• 미생물학회지
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• 제46권3호
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• pp.262-269
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• 2010

국내 자생하는 왕대, 분죽, 조릿대, 호마죽과 같은 다양한 대나무 산림토양의 낙엽층, 부식층, 근권토양 내 방선균 밀도 측정 결과, $2.7{\times}10^6-2.7{\times}10^8$ CFU/g로 계수되었으며, 특히 조릿대 낙엽층 내에는 $2.7{\times}10^8$ CFU/g의 매우 높은 밀도로 분포하였다. 본 연구에서는 대나무림 낙엽층으로부터 100균주, 부식층으로부터 70균주 그리고 근권토양으로부터 160균주로 총 330균주의 방선균을 수집하였다. 이들 분리된 균주들의 기균사, 기중균사 및 색소형성 등을 관찰한 결과 36개 방선균 군집으로 분류되었다. 각 그룹으로부터 대표 방선균 50균주를 선발하여 16S rRNA 유전자 염기서열을 해석하고 계통학적 위치를 검토한 결과, 94%가 Streptomyces 속에 속하였으며, cluster I (2균주), II (35균주), III (6균주), 그리고 IV (7균주)에 속하는 특징을 나타내었다. 대나무 산림토양으로부터 수집된 Streptomyces 속 방선균 50균주를 Shannon-Wiener법에 의해 다양성 지수를 산출한 결과, 대나무림 낙엽층으로부터 수집된 방선균의 다양도는 3.33으로 부식층과 근권토양 보다 높게 나타났으며, 근권토양으로부터 수집된 방선균의 88%가 cluster II에 속하는 특징을 나타내었다. 본 연구에서 수집한 방선균을 Botrytis cinerea, Xanthomonas campestris 그리고 Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria에 대해 항균활성능을 검토한 결과, 각 74균주, 16균주, 25균주 그리고 24균주가 항균활성능을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제36권4호
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• pp.299-305
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• 2000

생분해성 플라스틱으로 현재 상업화에 가장 근접해 있는 poly-3-hydroxybutyrate (PHB), $Sky-Green^R$(SG) 및 $Mater-Bi^R$(MB)를 활성오니토 및 경작토에 매립하여 PHB 분해세균 3주, SG 분해세균 3주 및 MB 분해세균 1주를 분리하였다. PHB 분해세균은 Flavimonas oryzihabitans, Corynebacterium pseudodiphtheriticum 및 Micrococcus diversus로, SG 분해세균은 Pseudomonas vesicuraris, Pasteurlla multocida 및 Flavobacterium odoratum으로, MB 분해세균은 Pseudomonas vesicuraris로 동정되었다. 각 플라스틱 film을 함유한 무기염 액체배지에서 28일 간의 생분해성 실험 결과 평균 중량감소는 PHB와 SG은 각각 44~69% 및 25~32%, MB는 29%를 나타내어 PHB의 생분해성이 가장 우수하였다. 각 플라스틱 film의 활성오니토 매립 전과 후의 표면 변화를 조사한 결과 미생물이 다공성의 film 표면에 많은 colony를 형성하는 것이 SEM으로 관찰되었다. PHB, SG 및 MB의 무생물적 분해와 F. oryzihabitans에 의한 미생물학적 생분해를 TOC와 pH 변화로 측정하여 비교 분석하였을 때, SG과 MB는 분해 정도가 서로 유사하였으나 PHB는 SG는 MB에 비하여 dir 3배 더 빠르게 무생물적 분해가 일어났다. Yeast extract를 포함한 배지에서 PHB, GS 및 MB의 분해는 yeast extract를 포함하지 않은 배지에서 보다 훨씬 빠르게 안정되었으며, 두 경우 모두 PHB의 분해는 SG 및 MB에 비하여 더 빠르게 일어졌다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제28권6호
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• pp.1007-1021
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• 2018

