• 미생물학회지
• /
• 제45권4호
• /
• pp.430-434
• /
• 2009

세균 16S rRNA 유전자 염기서열은 분자계통분류, 진화역사 규명, 미생물 검출 등 다양한 목적으로 이용되어 왔다. 세균 제놈(genome)은 multiple rRNA 오페론을 갖고 있으며, 이들 유전자 염기서열은 일부 변이가 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 Vibrio 속의 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용하여 세포 내 16S rRNA의 이질성을 규명하였다. 분석은 GenBank 자료 중에서 제놈 염기서열 annotation이 완료된 V. cholerae, V. harveyi, V. parahaemolyticus, V. splendidus, V. vulnificus를 이용하여 실시하였다. Vibrio 속은 1번 염색체에 7~10개의 16S rRNA 유전자 copy를 갖고 있으며, 이들의 세포 내 유전자 변이는 0.9% 이하 상이성(99.1%이상 DNA 상동성)을 보였다. 2번 염색체에서는 16S rRNA 유전자가 1개 이하로 존재하였다. 유전체내 16S rRNA 유전형은 최소 5개(V. vulnificus #CMCP6)에서 최대 8개(V. parahaemolyticus #RIMD 2210633, V. harveyi #ATCC BAA-1116)로 조사되었다. 본 결과는 Vibrio 속의 16S rRNA 유전자 염기서열이 높은 이질성을 갖는 것을 제시해 준다.

• 한국식품과학회지
• /
• 제35권3호
• /
• pp.470-474
• /
• 2003

식중독은 세균에 의한 발병이 대부분이다. 따라서 식품에서 식중독 원인균을 신속하게 탐색하게 식중독으로부터의 되면 피해를 줄일 수 있을 것이다. 고전적인 식중독 원인균 탐색은 증균, 선택적 배지를 이용한 isolation, 생화학적 특징을 활용하는 분석이 있으나 많은 시간이 소요되는 단점을 갖고 있었다. 본 연구는 16S rRNA gene(16S rDNA)로부터 얻은 DNA 염기 서열을 이용 식중독 원인균의 특이적 oligonucleotide probe을 제작 reverse dot blot hybridization과 PCR 방법을 이용하여 고전적인 방법보다 빠른 시간 내에 식품에서 원인균을 탐색 할 수 있었다. 우유를 인공적으로 본 연구에서 사용한 균주로 오염시킨 후 DNA를 추출하여 PCR 증폭산물과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe가 위치한 곳에서 발색 반응이 나타났다. 본 연구에서 본 연구를 통해 DNA microchip으로 활용 짧은 시간 내에 많은 종류의 식중독 원인균을 탐색 할 수 있는 가능성을 확인하였다.

• 환경생물
• /
• 제41권3호
• /
• pp.308-324
• /
• 2023

This study investigated unrecorded freshwater bacterial species in Korea. Water and sediment samples were collected from the Nakdong River basin from 2020-2022. Bacterial isolates obtained through the conventional culture method with commercial media were subjected to 16S rRNA gene sequencing to identify unrecorded bacterial species. Results of 16S rRNA gene sequencing of the bacterial isolates revealed that a total of 44 bacterial isolates shared 16S rRNA gene sequence similarities of more than 98.65%, with validly published bacterial species not reported in Korea yet. These isolates were phylogenetically assigned to 4 phyla, 7 classes, 21 orders, 33 families, and 42 genera. A total of 2, 6, 12, and 24 species belonged to phyla Bacillota, Bacteroidota, Actinomycetota, and Pseudomonadota, respectively. Here, we provide details of these 44 unrecorded bacterial species, including Gram staining, colony and cellular morphologies, biochemical properties, and phylogenetic position.

