• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제34권2호
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• pp.233-239
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• 2024

N6-methyladenosine (m6A) RNA methylation has recently emerged as a significant co-transcriptional modification involved in regulating various RNA functions. It plays a vital function in numerous biological processes. Enzymes referred to as m6A methyltransferases, such as the methyltransferase-like (METTL) 3-METTL14-Wilms tumor 1 (WT1)-associated protein (WTAP) complex, are responsible for adding m6A modifications, while m6A demethylases, including fat mass and obesity-associated protein (FTO) and alkB homolog 5 (ALKBH5), can remove m6A methylation. The functions of m6A-methylated RNA are regulated through the recognition and interaction of m6A reader proteins. Recent research has shown that m6A methylation takes place at multiple sites within hepatitis B virus (HBV) RNAs, and the location of these modifications can differentially impact the HBV infection. The addition of m6A modifications to HBV RNA can influence its stability and translation, thereby affecting viral replication and pathogenesis. Furthermore, HBV infection can also alter the m6A modification pattern of host RNA, indicating the virus's ability to manipulate host cellular processes, including m6A modification. This manipulation aids in establishing chronic infection, promoting liver disease, and contributing to pathogenesis. A comprehensive understanding of the functional roles of m6A modification during HBV infection is crucial for developing innovative approaches to combat HBV-mediated liver disease. In this review, we explore the functions of m6A modification in HBV replication and its impact on the development of liver disease.

• 대한지리학회지
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• 제47권4호
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• pp.606-624
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• 2012

이 논문의 연구 목적은 한국 지리학계에서 이루어진 지리공간분석 및 모델링 분야의 연구를 개관하는 것이다. 여기에서 지리공간분석과 모델링이라는 분야는 공간데이터분석 및 공간통계학, 공간최적화, 지오시뮬레이션 관련 연구를 의미하는 것으로 한정한다. 한국의 지리공간분석과 모델링 분야는 컴퓨터 혹은 분석 지도학과 GIS가 도입된 1990년대의 초기 단계를 거쳐, 관련 연구 논문이 쏟아진 2000년대의 성장 단계로 이행했으며, 현재 성숙 단계를 향해 진화하고 있다. 공간데이터분석과 공간통계학 분야에서는 공간적 포인트 패턴 데이터, 에이리어 데이터, 지구통계학적 데이터, 공간적 상호작용 데이터에 대한 다양한 연구가 이루어져 왔다. 공간최적화 분야에서는 시설물 입지문제, 구획문제, 경로설정 문제 등에 대한 모델의 개발 및 적용과 관련된 연구가 활발하게 진행되어 왔다. 지오시뮬레이션 분야에서는 셀룰라 오토마타와 관련된 연구가 대부분을 차지하고 있는 것에 비하여, 에이전트 기반 모델링은 이제 시작단계에 있다. 이 모든 연구 성과들 중 몇몇은 표준 기법의 단순한 적용을 넘어 방법론적 진보를 이끌어 낸 것으로 평가된다.

• Molecules and Cells
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• 제43권10호
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• pp.870-879
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• 2020

Dendrites require precise and timely delivery of protein substrates to distal areas to ensure the correct morphology and function of neurons. Many of these protein substrates are supplied in the form of ribonucleoprotein (RNP) complex consisting of RNA-binding proteins (RBPs) and mRNAs, which are subsequently translated in distal dendritic areas. It remains elusive, however, whether key RBPs supply mRNA according to local demands individually or in a coordinated manner. In this study, we investigated how Drosophila sensory neurons respond to the dysregulation of a disease-associated RBP, Ataxin-2 (ATX2), which leads to dendritic defects. We found that ATX2 plays a crucial role in spacing dendritic branches for the optimal dendritic receptive fields in Drosophila class IV dendritic arborization (C4da) neurons, where both expression level and subcellular location of ATX2 contribute significantly to this effect. We showed that translational upregulation through the expression of eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF4E) further enhanced the ATX2-induced dendritic phenotypes. Additionally, we found that the expression level of another disease-associated RBP, fragile X mental retardation protein (FMRP), decreased in both cell bodies and dendrites when neurons were faced with aberrant upregulation of ATX2. Finally, we revealed that the PAM2 motif of ATX2, which mediates its interaction with poly(A)-binding protein (PABP), is potentially necessary for the decrease of FMRP in certain neuronal stress conditions. Collectively, our data suggest that dysregulation of RBPs triggers a compensatory regulation of other functionally-overlapping RBPs to minimize RBP dysregulation-associated aberrations that hinder neuronal homeostasis in dendrites.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제4권3호
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• pp.235-245
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• 2008

