• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권2호
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• pp.182-184
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• 2020

Isaacsicalanus paucisetus Fleminger, 1983, a monotypic species of the family Spinocalanidae Vervoort, 1951, was first reported from a hydrothermal vent field in the East Pacific Rise off the mouth of the Gulf of California. The mitochondrial cytochrome oxidase I(mtCOI) DNA barcodes are considered a useful tool to assist traditional taxonomy and species discrimination in calanoid copepods. However, the mtCOI DNA barcodes of I. paucisetus have not been reported due to the species rarity and the difficulty of sampling. In this study, we firstly determined the mtCOI DNA barcodes of the I. paucisetus newly collected from a hydrothermal vent in the North Fiji Basin of the southwestern Pacific. All mtCOI DNA barcodes of I. paucisetus were identical and intraspecies variations of spinocalanid species were 0.0-3.0%. Interspecies and intergeneric variations were 13.4-25.2% and 16.7-24.1%, respectively. The DNA barcodes of I. paucisetus obtained in the present study would be helpful for understanding taxonomic relationships of widespread spinocalanid species.

• Genomics & Informatics
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• 제16권2호
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• pp.22-29
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• 2018

Incorporation of unique barcodes into fission yeast gene deletion collections has enabled the identification of gene functions by growth fitness analysis. For fine tuning, it is important to examine barcode sequences, because mutations arise during strain construction. Out of 8,708 barcodes (4,354 strains) covering 88.5% of all 4,919 open reading frames, 7,734 barcodes (88.8%) were validated as high-fidelity to be inserted at the correct positions by Sanger sequencing. Sequence examination of the 7,734 high-fidelity barcodes revealed that 1,039 barcodes (13.4%) deviated from the original design. In total, 1,284 mutations (mutation rate of 16.6%) exist within the 1,039 mutated barcodes, which is comparable to budding yeast (18%). When the type of mutation was considered, substitutions accounted for 845 mutations (10.9%), deletions accounted for 319 mutations (4.1%), and insertions accounted for 121 mutations (1.6%). Peculiarly, the frequency of substitutions (67.6%) was unexpectedly higher than in budding yeast (~28%) and well above the predicted error of Sanger sequencing (~2%), which might have arisen during the solid-phase oligonucleotide synthesis and PCR amplification of the barcodes during strain construction. When the mutation rate was analyzed by position within 20-mer barcodes using the 1,284 mutations from the 7,734 sequenced barcodes, there was no significant difference between up-tags and down-tags at a given position. The mutation frequency at a given position was similar at most positions, ranging from 0.4% (32/7,734) to 1.1% (82/7,734), except at position 1, which was highest (3.1%), as in budding yeast. Together, well-defined barcode sequences, combined with the next-generation sequencing platform, promise to make the fission yeast gene deletion library a powerful tool for understanding gene function.

• 한국문헌정보학회지
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• 제44권2호
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• pp.309-331
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• 2010

국내 도서관에서는 1차원 및 2차원 바코드, RFID 기술의 장점을 최대한 활용하고 각 기술의 단점들을 상호보완하여 모바일 서비스를 제공할 필요가 있다. 본 연구에서는 1차원 및 2차원 바코드의 특징 및 종류를 살펴보았다. 특히 스마트폰의 보급과 무선인터넷이 확대되는 모바일 환경에서 바코드와 RFID는 오프라인의 아날로그 매체와 온라인의 디지털 매체를 서로 연결시켜주는 정보미디어로 매우 유용한 것으로 분석되었다. 그리고 국내 도서관에서 바코드를 이용한 도서관 업무 자동화 및 모바일학생증 서비스 사례를 분석하였다. 또한 국외 도서관에서 바코드를 이용한 모바일 서비스 사례를 분석하였다. 이를 통해 국내도서관에서 바코드와 RFID를 이용한 모바일 서비스 증진 방안을 제안하였다.