Cancer represents one of the most significant threats to human health on a global scale. Hence, the development of effective cancer prevention strategies, as well as the discovery of novel therapeutic agents against cancer, is urgently required. In light of this challenge, this research aimed to evaluate the effects of several potent bioactive peptides and proteins contained in crocodile white blood cell extract (cWBC) against LU-1, LNCaP, PC-3, MCF-7, and CaCo-2 cancer cell lines. The results demonstrate that 25, 50, 100, and $200{\mu}g/ml$ cWBC exhibits a strong cytotoxic effect against all investigated cell lines ($IC_{50}$ $70.34-101.0{\mu}g/ml$), while showing no signs of cytotoxicity towards noncancerous Vero and HaCaT cells. Specifically, cWBC treatment caused a significant reduction in the cancerous cells' colony forming ability. A remarkable suppression of cancerous cell migration was observed after treatment with cWBC, indicating potent antimetastatic properties. The mechanism involved in the cancer cell cytotoxicity of cWBC may be related to apoptosis induction, as evidenced by typical apoptotic morphology features. Moreover, certain cWBC concentrations induced significant overproduction of ROS and significantly inhibited the $S-G_2/M$ transition in the cancer cell. The molecular mechanisms of cWBC in apoptosis induction were to decrease Bcl-2 and XIAP expression levels and increase the expression levels of caspase-3, caspase-8, and p53. These led to a decrease in the expression level of the cell cycle-associated gene cyclin-B1 and the arrest of cell population growth. Consequently, these findings demonstrate the prospect of the use of cWBC for cancer therapy.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.83-89
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• 2006

Cellular functions are carried out by a concerted action of biochemical pathways whose components have genetic interactions. Abnormalities in the activity of the genes that constitute or modulate these pathways frequently have oncogenic implications. Therefore, identifying the upstream regulatory genes for major biochemical pathways and defining their roles in carcinogenesis can have important consequences in establishing an effective target-oriented antitumor strategy We have analyzed the gene expression profiles of human liver cancer samples using cDNA microarray chips enriched in liver and/or stomach-expressed cDNA elements, and identified groups of genes that can tell tumors from non-tumors or normal liver, or classify tumors according to clinical parameters such as tumor grade, age, and inflammation grade. We also set up a high-throughput cell-based assay system (cell chip) that can monitor the activity of major biochemical pathways through a reporter assay. Then, we applied the cell chip platform for the analysis of the HCC-associated genes discovered from transcriptome profiling, and found a number of cancer marker genes having a potential of modulating the activity of cancer-related biochemical pathways such as E2F, TCF, p53, Stat, Smad, AP-1, c-Myc, HIF and NF-kB. Some of these marker genes were previously blown to modulate these pathways, while most of the others not. Upon a fast-track phenotype analysis, a subset of the genes showed increased colony forming abilities in soft agar and altered cell morphology or adherence characteristics in the presence of purified matrix proteins. We are currently analyzing these selected marker genes in more detail for their effects on various biological Processes and for Possible clinical roles in liver cancer development.

• 한국응용곤충학회지
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• 제26권2호
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• pp.99-106
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• 1987

포장(圃場)에서 월동(越冬)하고 있는 벼 잎집무늬마름병균(病菌) 균핵(菌核)의 밀도(密度)와 그 활성(活性)을 조사(調査)하기 위하여 1986년(年) 12월(月)에 이리(裡里), 나주(羅州), 진주(晋州), 대구(大邱)의 포장(圃場)에서 균핵(菌核)을 채집(採集)하여 발아력(發芽力)과 병원성(病原性)을 조사(調査)하였다. 균핵(菌核)의 밀도(密度)는 이리(裡里), 나주(羅州), 진주(晋州), 대구(大邱) 지역(地域)이 각각(各各) ha당 $2.7{\times}10^6,\;1.2{\times}10^6,\;0.7{\times}10^6,\;0.6{\times}10^6$였으며 지역(地域)에 따라 그중 $42{\sim}78%$(평균(平均) 60%)가 발아력(發芽力)이 있었고 발아(發芽)된 균핵중(菌核中) 평균(平均) 49%가 벼품종(品種) 진흥(振興)에 병원성(病原性)이 있었다. 따라서 발아력(發芽力)과 병원성(病原性)을 동시(同時)에 가진 균핵(菌核)의 비율(比率)은 전체균핵(全體菌核)의 29%였다. 균핵(菌核)으로부터 분리(分離)한 잎집무늬마름병균(病菌)은 배지(培地)에서의 균총형태(菌叢形態)에 따라 3가지 유형(類形)으로 대별(大別)되었으나 유형(類形)이나 균핵(菌核)의 크기, 균핵형성량(菌核形成量)은 진흥(振興)에 대(對)한 병원성(病原性)과 아무런 상관(相關)이 없었다. 10%의 편차(偏差)안에서 평균균핵밀도(平均菌核密度)를 95% 신뢰(信賴)하기 위하여 필요(必要)한 단순임의(單純任意) 표본수(標本數)는 이리(裡里), 나주(羅州), 진주(晋州), 대구(大邱)에서 각각(各各) 41, 132, 232, 395개소(個所)로 산출(算出)되었다.

