Virus taxonomy was initially determined by clinical experiments based on phenotype. However, with the development of sequence analysis methods, genotype-based classification was also applied. With the development of genome sequence analysis technology, there is an increasing demand for virus taxonomy to be extended from in vivo and in vitro to in silico. In this study, we verified the consistency of the current International Committee on Taxonomy of Viruses taxonomy using an in silico approach, aiming to identify the specific sequence for each virus. We applied this approach to norovirus in Caliciviridae, which causes 90% of gastroenteritis cases worldwide. First, based on the dogma "protein structure determines its function," we hypothesized that the specific sequence can be identified by the specific structure. Firstly, we extracted the coding region (CDS). Secondly, the CDS protein sequences of each genus were annotated by the conserved domain database (CDD) search. Finally, the conserved domains of each genus in Caliciviridae are classified by RPS-BLAST with CDD. The analysis result is that Caliciviridae has sequences including RNA helicase in common. In case of Norovirus, Calicivirus coat protein C terminal and viral polyprotein N-terminal appears as a specific domain in Caliciviridae. It does not include in the other genera in Caliciviridae. If this method is utilized to detect specific conserved domains, it can be used as classification keywords based on protein functional structure. After determining the specific protein domains, the specific protein domain sequences would be converted to gene sequences. This sequences would be re-used one of viral bio-marks.
국내에서 발생한 토끼 바이러스성 간염 소위 토끼 출혈병의 원인 바이러스를 감염토끼의 간조직으로 부터 분리정제한 후 바이러스의 핵산과 구성 단백질의 특징을 관찰하였던 바 다음과 같은 결과를 얻었다. 토끼간염바이러스는 분자량이 약 54 kilodalton인 한개의 구조단백을 가진 RNA 바이러스이며 바이러스 핵산의 크기는 약 7.5 kilobases로 나타났고 바이러스의 RNA는 배양세포에서는 감염을 일으키지 않았다. 바이러스 구성단백의 양상과 핵산의 크기 등을 종합해 볼 때 토끼의 간염 바이러스는 Caliciviridae에 속하는 것으로 간주된다.
Hepatitis E virus (HEV), previously referred to as enterically transmitted non-A, non-B hepatitis, is responsible for sporadic infections as well as large epidemics of acute viral hepatitis in developing countries. The disease generally affects young adults and reportedly has a mortality rate of up to 20% in infected pregnant women. HEV was once considered to be a member of the family Caliciviridae, but the unique genomic organization of HEV has led to the removal of HEV from the family and it was provisionally classified in an unassigned family of HEV-like viruses. In situ hybridization provides any cellular detail and histological architecture.[1] However, use of in situ hybridization is largely restricted to the laboratories because this technique is the greater technical complexity and expense compared with immunohistochemistry. Therefore, the objective of this study is to develop the immunohistochemistry for the detection of swine HEV from formalin-fixed, paraffin-embedded hepatic tissues. (omitted)
돼지 설사유발 칼리시 바이러스 (Porcine enteric calicivirus: PECV)는 자돈에서 설사를 일으키지만, 사람에서도 위장염을 일으키는 원인체인 Sapporo-like calicivirus와 형태학적으로나 유전학적으로 유사하다고 이미 알려졌다. 본 연구는 국내에서 발생하고 있는 PECV의 RNA dependent RNA polymerase (RDRP) 부위와 capsid 부위 염기서열과 아미노산 서열을 기존에 보고되었던 것과 비교하여 분류하였다. 연구 결과 국내 분리주는 기존의 PECV RDRP 부위 (염기서열: 90%, 아미노산: 97%) 와 유사성이 아주 높았으며 capsid 부위(염기서열: 83%, 아미노산: 81%)는 다소 낮았다. 또한 이 바이러스는 모든 칼리시 바이러스의 RDRP 부위에 특이적으로 존재하는 GLPSG와 YGDD 아미노산 배열이 존재하였으며 capsid 부위에서는 국내에서 발생한 PECV 에서만 "TAA" 염기서열이 삽입되어 있었다. 본 연구를 통하여 국내에서 발생한 PECV는 porcine sapporo-like calicivirus와 유사하며 그 외 caliciviridae과인 Norwalk-like virus, Vesivirus, Lagovirus와는 상이하다는 것이 규명되었다.