• 디지털산업정보학회논문지
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• 제8권3호
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• pp.65-74
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• 2012

A barcode is a representative means of cognition. It is either printed on the package of a product or attached to it as a sticker. It is used for the fast cognition of a product at a store. It is considerably cheap to make a barcode. Also, it is possible to read it fast by using a barcode reader. Because of such convenience provided by the barcode, a new system using the barcode as a means of settling payments like a currency or a credit card has been developed. However, due to its characteristics, it is easy to reduplicate, forge or falsify a barcode easily. Therefore, this study focuses on the case of applying the system using barcodes as a means of settling payments without providing solutions for the potential weaknesses. Also, this study suggests various points to consider regarding the creation of safe barcodes as one of the related measures, while providing various methods using additional means of certification other than the one of using barcodes in addition to the way of applying complexity with barcode numbers. Throughout this study, it will be possible to safely establish and operate the payment-settlement system using barcodes.

• ETRI Journal
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• 제29권2호
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• pp.189-200
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• 2007

This paper addresses the localization and navigation problem in the movement of service robots by using invisible two dimensional barcodes on the floor. Compared with other methods using natural or artificial landmarks, the proposed localization method has great advantages in cost and appearance since the location of the robot is perfectly known using the barcode information after mapping is finished. We also propose a navigation algorithm which uses a topological structure. For the topological information, we define nodes and edges which are suitable for indoor navigation, especially for large area having multiple rooms, many walls, and many static obstacles. The proposed algorithm also has the advantage that errors which occur in each node are mutually independent and can be compensated exactly after some navigation using barcodes. Simulation and experimental results were performed to verify the algorithm in the barcode environment, showing excellent performance results. After mapping, it is also possible to solve the kidnapped robot problem and to generate paths using topological information.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제35권1호
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• pp.30-32
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• 2019

The brachyuran crab Bythograeidae Williams, 1980 is common in hydrothermal vent fields worldwide and has recorded to sixteen species of six genera. In this study, we firstly determined the cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) DNA barcodes for the fifth species of Austinograea, A. hourdezi, from hydrothermal vent regions of the North Fiji Basin in southwestern Pacific Ocean. All CO1 DNA barcodes of A. hourdezi were identical. The interspecies variations of three bythograeid genera were 10.9-13.3% for Austinograea, 6.6-15.7% for Bythograea, and 9.7% for Gandalfus. These results would be helpful to understand taxonomy of brachyuran crabs living in hydrothermal vent fields using CO1 DNA barcodes.

• The Plant Pathology Journal
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• 제40권2호
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• pp.171-191
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• 2024

Identification of Helicotylenchus species is very challenging due to phenotypic plasticity and existence of cryptic species complexes. Recently, the use of rDNA barcodes has proven to be useful for identification of Helicotylenchus. Molecular markers are a quick diagnostic tool and are crucial for discriminating related species and resolving cryptic species complexes within this speciose genus. However, DNA barcoding is not an error-free approach. The public databases appear to be marred by incorrect sequences, arising from sequencing errors, mislabeling, and misidentifications. Herein, we provide a comprehensive analysis of the newly obtained, and published DNA sequences of Helicotylenchus, revealing the potential faults in the available DNA barcodes. A total of 97 sequences (25 nearly full-length 18S-rRNA, 12 partial 28S-rRNA, 16 partial internal transcribed spacer [ITS]-rRNA, and 44 partial cytochrome c oxidase subunit I [COI] gene sequences) were newly obtained in the present study. Phylogenetic relationships between species are given as inferred from the analyses of 103 sequences of 18S-rRNA, 469 sequences of 28S-rRNA, 183 sequences of ITS-rRNA, and 63 sequences of COI. Remarks on suggested corrections of published accessions in GenBank database are given. Additionally, COI gene sequences of H. dihystera, H. asiaticus and the contentious H. microlobus are provided herein for the first time. Similar to rDNA gene analyses, the COI sequences support the genetic distinctness and validity of H. microlobus. DNA barcodes from type material are needed for resolving the taxonomic status of the unresolved taxonomic groups within the genus.

