• 제목/요약/키워드: Complex Traits

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한우의 도체형질 유전모수 추정을 위한 REML과 Bayesian via Gibbs Sampling 방법의 비교 연구 (Comparison between REML and Bayesian via Gibbs Sampling Algorithm with a Mixed Animal Model to Estimate Genetic Parameters for Carcass Traits in Hanwoo(Korean Native Cattle))

  • 노승희;김병우;김효선;민희식;윤호백;이득환;전진태;이정규
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제46권5호
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    • pp.719-728
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    • 2004
  • 본 연구는 한우의 도체형질들에 대한 유전적 변이를 분석방법에 따라 어떠한 차이가 있는지를 알아보고자 한우 후대검정자료를 이용하여 분석하였다. 분석에 이용된 도체성적 관련 자료는 가축개량사업소와 한우개량단지에서 1996 년부터 2001 년까지 태어난 후대검정우 1526두로부터 조사었다. 한우에 있어서 주요 개량형질인 육량과 육질에 영향하는 도체중, 도체율,배최장근단면적, 등지방두께, 근내지방도를 대상으로 유전력과 유전상관을 추정하였다. 유전모수 추정에 있어서 REML 분석법과 Bayesian추론방법으로써 Gibbs Sampling 분석법을 사용하였는데 각각의 모수들에 대한 Gibbs Sampler는 100,000회 실시하였고 초기 1,000회는 모수의 사후분포에 대한 부정확성으로 간주하여 모수의 사후분포특성 규명에서 제외하였다. 각각의 형질들에 대한 유전변이는 이러한 두 가지 분석방법을 상호 비교 함으로써 최적의 통계분석 방법을 모색하였다. 도체형질에 대한 유전력 추정은 REML 방법을 통한 추정에서는 근내지방도가 0.51로 고도의 유전력을 보였고, 도체율이 0.25로 중도의 유전력이 추정되었다. Gibbs Sampling 방법을통한 추정에서도 근내지방도가 0.54로 고도의 유전력을 도체율에서 0.25로 중도의 유전력을 보였다. REML 분석방법과 Gibbs Sampling 분석방법에서의 유전력은 다소 큰 차이는 보이지 않았으나, 대체로 Gibbs Sampling 방법으로 분석한 유전력 추정치가 높게 추정되었다. 그리고, 유전상관분석에서는 REML 방법을 통한 분석에서 도체중과 배최장근단면적에서 0.651 로 높은 정의 유전상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께에서 -0.139로 부의 유천상관을 나타내었다. Gibbs Sampling 방법에서는 도체중과 도체율, 배최장근단면적에서 각각 0.814, 0.695으로 높은 정의 상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께에서 -0.126으로 부의상관을 나타내었다. Gibbs Sampling방법을 통한 분석에서 특정 형질간 유전상관이 높게 나타났으며, 다소 큰 차이를 보이지 않았다. REML 분석방법과 Bayesian Inference를 바탕으로 한 Gibbs Sampling 분석에서 모수 추정은 큰 차이를 보이지 않았다. 따라서 방대한 현장정보를 활용하여 보다 정확한 모수 추정을 수행하기 위해서는 분석모형에 대한 계수행렬의 역행렬 계산을 통한 REML 방법의 한계성을 극복할 수 있는 방법으로써 Gibbs Sampling 분석 방법이 가능할 것으로 사료된다.

