• 식물병연구
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• 제21권1호
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• pp.36-39
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• 2015

2012년과 2013년 6월 하순 강원도 횡성과 평창의 곰취(Ligularia fischeri) 재배포장에서 포기가 서서히 시들어 말라 죽는 이상 증상이 발생하였다. 발병정도는 30-80%로 병든 식물체를 조사한 결과, 줄기가 수침상으로 물러지고 썩으면서 흰색의 곰팡이와 갈색의 작고 둥근 균핵이 관찰되었다. 병원균을 순수 분리하여 병원균의 균학적 특징을 조사한 결과, 감자한천배지에서 균총은 흰색으로 잘 자라며 갈색의 작고 둥근 균핵을 많이 형성하였다. 균핵의 크기는 1-3 mm이며, 균사의 폭은 $4-10{\mu}m$였다. 균사생육과 균핵 형성 적온은 $25-30^{\circ}C$이었으며, 균사특유의 clamp connection이 관찰되었다. 또한, 병원균의 염기서열 분석결과 695 bp로 Sclerotium rolfsii와 같은 계통군으로 확인되었으며, 99% 이상의 상동성을 보였다. 이와 같이 곰취에 발생한 병징, 병원균의 균학적 특징 및 염기서열 분석 등을 종합한 결과 S. rolfsii Saccardo로 동정되어 곰취 흰비단병으로 명명하고자 한다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제8권1호
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• pp.35-42
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• 2004

미성숙의 Germinal Vesicle(GV 단계에서 성숙한 Metaphase II(MII) 단계가 되는 난자성숙 과정은 핵과 세포질의 성숙을 통해 이루어지며, 이를 통해 수정과 배 발달을 할 수 있는 능력을 갖게 된다. GV 난자는 prophase I 단계에 arrest 되어 있다가 meiosis 과정을 거쳐 성숙한 MII로 되는데 이를 조절하는 기작에 대해서는 거의 알려져 있지 않다. 따라서 본 연구는 미성숙 난자와 성숙 난자간의 유전자 발현의 차이를 동정함으로써 난자성숙에 관여하는 유전인자를 밝히고자 하였다. GV와 MII 난자에서 mRNA를 정제한 후 ACP System을 이용하여 두 그룹간의 유전자 발현 차이를 분석하여 양적으로 서로 다르게 발현하거나 한쪽에서만 특이적으로 발현하는 유전자를 cloning하여 Sequencing과 BLAST search를 통해 분석하였다. ACP 1번부터 20번까지를 사용하여 32개의 유전자를 찾았으며 이중 26개가 기능적으로 알려진 유전자였다. Pscd2를 포함한 4개의 유전자는 GV에 특이적으로 발현하였고, PKD2와 CSN3를 포함하는 10개의 유전자는 GV에서 더 높게 발현하였으며 Diva를 포함하는 12개의 유전자는 MII에서 더 높게 발현하였다. 본 연구를 통해 분석된 모든 유전자는 난자에서의 발현은 보고되지 않은 것으로 ACP System을 통해 최초로 동정되었으며 특히 PKD-CSN Signaling pathway가 난자에서 발현함을 알 수 있었다. 본 연구는 난자 성숙 과정에서 서로 다르게 발현하는 유전인자를 성공적으로 동정하였으며 향후 이들의 기능을 연구함으로써 난자성숙 조절기전을 연구하는데 기여할 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제49권2호
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• pp.183-194
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• 2007

본 연구는 한우에서 이유시 체중과 도체형질들 간의 상관관계를 구명하고자 실시하였다. 조사된 도체 형질은 배최장근 단면적, 등지방두께, 21단계로 구분하여 평가한 근내지방도(근내지방도 I)와 7단계로 구분하여 평가한 근내지방도(근내지방도 II), 그리고 7단계로 구분하여 평가한 육색 등이었다. 유전모수의 추정은 DFREML 방법을 적용하여 실시하였는데 이유시 체중에 대한 통계모형은 동기우 그룹효과(년도－계절－성) 외에 이유시 송아지 일령 및 어미소 일령의 1차식 효과와 2차식 효과를 고정효과로 포함하였고 개체효과를 임의효과로 포함하였다. 도체형질에 대한 통계 모형은 동기우 그룹효과(년도－계절－성) 외에 도축시 일령의 일차식 효과를 고정효과에 포함하였고 개체효과를 임의효과로 포함하였다. 조사된 형질별 유전력 추정치는 이유시 체중이 0.25, 배최장근 단면적이 0.20, 등지방두께가 0.20, 근내지방도Ⅰ이 0.32, 근내지방도 Ⅱ가 0.32 그리고 육색이 0.22였다. 이유시 체중과 배최장근 단면적, 등지방두께, 근내지방도 I, 근내지방도 II 및 육색 간의 유전(표현형) 상관계수는 각각 0.75(0.16), 0.18(0.05), －0.41(－0.09), －0.40(0.11) 및 －0.07(0.05)였다. 본 연구 결과는 이유시 체중이 무거운 방향으로 단형질 선발을 진행할 경우 등심단면적이 넓어지고, 등지방두께가 두꺼워지며 근내지방도가 감소하는 도체를 생산하는 후손집단이 형성될 가능성이 있음을 시사하고 있다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권2호
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• pp.301-310
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• 2010

