Rafizadeh, Massoud;Tayebee, Reza;Amani, Vahid;Nasseh, Mohammad
Bulletin of the Korean Chemical Society
/
v.26
no.4
/
pp.594-598
/
2005
Treatment of a solution of $CuCl_2$ in dimethyl phosphate (DMP) with DMSO under nitrogen atmosphere afforded to a light blue fluorescence powder. Slow evaporation of $H_2O$-DMSO solution of this powder resulted in blue-sky crystals of a new polymeric Cu(II) complex, with a unit cell composed of $Cu_2(DMP)_4$(DMSO), (1). The crystal and molecular structure of the complex acquired crystallographically. Compound (1) crystallizes in the monoclinic space group $P2_1$/n with a = 12.8920(11) $\AA$, b = 13.1966(11) $\AA$, c = 14.7926(13) $\AA$, $\alpha$ = 90$^{\circ}$, $\beta$ = 98.943(2)$^{\circ}$, $\gamma$ = 90$^{\circ}$, V= 2486.1(4) ${\AA}^3$, and Z = 4. A square pyramidal environment for the metal center was established by coordination of oxygen atoms of four bridging DMP ligands in the basal positions and binding a tri-centered oxygen atom of DMSO in the apical disposition of Cu(II). The sixth position was also affected by a weak interaction with the sulfur atom of another DMSO. The phosphorous atom in the bridging DMP was arranged in a deformed tetrahedron with (gg) conformation for methyl esters with $C_{2v}$ symmetry.
To improve the separation property and stability of metal chelate Cu(II) column, three new kinds of multidentate aminocarboxy silica columns with cation-exchange properties were synthesized using glutamic acid (Glu), glutamic acidbromoacetic acid (Glu-BAA), glutamic acid-bromosuccinic acid (Glu-BSUA) as ligands and silica gel as matrix. The standard proteins were separated with prepared chromatographic columns. The stationary phases exhibited the metal chelate property after fixing copper ion (II) on the synthesized multidentate ligand silica columns. The binding capacity of immobilized metal ion was related with the dentate number of multidentate ligands. Chromatographic behavior of proteins and the leakage of immobilized metal ion on multidentate chelate Cu(II) columns were affected by the dentate number of multidentate ligands and competitive elution system directly. The results showed that quinquedentate Glu-BSUA-Cu(II) column exhibited better chromatographic property and stability as compared with tridentate Glu-Cu(II) column, tetradentate Glu-BAA-Cu(II) column and commonly used IDA-Cu(II) column.
Cupredoxin-like proteins are mainly copper-binding proteins that conserve a typical rigid Greek-key arrangement consisting of an eight-stranded β-sandwich, even though they share as little as 10-15% sequence similarity. The electron transport function of the Cupredoxins is critical for respiration and photosynthesis, and the proteins have therapeutic potential. Despite their crucial biological functions, the identification of the distant Cupredoxin homologs has been a difficult task due to their low sequence identity. In this study, the overlapped conserved residue (OCR) fingerprint for the Cupredoxin superfamily, which consists of conserved residues in three aspects (i.e., the sequence, structure, and intramolecular interaction), was used to detect the novel Cupredoxin homologs in the NCBI non-redundant protein sequence database. The OCR fingerprint could identify 54 potential Cupredoxin sequences, which were validated by scanning them against the conserved Cupredoxin motif near the Cu-binding site. This study also attempted to model the 3D structures and to predict the functions of the identified potential Cupredoxins. This study suggests that the OCR-based approach can be used efficiently to detect novel homologous proteins with low sequence identity, such as Cupredoxins.
Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
/
2011.02a
/
pp.476-476
/
2011
Introduction of CNTs into a metal matrix has been considered to improve the mechanical properties of the metal matrix. However, the binding energy between metals and pristine CNTs wall is known to be so small that the interfacial slip between CNTs and the matrix occurs at a relatively low external stress. The interfacial strength between CNT and metal matrix is thus one of the key factors for successful development of the CNT/metal composites. Defective or functionalized CNT has been considered to enhance the interfacial strength of nanocomposites. In the present work, we design the various realistic hybrid structures of the single wall CNT/Cu complexes and characterize the interaction between single wall CNTs and Cu nano-particle and Cu13 cluster using first principle calculations. The characteristics of functionalized CNTs with various surface functional groups, such as -COOH, -OH, and -O interacting with Cu are investigated. We found that the binding energy can be enhanced by the surface functional group including oxygen since the oxygen atom can mediate and reinforce the interaction between carbon and Cu. These results strongly support the recent experimental work which suggested the oxygen on the interface playing an important role in the excellent mechanical properties of the CNT/Cu composite.
Laccase, lignin- and manganese peroxidase are implicated in the lignin degradation. The nucleotide sequences of four copper-binding domains in fungal laccases, and heme-binding domains of lignin- and manganese peroxidases are well conserved, and therefore these short fragments can be used for the PCR for the gene amplification. We synthesized several PCR primers according to their sequences, and run PCR to amplifiy the lignin degrading genes of Trametes versicolor isolated in Korea. PCR products were cloned with pGEM-T vector in order to determine their nucleotide sequences. A laccase fragment (1.3 kb) showed 65-97% homologies, lignin peroxidase fragment (185 bp) showed 80-95% homologies, and manganese peroxidase fragment (443 bp) showed 61-83% homologies when compared with other white-rot fungal enzymes.
Kim, Tae-Woong;Park, Jae-Hoon;Park, Young-June;Son, Heung-Soon;Yang, Ki-Sook
Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
/
v.24
no.3
/
pp.362-370
/
1995
Human plasma low density lipoprotein(LDL) is the main carrier for cholesterol, and recent studies suggest the normal LDL can be readily oxidized by free radical and not interact with LDL receptor. Lipoprotein pariticles are consisted of lipid andprotein, and fatty acids of lipoproteins are prone to oxidation. LDL particles readily undergo oxidative modification by copper. From the results, oxidized LDL altered its biological properties. A marked increase in the electrophoretic mobility of LDl on agarose gel indicated that negative surface charge of the LDL particles was increased. Also, the results from the HPLC showed that oxidized LDL was degraded into several polypeptides nonenzymatically. Degradation tests which measured the amount of 5-IAF labelled oxidized LDL were carried out by monocyte and hepatocyte cell culture. Hepatocyte cell culture of modified LDL did not show consistent pattern. However, binding rate of modified LDL with HMDM(human monocyte derived macrophage) was enhanced with oxidation, but was retarded by addition of antioxidants(hyaluronic acid, vitamin A, vitamin E). Also comparisons of oxidized-LDL, acetyl-LDL and MDA-LDL showed significant differences in the chemical properteis and binding affinity to HMDM. Thus, modificaition of normal LDL altered its biological properties.
Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
/
v.24
no.2
/
pp.299-304
/
1995
Antioxidative effect of tea extracts from green tea(steamed, roasted), oolong tea and black tea was investigated. Antioxidative activities of the crude catechin fraction were the most effective in oolong tea which contained the highest level of (-)-epigallocatechin gallate(EGCg). The water-soluble fraction obtained from oolong tea exhibited binding with more ferrous than copper ions. It showed a synergistic effect when used with an antioxidant such as BHT(0.5mg) and $\alpha$-tocopherol(2mg). Especially, this synergistic effect was exhibited more with BHT than with $\alpha$-tocopherol. Also steamed green tea, roasted green tea and oolong tea showed remarkable free radical scavenging action. The SC50(the concentration of a water-soluble fraction which is required to scavenge 50% of 100$\mu$M 1, 1-diphenyl-2-picryl hydrazyl radicals) of steamed and roasted green tea, oolong tea and black tea extracts were 11.3$\mu\textrm{g}$/ml, 11.4$\mu\textrm{g}$/ml, 12.7 $\mu\textrm{g}$/ml and 14.9$\mu\textrm{g}$/ml, respectively. It is assumed that the antioxidative activity of tea extracts is due to inhibition of peroxidation free radical scavenging and binding action of ferrous ions by mainly tea polyphenol compounds.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
/
v.13
no.11
/
pp.5350-5355
/
2012
Human tyrosinase (hTyr) catalyzes the first and rate limiting step in the biosynthesis of a skin color determinant, melanin. Although a number of cosmetic companies have tried to develop hTyr inhibitors for several decades, absence of 3D structure of hTyr make it impossible to design or screen inhibitors by structure-based approach. Therefore, we built a 3D structure by comparative modeling technique based on the crystal structure of tyrosinase from Bacillus megaterium to provide structural information and to search new hit compounds from database. Our model revealed that two copper atoms of active site located deep inside and were coordinated with six strictly conserved histidine residues coming from four-helix-bundle. Substrate binding site had narrow funnel like shape and its entrance was wide and exposed to solvent. In addition, hTyr-tyrosine and hTyr-kojic acid, a well-known inhibitor, complexes were modeled with the guide of solvent accessible surface generated by in-house software. Our model demonstrated that only phenol group or its analogs could fill the binding site near the nuclear copper center, because inside of binding site had narrow shape relatively. In conclusion, the results of this study may provide helpful information for designing and screening new anti-melanogenic agents.