• 한국균학회지
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• 제18권3호
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• pp.115-126
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• 1990

구름버섯은 항종양작용이 인정되었으며 근자에는 AIDS virus에 대한 억제효과가 보고되고 있다. 이와 같은 약효를 인정받고 있는 구름버섯 균주간의 세포융합이나 구름버섯과 타 유효한 버섯과 세포융합을 시행함으로써 더욱 효능이 우수하거나 다양한 균주의 약효를 한 균주내에서 기대할 수 있는 새로운 균주의 개발이 가능하다. 이러한 목적으로 구름버섯의 원형질체융합을 시행하기 위하여, 원형질체분리, 재생 및 두 영양요구주의 융합에 관하여 실험하였다. 균사체를 2.5일간 셀로판지위에서 배양하여 Novozym 234와 cellulase Onozuka R-10이 각각 15 mg/ml와 10 mg/ml 포함되어 있는 0.6M sucrose 용액에 넣어 $30^{\circ}C$에서 3-4.5시간 반응시킬 때 원형질체 수득률이 가장 높았다. 삼투압 안정제로 0.6M sucrose는 원형질체 형성과 재생에서 최적조건이었다. 0.6M sucrose를 포함하는 고체배지에서의 재생빈도는 3.48%이었으며 UV 조사시 생존률은 0.02-7.4%이었다. 원형질체융합은 $30^{\circ}C$에서 10분 동안 polyethylene glycol(M.W. 4,000)을 이용하여 시행하였는데 그 융합빈도는 1.86%이었다.

• 한국균학회지
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• 제42권4호
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• pp.262-268
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• 2014

수호초로부터 분리된 DUCC5000 균주를 형태적, 분자생물학적 분류를 통해 Paraconiothyrium brasiliense로 동정하였다. 본 균은 기존에 알려진 P. brasiliense 균주의 ITS 염기서열과 100%의 상동성을 보였다. 계통유전학적 분석 결과 P. brasiliense 균주와 같은 clade를 형성하였다. 서로 다른 영양 배지와 pH 조건 하에서 균사생육 특성을 조사한 결과 oatmeal agar 배지와 pH 9에서 최적의 생장을 보였다. 배지 종류에 따라 그리고 pH 조건에 따라 균총 형태가 달라지는 특성을 지니고 있었다. Chroma 반응배지를 이용하여 7가지 세포외 효소의 분비 능력을 조사한 결과 ${\beta}$-glucosidase 활성이 가장 활발하였고 CM-cellulase와 xylerase에서는 활성이 미약하였다. 인공 접종하였으나 수호초에 대한 병원성은 나타내지 않았다. 본 균은 수호초에서는 국제적으로 처음 보고되는 균이다.

• 한국균학회지
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• 제46권4호
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• pp.415-425
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• 2018

다양한 Aureobaisidum속을 발굴하여 흑효모의 유용한 특성을 활용하기 위해 전라도 지역 꽃에서 효모 433균주를 분리하고 분자계통학 및 형태학적 분석을 통해 다양성을 확인하였다. large subunit (LSU) rDNA 염기서열 분석을 기준으로 전라도 지역의 Aureobasidium속을 6그룹으로 분류한 후, LSU와 ITS rDNA 염기서열 분석을 통해 전라도 지역 꽃에서 유래한 효모의 주요 우점종이 Group A와 Group D임을 확인할 수 있었다. GroupB, E, F는 전라남도에만 분포하는 것으로 보아 전라북도에 비해 전라남도에서 다양한 Aureobasidium종이 분포하는 것으로 생각된다. Group A는 A. pullulans, Group B는 A. melanogenum, Group F는 Aureobasidium 신종 후보군으로 분류할 수 있었다. Group C, D, E는 LSU와 ITS rDNA 분석에서 A. leucospermi, A. namibiae, A. subglaciale 사이의 명확하게 분류되지 않았으나 콜로니 형태에서 구분 가능한 특성을 보인 것으로 보아, Aureobasidium은 분자계 통학적 분석방법과 형태적 동정을 병행하여 종 수준 동정을 보완할 수 있을 것으로 생각된다.

