• ALGAE
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• 제25권4호
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• pp.187-195
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• 2010

The genus Rosenvingea is well known in the tropics. Four species have been reported from Pacific Mexico: R. floridana, R. antillarum, R. intricata and R. sanctae-crucis. We collected a plant (Boca del Cielo, Chiapas) that we identified as Rosenvingea orientalis, a species not previously reported from Pacific Mexico. We were able to characterize the life cycle of this species for the first time in laboratory culture. It reproduced exclusively by plurilocular sporangia (plurangia). The mature plants were up to 6 cm long with cylindrical to compressed fronds (to 2 mm wide) with dichotomous branches in the upper half of the thallus. The medulla was hollow with 2-3 layers of large inflated colourless cells at the periphery. The cortex was comprised of 1 layer of small cells, each with a single chloroplast and pyrenoid. Linear plurangial sori with phaeophycean hairs formed along the mature fronds. Zoospore germlings developed into prostrate filamentous systems, each with a single phaeophycean hair that gave rise to a single erect shoot with multiple hairs arising near the tip. Molecular phylogeny using the psaA gene placed this isolate within the Scytosiphonaceae. It does not confirm the exact identification of R. orientalis, although its placement close to other Rosenvingea sequences was confirmed and morphological evidence supports its placement in R. orientalis. Our culture investigations indicated that it has an asexual life cycle. Further collections are needed to resolve the full generic and specific relationships of Rosenvingea and related taxa, and their reproductive patterns.

• 한국자기공명학회논문지
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• 제18권1호
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• pp.30-35
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• 2014

The transcription factor CP2 regulates various biological systems at diverse tissues and cells. However, none of the four CP2 isoforms has been solved in structure yet. In particular, two different regions of the CP2b isoform have been characterized to interact with the PIAS1 in nucleus to regulate the ${\alpha}$-globin gene expression. Among them, in this study, the region encompassing residues 251-309 of CP2b was prepared as a recombinant protein and its solution structure was characterized by NMR spectroscopy. The results indicated that the CP2b(251-309) fold belongs to typical IDRs (intrinsically disordered regions), likely to facilitate promiscuous interactions with various target proteins. Unfortunately, however, its interaction with the N-terminal domain of PIAS1 (residues 1-70), which has been identified as one of the CP2b-binding sites, was not observed in the NMR-based titration experiments. Therefore, it could be postulated that the 251-309 region of CP2b would not contact with the PIAS1(1-70), but alternatively interact with another CP2b-binding region that encompasses residues 400-651 of PIAS1.

• 정보처리학회논문지A
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• 제13A권1호
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• pp.79-86
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• 2006

최근 인간의 다양성과 SNP과의 연관연구에 드는 비용을 줄이기 위해서, 최소의 tagSNP을 선택하는 문제를 해결하기 위한 연구가 이루어지고 있다. 일반적으로 많은 수의 SNP들을 여러 블록으로 분할하여 각 블록 내에서 tagSNP을 선택하는 접근방법이 사용되고 있다. 본 논문에서 구현된 MarSel은 기존의 블록분할 접근 방법의 문제로 볼 수 있는 생물학적 의미의 부족을 해결하고자, 연관불균형(Linkage Disequilibrium, LD)의 개념을 도입한 시스템이다. 기존의 접근방법에서는 생물학적으로 재조합(recombination)이 일어나지 않는 연속된 구간에서도 여러 블록으로 나누어지는 문제가 생겼던 반면, MarSel에서는 연관불균형 계수 |D'|에 의해서 연속된 구간이 하나의 블록으로 유지된 상태에서 tagSNP을 선택하게 된다. 또한 MarSel에서는 각 블록 내에서 tagSNP을 선택 할 때에 엔트로피(entropy) 기반의 최적해 알고리즘을 이용함으로써 최소한의 tagSNP 선택을 보장하게 되며, 기존의 구현된 시스템들보다 더 많은 양의 데이터를 효율적으로 처리할 수 있도록 구현되었기 때문에 염색체 레벨의 연관 연구도 가능하게 해준다.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제27권3호
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• pp.257-265
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• 2000

