• Title/Summary/Keyword: Biochemical information

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Characterization of Pseudomonas sp. NIBR-H-19, an Antimicrobial Secondary Metabolite Producer Isolated from the Gut of Korean Native Sea Roach, Ligia exotica

  • Sungmin Hwang;Jun Hyeok Yang;Ho Seok Sim;Sung Ho Choi;Byounghee Lee;Woo Young Bang;Ki Hwan Moon
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제32권11호
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    • pp.1416-1426
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    • 2022
  • The need to discover new types of antimicrobial agents has grown since the emergence of antibiotic-resistant pathogens that threaten human health. The world's oceans, comprising complex niches of biodiversity, are a promising environment from which to extract new antibiotics-like compounds. In this study, we newly isolated Pseudomonas sp. NIBR-H-19 from the gut of the sea roach Ligia exotica and present both phenotypes and genomic information consisting of 6,184,379 bp in a single chromosome possessing a total of 5,644 protein-coding genes. Genomic analysis of the isolated species revealed that numerous genes involved in antimicrobial secondary metabolites are predicted throughout the whole genome. Moreover, our analysis showed that among twenty-five pathogenic bacteria, the growth of three pathogens, including Staphylococcus aureus, Streptococcus hominis and Rhodococcus equi, was significantly inhibited by the culture of Pseudomonas sp. NIBR-H-19. The characterization of marine microorganisms with biochemical assays and genomics tools will help uncover the biosynthesis and action mechanism of antimicrobial metabolites for development as antagonistic probiotics against fish pathogens in an aquatic culture system.

Ruminal impaction with an indigestible foreign body in long-tailed goral (Naemorhedus caudatus)

  • Sangjin Ahn;Woojin Shin;Yujin Han;Sohwon Bae;Chea-Un Cho;Sooyoung Choi;Yeonsu Oh;Jong-Taek Kim
    • 한국동물위생학회지
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    • 제46권2호
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    • pp.161-165
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    • 2023
  • A 6-year-old female long-tailed goral (Naemorhedus caudatus, goral) was admitted to the Gangwon wildlife medical rescue center due to severe starvation and hypothermia. The goral displayed clinical signs of severe weight loss, dehydration, lethargy, regurgitation, hypothermia, and bloating, with blood tests showing a decrease in albumin, calcium, glucose, and sodium. Supportive care was given through heating, oxygen supply, and fluid therapy, but the goral's condition worsened, and the goral died three days after admission. Radiographic and computed tomography scans revealed the presence of an indigestible foreign body (IFB) in the rumen, which was confirmed during the necropsy. The cause of goral's death was identified as chronic rumen impaction caused by the IFB (a ball of string), with other pathological findings including bloating, the presence of serous ascites, and congestion of digestive organs. Blood biochemical changes, clinical signs, and veterinary medical imaging diagnosis can be helpful in diagnosing ruminal impaction. This case report can provide valuable information for the diagnosis and treatment of ruminal impaction caused by IFB in endangered gorals, which may include rumenotomy or other surgical procedures.

Copper Tolerance of Novel Rhodotorula sp. Yeast Isolated from Gold Mining Ore in Gia Lai, Vietnam

  • Kim Cuc Thi Nguyen;Phuc Hung Truong;Cuong Tu Ho;Cong Tuan Le;Khoa Dang Tran;Tien Long Nguyen;Manh Tuan Nguyen;Phu Van Nguyen
    • Mycobiology
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    • 제51권6호
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    • pp.379-387
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    • 2023
  • In this study, twenty-five yeast strains were isolated from soil samples collected in the gold mining ore in Gia Lai, Vietnam. Among them, one isolate named GL1T could highly tolerate Cu2+ up to 10 mM, and the isolates could also grow in a wide range of pH (3-7), and temperature (10-40 ℃). Dried biomass of GL1 was able to remove Cu2+ effectively up to 90.49% with a maximal biosorption capacity of 18.1 mg/g at pH 6, temperature 30 ℃, and incubation time 60 min. Sequence analysis of rDNA indicated this strain was closely related to Rhodotorula mucilaginosa but with 1.53 and 3.46% nucleotide differences in the D1/D2 domain of the 28S rRNA gene and the ITS1-5.8S rRNA gene-ITS2 region sequence, respectively. Based on phylogenetic tree analysis and the biochemical characteristics, the strain appears to be a novel Rhodotorula species, and the name Rhodotorula aurum sp. nov. is proposed. This study provides us with more information about heavy metal-tolerant yeasts and it may produce a new tool for environmental control and metal recovery operations.