Exposure to mercury was assessed in 125 Korean (Gwangju and Busan) and 373 Chinese primary school students (Xinguang village, Goumen town) using hair mercury analysis from November 2006 to September 2007. The geometric mean concentration of mercury was higher among Korean children with recording 0.73 ${\mu}g$/g, compared to Chinese children of 0.12 ${\mu}g$/g, which indicated statistically difference (P<0.01). The mean concentration of Korean children living near incineration facilities was higher by recording 0.76 ${\mu}g$/g while the average concentration of their counterpart in Korea reached 0.69 ${\mu}g$/g. In case of Chinese children, those who are living near power plants showed higher level with posting 0.16 ${\mu}g$/g while the others recorded 0.10 ${\mu}g$/g (P<0.01). Intake of fish was found to be related to hair mercury level. In case of Korean children, those with high fish intake recorded 0.79 ${\mu}g$/g in terms of the geometric mean concentration while the others with low fish intake posted 0.61 ${\mu}g$/g. Among Chinese children, those who often eat fish recorded 0.13 ${\mu}g$/g compared to the others with low fish intake of 0.11 ${\mu}g$/g. On the other hand, amalgam dental fillings have limited influence on mean hair mercury level. As for vaccination, within a month of vaccination, the geometric mean concentration of Korean children reached 0.76 ${\mu}g$/g, and in case of 15 days after injection, the level was 1.20 ${\mu}g$/g. In China, the level of children at one month after receiving injection stood at 0.15 ${\mu}g$/g while the level within 15 days was 0.13 ${\mu}g$/g. Multiple regression analysis showed that BMI, passive smoking, and fish consumption are closely related to hair mercury level among the Korean subjects. In China, hair mercury level was affected by age, location, passive smoking, fish consumption, and vaccination. Explanatory power was 21.6% with $R^2$=0.216.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제54권6호
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• pp.725-732
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• 2016

Plasmodium vivax produces numerous caveola-vesicle complex (CVC) structures beneath the membrane of infected erythrocytes. Recently, a member helical interspersed subtelomeric (PHIST) superfamily protein, $PcyPHIST/CVC-81_{95}$, was identified as CVCs-associated protein in Plasmodium cynomolgi and essential for survival of this parasite. Very little information has been documented to date about $PHIST/CVC-81_{95}$ protein in P. vivax. In this study, the recombinant $PvPHIST/CVC-81_{95}$ N and C termini were expressed, and immunoreactivity was assessed using confirmed vivax malaria patients sera by protein microarray. The subcellular localization of $PvPHIST/CVC-81_{95}$ N and C termini in blood stage parasites was also determined. The antigenicity of recombinant $PvPHIST/CVC-81_{95}$ N and C terminal proteins were analyzed by using serum samples from the Republic of Korea. The results showed that immunoreactivities to these proteins had 61% and 43% sensitivity and 96.9% and 93.8% specificity, respectively. The N terminal of $PvPHIST/CVC-81_{95}$ which contains transmembrane domain and export motif (PEXEL; RxLxE/Q/D) produced CVCs location throughout the erythrocytic-stage parasites. However, no fluorescence was detected with antibodies against C terminal fragment of $PvPHIST/CVC-81_{95}$. These results suggest that the $PvPHIST/CVC-81_{95}$ is localized on the CVCs and may be immunogenic in natural infection of P. vivax.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2010년도 정기총회 및 춘계학술발표회
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• pp.14-14
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• 2010

