• Journal of Life Science
• /
• v.19 no.4
• /
• pp.449-456
• /
• 2009

Murine Neuro-2a (N2a) cells have been widely used for the investigation of neuronal differentiation, trophic interaction and neurotoxic effects of various compounds and their associated mechanisms. N2a cells have many genomic variations such as gains or losses in DNA copy number, similar to other neuroblastoma cells, and no systematic or high-resolution studies of their genome-wide chromosomal aberrations have been reported. Presently, we conducted a systematic genome-wide determination of chromosomal aberrations in N2a cells using a high-throughput, oligonucleotide array-based comparative genomic hybridization (oaCGH) technique. A hidden Markov Model was employed to assign each genomic oligonucleotide to a DNA copy number state: double loss, single loss, normal, gain, double gain and amplification. Unlike most neuroblastoma cells, Mycn amplification was not observed in N2a cells. In addition, these cells showed gain only in the neuron-derived neurotrophic factor (NF), while other neurotrophic factors such as glial line-derived NF and brain-derived NF presented normal copy numbers. Chromosomes 4, 8, 10, 11 and 15 displayed more than 1000 aberrational oligonucleotides, while chromosomes 3, 17, 18 and 19 displayed less than 20. The largest region of gain was located on chromosome 8 and its size was no less than 26.7 Mb (Chr8:8427841-35162415), while chromosome 4 had the longest region of single deletion, with a size of 15.1 Mb (Chr4:73265785-88374165).

• Journal of Broadcast Engineering
• /
• v.17 no.6
• /
• pp.964-975
• /
• 2012

Recently the attention on digital hologram that is regarded as to be the final goal of the 3-dimensional video technology has been increased. A digital hologram can be generated with a depth and a RGB image. We proposed a new system to capture RGB and depth images and to convert them to digital holograms. First a new cold mirror was designed and produced. It has the different transmittance ratio against various wave length and can provide the same view and focal point to the cameras. After correcting various distortions with the camera system, the different resolution between depth and RGB images was adjusted. The interested object was extracted by using the depth information. Finally a digital hologram was generated with the computer generated hologram (CGH) algorithm. All algorithms were implemented with C/C++/CUDA and integrated in LabView environment. A hologram was calculated in the general-purpose computing on graphics processing unit (GPGPU) for high-speed operation. We identified that the visual quality of the hologram produced by the proposed system is better than the previous one.

• Journal of the Institute of Electronics and Information Engineers
• /
• v.49 no.11
• /
• pp.86-94
• /
• 2012

In this paper we propose a hardware architecture of high-speed CGH (computer generated hologram) generation processor, which particularly reduces the number of memory access times to avoid the bottle-neck in the memory access operation. For this, we use three main schemes. The first is pixel-by-pixel calculation rather than light source-by-source calculation. The second is parallel calculation scheme extracted by modifying the previous recursive calculation scheme. The last one is a fully pipelined calculation scheme and exactly structured timing scheduling by adjusting the hardware. The proposed hardware is structured to calculate a row of a CGH in parallel and each hologram pixel in a row is calculated independently. It consists of input interface, initial parameter calculator, hologram pixel calculators, line buffer, and memory controller. The implemented hardware to calculate a row of a $1,920{\times}1,080$ CGH in parallel uses 168,960 LUTs, 153,944 registers, and 19,212 DSP blocks in an Altera FPGA environment. It can stably operate at 198MHz. Because of the three schemes, the time to access the external memory is reduced to about 1/20,000 of the previous ones at the same calculation speed.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
• /
• 2006.02a
• /
• pp.46-55
• /
• 2006