The Hazardous Components and Prevailing Rate of Sarcopenic Obesity in Younger Women : Based on 2008-2011 Korean National Health and Nutrition Examination Surveys

  • Jongseok Hwang;Chang-Ryeol Lee
    • 대한통합의학회지
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    • 제12권2호
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    • pp.1-10
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    • 2024
  • Purpose : Sarcopenic obesity is associated with adverse health consequences in females. Nevertheless, there has been limited research on the hazardous components and prevailing rates of sarcopenic obesity among younger women. This study aimed to identify the hazardous components and prevailing rates of sarcopenic obesity in younger females. Methods : This study utilized data based on 2008~2011 from the Korea National Health and Nutrition Examination Surveys by the centers for disease control and prevention. The analysis was concentrated on a subset of 1,520 women aged between 30 and 39 years of age. The participants answered a questionnaire to gather demographic information. They then underwent a physical examination to measure the human detention variables, which was conducted utilizing bioelectrical impedance analysis. The blood pressure and blood laboratory tests were determined using established laboratory protocols for evaluating blood parameters. Results : This study included 1,520 patients aged 30~39 years old. The mean age of the participants was 34.97 (years)±2.74 and the overall prevailing rate was 1.84 %. The hazard components in human dimensions were the height, weight, body mass index (BMI), waist circumference (WC) and skeletal muscle mass index (SMI). The hazard components in biochemical and blood pressure were high fasting glucose, increased triglyceride, elevated total cholesterol, high systolic blood pressure, and increased diastolic blood pressure with p-values <.05. Conclusion : This study examined the hazardous components and prevailing rates of sarcopenic obesity in younger women living in the community. The results contribute to the current body of knowledge on sarcopenic obesity and shed light on possible hazardous components in a younger female population. Based on these findings, there should be increased health and medical attention towards the prevention, management, and health promotion related to reducing risk factors for sarcopenic obesity in younger women.

Effect of water temperature on protein requirement of Heteropneustes fossilis (Bloch) fry as determined by nutrient deposition, hemato-biochemical parameters and stress resistance response

  • Fatma, Shabihul;Ahmed, Imtiaz
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제23권1호
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    • pp.1.1-1.14
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    • 2020
  • Background: Dietary protein requirements are dependent on a variety of factors and water temperature is one of the most important abiotic factors affecting protein requirement of fish. This study was, therefore, conducted to investigate effects of water temperature on dietary protein requirement of fry Heteropneustes fossilis which has high demand in most of the Asian markets. Methods: Quadruplicate groups of 30 fish per treatment (2.97 ± 0.65 cm; 5.11 ± 0.34 g) were fed seven isoenergetic diets (17.9 kJ g-1 gross energy; 14.99 kJ g-1 digestible energy) containing dietary protein levels ranging from 28 to 52% at two water temperatures (18 and 26 ℃). Experimental diets were fed to apparent satiation as semi-moist cakes thrice daily at 17:00, 12:00, and 17:30 h for 12 weeks. For precise information, various growth parameters, protein deposition, hematological parameters, metabolic enzymes, and stress response were analyzed, and effects of water temperature on dietary protein requirement was recommended on the basis of response from above parameters. Results: Groups held at 26 ℃ attained best growth, feed conversion, and protein deposition at 44% dietary protein indicating that temperature affected dietary protein requirement for optimum growth of H. fossilis fry and protein requirement seems to be satisfied with 44% dietary protein. Interestingly, interactive effects of both dietary protein levels and temperature were not found (P > 0.05). Fish reared at 18 ℃ had comparatively higher values for aspartate and alanine transferases than those reared at 26 ℃ water temperature which exhibited normal physiological value for these enzymes indicating that body metabolism was normal at this temperature. Hematological parameters also followed same pattern. Furthermore, fish reared at 26 ℃ water temperature exhibited more resistant to thermal stress (P < 0.05). The 95% maximum plateau of protein deposition data using second-degree polynomial regression analyses exhibited dietary protein requirement of fry H. fossilis between 40.8 and 41.8% of diet at 26 ℃ water temperature. The recommended range of dietary protein level and protein/digestible energy ratio for fry H. fossilis is 40.8-41.8% and 27.21-27.88 mg protein kJ-1 digestible energy, respectively. Conclusions: Information developed is of high significance for optimizing growth potential by making better utilization of nutrient at 26 ℃ and, to develop effective management strategies for mass culture of this highly preferred fish species.

