• 제목/요약/키워드: Coding Rule

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Insights into factors affecting synonymous codon usage in apple mosaic virus and its host adaptability

  • Pourrahim, R.;Farzadfar, Sh.
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제49권1호
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    • pp.46-60
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    • 2022
  • The genetic variability and population structure of apple mosaic virus (ApMV) have been studied; however, synonymous codon usage patterns influencing the survival rates and fitness of ApMV have not been reported. Based on phylogenetic analyses of 52 ApMV coat protein (CP) sequences obtained from apple, pear, and hazelnut, ApMV isolates were clustered into two groups. High molecular diversity in GII may indicate their recent expansion. A constant and conserved genomic composition of the CP sequences was inferred from the low codon usage bias. Nucleotide composition and relative synonymous codon usage (RSCU) analysis indicated that the ApMV CP gene is AU-rich, but G- and U-ending codons are favored while coding amino acids. This unequal use of nucleotides together with parity rule 2 and the effective number of codon (ENC) plots indicate that mutation pressure together with natural selection drives codon usage patterns in the CP gene. However, in this combination, selection pressure plays a more crucial role. Based on principal component analysis plots, ApMV seems to have originated from apple trees in Europe. However, according to the relative codon deoptimization index and codon adaptation index (CAI) analyses, ApMV exhibited the greatest fitness to hazelnut. As inferred from the results of the similarity index analysis, hazelnut has a major role in shaping ApMV RSCU patterns, which is consistent with the CAI analysis results. This study contributes to the understanding of plant virus evolution, reveals novel information about ApMV evolutionary fitness, and helps find better ApMV management strategies.

한국어 피동·사동 교육용 시각 콘텐츠에 관한 연구 (A Study on Visual Contents for Korean Passive Verbs and Causative Verbs Education)

  • 손주희;김은정;안희은
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제22권1호
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    • pp.348-358
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    • 2022
  • 본 연구는 외국인을 위한 한국어 교육에서 피동·사동의 효과적인 교육을 위한 시각적 콘텐츠를 제작하는 것을 목적으로 한다. 피동·사동은 중급 단계의 학습자들에게 꼭 가르쳐야 하는 내용이다. 그러나 그 실현 양상이 복잡하고, 접미사에 의한 피동·사동은 결합 관계를 설명할 수 있는 규칙이 없어 학습자와 한국어 교사 모두에게 어려운 항목으로 인정되고 있다. 이 글에서는 학습 효과를 향상시킬 수 있는 비언어적 정보 활용에 관해 고찰하였다. 언어 교육에서 언어적 비언어적 정보를 함께 제공하면 학습자의 의사소통 능력 향상의 효과를 기대할 수 있다. 특히 시각적 콘텐츠는 기억 증진, 재생, 전이 등에 긍정적인 영향을 줄 수 있는 비언어적 정보이다. 이에 본 연구에서는 시각적 자료로서의 그림카드를 기획하고 제작하고자 하였다. 한국어 피동·사동의 올바른 교육에 초점을 두고 제작한 그림카드는 접미사에 의한 한국어 피동·사동의 교수-학습을 효율적이고 유의미하게 해 줄 것이다.

소 Adipocyte Differentiation Related Protein (ADRP) 유전자의 Genomic Organization 및 Promoter Region의 특성 규명 (Genomic Organization and Characterization of the Promoter Region of Bovine ADRP (Adipocyte Different Related Protein) Gene)

  • 장요순;윤두학;김태헌;정일정;조진기
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제45권2호
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    • pp.169-182
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    • 2003
  • ADRP 유전자가 24개월령 한우 등심조직에서 발현량이 급격히 증가하여 30개월령 등심조직에서는 발현량이 다소 감소하는 발현양상 분석결과로부터 이전 연구에서는 ADRP 유전자를 한우 성장단계 특이발현 유전자로 선정하였다. 본 연구에서는 ADRP 유전자의 발현조절 기작을 분석하기 위하여 promoter 영역을 포함하는 ADRP 유전자 전체영역을 cloning하였으며, 구조를 분석하고 promoter의 특성을 조사하였다. 한우 ADRP cDNA 단편을 probe로 합성하여 Southern blot 분석을 실시한 결과로부터 ADRP 유전자가 한우 genome 상에서 single copy로 존재하고 크기는 대략 12 kb에 해당하는 것을 확인하였다. Genomic DNA library screening을 실시하여 promoter 영역을 포함하는 ADRP 전체 유전자에 해당하는 clone을 확보하고 HwADRPg-1으로 명명한 후, 염기서열을 결정하고 분석하였다. 한우 ADRP 유전자, HwADRPg-1은 8개의 exon과 7개의 intron으로 구성되어 있으며 모든 exon-intron 경계는 GT/AG 원칙을 따르고 있었고, coding 영역은 7,633 bp로서 6개의 intron에 의해 7개의 exon으로 나누어져 있었다. HwADRPg-1의 promoter 영역에서는 TATAA box는 발견되지 않았으며, -70 위치에 근육 특이적 transcription activator인 Myo G 서열이 존재하였고, -629 위치에는 지방세포의 분화를 유도하는 것으로 알려진 C/EBP (CCAAT/enhancer binding protein) 서열이 존재하였다. HwADRPg-1의 조절영역에 있는 Myo G factor가 근육조직에서 ADRP 유전자가 발현될 수 있도록 하며, 근육의 발달정도를 신호로써 감지하여 근육조직에서 성장단계에 따른 ADRP 유전자의 발현량을 조절할 것으로 추정되고, 다른 종류의 지방세포 특이적인 전사인자 및 지방세포의 분화정도를 신호로 인식하는 전사단계 조절인자를 조사하기 위하여 promoter 영역의 추가분석이 이루어져야 할 것으로 사료된다.