베이비부머의 성격특성이 노후준비행동에 미치는 영향 -천안지역 공단 근로자를 중심으로- (Effects of the Personality Traits of Baby Boomers on the Preparation Behaviors for the Old Age -Focused on the Cheon-An Industrial Complex's Workers-)

  • 유인순;최수일
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제12권4호
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    • pp.245-262
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    • 2012
  • 본 연구는 베이비부머의 인구학적 특성에 따라 성격특성 및 노후준비행동에 차이가 있는지 알아보고 성격5요인이 노후준비에 미치는 영향에 관해 분석하고자 하였다. 연구 대상은 1955년부터 1963년 사이에 태어난 베이비붐 세대로 천안시 공단지역 근로자 331명을 대상으로 하였다. 자료 분석은 SPSS 18.0 프로그램을 이용하여 빈도분석, 요인분석, 신뢰성분석 및 t-test, ANOVA, 위계적 다중회귀분석을 실시하였다. 본 연구의 결과는 다음과 같다. 첫째, 베이비부머의 인구사회학적 특성에 따라, 성격특성과 노후준비행동에서 부분적으로 차이가 나타났다. 둘째, 베이비부머의 성격특성 중 외향성과 개방성, 그리고 성실성은 신체적 노후준비에 정(+)의 영향을 미치고, 정서적 불안정성은 부(-)의 영향을 미치는 것으로 나타났으나 호감성은 영향력이 없는 것으로 나타났다. 셋째, 베이비부머의 성격특성이 사회적 노후준비에 미치는 영향을 분석한 결과 성실성과 개방성, 외향성이 정(+)의 영향을 미쳤고, 정서적 불안정성과 호감성은 영향력이 없는 것으로 나타났다. 넷째, 베이비부머의 성격특성이 경제적 노후준비에 미치는 영향을 분석한 결과 정서적 불안정성, 외향성, 개방성, 성실성이 영향을 미치고 호감성은 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다.

Identification of genes involved in inbreeding depression of reproduction in Langshan chickens

  • Xue, Qian;Li, Guohui;Cao, Yuxia;Yin, Jianmei;Zhu, Yunfen;Zhang, Huiyong;Zhou, Chenghao;Shen, Haiyu;Dou, Xinhong;Su, Yijun;Wang, Kehua;Zou, Jianmin;Han, Wei
    • Animal Bioscience
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    • 제34권6호
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    • pp.975-984
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    • 2021
  • Objective: Inbreeding depression of reproduction is a major concern in the conservation of native chicken genetic resources. Here, based on the successful development of strongly inbred (Sinb) and weakly inbred (Winb) Langshan chickens, we aimed to evaluate inbreeding effects on reproductive traits and identify candidate genes involved in inbreeding depression of reproduction in Langshan chickens. Methods: A two-sample t-test was performed to estimate the differences in phenotypic values of reproductive traits between Sinb and Winb chicken groups. Three healthy chickens with reproductive trait values around the group mean values were selected from each of the groups. Differences in ovarian and hypothalamus transcriptomes between the two groups of chickens were analyzed by RNA sequencing (RNA-Seq). Results: The Sinb chicken group showed an obvious inbreeding depression in reproduction, especially for traits of age at the first egg and egg number at 300 days (p<0.01). Furthermore, 68 and 618 differentially expressed genes (DEGs) were obtained in the hypothalamus and ovary between the two chicken groups, respectively. In the hypothalamus, DEGs were mainly enriched in the pathways related to vitamin metabolism, signal transduction and development of the reproductive system, such as the riboflavin metabolism, Wnt signaling pathway, extracellular matrix-receptor interaction and focal adhesion pathways, including stimulated by retinoic acid 6, serpin family F member 1, secreted frizzled related protein 2, Wnt family member 6, and frizzled class receptor 4 genes. In the ovary, DEGs were significantly enriched in pathways associated with basic metabolism, including amino acid metabolism, oxidative phosphorylation, and glycosaminoglycan degradation. A series of key DEGs involved in folate biosynthesis (gamma-glutamyl hydrolase, guanosine triphosphate cyclohydrolase 1), oocyte meiosis and ovarian function (cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1, structural maintenance of chromosomes 1B, and speedy/RINGO cell cycle regulator family member A), spermatogenesis and male fertility (prostaglandin D2 synthase 21 kDa), Mov10 RISC complex RNA helicase like 1, and deuterosome assembly protein 1) were identified, and these may play important roles in inbreeding depression in reproduction. Conclusion: The results improve our understanding of the regulatory mechanisms underlying inbreeding depression in chicken reproduction and provide a theoretical basis for the conservation of species resources.