자연계의 많은 합리적인 이기적 개체들 사이에는 수많은 선택적 갈등이 존재한다. 반복적 죄수의 딜레마(Iterated Prisoner's Dilemma: IPD)게임은 합리적인 이기적 개체들 사이의 경쟁과 협동에 대한 선택적 갈등을 다루는데, 사회, 경제 및 생물 시스템에서 협동의 진화를 연구하는데 사용되어 왔다. 이제까지는 게임자의 수와 협동의 관계, 기계학습의 일환으로서의 전략학습, 그리고 이득함수가 협동에 미치는 영향 등에 관한 연구가 있었는데, 이 논문에서는 진화방식을 이용하여 이득함수에 따른 협동연합의 크기와 지역화가 NIPD(N-player IPD)게임에서 협동의 진화에 미치는 영향에 대해 밝히고자 한다. 시뮬레이션 결과 협동개체에 대한 이득함수의 기울기가 배반에 대한 이득함수의 기울기보다 급하거나 최소 연합의 크기가 작을수록 협동연합의 정도가 높게 나타나며 상호작용하는 이웃의 크기가 작을수록 협동연합의 정도가 높게 진화됨을 알 수 있었다.

• 유기물자원화
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• 제17권2호
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• pp.73-80
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• 2009

바이오필터의 담체는 유입되는 악취를 제거할 수 있는 미생물이 서식하는 공간이다. 생물학적 악취제거에 있어서, 담체의 특성은 매우 다양하며 그 성상과 특징은 매우 중요하며 비표면적이 크고 균일한 공극을 갖는 담체의 개발이 필요하다. 본 연구에서는 코코넛 섬유상 담체, 세라믹 담체, 폴리우레탄 담체를 이용한 생물학적 황화수소 제거능을 비교하였다. 그 결과 섬유상 코코넛담체는 나머지 두 개의 담체 보다 유입부하 변동과 수분 보유능 평가에서 안정적이고 높은 처리효율을 나타내었다. 그러나 수명이 짧은 단점이 있어 이를 보완하기 위해 폴리프로필렌 재질의 섬유상 담체를 제작하였고 이 담체의 황화수소 제거능을 평가한 결과, 3 이하의 낮은 pH와 6 초의 짧은 EBRT에서도 99% 이상의 높은 처리효율을 나타내었다. 따라서, 이러한 물리적 특성 때문에 황화수소의 제거에 폴리프로필렌 섬유상 담체를 이용하여 현장에 적용할 경우 효과적인 처리를 기대할 수 있다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2003년도 제2차 연례학술대회 발표논문집
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• pp.251-257
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• 2003

Metabolic engineering has become a new paradigm for the more efficient production of desired bioproducts. Metabolic engineering can be defined as directed modification of cellular metabolism and properties through the introduction, deletion, and modification of metabolic pathways by using recombinant DNA and other molecular biological tools. During the last decade, metabolic flux analysis(MFA) has become an essential tool fur metabolic engineering. By MFA, the intracellular metabolic fluxes can be quantified by the measurement of extracellular metabolite concentrations in combination with the stoichiometry of intracellular reactions and mass balances. The usefulness and functionality of MFA are demonstrated by applying to metabolic pathways in E. coli. First, a large-scale in silico E. coli model is constructed, and then the effects of carbon sources on intracellular flux distributions and succinic acid production were investigated on the basis of the uptake and secretion rates of the relevant metabolites. The results indicated that succinic acid yields increased in order of gluconate, glucose and sorbitol. Acetic acid and lactic acid were produced as major products rather than when gluconate and glucose were used carbon sources. The results indicated that among three carbon sources available, the most reduced substrate is sorbitol which yields efficient succinic acid production.

• 대한기계학회:학술대회논문집
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• 대한기계학회 2007년도 춘계학술대회A
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• pp.372-377
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• 2007