노로바이러스는 급성 위장염을 일으키는 Caliciviridae 과(family)에 속하는 바이러스로 유전자형이 매우 다양하다. 본 연구에서는 노로바이러스 국내분리주의 게놈 RNA로부터 3개의 open reading frame (ORF) 모두의 염기서열을 분석하고, 유전학적 계통분석을 통하여 분자생물학적 특성을 분석하였다. 본 연구에 사용된 노로바이러스(Hu/NLV/Gunpo/2006/KO)는 바이러스성 식중독, 장염 증세를 보이는 2세 여아 가검물로부터 분리되었다. 역전사반응과 PCR 증폭을 통해서 바이러스의 게놈 RNA를 3개의 중첩되는 cDNA 단편으로 합성하였으며, 합성된 cDNA를 염기서열 분석에 직접 사용하였다. 시퀀싱 결과 Hu/NLV/Gunpo/2006/KO는 3개의 ORF (ORF1, 5,100 bp; ORF2, 1,647 bp; ORF3, 765 bp)로 구성되어 있음을 알 수 있었다. 35개의 노로바이러스 국외 분리주와 비교한 결과, ORF1은 ORF2 또는 ORF3에 비해서 상대적으로 염기의 변이율이 낮았으며, 특히 ORF2와 ORF3의 C-말단 부위에서 높은 변이율을 관찰하였다. 유전학적 계통도를 분석한 결과, Hu/NLV/Gunpo/2006/KO는 genogroup II 에 속하며, Saitama U1, Gifu'96, Mc37, Vietnam 026과 같은 클러스터를 형성하는 것을 알 수 있었다. 본 연구를 통하여 노로바이러스 Hu/NLV/Gunpo/2006/KO의 3개의 ORF 염기서열을 모두 밝힘으로써, 앞으로 노로바이러스의 검출법 개발과 유전학적 상관관계뿐 아니라, 유전자의 기능 분석과 관련된 기초연구에 중요한 기초자료를 제공할 수 있을 것으로 기대한다.
Noroviruses, members of the family Caliciviridae, are often found in shellfish grown in polluted water and are emerging as a leading cause of foodborne disease worldwide. As the presence of norovirus in food commodities becomes an important medical and social issue, there are increasing needs for designing improved detection methods for the virus. In this study, we tested the Agilent 2100 Bioanalyzer for the analysis of norovirus DNA amplified from oyster samples. Microchip electrophoresis provided us with more accurate information, compared to conventional agarose gel electrophoresis, in the resolution and quantification of amplified products. The development of an improved method for food-associated noroviruses would contribute to a rapid identification of contaminated food and improve our understanding of the modes of food contamination and norovirus transmission.
Norovirus has become the most common cause of human gastroenteritis in developed countries. Detection procedures of foodborne viruses from foods require several steps. The concentration step using polyethylene glycol (PEG) is time-consuming and the detection efficiency of reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) is affected by inhibitors from food components. In this study, a rapid detection method based on buoyant density centrifugation was developed to replace the time-consuming chloroform-polyethylene glycol-Tris Tween method. Feline calicivirus that belongs to the family Caliciviridae was used as a surrogate model for norovirus. After artificial inoculation of feline calcivirus (FCV) to oyster and lettuce, 830 ${\mu}L$ of homogenized sample suspension was layered on the top of 670 ${\mu}L$ 20% percoll and centrifuged. Then RNA extraction step was proceeded with the supernatant. By varying several physical conditions, the detection limits were lowered to $2.4{\times}10^2$ PFU per 1 g in oyster and $2.4{\times}10^0$ PFU per 1 g in lettuce. The protocol obtained in this study could be used to develop new detection method for norovirus in foods.
