemistry (IHC) which detects protein overexpression. Amplification of HER2, CCND1, MYC and ESR1 by MLPA were found in 9%, 19%, 20% and 2% of samples, respectively. Amplification of HER2, CCND1, MYC and ESR1 by FISH was noted in 7%, 16%, 16% and 1% of samples, respectively. A high level of concordance was found between MLPA/FISH (HER2: 88%, CCND1: 88%, MYC: 86%, ESR1: 92%) and MLPA/CISH (HER2: 84%). Of all IHC 3+ cases, 91% were amplified by MLPA. In IHC 2+ group, 31% were MLPA amplified. In IHC 1+ group, 2% were MLPA amplified. None of the IHC 0 cases were amplified by MLPA. Our results indicate that there is a good correlation between MLPA, IHC and ISH results. Therefore, MLPA can serve as an alternative to ISH for detection of gene amplification.

• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제14권5호
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• pp.542-546
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• 2008

최근 듀얼-프로세서 기반의 모바일 내장형 시스템을 위한 듀얼-포트 SDRAM이 발표되었다. 이는 단일 메모리 칩이 두 프로세서의 로컬 메모리와 공유 메모리 역할을 모두 담당하므로 공유 메모리를 위하여 추가의 SRAM 메모리를 사용하는 기존의 구조에 비해 더 간단한 통신 구조이다. 양 포트로부터의 동시적인 접근에서의 상호배타성을 보장하기 위하여 모든 공유 메모리 접근에는 특수한 동기화 기법이 수반되어야 하는데 이는 잠재적인 성능 악화의 원인이 된다. 이 논문에서는 이러한 동기화 비용을 고려하여 듀얼-포트SDRAM 구조의 성능을 평가하고, 주 응용의 통신 특성을 고려하여 최적화한 락우선권 기법과 정적복사 기법을 제안한다. 더 나아가, 공유 뱅크를 여러 블록으로 나눔으로써 서로 다른 블록들에 대한 동시적인 접근을 가능케 하여 성능을 개선하도록 한다. 가상 프로토타이핑 환경에서 수행된 실험은 이러한 최적화 기법들이 기본 듀얼-포트SDRAM 구조에 비하여 20-50%의 성능 향상을 가져옴을 보여준다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권8호
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• pp.1080-1087
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• 2005

By screening specific genes related to the muscle growth of swine using cDNA microarray technology, a total of 5 novel genes (GF (growth factor) I, II, III, IV and V) were identified. Results of southern blotting to investigate the number of copies of these genes in the genome of swine indicated that GF I, GF III, and GF V existed as one copy and GF II, and GF IV existed as more than two copies. It was suggested that there are many isoforms of these genes in the genome of swine. Also, results of northern blotting to investigate whether these genes were expressed in grown muscle, using GF I, III, and V indicated that all the genes were much more expressed in the muscle of swine with body weight of 90 kg. Expression patterns of these genes in other organs, namely muscle and propagation and fat tissues, were investigated by extracting RNA from the tissues. These genes were not expressed in the propagation and fat tissues, but were expressed in the muscle tissue. To determine the mechanism of muscle growth, further studies should be preceded using the 3 specific genes related to muscle growth, that is GF I, III, and V.