토양 및 퇴적토 환경 시료로부터 DNA 추출하는 방법에 대한 고찰 (A Review on the Current Methods for Extracting DNA from Soil and Sediment Environmental Samples)

  • 유근제;이재진;박준홍
    • 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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    • 제14권3호
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    • pp.57-67
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    • 2009
  • 토양미생물은 토양 및 퇴적토 환경에서 생물학적 물질순환의 중요한 역할을 맡고 있다. 이러한 중요성으로 인해 토양미생물 생태 다양성과 군집구성이 토양 및 퇴적토 생태환경과 자연저감능력을 평가하는 지표로 유용하게 쓰일 수 있다. 보다 정확한 다양성과 군집구조 분석을 위해서는 다양한 토양 및 퇴적토 시료로부터 분석에 필요한 DNA수율과 순도를 확보해야 한다. 지금까지 토양 및 퇴적토에서 DNA추출하는 방법들에 대한 다양한 기초연구가 이루어졌지만, 실제 환경생태영향평가와 분해기능평가에 사용시 DNA추출방법 선정에 대한 지침 및 정보는 매우 부족하다. 이에 본 연구에서는 문헌조사를 통해서 다양한 방법들의 토양 및 퇴적토 내 미생물 DNA 추출 특성을 비교 분석하고, 현재 주로 사용되고 있는 DNA추출방법을 토양 및 퇴적토 환경평가나 오염지하수토양 자연저감능평가에 활용 할 경우 고려해야 할 기술적 사항에 대해 고찰하였다. 본 연구를 통해 하나의 특정 추출 방법으로는 미생물다양성, 군집구성 및 개체간 상호작용에 대한 정보를 얻기에는DNA양과 순도 차원에서 충분하지 않으며, 토양 및 퇴적토 미생물 군집분석의 목적에 따라 적합한 방법의 선택이 매우 중요함을 알 수 있었다.

저영향개발(Low Impact Development) 기법 적용 지역 토양·지하수 환경 영향 평가 방법론 제안 연구 (Proposed Methodological Framework of Assessing LID (Low Impact Development) Impact on Soil-Groundwater Environmental Quality)

  • 김종모;김성훈;이윤규;최한나;박준홍
    • 한국지반환경공학회 논문집
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    • 제15권7호
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    • pp.39-50
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    • 2014
  • 본 연구에서는 도시개발 시 저영향개발(Low Impact Development, LID) 기법을 적용하였을 때, 토양 지하수 환경과 생태경관에 미치는 영향을 총체적으로 평가하는 방법의 framework 구축을 목적으로 문헌조사 연구를 수행하였다. 그 결과 토양 지하수 환경생태 건강성은 (i) 수리지질학적 지하수 오염 취약성, (ii) 생화학적 오염도와 (iii) 토양의 오염 정화능력의 여러 요소들에 의해서 측정되어 종합 및 평가되는 것이라는 개념을 설정하였고, 이들 각각의 요소에 미치는 영향 평가를 위한 측정 항목 선정과 각 요소의 측정치를 종합화해서 등급화 및 지표화하는 방법을 제시하였다. 또한 토양 지하수 환경 건강성과 기존의 환경 영향 평가에서 고려하는 생태 및 경관 요소를 GIS(Geographic Information System)와 AHP(Analytic Hierachy Process) 기반을 활용 및 접목하여 토양 지하수뿐만 아니라 생태 경관 등 LID의 자연환경에 미치는 영향을 총체적으로 평가하는 측정 항목 및 지표 산정과 그에 따른 활용 방법을 제시하였다. LID 기술의 계획 및 설계 단계에서 활용할 수 있는 최적화를 위해서 LCIA(Life Cycle Impact Assessment) 방법상의 framework로 활용하는 것을 본 연구에서는 제안하였다.