• 미생물학회지
• /
• 제51권4호
• /
• pp.398-406
• /
• 2015

제주도에서 채집한 해양 해면 Halichondria panicea의 공생세균 군집구조를 배양에 의한 ARDRA와 비배양에 의한 DGGE 분석 방법에 의하여 조사하였다. 16S rRNA gene-ARDRA 분석을 위해 변형된 Zobell 배지와 Marine agar를 이용하여 120균주를 선별하고 제한효소, HaeIII와 MspI을 사용하여 ARDRA type을 구분하였다. ARDRA type으로부터 유래한 16S rRNA gene 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes 등 3문 4강이 관찰되었다. 그 중 Alphaproteobacteria가 우점하였다. 같은 해면, H. panicea의 DGGE 분석을 위해 total genomic DNA로부터 16S rRNA gene를 증폭하여 DGGE fingerprinting을 수행한 결과 14개의 밴드가 관찰되었다. 각 밴드의 16S rRNA gene 염기서열은 알려진 세균의 염기서열과 100%의 유사성을 나타내었으며 대부분의 염기서열은 uncultured bacteria에 속하였다. DGGE 분석으로부터 미생물의 군집은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteira, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Chloroflexi 등 6문 7강으로 나타났다. ARDRA와 DGGE 방법에 의해 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes가 공통적으로 발견되었으나 전체적인 공생세균의 군집구조는 분석방법에 따라 차이를 나타내었다. 배양에 의한 방법보다 비배양 방법에서 더 다양한 세균군집구조를 나타내었다.

• 미생물학회지
• /
• 제37권2호
• /
• pp.137-144
• /
• 2001

순천만 갯벌의 세균 군집의 다양성을 조사하기 위해 16S rDNA의 다양성을 조사하였다. 갯벌로부터 전체 핵산을 분리한 후, 세균에 상보적인 universal primer로 증폭된 16S rDNA로부터 클론 라이브러리를 만들었다. 총 111개의 클론으로부터 HaeIII를 이용하여 amplified rDNA restriction analysis (ARDRA)를 수행하고, Gelcompar II 프로그램을 이용하여 pattern을 clustering하였다. 111개의 클론 중 100가지의 서로 다른 RFLP type이 조사되었고, 이들 중 전체 클론 라이브러리를 대표할 수 있는 20개의 클론을 선별하여 부분적인 염기서열을 분석하여 세균 다양성을 분석하였다. 20개의 클론중에는 RDP와 GenBank에서 제공하는 small subunit RNA database와 동일한 클론은 존재하지 않았으며, 이미 알려진 배양 가능한 세균의 16S rRNA 염기서열과 비교 하였을때 77∼96.8%의 유사도를 보였다. 또한 이들 20개의 클론은 alpha-, delta-, gamma-Proteobacteria, low G+C Gram positive bacteria, high G+C Gram positive bacteria, Sphingobacteria (Cytophaga); Cyanobacteria (Chloroplast)등 주요한 7개 lineage에 속했으며, 클론들 중 Proteobacteria가 우점종을 차지하고 있었다.

• 생명과학회지
• /
• 제13권6호
• /
• pp.856-864
• /
• 2003

원핵생물 (Procaryote)의 분류에 16S rRNA유전자가 많이 이용되어 있으나 제한된 해상력과 유전자의 수에 차이가 있는 등의 문제가 있어 이를 보완할 수 있는 새로운 생체분자를 찾고 그 분류 결과를 16S rRNA의 결과와 비교하였다. COG (Clusters of Orthologous of protein) 방법을 이용하여 43종의 미생물중에서 진핵생물을 제외한 42종의 원핵생물 (procaryote)에서만 발견되는 3종류의 COG인 Transcription elongation factor인 COG0195과 bacterial DNA primase인 COG0358 그리고 uridylate kinase인 COG0528를 구하였다. 이중 유사도와 유전자 수를 바탕으로 새로운 분류의 키로 uridylate kinase를 설정하여 분석한 결과, 같은 속 (genus)에 속하는 세균들은 아주 높은bootstrap value를 갖고 분류도에서 같은 위치에 분포하고 고세균 (Archaebacteria) 내부의 응집성이 높은 등의 유사성을 보였다. 한편 alpha와 epsilon 그룹의 Proteobacteria가 분류도에서 다르게 위치하고 진정세균 (Eubacteria)의 Spi-rochaetales에 속하는 Treponema pallidum (Tpa)와 Borrelia burgdorferi (Bbu)가 고세균과 유연관계가 높게 나타나는 등 차이점도 보였다. Uridylate kinase를 이용한 분류는, 아주 높은 보존성에 의해서 생기는 16S rRNA 유전자를 이용한 문제점을 보완하여 원핵생물의 정확한 분류에 기여할 수 있을 것으로 사료되었다.