공극스케일에서의 시뮬레이션을 통한 암석물성의 이해와 예측 (Understanding and predicting physical properties of rocks through pore-scale numerical simulations)

  • 김영석
    • 한국지구물리탐사학회:학술대회논문집
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    • 한국지구물리탐사학회 2006년도 공동학술대회 논문집
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    • pp.201-206
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    • 2006
  • 지구과학은 지구와 지구시스템을 기술(description)하던 기존의 역할에서 벗어나, 진화하는 지구 시스템 안에서 일어나는 프로세스의 모델링(process modeling), 시뮬레이션(simulation) 그리고 이러한 현상들을 구상화(visualization)하는 방향으로 그 접근 방법이 서서히 그러나 매우 역동적으로 변화하고 있다. 하지만 이러한 모델링 및 시뮬레이션은 현대의 컴퓨터 기술의 발달에도 불구하고 그 수행이 쉽지는 않다. 그 이유로는 지구의 현상들은 그 현상의 기초원인이 되는 물리적 화학적 프로세스들이 비선형적이며, 서로 다른 프로세스들이 상호 연동되어 발생하고, 시간에 따라 변화를 보이기 때문이다. 더구나 이러한 복잡한 프로세스들이 암석의 공극구조라는 매우 복잡한 구조 안에 일어날 때, 그 현상의 모델링 및 시뮬레이션은 그 어려움이 더욱 커지게 된다.따라서 이러한 지구시스템의 여러 가지 프로세스들에 대한 효과적인 모델링 및 시뮬레이션을 위해선 지구의 기본 구성단위인 암석의 구조, 즉 복잡한 공극구조의 이해 및 그 형태를 효과적으로 컴퓨터상에서 수치적으로 기술하는 방법의 개발이 선행되어야 한다. 본 발표에서는 이러한 공극스케일의 모델링을 위한 격자볼츠만 방법, 유한요소법을 이용한 수치방법과 그 결과와, 지구의 여러가지 비선형적이고 시간종속적인 프로세서의 모델링에의 응용가능성에 대한 내용을 제시한다.

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러시아 텍스타일 디자인에 관한 연구 -혁명기를 중심으로- (A Study on the Russian Textile Design)

  • 이혜주
    • 대한가정학회지
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    • 제38권1호
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    • pp.25-38
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    • 2000
  • This study focuses on the Russian Constructivist Textile Design in the post-revolutionary period, of the early 20th century. Russian textile of the time is highly valued in the west in terms of innovative changes in aesthetic directions, which has become one of the most important centers for the development of new textiles, or the origin of industrial design. Most of brilliant mass-production patterns were produced specially by the pioneers of constructivists such as Stepanova and Popova who were influenced by 'Maxism' through the Revolution regarded themselves as productivists for the proletariat. They were inspired by the avant-garde movements, which were involved with traditionalism, futuristic mechanism, stylization of nature, pure geometrical and abstract form. Early textile design was based on the relationship between the graphic methods of design and the technology because they regarded art as physical, intellectual and technical production. They created all the excitement made from the primary simplest forms of precise mathmatical shapes, such as the circle, the triangle, the rectangle and horizontle and vertical lines. These geometric design can be interpreted as the mechanization of the artists'labor, or methods in line with the technology of mass production, however partly roots in the rich tradition of Russian decorative art. On the other hand, stable crystalline construction on the surface reflect urban architectural complex, and the world of industry in graphic form. They were interested in illusion of movement, cinematic movement of vertical linear rhythms, optical formations and vibrations, by composing a multi-leveled constructions by several spatial planes, or color-field, and combining structures of several intersecting matrices, and superimposing parts of the forms on each other. All these characteristics of the Russian textile designs reflect the complex interactions between 'art and society' of Constructivist's idea and represent the traits of the epoch.