영상을 이용한 감정분석에서의 뇌파 수치 비교 (Comparison of brain wave values in emotional analysis using video)

  • 조재현;이상식;장지훈;정진형
    • 한국정보전자통신기술학회논문지
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    • 제16권6호
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    • pp.519-525
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    • 2023
  • 인간의 뇌는 끊임없이 전기적인 임펄스를 발산하는데 이것을 뇌파라고 하고, 뇌파는 뇌 세포들의 생화학적 상호 작용에 의해 발생하는 이온의 흐름으로 인해서 생성되는 뇌의 전기적 활동으로 정의할 수 있다. 감정이 스트레스를 유발할 수 있는 요인중 하나라는 연구가 있으며, 감정에 대한 연구에서는 뇌파를 많이 사용하고 있다. 본 논문은 감정이 스트레스에 영향을 주는지에 대한 연구로서, 4명의 실험자에게 공포, 기쁨 2가지 영상을 보여주고 시청 전, 시청 중, 시청 후 3단계로 나누었다. 측정 도구로는 뇌파 측정, 분석, 뇌파 강화 그리고 억제 트레이닝을 원격제어로 자동화가 가능한 시스템인 NeuroBrain System(뉴로브레인 시스템)을 사용하여 Fp1과 Fp2의 위치에서의 뇌파를 측정했다. 그리고 각각의 감정에 대한 뇌파 데이터를 얻은 후 평균 값을 구해 연구를 진행했다. 스트레스와 관련 있는 주파수로는 Alpha(알파)파와 Beta(베타)파이기에 측정된 주파수 중 Alpha와 SMR, Low Beta와 High Beta 수치를 위주로 분석했다. 뇌파 분석을 통해 감정 상태에 따라 스트레스 영향을 주는데 '공포' 감정은 Beta 수치를 높여 불안을 유발해 Mind Stress 수치를 높아지게 하는 결과가 나왔고, '기쁨' 감정은 Beta의 수치를 낮추어 Mind Stress도 많이 하락하는 결과가 나왔다.

지속적 신대체요법을 받은 중환자에서 영양공급이 임상결과와 영양상태에 미치는 영향 (The effect of nutritional supply on clinical outcomes and nutritional status in critically ill patients receiving continuous renal replacement therapy)

  • 김주연;김지명;김유리
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제48권3호
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    • pp.211-220
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    • 2015
  • 본 연구는 지속적 신대체요법을 받은 급성 신손상 환자 239명을 대상으로 영양공급 충족률이 환자의 임상적인 결과에 미치는 영향을 알아보고자 수행하였으며 대상자의 영양요구량 및 실제공급량을 조사하여 영양공급 충족률에 따른 임상결과를 비교하였다. 대상자의 평균 에너지 충족률이 68.06%, 평균 단백질 충족률이 43.13%로 나타났고 체중 당 에너지 공급량은 16.62 kcal/kg/일, 단백질 공급량은 0.63 g/kg/일로 지침에서 권장하는 요구량에 미치지 못하는 수준이었다. 에너지 충족률 70%, 단백질 충족률 50% 기준으로 두 군간 임상결과의 차이를 관찰한 결과 에너지 충족률이 높은 군에서 총 재원일수, 중환자실 재원일수와 지속적 신대체요법 적용일수, APACHE II score가 유의하게 감소하는 것으로 분석되었고 단백질 충족률이 높은 군에서는 총 재원일수, 중환자실 재원일수, 지속적 신대체요법 적용일수, APACHE II score 이외에 사망률도 유의하게 감소한 것으로 분석되었다. 생화학적 검사 결과의 경우 에너지 충족률 70% 이상 충족군에서는 헤마토크릿 수치가, 단백질 충족률 50% 이상 충족군에서는 총 임파구수, 헤마토크릿 수치가 유의하게 개선된 것으로 나타났다. 사망환자를 제외하고 영양공급량과 임상결과를 나타내는 항목의 상관관계를 분석한 결과 에너지 공급량과 중환자실 재원일수가 의미 있는 음의 상관관계를 가지는 것으로 나타났으며 영양공급량과 생화학적 검사 결과의 상관관계를 파악한 결과 에너지 공급량에 따라서는 유의한 상관계수가 도출되지 않았고 단백질 공급량과는 따라서는 헤마토크릿과 칼슘이 유의한 양의 상관관계를 가지는 것으로 나타났다. 본 연구 결과 영양공급 충족률이 높은 군에서 임상적인 결과 및 영양상태와 관련한 생화학적 검사결과가 개선되는 것으로 나타나 요구량에 적정한 영양공급이 환자의 치료에 긍정적인 영향을 준다는 것을 확인할 수 있었다. 이를 위해서 의료진의 타당한 영양처방이 중요하겠으며 영양지원의 체계적인 관리를 위해 다학제적인 접근과 함께 영양공급의 적정성을 지속적으로 모니터링하는 것이 중요하겠다.