(주)지노믹트리는 DNA 마이크로어레이 기술을 기반으로 하는 분자진단회사로서, 다음의 세가지 사업에 전력하고 있다. 첫째는 독창적이며 특화된 바이오마커 발굴기술 (MAGIC system)을 바탕으로 각종 암진단을 위한 바이오마커 개발연구 두 번째는 당사의 원천 기술인 다중동시검출 시스템을 이용한 질병 진단 시스템 및 증폭시스템 세 번째는 마이크로어레이 기술을 이용한 유전자 발현 분석, Array CGH, DNA 메틸레이션 분석 그리고 miRNA 검출 등의 지노믹스시대의 연구를 위한 토탈솔루션을 제공하고 있다. 지난 5년간의 마이크로어레이 기반기술을 이용한 자체연구 활동을 수행하면서 축적된 마이크로어레이 관련기술 노-하우들을 국내 마이크로어레이 연구자들에게 공급하기 위하여 노력하고 있다. 특히 당사의 지노믹서비스 부문은 유전자 발현 분석 솔루션 제공을 위해서 자체적으로 제작하여 공급하고 있는 human cDNA(17K/25K) 및 rat cDNA (5.0K) 마이크로어레이, Human (22K) 및 mouse (10K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로 어레이 그리고 미생물 연구를 위한 대장균 (6K) 및 폐렴균 (2.2K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로어레이 제공 및 이를 이용한 유전자 발현 분석 서비스를 제공하고 있다. 체적으로 제작되는 마이크로어레이 서비스는 2001년 도입한 ISO9001 품질인증시스템의 기반하에서 제작부터 생산까지의 엄격한 품질관리 과정을 거쳐서 고품질의 마이크로어레이를 이용한 분석서비스를 제공 하고 있다. 또한 고객요구형 서비스를 위하여 국외 유수의 마이크로어레이 회사 (Agilent, Microarray Inc, TIGR, Eurogentec 등)의 whole genome 기반의 마이크로어레이 제품을 이용한 분석서비스를 제공하고 있으며 마이크로어레이 실험을 위해서 필수적으로 이용되고 있는 시약 (labeling kit), 마이크로어레이 hybridization을 위한 hardware (hybridization chamber, hnay centrifuge)등을 자체적으로 개발하여 공급하고 있다. DNA copy number 측정을 위한 Array CGH 분석을 위해서는 자체적으로 제작공구하고 있는 human cDNA 마이크로어레이 (17K/25K) 그기고 rat (5.0K) 마이크로어레이를 이용한 분석서비스 및 whole genome 기반의 Agilent 올리고뉴클레오타이드 CGH 어레이 (44K, 35Kb resolution)를 이용한 분석서비스를 제공하고 있다. Epigenetic study를 하는 연구자들을 위한 메틸레이션 마이크로어레이 분석 서비스를 제공하고 있다. 기존분석법인 Bisulfite 처리기반의 분석이 아닌 enzyme digestion후 PCR 증폭방법을 이용한 분석방법을 이용함으로써, bisulfite 처리에 의한 DNA 손실문제를 최소화 하였다. 현재 50개의 문헌을 통해 잘 보고된 메틸레이션 유전자들에 대한 분석서비스를 제공하고 있으며, 지속적으로 표적컨텐츠의 숫자를 증가시킬 예정이다. 최근 많은 연구자들의 관심을 끌고 있는 micro RNA 검출을 위한 DNA 마이크로어레이 서비스를 제공할 예정이다 (2006년 3월 출시). 현재 까지 알려진 약 320개의 모든 miRNA를 탑재하고 있는 소형 DNA 마이크로어레이를 이용한 분석서비스로서 1장의 마이크로어레이 실험을 통하여 알려진 모든 miRNA의 비교분석이 가능하다. 마이크로어레이 실험 뿐만 아니라 data 분석을 위한 software도 상당히 중요한 비중을 차지하고 있다 이를 위하여 (주)지노믹트리는 Agilent에서 개발한 GeneSpring GX (유전자 발현 분석), Signet (마이크로어레이 database) 및 GeneSpring GT (SNP 분석)를 공급하고 있다. 통계적인 기반 지식의 없은 일반 user들을 위한 간편하면서도 종합적인 기능을 포함하고 있는 우수한 프로그램으로 이미 국제적으로 많은 인정을 받고 있다. (주)지노믹트리는 국내외 많은 연구자들의 경제적, 시간적 연구여건을 고려한 마이크로어레이 토탈솔루션을 제공하고 있으며, 실험 분석에서 data 마이닝 그리고 마이크로어레이 실험 디자인에 이르는 토탈솔루션을 제공하고 있다.