• Animal Bioscience
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• 제35권11호
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• pp.1752-1759
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• 2022

Objective: Effects of direct-fed Enterococcus faecium plus bacteriophages (EF-BP) were investigated as potential substitutes for pharmacological ZnO for weanling pigs. Methods: Dietary treatments were supplementations to a basal diet with none (NC), 3,000-ppm ZnO (PC), 1×10¹⁰ colony-forming units of E. faecium plus 1×10⁸ plaque-forming units (PFU) of anti-Salmonella typhimurium bacteriophages (ST) or 1×10⁶ PFU of each of anti-enterotoxigenic Escherichia coli K88 (F4)-, K99 (F5)-, and F18-type bacteriophages (EC) per kg diet. In Exp 1, twenty-eight 21-day-old crossbred weanling pigs were individually fed one of the experimental diets for 14 days and euthanized for histological examination on intestinal mucosal morphology. In Exp 2, 128 crossbred weanling pigs aged 24 days were group-fed the same experimental diets in 16 pens of 8 piglets on a farm with a high incidence of post-weaning diarrhea. Results: None of the diarrheal score or fecal consistency score (FCS), average daily gain (ADG), gain: feed ratio, structural variables of the intestinal villus, and goblet cell density, differed between the EF-BP (ST+EC) and NC groups, between EF-BP and PC, or between ST and EC, with the exception of greater gain: feed for EF-BP than for PC (p<0.05) during days 7 to 14 (Exp 1). In Exp 2, ADG was less for EF-BP vs PC during days 0 to 7 and greater for EF-BP vs NC during days 7 to 14. FCS peaked on day 7 and declined by day 14. Moreover, FCS was less for EF-BP vs NC, did not differ between EF-BP and PC, and tended to be greater for ST vs EC (p = 0.099). Collectively, EF-BP was comparable to or slightly less effective than PC in alleviating diarrhea and growth check of the weanling pigs, with ST almost as effective as PC, when they were group-fed. Conclusion: The E. faecium-bacteriophage recipe, especially E. faecium-anti-S. typhimurium, is promising as a potential substitute for pharmacological ZnO.

• 미생물학회지
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• 제52권4호
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• pp.406-414
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• 2016

대장균에서 6개의 Leu 코돈중 가장 흔한 코돈은 CUG이다. 이 코돈을 인식하는 tRNA는 4개의 유전자에 의해 합성되는데, leuPQV와 leuT 2개의 locus로 나누어져 있다. 이 CUG를 인식하는 모든 tRNA가 결핍된 균주를 만들기 위해, 우선 leuPQV가 삭제된 균주(${\Delta}leuPQV$)와, leuT의 anticodon CAG를 GAG로 돌연변이시킨 균주[$Km^R$, $leuT^*$(GAG)]를 각각 만들었다. 이 두 돌연변이 유전자를 모으기 위해 ${\Delta}leuPQV$ 균주를 recipient로, $leuT^*$(GAG) 균주를 donor로하는 transduction을 수행한 결과, 콜로니 크기가 큰 것과 작은 것 두 종류의 transductant를 얻었다. PCR 후 염기서열 분석 결과 큰 콜로니는 예측한 recombinant로 판명됐으나, 작은 콜로니는 donor와 recipient 염색체 간의 상호교환재조합(reciprocal recombination)으로는 설명이 되지 않는, 돌연변이 유전자[$leuT^*$(GAG)]와 야생형 유전자(leuT(CAG)]를 모두 가진 균주로 밝혀졌다. 이 heterozygous diploid는 광학현미경으로 관찰시 세포의 형태와 크기에서 특이점이 발견되지 않았으나, 영양배지에서 야생형에 비해 생장이 한참 느리면서, 선형생장곡선(linear growth curve)이라는 예측하지 못한 생장특성을 보였다. 이 2배체 균주는 선택배지에서는 항상 작은 균일한 콜로니를 형성하였으나, 배지에 선택항생제 없을 경우, $leuT^*$(GAG) 유전자형 세포와 leuT(CAG) 유전자형 세포로 분리가 일어났다. 우리의 결과를 종합해볼 때, 이 2배체 균주는, $leuT^*$(GAG)와 leuT(CAG) 부분만 2배체로 갖는 부분이배체(merodiploid)라기 보다는, $leuT^*$(GAG)와 leuT(CAG)가 서로 다른 염색체에 있는 완전이배체라는 모델을 지지했다. 우리는 이러한 2배체가 어떻게 생성되었으며, 어떻게 분리되는지, 또 이 균주는 왜 선형생장곡선을 보이는지 등에 대한 모델을 토론하였다.