해양 지리정보 피쳐 카탈로그 작성에 관한 연구 (Development of a Feature Catalogue for Marine Geographic Information)

  • 홍상기;윤석범
    • 한국공간정보시스템학회 논문지
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    • 제6권1호
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    • pp.101-117
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    • 2004
  • GIS 데이터의 효율적인 활용을 위해서는 GIS 데이타에 대한 표준화가 필수적이라 할 수 있다. 국제표준화기구 산하 지리정보전문위윈회(ISO/TC211)에서 제정중인 ISO 19100 시리즈 표준들과 OpenGIS 컨소시엄에서 만들어내고 있는 각종 명세서(Specifications)는 표준화를 통한 지리정보의 상호운용성(Interoperability) 확보를 목표로 하고 있다. 해양GIS 분야의 표준화도 이런 맥락에서 시급한 과제중의 하나라고 할 수 있다. 다양한 해양GES 사업에서 구축되는 데이터에 대해 일관된 의미를 사용함으로써 각 사업간 연계를 원활히 하고 시스템 간 상호운용성을 확보할 수 있도록 하기 위해서는 해양지리성보에 대한 공통 피쳐 카탈로그(Feature Catalogue)가 필요하다. 본 논문에서는 피쳐 카탈로그의 전반석인 개념 및 구성방법에 대해 논의하고 국내외의 다양한 분야와 기관에서 공통적으로 사용되는 해양지리정보 피쳐들의 목록을 조사 분석하였다. 그리고 국가지리정보시스템(NGIS)에서 사용되고 있는 피쳐들의 목록을 조사.분석하여 해양지리정보시스템(Marine Geographic Information System)과 국가지리정보시스템에서 공통적으로 사용되는 피쳐들의 목록을 종합하여 분석하였다. 이런 분석을 토대로 해양 지리정보 공통 피쳐들을 도출하고 피쳐의 분류체계, 코드체계를 제시하였으며, 도출된 피쳐들을 공통피쳐 카탈로그로 작성하는 방식에 대해서 설명하였다. 또한 도출된 피쳐들을 표준 등록소에 등록할 수 있는 XML 스키마를 개발하였으며 XML 스키마를 토대로 피쳐들을 표준 등록소에 등록할 수 있는 등록 도구를 개발하였다.cm^3$로 가정했을 때, 경상분지의 화강암류의 압력평균값이 약 $0.73{\sim}3.16kbar$의 범위를 가졌고, 경상분지내 백악기 화강암류의 정치 깊이는 $2.6{\sim}11.4km$범위를 가졌다. 이는 경상분지 화강암류에 대해 유추된 기존의 정성적인 생각과 일치한다는 것을 알 수 있었고, 각섬석의 $Al^T$함량을 이용한 여러 경험적, 실험적인 압력계가 많은 제한점이 있지만 경상분지의 백악기 불국사화강암류에는 정성적으로 유효함을 알 수 있었다. 우리는 최종적으로 경상분지내 백악기 화강암류는 천부관입 암체이고 노출된 화강암류가 천부지각이라는 것을 알 수 있었다. 것이 아니라 낙관적 예측을 수행하는 경향이 있음을 발견할 수 있었다.원밭, 화산회밭으로 6개 유형으로 분류할 경우 각각의 분포면적은 41.9%, 23.3%, 17.5%, 13.9%, 1.1. 2.2% 이었다. 도시화 및 도로확대 등 다양한 토지이용 및 지형개변으로 과거의 토양정보가 많이 변경되었다. 그래서, 앞으로는 인공위성자료 및 항공사진을 이용하여 빠르고 쉽게 활용할 수 있는 토양조사 방법개발과 기 구축된 토양도의 수정, 보완 작업이 필요한 절실히 요구되고 있는 현실이다.브로 출시에 따른 마케팅 및 고객관리와 관련된 시사점을 논의한다.는 교합면에서 2, 3, 4군이 1군에 비해 변연적합도가 높았으며 (p < 0.05), 인접면과 치은면에서는 군간 유의차를 보이지 않았다 이번 연구를 통하여 복합레진을 간헐적 광중합시킴으로써 변연적합도가 향상될 수 있음을 알 수 있었다.시장에 비해 주가가 비교적 안정적인 수준을 유지해 왔다고

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