• Journal of Korea Society of Industrial Information Systems
• /
• v.22 no.4
• /
• pp.1-9
• /
• 2017

In this Paper, Double Encryption Technology Based on Phase-Shifting Digital Holography and Digital Watermarking is Proposed. For the Purpose, we First Set a Logo Image to be used for Digital Watermark and Design a Binary Phase Computer Generated Hologram for this Logo Image using an Iterative Algorithm. And Random Generated Binary Phase Mask to be set as a Watermark and Key Image is Obtained through XOR Operation between Binary Phase CGH and Random Binary Phase Mask. Object Image is Phase Modulated to be a Constant Amplitude and Multiplied with Binary Phase Mask to Generate Object Wave. This Object Wave can be said to be a First Encrypted Image Having a Pattern Similar to the Noise Including the Watermark Information. Finally, we Interfere the First Encrypted Image with Reference Wave using 2-step PSDH and get a Good Visible Interference Pattern to be Called Second Encrypted Image. The Decryption Process is Proceeded with Fresnel Transform and Inverse Process of First Encryption Process After Appropriate Arithmetic Operation with Two Encrypted Images. The Proposed Encryption and Decryption Process is Confirmed through the Computer Simulations.

• Information and Communications Magazine
• /
• v.31 no.2
• /
• pp.13-20
• /
• 2014

본고에서는 수학적 모델을 기반으로 디지털 홀로그램 생성하는 기술에 대해 기술한다. 디지털 홀로그램 생성은 먼저 스칼라 회절에 대한 수학적 모델을 이용하여 생성이 가능하며, 위상 분포를 갖는 디지털 홀로그램 생성 또한 다양한 방법에 의해 실현이 가능하다. 디지털 홀로그램 생성 분야에서 주요 이슈 중에 하나는 높은 계산복잡도를 갖는 디지털 홀로그램 생성을 가속화하는 방법이다. 본고에서는 이와 같이 디지털 홀로그램 생성에 관한 기본 방법 및 가속화 방법 등을 나타낸다.

• Proceedings of the IEEK Conference
• /
• 1999.06a
• /
• pp.301-304
• /
• 1999

In this paper, we proposed the new method of extracting the position and the length of the input-line by using only two parameters ($\theta$, $\rho$) from the HT(Hough Transform) data. The computer simulations and the optical experiments by using the HT CGH(Computer Generated Hologram) filter is perfermed. The results are very similar to those of the computer simulation results.

• Proceedings of the Optical Society of Korea Conference
• /
• 2000.02a
• /
• pp.310-311
• /
• 2000

Jo Bessel 빔은 무회절 빔으로서 빔이 전파해 가면서 강도 분포의 변화가 없는 빔이다.$^{[1]}$ 이 베셀빔을 구현하기 위해서는 무한대의 크기를 갖는 수렴렌즈를 사용하여야 하기 때문에 완벽한 베셀빔을 구현할 수는 없다. 그러나 원고리형 슬릿$^{[3]}$ , Axicon 및 Computer -Generated Hologram(CGH)을 사용하여 근사적인 Bessel 빔을 만들 수 있다. 본 실험에서는 Negative Branch Unstable Resonator(NBUR) 고리형 Nd:YAG 공진기와 scraper 출력경을 사용하여 원고리형 출력광을 얻으며, 이에 의한 Bessel 빔을 구현 하기 위한 이론적인 배경과 이의 전산시늉을 시도하고, 실험결과와의 비교, 분석하였다. (중략)

• Proceedings of the KIEE Conference
• /
• 2008.07a
• /
• pp.1805-1806
• /
• 2008

PCA변환에 의한 다중패턴 홀로그램의 패턴정합 방법을 제안하고자 한다. 본 논문에서는 다중패턴 홀로그램의 패턴정합과정에서 공간영역과 주파수영역에서의 PCA변환과정을 통해 패턴정합을 수행함으로써 두 영역간의 유사도결과를 비교한다. 기존의 CGH방법에 근거하여 주파수 변환을 적용하여 패턴이 생성되고, 이때 주파수영역에서의 패턴매칭시 두 영상간의 유사도판별을 보다 정확하게 하고자 PCA변환에 근거한 정합방법을 수행하고자 한다.

• Current Optics and Photonics
• /
• v.5 no.6
• /
• pp.672-679
• /
• 2021

We propose a high-speed layer-based algorithm for synthesizing computer-generated holograms (CGHs), featuring sparsity-based image segmentation and computational parallelism. The sparsity-based image segmentation of layer-based three-dimensional scenes leads to considerable improvement in the efficiency of CGH computation. The efficiency enhancement of the proposed algorithm is ascribed to the field localization of the fast Fourier transform (FFT), and the consequent reduction of FFT computational complexity.