• 한국환경과학회지
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• 제1권2호
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• pp.99-103
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• 1992

The bacteriophages lytic for Vibrio furnissi, Vibrio furniulis and Vibrio parahemolyticus were isolated from fish gills and shellfish. Nucleic acid of bacteriophage was prepared and restriction endonuclease profile was compared. All isolates contained deoxyribonucleic acid. V. fumissi bacteriophage from fish gills showed 2 bands with Bgl II, 1 with Pst, 3 with Hind III, 1 with Bm HI and 2 with EcoR I. V Puuialis phage represented 7 fragments with Bgl II, 1 with Pst, 4 with Hind III, and 2 with EcoR I. V parhemolyticn produced 13 sites with Hind III and 4 sites with EcoR I. The fragment types were varied depending on the phage isolation. All three phages were digested with Hind III and EcoR I with different sizes. V furnissi phage were digested with 5 different restriction enzymes. Key words: Bacteriophage, Vibrio furnissi, Vibrio fluvialis, Vibrio pnrahemolyticus, Deoxyribonucleic acid, Pst, Bam HI, Hind III, EcoR I, Bgl II.

• Genomics & Informatics
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• 제11권3호
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• pp.121-128
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• 2013

The introduction of metagenomics into the field of virology has facilitated the exploration of viral communities in various natural habitats. Understanding the viral ecology of a variety of sample types throughout the biosphere is important per se, but it also has potential applications in clinical and diagnostic virology. However, the procedures used by viral metagenomics may produce technical errors, such as amplification bias, while public viral databases are very limited, which may hamper the determination of the viral diversity in samples. This review considers the current state of viral metagenomics, based on examples from Korean viral metagenomic studies-i.e., rice paddy soil, fermented foods, human gut, seawater, and the near-surface atmosphere. Viral metagenomics has become widespread due to various methodological developments, and much attention has been focused on studies that consider the intrinsic role of viruses that interact with their hosts.

• 대한수의학회지
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• 제58권1호
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• pp.39-43
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• 2018

The efficacy of using a bacteriophage (phage) to control Flavobacterium psychrophilum (F. psychrophilum) infection of ayu (Plecoglossus altivelis altivelis) was evaluated in this study. Intramuscular challenge failed to induce sufficient infection levels; therefore, a newly designed net-scratch challenge method was also used to induce bacterial infection. Administration of phage PFpW-3 in F. psychrophilum-infected ayu showed notable protective effects, increased survival rates and mean times to death. Additionally, the fate of inoculated bacteria and phage in ayu were investigated. Our results suggest that the phage PFpW-3 could be considered an alternative biocontrol agent against F. psychrophilum infections in ayu culture.

• 한국자기공명학회논문지
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• 제25권3호
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• pp.39-44
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• 2021

The CRISPR-Cas system provides adaptive immunity for bacteria and archaea against invading phages and foreign plasmids. In the Class 1 CRISPR-Cas system, multi-subunit Cas proteins assemble with crRNA to bind to DNA targets. To disarm the bacterial defense system, bacteriophages evolved anti-CRISPR (Acr) proteins that actively inhibit the host CRISPR-Cas function. Here we report the backbone resonance assignments of AcrIF7 protein that inhibits the type I-F CRISPR-Cas system of Pseudomonas aeruginosa using triple-resonance nuclear magnetic resonance spectroscopy. We employed various computational methods to predict the structure and binding interface of AcrIF7, and assessed the model with experimental data. AcrIF7 binds to Cas8f protein via flexible loop regions to inhibit target DNA binding, suggesting that conformational heterogeneity is important for the Cas-Acr interaction.

• 한국식품과학회지
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• 제53권3호
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• pp.348-355
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• 2021

Bacteriophages (phages) are known determinants of kimchi microbial ecology. Lactobacillus plantarum is related to kimchi over-acidification during the late stages of kimchi fermentation. A phage infecting Lac. plantarum was isolated from kimchi and characterized. The phage population for kimchi in a market was 2.3 log particles/mL, which corresponded to 32% of the bacterial population on a log scale. The isolated phage was designated as ΦLP12116. ΦLP12116 which belonged to the Siphoviridae family and has a very narrow host range, infecting only Lac. plantarum. The phage was stable at a lactic acid concentration of 1.0% and pH 4.0 at 4℃, indicating that it could survive in kimchi. In the kimchi extract broth treated by the phage, the growth of Lac. plantarum KCCM 12116 was inhibited by 2.2 log CFU/mL compared to the growth in non-phage-treated broth. Therefore, this study suggests that the growth of Lac. plantarum, which is known as an acid-producing strain during late fermentation in kimchi, may be controlled using the phage.