• Food Science and Biotechnology
• /
• 제16권2호
• /
• pp.320-324
• /
• 2007

The bacterial diversity in Korean soybean-fermented foods was investigated using a PCR-based approach. 16S rRNA sequences were amplified and cloned from two different soybean-fermented foods such as doenjang (soybean paste), and ganjang (soybean sauce). Staphylococcus equorum (60.6%), Tetragenococcus halophila (21.2%), Leuconostoc mesenteroides (9.1%), Lactobacillus sakei (6.1%), and Bacillus subtilis (3.0%) were detected among clones isolated from soybean paste samples and Halanaerobium sp. (37.5%), Halanaerobium fermentans (37.5%), T. halophila (12.5%), Staphylococcus sp. (6.3%), S. equorum (3.1%), and B. subtilis (3.1%) were detected among clones isolated from soybean sauce. Our approach revealed different bacterial distributions and diversity from those previously obtained using culture-dependent methods.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
• /
• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XIII)
• /
• pp.810-814
• /
• 2003

원핵생물 (procaryote)의 분류에 16S rRNA 유전자가 많이 이용되어 있으나 제한된 해상력과 유전자의 수에 차이가 있는 등의 문제가 있어 이를 보완할 수 있는 새로운 생체분자를 찾고 그 분류 결과는 16S rRNA의 결과와 비교하였다. COG(clusters of orthologous of protein) 알고리즘으로 42종의 원핵생물 (procaryote)에서만 발견되는 transcription elongation factor (COG0195), bacterial DNA primase (COG0358) 그리고 uridylate kinase (COG0528)를 구하였다. 이중 유사도와 유전자수를 바탕으로 새로운 분류의 키로 uridylate kinase를 설정하여 분석한 결과 16S rRNA 유전자 결과와 유사점과 차이점을 보여, uridylate kinase를 이용한 분류가 16S rRNA 유전자를 이용한 분류의 문제점을 보완하여 원핵생물의 정확한 분류에 기여할 수 있을 것으로 사료되었다.

• 한국치위생학회지
• /
• 제13권5호
• /
• pp.889-900
• /
• 2013

Objectives : Molecular biology techniques were employed to assess diversity of bacterial in children's dental caries. Methods : DNA of germs was extracted and the diversity of the 16S rRNA clones was analyzed by amplified rDNA restriction analysis and sequencing. The experimental samples were pit and fissure caries (PC), deep dentinal caries (DC), smooth surface caries (SC), and supragingival plaque (PQ) from 50 children of age less than 12 years old. The control group was healthy teeth supragingival plaque (HT). Thirty clones from each 16S rRNA clone library of 5 samples were randomly selected, thus a total of 150 clones were analyzed. Results : Amplified rDNA restriction analysis uncovered 18, 20, 11, 17, and 22 phylotypes from healthy teeth, pit and fissure caries, deep dentinal caries, smooth surface caries, and supragingival plaque, respectively. Sequencing analysis found the dominance of Actinomycs naeslundii and Fusobacterium nucleatum in the healthy teeth; Leptotrichia sp. in the pit and fissure caries; Actinomyces sp., Streptococcus mutans, and Rahnella aquatilis in the deep dentinal caries; Streptococcus mutans and Actinomyces sp. in the smooth surface caries; Enterobacter hormaechei and Streptococcus sanguinis in the supragingival plaque. Conclusions : Clonal analysis identified 6 phyla, 20 genera, and 51 species.

• Journal of Microbiology
• /
• 제45권2호
• /
• pp.105-112
• /
• 2007

The objective of this study was to analyze the phylogenetic composition of bacterial community in the soil of an earth-cave (Niu Cave) using a culture-independent molecular approach. 16S rRNA genes were amplified directly from soil DNA with universally conserved and Bacteria-specific rRNA gene primers and cloned. The clone library was screened by restriction fragment length polymorphism (RFLP), and representative rRNA gene sequences were determined. A total of 115 bacterial sequence types were found in 190 analyzed clones. Phylogenetic sequence analyses revealed novel 16S rRNA gene sequence types and a high diversity of putative bacterial community. Members of these bacteria included Proteobacteria (42.6%), Acidobacteria (18.6%), Planctomycetes (9.0 %), Chloroflexi (Green nonsulfur bacteria, 7.5%), Bacteroidetes (2.1%), Gemmatimonadetes (2.7%), Nitrospirae (8.0%), Actinobacteria (High G+C Gram-positive bacteria, 6.4%) and candidate divisions (including the OP3, GN08, and SBR1093, 3.2%). Thirty-five clones were affiliated with bacteria that were related to nitrogen, sulfur, iron or manganese cycles. The comparison of the present data with the data obtained previously from caves based on 16S rRNA gene analysis revealed similarities in the bacterial community components, especially in the high abundance of Proteobacteria and Acidobacteria. Furthermore, this study provided the novel evidence for presence of Gemmatimonadetes, Nitrosomonadales, Oceanospirillales, and Rubrobacterales in a karstic hypogean environment.