For more than 2,500 years, surgical teaching has been based on the so called "see one, do one, teach one" paradigm, in which the surgical trainee learns by operating on patients under close supervision of peers and superiors. However, higher demands on the quality of patient care and rising malpractice costs have made it increasingly risky to train on patients. Minimally invasive surgery, in particular, has made it more difficult for an instructor to demonstrate the required manual skills. It has been recognized that, similar to flight simulators for pilots, virtual reality (VR) based surgical simulators promise a safer and more comprehensive way to train manual skills of medical personnel in general and surgeons in particular. One of the major challenges in the development of VR-based surgical trainers is the real-time and realistic simulation of interactions between surgical instruments and biological tissues. It involves multi-disciplinary research areas including soft tissue mechanical behavior, tool-tissue contact mechanics, computer haptics, computer graphics and robotics integrated into VR-based training systems. The research described in this paper addresses the problem of characterizing soft tissue properties for medical virtual environments. A system to measure in vivo mechanical properties of soft tissues was designed, and eleven sets of animal experiments were performed to measure in vivo and in vitro biomechanical properties of porcine intra-abdominal organs. Viscoelastic tissue parameters were then extracted by matching finite element model predictions with the empirical data. Finally, the tissue parameters were combined with geometric organ models segmented from the Visible Human Dataset and integrated into a minimally invasive surgical simulation system consisting of haptic interface devices and a graphic display.

• 한국식물병리학회지
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• 제2권2호
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• pp.114-120
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• 1986

BY4품종의 담배를 포장에 이식하면서 이식 하루전과 40일 후에 비병원성 Pseudomonas solanacearum의 현탁액을 담배근권토양에 관주한 결과 7월 상순까지 세균성마름병 발생 속도가 지연되었으나 그 후에는 방제효과가 급속히 감소되었다. 그 결과 잎담배의 $35\%$ 증수 및 kg당 대금으로 $10\%$의 품질상승 효과를 얻을 수 있었다. 비병원성균주처리에 의한 근권상양내 병원균의 밀도증가억제는 인정되지 않았다. $^{32}P$로 표식된 비병원성균주의 담배뿌리를 통한 침입 및 식물체내 이동이 확인되었으며 비병원성균주에 전접종된 담배에 대하여 병원성균주의 침입 및 식물체내 증식이 억제되었다. 이러한 병원성균주의 식물체내 침입 및 증식억제 현상이 병진전 억제와 관련이 있는 것으로 생각되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권6호
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• pp.1240-1249
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• 2005

Saccharomyces cerevisiae KNU5377 has potential as an industrial strain that can ferment wasted paper for fuel ethanol at $40^{\circ}C$ [15, 16]. To understand the characteristics of the strain, genome-wide expression was performed using DNA microarray technology. We compared the homology of the DNA microarray between genomic DNAs of S. cerevisiae KNU5377 and a control strain, S. cerevisiae S288C. Approximately $97\%$ of the genes in S. cerevisiae KNU5377 were identified with those of the reference strain. YHR053c (CUP1), YLR155c (ASP3), and YDR038c (ENA5) showed lower homology than those of S. cerevisiae S288C. In particular, the differences in the regions of YHR053c and YLR155c were confirmed by Southern hybridization, but did not with that of the region of YDR038c. The expression level of mRNA in S. cerevisiae KNU5377 and S288C was also compared: the 550 ORFs of S. cerevisiae KNU5377 showed more than two-fold higher intensity than those of S. cerevisiae S288C. Among the 550 ORFs, 59 ORFs belonged to the groups of ribosomal proteins and mitochondrial ribosomal proteins, and 200 ORFs belonged to the group of cellular organization. DIP5 and GAP1 were the most highly expressed genes. These results suggest that upregulated DIP5 and GAP 1 might take the place of ASP3 and, additionally, the sensitivity against copper might be contributable to the lowest expression level of copper-binding metallothioneins encoded by CUP 1a (YHR053c) and CUP1b (YHR055c) in S. cerevisiae KNU5377.

• 대한환경공학회지
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• 제27권11호
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• pp.1198-1204
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• 2005

본 연구는 메탄산화균을 분리 배양하여 생물학적 질소 및 인 제거에 응용하는데 있다. 수도권 매립지의 상부 토양으로부터 NMS (nitrate mineral salt solution)배지로 분리 배양된 메탄산화균을 이용하여 영양염 제거 및 성장특성을 분석하였다. 분리 배양된 메탄산화균은 탈질의 탄소원으로서 이용될 수 있는 메탄올, 포름알데히드, 포름산으로 구성된 상당한 양의 유기물(COD 증가)을 생산하였다. 이때 메탄올의 생성속도는 $8\;mg/L{\cdot}hr$로 나타났다. 메탄산화균의 슬러지에 함유되어 있는 질소와 인의 함량을 볼 때 메탄산화균은 탈질에 필요한 탄소원 생성 뿐만 아니라 자체적으로 질소와 인을 성장기질로서 사용하는 것으로 나타났다.