• 한국통신학회논문지
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• 제23권4호
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• pp.805-814
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• 1998

우편물의 정보처리를 위하여 임의의 위치에 인쇄된 높이 변조 및 폭 변조 바코드를 인식할 수 있는 효율적인 화상 처리 알고리즘을 제안하였다. 바코드를 인식하기 위하여 주소와 바코드 등이 포함된 화상으로부터 바코드 영역을 분리시켜 추출하여야 한다, 본 연구에서는 Sobel 연산자로 계산한 바코드의 기울기 정보를 이용하여 임의의 각도로 회전된 바코드의 영역을 추출하였고, 추출된 바코드 영역을 이치화하여 폭과 높이 변조형 바코드를 해독 하였다. 제안한 화상처리 알고리즘은 다양한 조건하에서 4 state 및 폭 변조 바코드에 적용하였으며, 1통의 우편물을 처리하는데 0.86초가 소요되었고 98%이상의 인식률을 얻었다. 제안한 알고리즘은 폭과 높이 변조형 바코드의 인식에 함께 적용 가능하므로 향후 우정업무의 정보치리에 활용될 것으로 기대된다.

• 정보과학회 논문지
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• 제42권7호
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• pp.868-877
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• 2015

영상에서 바코드 영역을 검출하는 다양한 방식들이 연구되어 왔다. 기존 방식들은 주파수 성분 특징을 이용하거나, Hough transform (HT)을 이용하여 바코드 영역을 검출한다. 하지만 이 방식들은 바코드의 기울기와 노이즈에 영향을 받는다. 또한 여러 개의 바코드가 있는 경우 정확히 검출하지 못한다. 본 논문에서는 바코드의 기울기와 노이즈에 강인하고, 복수 개의 바코드를 검출할 수 있는 방식을 제안한다. 우리는 전처리 단계로 Probabilistic Hough transform (PHT)를 이용하여 바코드 기울기, 노이즈, 그리고 개수에 상관없이 바코드가 존재할 가능성이 높은 영역을 추출한 후, 주파수 성분 분석을 통해 바코드를 찾아낸다. 구현된 시스템의 성능분석을 통해 다양한 환경에서 바코드 추출이 가능함을 확인했다.

• 한국자원식물학회지
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• 제35권2호
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• pp.346-361
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• 2022

독성 식물로 인한 식중독 사고는 매년 발생하고 있으며, 일부 독성 식물은 식용 식물로 오인 섭취되어 식중독을 유발하기 때문에 독성 식물의 정확한 종 식별이 요구되고 있다. 이러한 요구에 따라 감정기관에서는 독성 식물의 종 식별에 적합한 DNA 바코드를 찾아 신속하고 정확한 종 식별에 활용할 수 있는 데이터베이스를 구축하는 것이 필요한 실정이다. 따라서 본 연구는 다양한 독성 식물에서 DNA 바코드 구간의 염기서열을 확보하고, 각각에 적합한 DNA 바코드를 확인하여 데이터베이스를 구축하고자 하였으며, 기초 연구로써 제주도에 자생하는 독성식물 19종을 선정하여 7개의 DNA 바코드 (trnH-psbA, trnL-trnF, trnL intron, rbcL, matK, ITS1-ITS4, 18S rRNA)를 이용한 종식별을 수행하였다. 종 식별 결과 trnL-trnF 바코드와 ITS1-ITS4 바코드가 PCR 증폭 및 염기서열 획득에 가장 용이하였으며, 두 개의 바코드를 조합하여 사용하면 19종 중 18종의 식물에서 단일 종 식별이 가능하였다. 따라서 미지의 독성 식물에 대한 감정이 의뢰되었을 때 trnL-trnF 바코드와 ITS1-ITS4 바코드를 조합하여 사용하면 신속한 종 식별에 도움이 될 것으로 사료된다. 본 연구에서 제시된 독성식물 19종의 염기서열 및 DNA 바코드 데이터베이스는 더욱 신속하고 정확한 독성 식물의 종 식별 감정에 도움이 될 것이다.