• 한국응용곤충학회지
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• 제14권3호
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• pp.111-131
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• 1975

한국에 있어서 벼 흰빛잎마름병의 방제 대책을 강구하기 위하여 피해, 병원균의 성질, 발병환경, 품종의 저항성, Bacteriophage에 의한 발생예찰 및 약제방제에 관하여 1965년부터 1975년까지 얻은 시험 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 피해 우리나라에 있어서 흰빛잎마름병은 거이 전국적으로 분포하여 피해를 주고 있으며 매년 발생이 증가하는 경향이다. 본병발생면적과 이병성품종인 진흥 및 전남풍의 재배면적 증가 사이에는 $5\%$ 수준의 유의성이 있었다. 지역별 피해상황은 남해안지대인 전남, 경남을 비롯하여 서해안지대에서 심하며 또 지대 별로 보면 저위 침수지역이 심하다. 피해 해석 결과 출수기의 병반 면적율과 수량과는 고도의 부(일)의 상관이 있었으며 병반면적율이 $20\%$ 이하에서는 수량에 미치는 영향이 적었으나 $60\%$이상되면 약 $50\%$ 내외의 감수를 초래하였다. 2. 병원균 공시한 10균주 모두 glucose, galactose를 분해하였고 lactose, dextrin, starch는 분해하지 못하였으며 saccharose, raffinose, manitol, manitol, esculin, salicin등의 탄소원에 대하여는 균주 간에 다소 차이가 있었다. 또 균주에 따라 gelatin 액화 정도에 차이가 있었다. 전국 72개 지역에서 채집 분리한 106균주를 4가지 Bacteriophage의 용균 반응에 따라 분류한 결과 1965년의 2계통에서 1971년에서 9계통으로 점차 다양화되었다. 또 진흥에서는 주로 A, B, C, I등이 분리되었고 김남풍에서는 A, B, H, I가 분리되었으며 통일에서는 D, E를 제외한 거의 모든 계통이 분리된 반면 E계통은 아끼바레에서만 분리되었다. 3. 발생환경 7-8월 중에 평년보다 기온이 낫고 습도가 높으며 강우량이 많고 일조시수가 적을 때 발병이 많았다. 출수기를 전후하여 태풍과 침수는 본병을 유발 및 만연시키는 가장 큰 원인이 되었고 이앙기가 빠를수록 발병이 많았다. 4. 저항성 검정 흰빛잎마름병에 대한 저항성 검정방법 가운데서 가위 접종법이 발병 진전이 빠르고 가장 효율적이었다. 우리나라 주요 장려 품종 중에서는 저항성 품종은 없었고 백금, 농림 6호가 중도 저항성이었다. 5. 발생예찰 전년에 발병했던 논에 설치한 못자리에서 병원균이 검출되었고, 관계수중의 Bacteriophage의 발생량과 병발생과는 높은 상관이 있었다. 관계수 1cc당 50개 내외의 Phage가 검출되면 초발을 예견할 수 있었고 Phage의 발생소장 곡선과 15일후의 발병 곡선이 거의 일치됨에 따라 관개수중의 Phage. 발생소장을 조사함으로서 2주일 앞서 발생예찰이 가능하였다. 6. 약제방제 발병 초기부터 1주간격으로 3회 약제 살포하였을 때 훼나진, 상케루 수화제 살포구는 발병율이 떨어졌으며 수량도 $20\%$ 정도 증수되었다. Bacteriophage 발생소장을 이용해서 약제방제할 때에는 Phage가 50개 내외 정도 나타날 때 살포하는 것이 가장 효과적이다.

• 한국식품과학회지
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• 제43권2호
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• pp.176-181
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• 2011