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Understanding Epistatic Interactions between Genes Targeted by Non-coding Regulatory Elements in Complex Diseases

  • Sung, Min Kyung;Bang, Hyoeun;Choi, Jung Kyoon
    • Genomics & Informatics
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    • 제12권4호
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    • pp.181-186
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    • 2014
  • Genome-wide association studies have proven the highly polygenic architecture of complex diseases or traits; therefore, single-locus-based methods are usually unable to detect all involved loci, especially when individual loci exert small effects. Moreover, the majority of associated single-nucleotide polymorphisms resides in non-coding regions, making it difficult to understand their phenotypic contribution. In this work, we studied epistatic interactions associated with three common diseases using Korea Association Resource (KARE) data: type 2 diabetes mellitus (DM), hypertension (HT), and coronary artery disease (CAD). We showed that epistatic single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were enriched in enhancers, as well as in DNase I footprints (the Encyclopedia of DNA Elements [ENCODE] Project Consortium 2012), which suggested that the disruption of the regulatory regions where transcription factors bind may be involved in the disease mechanism. Accordingly, to identify the genes affected by the SNPs, we employed whole-genome multiple-cell-type enhancer data which discovered using DNase I profiles and Cap Analysis Gene Expression (CAGE). Assigned genes were significantly enriched in known disease associated gene sets, which were explored based on the literature, suggesting that this approach is useful for detecting relevant affected genes. In our knowledge-based epistatic network, the three diseases share many associated genes and are also closely related with each other through many epistatic interactions. These findings elucidate the genetic basis of the close relationship between DM, HT, and CAD.

우리나라 경제활동여성인구의 직종별 문제음주 영향요인에 관한 융복합 연구 (Convergence Study on the Influencing Factors of Problem Drinking by Job Type of Economically Active Female Population in Korea)

  • 이정욱
    • 디지털융복합연구
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    • 제19권4호
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    • pp.167-176
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    • 2021
  • 본 연구는 경제활동을 하는 여성의 직종별 문제음주 영향요인을 분석하고자 시도되었다. 본 연구는 제6기 국민건강영양조사 자료를 활용하여 만 19세 이상 경제활동을 하고 있는 여성을 대상으로 인구사회학적 특성, 건강관련 특성 및 문제음주 여부를 파악하였다. 자료분석은 IBM SPSS 25.0 프로그램을 이용하여 복합표본설계를 적용하였다. 연구결과, 우리나라 경제활동을 하는 여성의 문제음주율은 19.1% 였으며 사무직 19.1%, 생산직 24.8%, 서비스직 12.3%로 직종별 차이를 보였다. 문제음주의 영향요인 또한 직종별 차이를 보였는데 사무직의 경우 주관적 건강상태가, 서비스직의 경우 결혼상태, 흡연이, 생산직의 경우는 결혼상태가 문제음주에 영향을 미치는 것으로 확인되었다. 이러한 연구결과는 여성의 문제음주율을 낮추기 위해서는 남성과는 다른 여성의 신체적, 정서적 특성과 함께 직종별 특성 등을 고려한 융복합적인 직종별 맞춤형 음주관리 프로그램의 개발이 필요함을 시사하며 본 연구결과는 이를 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

Effect of Genetic Predisposition on Blood Lipid Traits Using Cumulative Risk Assessment in the Korean Population

