• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권1호
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• pp.40-45
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• 2010

Agarose의 $\beta$-1,4결함을 분해하는 Zobellia galactanivorans 유래의 $\beta$-agarase 유전자(agaB)는 클로닝 되었고, AOX1(alcohol oxidase 1, methanol inducible) promoter 하류에 Saccharomyces cerevisiae mating factor alpha-1 secretion signal($MF{\alpha}1$)를 연결하여 $MF{\alpha}1$-AgaB를 구축하였다. 구축된 plasmid pPIC-AgaB(9 kb)를 Pichia pastoris genome에 HIS4 gene 위치에 integration하였고, colony PCR을 통해 확인하였다. Methanol 첨가 배지에서 자란 형질전환체는 iodine solution의 첨가에 의해 red halos를 보였으며, P.pastoris에서 agaB의 효율적 분비 발현을 확인하였다. SDS-PAGE와 zymographic analysis에서 $\beta$-agarase의 분자량은 약 53 kDa으로 추정되었으며, 15% 정도의 N-linked glycosylation이 일어났음을 알 수 있었다. P.pastoris GS115/pPIC-AgaB의 48시간 baffled flask culture에서 세포외 $\beta$-agarase의 활성은 각각 0.1, 0.5, 1% methanol의 유도에 의해 1.34, 1.42 그리고 1.53 units/mL의 활성을 보였다. 대부분의 $\beta$-agarase의 활성은 세포 외에서 관찰되었고, 분비효율은 98%였으며 분비시의 glycosylation에 의해 열안정성도 증가되었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권4호
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• pp.337-344
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• 2011

이전 연구에서, bacteriophage ${\Phi}FC1$이 Enterococcus faecalis KBL703에서 UV induction을 통해 분리 동정되었으며, ${\Phi}FC1$은 phage attachment site인 attP와 bacterial attachment site인 attB 사이에서 site-specific integration을 촉매하는 integrase를 가지고 있다는 것을 밝혀냈으며 이를 MJ1이라 명명하였다. 이 연구에서는 이를 바탕으로 MJ1에 의한 site-specific integration의 효율을 Escherichia coli와 NIH3T3 cell에서 확인 하기 위해 attP, attB, MJ1을 각각의 벡터에 삽입하였다. MJ1 인테그라제에 의한 재조합을 수행하기 위해서 기질 벡터 pABLP를 $DH5{\alpha}$에 형질전환시킨 후, LB 배지에서 $37^{\circ}C$ 1시간 배양한 후 암피실린(ampicillin)과 테트라싸이클린(tetracycline) 항생제 플레이트로 pGMJ1과 pABLP 같이 가지고 있는 colony 들을 선별하여, LacZ 유전자가 불활성화 된 흰색 콜로니 개수를 세고 통계를 낸 결과 integration의 frequency가 99% 이상인 것으로 나타났다. 또한, 실제로 재조합이 일어났는 지를 확인하기 위해서 콜로니 PCR을 수행하여 재조합의 산물인 attL 150 bp을 확인하였다. PCR 산물은 염기서열분석을 통해 정확한 site-specific integration이 일어났음을 확인하였다. MJ1에 의한 integration을 보이기 위해 attP와 attB를 가지고 있는 vector를 MJ1 expression vector와 함께 NIH3T3 cell에 cotransfection 했으며 GFP를 reporter로 사용해 그 activity를 관찰하였다. NIH3T3 cell에서 GFP의 발현을 형광 현미경을 통해 알아본 결과, MJ1에 의한 sitespecific integration이 다른 accessory protein의 도움 없이 일어난다는 것을 볼 수 있었다. 마찬가지 방법으로, attR과 attL 간의 excision을 GFP로 알아본 결과, GFP는 발현하지 않았으며, 이는 MJ1에 의한 excision이 일어나지 않았음을 보여주었다. 이와 같은 결과로 볼 때, MJ1의 host만이 아니라 넓은 범위안에서도 integration을 수행할 수 있다는 것을 보여주었다. 따라서 MJ1을 이용한 site-specific integration system의 개발은 gene therapy를 위한 gene delivery system의 구축에 있어서 좋은 시작이 될 수 있다.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2015년도 추계학술대회 및 정기총회
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• pp.37-37
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• 2015