본 연구에서는 노로바이러스의 대체모델인 feline calicivirus(FCV)를 이용하여 식품 중에 존재하는 식중독 바이러스의 신속검출방법을 개발하였다. 일반적으로 식품 중에 존재하는 식중독 바이러스를 검출하기 위해서는 식품으로부터 바이러스를 분리시키고, 분리된 바이러스를 농축한 뒤 RT-PCR 방법을 이용하여 검출하는데, 각각의 과정을 수행하는 데 있어서 다양한 문제점이 존재하고 있다. 첫째, 식품으로부터 바이러스를 분리하고 농축하는 과정에서 시간이 많이 걸린다는 것과 둘째, 농축하여 추출된 바이러스 RNA로 RT-PCR 방법을 수행하는데 있어서 잔존하는 식품 성분이 PCR 반응을 저해하여 검출효율이 낮아지는 문제점이 있다. 본 연구에서는 0.2 ${\mu}m$ syringe filter를 사용하여 바이러스 분리과정에서 PCR 저해물질인 식품성분을 추가적으로 제거시켰으며, 농축과정에서는 분쇄된 얼음에 방치하는 방법을 사용하여 overnight하는 과정을 3시간으로 단축시켰다. 농축된 바이러스의 RNA 추출물에 잔존하는 PCR 저해물질을 희석함으로서 보다 높은 검출효율을 얻을 수 있었다. 본 연구를 통해 개발된 신속검출법은 굴과 상추에서 노로바이러스의 신속검출을 위한 방법으로 적용이 가능할 것으로 판단되며, 또한 다양한 식품에서 식중독 바이러스의 검출 효율을 향상시키는데 기여할 것으로 생각된다.
Small round structured viruses (SRSV) are the major ethological agents which can cause outbreaks of non-bacterial gastroenteritis or food poisoning both in children and adults. The classification of family Caliciviridae to which SRSV belong, is based on the genome encoding three open reading frames. The rotavirus is another major pathogen which causes diarrhea in young children. We examined stool specimens obtained from diarrheal patients in Wonju from which bacterial pathogens were not found. To detect causative viruses from stool specimens of patients, reverse transcription (RT)-polymerase chain reaction (PCR) or nested PCR using rotavirus or SRSV specific primers was performed. In this study, RT-nested PCR procedure which can amplify a 330 bp fragment derived from RNA dependent RNA polymerase (RDRP) region within ORF1 was applied for the detection of SRSV. For the detection of rotaviruses, a 877 bp fragment from the VP4 region of rotavirus genome was amplified. As a result, rotavirus was not detected while SRSV sequences were detected from one out of five specimens. The nucleotide and amino acid sequences of the Wonju isolate were compared with other 6 Korean isolates which have been isolated and sequenced in our laboratory. Sequence analysis revealed that the Wonju isolate was rather distinct from other Korean isolates: the Wonju isolate was closer to genogroup I of SRSV while other 6 Korean isolates belonged to genogroup II.
2008년부터 2010년까지 최근 3년 동안 부산지역에서 산발적으로 발생한 급성 위장관염 환자를 대상으로 유전자를 검사한 결과 4,101건 중 426건(10.4%)에서 노로바이러스를 확인하였다. 연도별 검출현황은 2008년에 14.7%(222/1,506), 2009년에 6.9%(95/1,384), 2010년에 9.0%(109/1,211)로 나타났다. 월별 분석 결과는 2008년에는 3월에 35.7%(50/140)로 가장 높은 검출율을 보였고, 2009년 역시 3월에 21.9%(23/105)로 높게 나타났으며, 2010년에는 1월에 23.8%(29/122)로 높은 검출율을 보여 겨울절기에 노로바이러스가 유행하는 것을 알 수 있었다. 반면 매해 7-8월 여름절기에는 노로바이러스가 거의 분리되지 않았다. 연령별 로는 1세 영아군과 13-19세 중등학생군에서 각각 20.9%로 가장 높은 검출율을 나타내었으며, 2-6세 소아군에서 17.5%, 20-29세군에서 13.4%, 7-12세 초등학생군에서 12.7%, 30-39세군에서 9.1%, 0세 신생아군에서 8.7%, 50-59세군에서 7.2%, 60-69세군과 70세이상군에서 각각 6.7%, 40-49세 4.5%로 확인되었다. 노로바이러스 양성 검체 340건에서 유전자형을 분석한 결과 GI군 7종류, GII군 13종류로 총 20종류가 검출되어 다양한 유전자형의 노로바이러스들이 유행함을 알 수 있었다. 연구 결과 부산지역에서는 GI군이 21.8%(76/348), GII군이 78.2%(272/348)로 GII군이 우세하여 유행하였고, 유전자형 총 20종 중 GII.4형이 49.1%로 가장 많이 검출되었다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.