Plastid proteomics are essential organelles present in virtually all cells in plants and green algae. Plastids are responsible for the synthesis and storage of key molecules required for the basic architecture and functions of plant cells. The proteome of plastid, and in particular of chloroplast, have received significant amounts of attention in recent years. Various fractionation and mass spectrometry (MS) techniques have been applied to catalogue the chloroplast proteome and its sub-organelles compartments. To better understanding the function of the lumenal sub-organelles within the thylakoid network, we have carried out a systematical analysis and identification of the lumenal proteins in the thylakoid of wheat by using Tricine-SDS-PAGE, and LTQ-ESI-FTICR mass spectrometry followed by SWISS-PROT database searching. We isolation and fractionation these membrane from fully developed wheat leaves using a combination of differential and gradient centrifugation couple to high speed ultra-centrifuge. After collecting all proteins to eliminate possible same proteins, we estimated that there are 407 different proteins including chloroplast, chloroplast stroma, lumenal, and thylakoid membrane proteins excluding 20 proteins, which were identified in nucleus, cytoplasm and mitochondria. A combination of these three programs (PSORT, TargetP, TMHMM, and TOPPRED) was found to provide a useful tool for evaluating chloroplast localization, transit peptide, transmembranes, and also could reveal possible alternative processing sites and dual targeting. Finally, we report also sub-cellular location specific protein interaction network using Cytoscape software, which provides further insight into the biochemical pathways of photosynthesis. The present work helps understanding photosynthesis process in wheat at the molecular level and provides a new overview of the biochemical machinery of the thylakoid in wheat.

• 한국공간정보시스템학회 논문지
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• 제8권2호
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• pp.53-73
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• 2006

최근 PDA, 휴대폰 GPS와 같은 모바일 기기의 발달로 인하여 이동체에 대한 위치 기반 서비스의 요구가 증대되고 있다. 위치 기반 서비스 기술의 핵심은 이동체로부터 획득된 위치를 효율적으로 저장하고 처리하기 위한 이동체 데이터베이스이며 이동체의 빈번한 보고 데이터를 처리하기 위해서는 서버에서 메인 메모리 DBMS를 유지하는 것이 필요하다. 그러나, 기존 연구에서는 대부분 디스크 기반 환경에서의 이동체 색인을 연구하였으며 이러한 색인은 메인 메모리의 특성을 고려하지 않기 때문에 메인 메모리 DBMS에서는 효율적인 동작을 보장할 수 없다. 따라서, 메인 메모리 환경에 적합한 이동체 색인에 대한 연구가 필요하다. 이 논문에서는 메인 메모리 DBMS에서 이동체의 빈번한 보고 데이터를 처리하기 위한 R-tree 기반의 메인 메모리 색인을 제시한다. 제안한 색인에서는 성장 노드 구조를 사용함으로써 노드 오버플로우 시 노드 분할을 지연하여 노드 분할에 의한 분할 비용이 증가하는 것을 방지한다. 또한, 노드간의 중첩을 줄이기 위한 합병 후 재분할 정책과 노드 MBR이 차지하는 영역 크기 비율을 줄이기 위한 큰 영역을 가진 노드에 대한 분할 정책을 제안함으로써 검색 성능을 향상시킨다. 성능 평가를 통해서 이 논문에서 제안한 색인은 기존의 색인에 비해서 영역 질의 수행 시 최대 30% 정도의 성능향상을 보여주고 있다.

• 대한교통학회지
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• 제22권7호
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• pp.91-98
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• 2004

본 연구는 통행자들을 실시간 교통정보의 유무외에 제공받는 교통정보의 내용에 따라서 구분한 다계층 통행배정모형을 정립하고자 한다. 이를 통해 네트워크 및 수요변화에 대응할 수 있는 우수한 교통정보제공전략인 분산환류전략(Decentralized Feedback Strategy ; DFS)의 핵심사항인 분산계수결정모형을 제시하고 ITS의 중요한 기술적 요소들(VMS위치, 정보제공주기, 정보제공영역 등)에 대한 판단기준을 정립하고자 한다. 이를 위하여 연동적 시간대 분석기법 (Rolling Horizon implementation ; RHI)을 활용한 다계층 동적통행배정모형을 개발하고 차량내탑재장치를 활용한 주행중 정보제공전략으로서 분산환류전략(DFS)의 적용성 및 효과성을 평가하고자 하였다. 본 연구에서는 차량내 탑재장치를 중심으로 교통정보를 제공받는 집단에 대해서 분석을 수행하였다. 이때 정보의 내용에 따라 동적 최단경로안내를 받는 그룹과 DFS에 의한 경로정보를 안내받는 그룹으로 나누어 다계층 동적통행배정 모형을 구성하였다. DFS의 적용을 위하여 정보대상노드에서 목적지까지 경로를 모두 탐색한 뒤 이들 경로에 대한 통행시간정보를 이용하여 통행자들의 인지통행비용이 같아지도록 교통류 분산계수를 설정하였다. 또한 이러한 분산계수가 적용되는 통행자를 구별하기 위하여 연동적 시간대분석기법(Rolling Horizon Imlementation)을 활용하여 동적통행배정을 수행하였다. 분석결과 유고상황시 DFS의 네트워크 총통행시간 개선효과를 확인할 수 있었다.