즉석 편이식품에서 위해도가 가장 큰 C. sakazakii와 S. enterica Typhimurium을 박테리오파지로 제어하기 위하여 용균성 박테리오파지를 분리, 동정하였고 조제분유와 채소 주스에 이들 세균에 적용하여 그의 효과를 분석하였다. 박테리오 파지는 돼지 분변에서 C. sakazakii와 S. enterica Typhimurium균을 용해시키는 박테리오파지를 분리하였고 현미경과 그의 특성을 분석, 동정하였다. Cronobacter에 작용하는 ES2 파지와 Salmonella의 ST2 파지는 형태학적 특성이 각각 Myoviridae와 Siphoviridae로 각각 동정되었으며 제한효소지도와 SDS-PAGE 분석에 의하여 서로 다른 파지임을 확인하였다. ES2 파지의 경우 latent period는 약 40분 정도였으며, ST2 파지는 약 30분 정도를 나타냈으며, burst size는 ES2 파지는 약 $52{\pm}5PFU/cell$, ST2 파지는 약 $21{\pm}3PFU/cell$로 나타났다. 열안정성은 $60^{\circ}C$에서 ST2 파지의 경우 100분 동안 안정한 것으로 나타났으나, ES2 파지는 30분 이후부터는 확인되지 않았다. 따라서 ST2 파지가 ES2 파지에 비해 열안정성이 높은 것을 알 수 있었다. 이 분리 파지를 조제분유와 채소 주스에 직접 적용한 효과는 ES2에 의한 Cronobacter 제어는 접종 후 6시간까지는 균수가 일정하게 유지하였고 균의 증식을 일어나지 않는 것으로 나타났다. ST2 파지에 의한 Salmonella는 생육저해가 잘 일어나 접종시간이 지남에 따라 균수가 감소하는 것을 확인하였다. 그러므로 C. sakazakii와 S. enterica Typhimurium의 생육저해는 이들 용균성 박테리오파지를 활용하여 가능한 것으로 보인다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제59권4호
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• pp.351-356
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• 2016

세균성 갈반병은 느타리버섯(Pleurotus ostreatus)의 주된 병중의 하나이다. 박테리오파지를 이용한 파지테라피 방법은 병원균의 농도를 감소시켜 병없는 재배사를 만드는데 성공적이었다. 병원균 사멸을 위한 파지의 이용은 숙주균의 특이성 때문에 매우 제한적 효과를 보이며, 이것은 병원균의 작은 변이에도 파지의 민감성은 크게 감소할 수 있기 때문이다. 본 연구에서는 파지테라피의 효용성을 높이기 위하여 갈반병의 원인균인 P. tolaasii 균주로부터 파지-저항성 변이주를 분리하였고 병원성 특성을 조사하였다. 16S rRNA 유전자의 염기서열 분석을 통한 근연관계 분석에서 파지저항성 균주들은 모두 원래의 숙주균과 일치하였고, 용혈활성이나 갈반형성 능력 등 병원성은 파지저항성 획득과 관련이 없는 것으로 확인되었다. 그럼에도 불구하고, 파지저항성 균주의 다양한 병원성은 균의 종류에 따라 증감이 다르게 나타났다. 따라서, 성공적인 파지테라피를 위해서는 넓은 숙주 범위를 갖는 파지의 분리가 필요하다.

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제14권2호
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• pp.162-167
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• 2009

Various fermented foods were screened in search of food-grade bacteria that produce bacteriocins active against Gram-negative pathogens. An isolate from a mold-ripened cheese presented antibacterial activity against Gram-positive and Gram-negative bacteria. The most active isolate was identified as Lactobacillus casei by a biochemical method, ribotyping, and membrane lipid analysis, and was designated as OSY-LB6A. The cell extracts of the isolate showed inhibition against Escherichia coli p220, E. coli O157, Salmonella enerica serovar Enteritidis, Salmonella Typhimurium, and Listeria monocytogenes. The antibacterial nature of the cell extract from the isolate was confirmed by eliminating the inhibitory effects of acid, hydrogen peroxide, and lytic bacteriophages. The culture supernatant and cell extract retained antibacterial activity after heating at $60{\sim}100^{\circ}C$ for $10{\sim}20$ min. The activity of the cell extract from Lb. casei was eliminated by pronase and lipase. Finally, the cell extract showed a bactericidal mode of action against E. coli in phosphate buffer solution, but it was bacteriostatic in broth medium and food extracts.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권12호
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• pp.2151-2155
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• 2017

Bacteriophages have gained substantial attention as biocontrol and biorecognition agents, substituting antibodies. In this study, a Salmonella Enteritidis-specific bacteriophage, KFS-SE1, was isolated, identified, and characterized. This Siphoviridae phage infects S. Enteritidis with high specificity. This phage is highly stable under various pH (5-11), temperature ($4-60^{\circ}C$), and organic solvent conditions. The KFS-SE1 genome consisted of 59,715 bp with 73 predicted open reading frames and 57.14% GC content; it had a complete set of genes required for phage reconstruction. Comparative phylogenetic analysis of KFS-SE1 revealed that it was very similar to the other Salmonella phages in the Siphoviridae family. These characteristics suggest that KFS-SE1 with its high specificity and host lysis activity toward S. Enteritidis may have various potential applications.