  • Go, Min-Jin;Hwang, Joo-Yeon;Kim, Dong-Joon;Lee, Hye-Ja;Jang, Han-Byul;Park, Kyung-Hee;Song, Ji-Hyun;Lee, Jong-Young
    • Genomics & Informatics
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    • 제10권2호
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    • pp.99-105
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    • 2012
  • Dyslipidemia, mainly characterized by high triglyceride (TG) and low high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) levels, is an important etiological factor in the development of cardiovascular disease (CVD). Considering the relationship between childhood obesity and CVD risk, it would be worthwhile to evaluate whether previously identified lipid-related variants in adult subjects are associated with lipid variations in a childhood obesity study (n = 482). In an association analysis for 16 genome-wide association study (GWAS)-based candidate loci, we confirmed significant associations of a genetic predisposition to lipoprotein concentrations in a childhood obesity study. Having two loci (rs10503669 at LPL and rs16940212 at LIPC) that showed the strongest association with blood levels of TG and HDL-C, we calculated a genetic risk score (GRS), representing the sum of the risk alleles. It has been observed that increasing GRS is significantly associated with decreased HDL-C (effect size, $-1.13{\pm}0.07$) compared to single nucleotide polymorphism combinations without two risk variants. In addition, a positive correlation was observed between allelic dosage score and risk allele (rs10503669 at LPL) on high TG levels (effect size, $10.89{\pm}0.84$). These two loci yielded consistent associations in our previous meta-analysis. Taken together, our findings demonstrate that the genetic architecture of circulating lipid levels (TG and HDL-C) overlap to a large extent in childhood as well as in adulthood. Post-GWAS functional characterization of these variants is further required to elucidate their pathophysiological roles and biological mechanisms.

Wind-Induced Motion of Tall Buildings: Designing for Occupant Comfort

  • Burton, M.D.;Kwok, K.C.S.;Abdelrazaq, A.
    • 국제초고층학회논문집
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    • 제4권1호
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    • pp.1-8
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    • 2015
  • A team of researchers and practitioners were recently assembled to prepare a monograph on "Wind-Induced Motion of Tall Buildings: Designing for Habitability". This monograph presents a state-of-the-art report of occupant response to wind-induced building motion and acceptability criteria for wind-excited tall buildings. It provides background information on a range of pertinent subjects, including: ${\bullet}$ Physiological, psychological and behavioural traits of occupant response to wind-induced building motion; ${\bullet}$ A summary of investigations and findings of human response to real and simulated building motions based on field studies and motion simulator experiments; ${\bullet}$ A review of serviceability criteria to assess the acceptability of wind-induced building motion adopted by international and country-based standards organizations; ${\bullet}$ General acceptance guidelines of occupant response to wind-induced building motion based on peak acceleration thresholds; and ${\bullet}$ Mitigation strategies to reduce wind-induced building motion through structural optimization, aerodynamic treatment and vibration dissipation/absorption. This monograph is to be published by the American Society of Civil Engineers (ASCE) and equips building owners and tall building design professionals with a better understanding of the complex nature of occupant response to and acceptability of wind-induced building motion. This paper is a brief summary of the works reported in the monograph.

Progress in Genetic Manipulation of the Brassicaceae

  • Ahmed, Nasar Uddin;Park, Jong-In;Kim, Hye-Ran;Nou, Ill-Sup
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제39권1호
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    • pp.1-12
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    • 2012
  • With the increasing advances in Brassicaceae genetics and genomics, considerable progress has been made in the transformation of Brassicaceae. Transformation technologies are now being exploited routinely to determine the gene function and contribute to the development of novel enhanced crops. $Agrobacterium$-mediated transformation remains the most widely used approach for the introduction of transgenes into Brassicaceae. In $Brassica$, the transformation relies mainly on $in$ $vitro$ transformation methods. Nevertheless, despite the significant progress made towards enhancing the transformation efficiencies, some genotypes remain recalcitrant to transformation. Advances in our understanding of the genetics behind various transformations have enabled researchers to identify more readily transformable genotypes for use in routine high-throughput systems. These developments have opened up exciting new avenues to exploit model $Brassica$ genotypes as resources for understanding the gene function in complex genomes. Although many other Brassicaceae have served as model species for improving plant transformation systems, this paper summarizes on the recent technologies employed in the transformation of both $Arabidopsis$ and $Brassica$. The use of transformation technologies for the introduction of desirable traits and a comparative analysis of these as well as their future prospects are also important parts of the current research that is reviewed.