dsRNA was found in malformed cultures of Lentinula edodes strain FMRI0339, one of the three most popular sawdust cultivated commercial strains of shiitake, and was also found in healthy-looking fruiting bodies and actively growing mycelia. Cloning of the partial genome of the dsRNA revealed the presence of the RdRp sequence of a novel L. edodes mycovirus (LeV), and sequence comparison of the cloned amplicon showed an identical sequence to known RdRp genes of LeV found in strain HKA. The meiotic stability of dsRNA was examined by measuring the ratio of the presence of dsRNA among sexual monokaryotic progeny. More than 40% of the monokaryotic progeny still contained the dsRNA, indicating the persistence of dsRNA during sexual reproduction. Comparing the mycelia growth of monokaryotic progeny suggested that, although variations in the growth rate existed among progeny and virus infection was observed in highly actively growing progeny, there appeared to be a tendency toward a lower frequency of virus incidence in actively growing progeny. This study attempted to cure the edible mushroom L. edodes strain FMRI0339 of the L. edodes mycovirus (LeV) in order to obtain an isogenic virus-free fungal strain as well as a virus-infected strain for comparison. Mycelial fragmentation, followed by being spread on a plate with serial dilutions resulted in a virus-free colony. Viral absence was confirmed with gel electrophoresis after dsRNA-specific virus purification, Northern blot analysis, and PCR using reverse transcriptase (RT-PCR). Once cured, all of fungal cultures remained virus-free over the next two years. Interestingly, the viral titer of LeV varied depending on the culture condition. The titer from the plate culture showed at least a 20-fold higher concentration than that grown in the liquid culture. However, the reduced virus titer in the liquid culture was recovered by transferring the mycelia to a plate containing the same medium. In addition, oxygen-depleted culture conditions resulted in a significant decrease of viral concentration, but not to the extent seen in the submerged liquid culture. Although no $discernable phenotypic changes in colony morphology were observed, virus-cured strains showed significantly higher growth rates and mycelial mass than virus-infected strains. We were also explored effects of LeV on fruiting body formation and mushroom yield. The fruiting body formation yield of virus-free L. edodes was larger than virus-infected L. edodes. These results indicate that LeV infection has a deleterious effect on mycelial growth and fruiting body formation. In addition, we have been investigated host-parasite interaction between L. edodes and its mycovirus interaction to study viral mechanism by establishment of proteomics.

• 대한화장품학회지
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• 제42권2호
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• pp.145-152
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• 2016

피부의 가장자리에 위치한 표피는 개체의 생존에 절대적으로 중요하며, 기저막에 위치한 표피줄기세포에 의해 평생 끊임없이 재생되고 있다. 표피줄기세포는 한정된 세포분열을 진행하고 각질세포로 분화하는 transit amplifying (TA)세포를 만들어 냄으로써 오랜 기간 재생에 필요한 많은 각질세포를 만들어 낼 수 있다. 본 연구에서는 표피줄기세포 세포분열 활성화 화합물로 목단으로부터 추출한 페오놀(paeonol)을 350여 개의 화합물들로부터 검색해 냈다. 이러한 세포분열 활성화 효능은 표피줄기세포 특이적으로 나타나며, 표피줄기세포의 지표로 알려진 p63 단백질의 발현 경향은 페오놀을 처리한 표피줄기세포에서 변화하지 않음을 유세포분석법으로 확인하였다. 콜로니형성 분석에서는 페오놀을 처리한 표피줄기세포가 1.3배 이상 더 나은 콜로니 형성능을 보여 주었다. 그리고 PCR array 분석을 통해서 페오놀의 효능은 여러 신호전달에 의해 나타남을 알 수 있었다. 이러한 결과들로부터 페오놀이 줄기세포성에 영향을 주지 않고 표피줄기세포의 재생능력을 향상시키므로 표피줄기세포 활성화 물질로서 화장품 소재로 적용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국양봉학회지
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• 제32권3호
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• pp.155-162
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• 2017

로얄제리 생산성 우수계통 선발을 위해 국내 육성서양종꿀벌 원종 계통인 A와 C에 대한 로얄제리 생산성 및 접수율 평가를 수행하였다. 그 결과 꿀벌 계통C의 로얄제리 생산량은 $33.7{\pm}7.41g$로A 계통에 비해 높은 것으로 드러났으며, 접수율 또한 $87.8{\pm}7.5%$로 A 계통에 비해 높은 것으로 확인되었다. 이들 계통으로부터 생산된 로얄제리 trans-10-hydroxy-2-decenoic acid (10-HDA) 함량을 분석한 결과 꿀벌 계통 C는 4.28%(${\pm}0.3$)으로, A 계통에 비해 높은 것으로 나타났다. 일령에 따른 major royal jelly proteins(MRJPs) 전사체 발현량을 비교한 결과 10일령의 일벌의 경우 C 계통이 A 계통에 비해 MRJP 발현량이 큰 폭으로 증가했음을 확인 할 수 있었으며, 15일령의 일벌의 MRJP 발현량 또한 C계통이 A 계통에 비해 높은 것을 확인할 수 있었다. 이러한 결과를 통해 본 연구에서는 국내 육성 서양종꿀벌 기본종 계통 중 로얄제리 생산성이 가장 우수한 계통은 C 계통인 것으로 평가 되었으며, 향후 로얄제리 생산성 우수 계통 선발을 위한 기초 자료로 제공 될 수 있을 것이라 기대하고 있다.