In the present study, we investigated the tolerance of Commelina communis to growth in Cu-contaminated soil and water We examined the germination rate, root and shoot growth of seedlings, fresh biomass in soil and water, and ability to eliminate Cu. We found that C. communis eliminated 41% of Cu in soil containing 50 mg Cu/kg and removed over 50% of Cu from water containing 100 mg Cu/L Cu. In addition, the plants could accumulate 90 mg Cu/g when grown in soil containing 50 mg Cu/kg and 140 mg Cu/g when grown in soil containing 100 mg Cu/kg thus higher levels of Cu removal were observed in soils containing higher Cu concentrations. In water, the maximal accumulation rate was 4.9 mg Cu/g root and 1.2 mg Cu/g shoot in water containing 20 mg Cu/L, and 7 days after exposure, Cu absorption saturated. Further, the growth rate of C. communis was not affected by up to 100 mg Cu/kg in the soil. Therefore, the phytotoxic effect of Cu on plants increased as the concentration of Cu was raised, although to different extents depending on whether the Cu was in soil or water. Overall, Cu removal from soil by C. communis was most effective at 100 mg Cu/kg in soil and 10 mg Cu/L in water. Finally, we identified two peaks of Cu-binding ligands in C. communis. Which is a high molecular weight peak (HMWL) at 60 kDa (Fraction 17 to 25) and a Cu binding peptide peak at <1 kDa (Very low molecular weight ligand: VLMWL). Cu-binding peptide (Cu-BP) was observed to have an amino acid composition typical of phytochelations.
The synthesis of methanol from carbon dioxide and hydrogen was studied for various compositions of Cu/ZnO catalyst system. Effect of the composition ratio of CuO and ZnO on the catalytic activity in the above reaction and the relationship between the activity and the characteristics of the catalysts were explained from the result of surface area measurements, SEM, XRD, and XPS. The major products of the reaction were methanol and carbon monoxide. The selectivity to methanol increased with increase of the copper oxide content in the catalyst up to CuO: ZnO = 30:70 weight ratio, and decreased rapidly when the content is above 70%. SEM and BET measurements, indicate that this point corresponds to the increasing point of the catalyst crystallite size and the decreasing point of the surface area. As to the Cu/Cu + Zn atomic ratio, the surface concentration of copper measured by XPS decreased remarkably when the copper oxide content in catalyst was higher than 50%. All the unreduced catalysts had almost same binding energy of Cu(2P3) level, but the binding energy for $Cu(2P^3)$ level of reduced catalysts was lowered than that of calcined catalysts. The surface copper species which was in the maximum amount when the CuO:ZnO composition in the catalyst was 30:70, existed as zero valent copper. This result agreed with the experimental result that the highest rate of methanol formation was observed when the CuO content in the catalyst was 30%. It was postulated that these reduced catalysts performed with a relatively strong basicity because the formation rate of acetone was higher than that of propylene in isopropanol decomposition as measured in a pulse type reactor.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.