• 한국통신학회논문지
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• 제31권5B호
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• pp.456-477
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• 2006

무선통신기술의 발전과 무선데이터서비스에 대한 수요의 다변화로 인해, 가까운 미래에 3G/WLAN/휴대인터넷 등을 포괄하는 통합 무선접속 서비스체계가 등장할 것으로 기대된다. 통합 무선접속서비스를 위한 통합망은 이종의 무선서비스를 제공하는 사업자간의 로밍협약을 통해 각자의 서비스 인프라를 결합하는 준연동(loose coupling) 방식으로 구축될 것으로 예상된다. 이와 같은 상황에서 사용자는 자신이 접속하는 무선서비스의 종류와 사용자 인증 및 과금의 기반이 되는 로밍협약에 따라 다른 품질의 서비스를 다른 과금방식에 따라 제공받게 된다. 따라서 사용자가 자신의 위치에서 이용할 수 있는 무선접속이 둘 이상인 상황이 빈번히 발생할 수 있고, 사용자는 필요한 품질의 무선접속 서비스를 최저의 요금으로 이용하고자 노력하는 상황이 필연적으로 발생하게 된다. 본 논문에서는 이러한 상황에서 최저의 요금으로 원하는 품질의 서비스를 제공할 수 있는 무선접속을 선택하기 위한 기법을 단일접속만이 지원되는 단말기와 다중접속을 지원하는 단말기, 두 가지 다른 상황에 대해 제시한다. 사용자의 무선접속환경과 사업자간 로밍협약상황을 그래프 모델로 표현하고, 그래프 모델상의 체계적 검색 알고리듬을 통해 전송데이터의 양에 따라 최저의 과금을 산출하게 되는 인증경로의 집합을 도출함으로써 사용자가 어떠한 무선접속환경에 놓여 있더라도 신속히 최적의 무선접속을 판단할 수 있도록 하는 것이 본 논문의 기본적인 접근방향이다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제12D권5호
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• pp.699-708
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• 2005

GPS 및 무선 통신 기술의 발달과 무선기기의 소형화, 고속 네트워크 구축 등에 힘입어 휴대전화 사용 고객이나 차량의 위치 추적이 용이해지고 있다. 이로 인해 차량 및 고객이 변화하는 위치에 따라 적절한 서비스를 제공하는 위치 기반 서비스가 활발히 연구되고 있으며, 원활한 교통 소통 및 물류 수송을 위해 차량의 위치 정보를 적절히 활용, 관리하는 차량 추적 및 관리 시스템이 개발되고 있다 또한 차량의 위치 정보 활용도가 높아짐에 따라 저장된 차량 정보를 효과적으로 검색하는 질의어도 꾸준히 연구되고 있다. 그러나 기존의 이동 객체 질의어는 대부분 설계 단계까지 진행되었으며, 단순한 공간 객체만을 다루었기 때문에, 실세계에 활용되지 못한 문제점이 있다. 따라서 이 논문에서는 택배 차량의 위치 및 궤적 정보를 검색하고 물류 수송비용을 효과적으로 분석하기 위하여, 이동 객체 질의어를 설계하고 이를 지원하는 물류 차량 관제 시스템을 구현한다. 제시된 SQL 기반 이동 객체 질의어는 물류 관리 시스템에서 특정 구간 사이의 궤적, 특정 지점에서의 출발 및 도착 시간 그리고 불확실한 위치 추정 등과 같은 차량의 이동 정보를 분석하기 위해 사용된다. 제시된 물류 차량 관리를 위한 이동 객체 질의어는 차량의 위치 정보를 다루는 다양한 시스템에서 궤적 비용 분석 등에 활용될 수 있다.