• 한국임상수의학회지
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• 제29권2호
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• pp.141-147
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• 2012

이 연구는 개의 귀 속에서 분리한 $Malassezia$ $pachydermatis$의 특성과 이들 효모에 대한 essential oil들의 항진균효과를 측정한 결과로서 일반적인 $M.$ $pachydermatis$를 분리하기위한 Sabouraud dextrose agar (SDA), olive oil이 첨가된 SDA (SDAO) 배지 및 지방 친화성 효모를 검출하기 위한 Leeming's medium (LM)으로 구성된 세종류의 분리배지가 사용되었다. $Malassezia$ spp는 77.8%의 개로부터 분리되었으며 분리배지에 따라 분리율에 큰 차이를 나타내었으며 지방성분이 포함된 배지에서의 분리율이 일반적으로 사용하는 SDA에서 보다 높았다. 분리된 모든 $Malassezia$ spp는 $M.$ $pachydermatis$로 동정되었지만 육안적으로 보이는 집락의 모양과 SDA에서의 증식속도를 고려했을 때 4개의 아종으로 관찰되었다. 배양 72시간 후 집락의 직경이 3 mm 이상인 큰 집락(LC)과 2 mm 정도인 중간 집락(MC) 및 배양 5일 후에도 1 mm 이상으로 크지지 않는 작은 집락(SC), 그리고 SDA에서 증식하지 않는 지방의존 집락(Lipo)으로 분류되었다. SDA, SDAO 및 LM 배지에서 각 type의 효모가 분리된 정도를 보면, LC type 효모는 각각 4, 11, 11개 시료에서, MC type 효모는 각각 2, 3, 1개 시료에서, SC type 효모는 각각 1, 2, 1개시료에서 분리되었으며 Lipo type은 SDAO과 LM 배지 중 3 곳에서 분리되었다. $M.$ $pachydermatis$에 대한 essential oil의 항진균효과 측정은 디스크 확산법과 well 확산법에 의해 이루어졌으며, 대부분의 essential oil은 0.5에서 1.0%의 농도에서 $M.$ $pachydermatis$ 의 증식을 억제하였다. MIC90과 MIC50은 essential oil의 성분에 따라 다양하였으나, Thyme oil이 가장 억제 효과가 좋았으며 marjoram과 tea tree oil은 비교적 낮은 억제 능력을 나타내었다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제22권2호
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• pp.106-112
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• 2015

목적: 장기간의 항생제 치료는 중이염 어린이 환자의 중이액으로부터 원인균이 배양되는 것을 방해한다. 본 연구는 배양 음성 중이액으로부터 분자적 진단에 의한 신속한 균 검출 가능성 여부를 확인하고자 하였다. 방법: 폐구균 lytA 유전자를 표적으로 하는 PCR과 LAMP로 민감도와 특이도를 비교 결정하고, 임상중이액에서의 폐구균 검출에 적용하였다. 결과: PCR 기법에 의한 폐구균 검출 최소한계는 약 $10^4$ 집락형성단위(CFU)이고, LAMP의 검출 최소한계는 10 CFU에서 결정되었다. 한편 두 가지 검사법 모두 Haemophilus influenzae 와 Moraxella catarrhalis 에 대해 $10^6$ CFU 이상에서도 DNA를 증폭하지 않았다. 22개의 배양음성 중이액 중에서 12개 검체가 LAMP-양성(54.5%, 12/22)으로 확인되었고, 이들 12개 LAMP-양성 검체 중, 3개의 검체만이 PCR-양성으로 확인되었다(25%, 3/12). 본 연구의 결과는 LAMP 기법의 폐구균 검출 해상력이 PCR 기법에 비교하여 4배 이상 높음을 보여준다(P<0.01). 결론: lytA -특이 LAMP 기법은, 중이액 내의 타 병원균과는 교차반응 없이 10 CFU 폐구균의 DNA를 검출할 수 있는 고해상 기술로서, 중이액 폐구균 검출 및 폐구균 백신의 보급에 따른 백신 효과 평가에 적용이 기대된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제72권3호
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• pp.293-301
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• 2012

Background: Ventilator-associated pneumonia (VAP) requires prompt and appropriate treatment. Since methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a frequent pathogen in VAP, rapid identification of it, is pivotal. Our aim was to evaluate the utility of quantitative polymerase chain reaction (qPCR) as a useful method for etiologic diagnoses of MRSA pneumonia. Methods: We performed qPCR for mecA, S. aureus-specific femA-SA, and S. epidermidis-specific femA-SE genes from bronchoalveolar lavage or bronchial washing samples obtained from clinically-suspected VAP. Molecular identification of MRSA was based on the presence of the mecA and femA-SA gene, with the absence of the femA-SE gene. To compensate for the experimental and clinical conditions, we spiked an internal control in the course of DNA extraction. We estimated number of colony-forming units per mL (CFU/mL) of MRSA samples through a standard curve of a serially-diluted reference MRSA strain. We compared the threshold cycle (Ct) value with the microbiologic results of MRSA. Results: We obtained the mecA gene standard curve, which showed the detection limit of the mecA gene to be 100 fg, which corresponds to a copy number of 30. We chose cut-off Ct values of 27.94 (equivalent to $1{\times}10^4$ CFU/mL) and 21.78 (equivalent to $1{\times}10^5$ CFU/mL). The sensitivity and specificity of our assay were 88.9% and 88.9% respectively, when compared with quantitative cultures. Conclusion: Our results were valuable for diagnosing and identifying pathogens involved in VAP. We believe our modified qPCR is an appropriate tool for the rapid diagnosis of clinical pathogens regarding patients in the intensive care unit.

• 생명과학회지
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• 제24권12호
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• pp.1269-1275
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• 2014

TALEN은 특정유전자를 표적 하여 knock-out 시킬 수 있는 새로운 개념의 유전자 클로닝 방법이다. TALEN 플라스미드에는 DNA binding 도메인과 Fok1 절단효소 기능이 융합되어 있기 때문에, genomic DNA 의 어느 부위라도 결합할 수 있고, 표적 염기서열을 절단하여 유전자 돌연변이를 유도할 수 있다. 본 연구에서 우리는 SETDB1 HMTase 유전자의 단백질 개시코돈 과 프로모터 -25 upstream 부위를 표적 하는 두 종의 TALEN constructs 를 제작하였다. 이를 위하여 두 단계의 클로닝이 진행되었다. 첫 번째는 모듈벡터에서 pFUS배열벡터로 표적서열을 옮겨 콜로니 PCR을 통해 smear밴드와 Esp1 제한 효소를 이용하여 약 1 kb의 insert가 들어 있음을 확인하였다. 두 번째는 배열 벡터로부터 TALEN 발현벡터로 옮기는 과정을 진행하였으며, 염기서열분석을 통해 확인하였다. 그 결과 최초의 고안된 모듈벡터 서열들이 약 100 bp 간격으로 배열되어 있음을 확인하였다. 제작된 TALEN-DBEX2 construct는 transfection을 통해 SETDB1의 발현이 사라지는 것을 확인하였고, T7E1 분석을 통하여 표적부위에서 돌연변이가 발생하였음을 추정할 수 있었다. 한편, TALEN-DBPR25 transfection을 통하여서도 SETDB1의 발현이 감소하는 현상을 확인 하였다. DBEX2, DBPR25를 이입시킨 HeLa 세포에서 세포 형태가 길어지는 현상을 관찰할 수 있었다. 그러므로 단백질 개시코돈 또는 -25 upstream을 표적 하는 TALEN knock-out 방법은 SETDB1 유전자의 기능연구에 매우 유용하다고 사료된다.

• IMMUNE NETWORK
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• 제9권1호
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• pp.27-33
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• 2009

Macrophages generated in vitro using macrophage-colony stimulating factor (M-CSF) and interleukin (IL)-6 from bone marrow cells (BM-Mp) are defective in antigen presenting cell (APC) function as shown by their ability to induce the proliferation of anti-CD3 mAb-primed syngeneic T cells. However, they do express major histocompatibility (MHC) class I and II molecules. accessory molecules and intracellular adhesion molecules. Here we demonstrate that the defective APC function of macrophages is mainly due to production of $TGF-{\beta}1$ by BM-Mp. Methods: Microarray analysis showed that $TGF-{\beta}1$ was highly expressed in BM-Mp, compared to a macrophage cell line, B6D. which exerted efficient APC function. Production of $TGF-{\beta}1$ by BM-Mp was confirmed by neutralization experiments of $TGF-{\beta}1$ as well as by real time-polymerase chain reaction (PCR). Results: Addition of $anti-TGF-{\beta}1$ monoclonal antibody to cultures of BM-Mp and anti-CD3 mAb-primed syngeneic T cells efficiently induced the proliferation of syngeneic T cells. Conversely, the APC function of B6D cells was almost completely suppressed by addition of $TGF-{\beta}1$. Quantitative real time-PCR analysis also confirmed the enhanced expression of $TGF-{\beta}1$ in BM-Mp. Conclusion: The defective APC function of macrophages generated in vitro with M-CSF and IL-6 was mainly due to the production of $TGF-{\beta}1$ by macrophages.