Bacillus subtilis strains produce a broad spectrum of bioactive peptides. The lipopeptide surfactin belongs to one well-known class, which includes amphiphilic membrane-active biosurfactants and peptide antibiotics. Both the srfA promoter and the ComP-ComA signal transduction system are an important part of the factor that results in the production of surfactin. Bs-M49, obtained by means of low-energy ion implantation in wild-type Bs-916, produced significantly lower levels of surfactin, and had no obvious effects against R. solani. Occasionally, we found strain Bs-M49 decreased spore formation and the development of competence. Blast comparison of the sequences from Bs-916 and M49 indicate that there is no difference in the srfA operon promoter PsrfA, but there are differences in the coding sequence of the comA gene. These differences result in three missense mutations within the M49 ComA protein. RT-PCR analyses results showed that the expression levels of selected genes involved in competence and sporulation in both the wild-type Bs-916 and mutant M49 strains were significantly different. When we integrated the comA ORF into the chromosome of M49 at the amyE locus, M49 restored hemolytic activity and antifungal activity. Then, HPLC analyses results also showed the comA-complemented strain had a similar ability to produce surf actin with wild-type strain Bs-916. These data suggested that the mutation of three key amino acids in ComA greatly affected the biological activity of Bacillus subtilis. ComA protein 3D structure prediction and motif search prediction indicated that ComA has two obvious motifs common to response regulator proteins, which are the N-terminal response regulator receiver motif and the C-terminal helix-turn-helix motif. The three residues in the ComA N-terminal portion may be involved in phosphorylation activation mechanism. These structural prediction results implicate that three mutated residues in the ComA protein may play an important role in the formation of a salt-bridge to the phosphoryl group keeping active conformation to subsequent regulation of the expression of downstream genes.

• Journal of Korean Neurosurgical Society
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• 제37권6호
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• pp.443-448
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• 2005

Objective: A variety of genetic alterations in human glioblastoma comprises signal transduction and cell cycle arrest control of cellular processes. Subtractive hybridization is potentially a faster method for identifying differentially expressed genes associated with a particular disease state. Using the technique of subtraction, we isolated novel genes that are overexpressed in glioblastoma tissue as compared to normal brain tissue. Methods: We evaluated the differential expression of genes in each of hybridizing tester and driver cDNAs to digested 130 clones. After sequencing of 130 clones and homology search, this study performed to determine mRNA expression of the unknown gene, "clone 47", in brain tissue, glioblasoma, and several cancer cell lines by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). To test the time course for Go-phase arrest, serum stimulation and expression at various times for RT-PCR performed. Results: We identified 23 novel genes by BLAST of the digested 130 clones. The expressions of "clone 47" mRNA of glioblastoma and several cancer lines were significantly higher than normal brain tissues and several normal cell lines. We confirmed the mRNA expression of "clone 47" was up-regulation for $0.5{\sim}1hr$ of WI-38 cell differentiation. Conclusion: The novel gene, "Clone 47" is upregulated in glioblastoma tissue and several cancer cell lines. This gene is time dependent activation during time course of serum stimulation. This result suggests that "clone 47" playa role in brain tumorigenesis and the activation of this "clone 47" may be necessary for the development of cancer.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제51권2호
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• pp.191-196
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• 2013

본 연구는 누에 수정란 초기에 발현하는 유전자를 대량 선발하고, 유용 유전자의 프로모터를 개발하기 위한 연구의 일환으로 추진하였다. 산란 후 2 ~ 16시간이 경과한 누에알로부터 cDNA 유전자은행을 제작하였다. 제작된 cDNA 유전자은행으로 전체 960개 클론을 무작위 추출하여 부분 염기서열 분석을 통해 EST를 제작하였다. 분석된 652개 ESTs 중 염기서열 상동성 분석을 통해 156개의 기존 알려진 유전자와 178개의 미지의 유전자로 구성된 334개 독립유전자를 최종 선발하여 'eegEST'로 명명하였다. eegEST 분석 결과, 기존 염기서열 정보가 알려진 156개 독립유전자 중 2회 이상 출현한 유전자 수는 143개로 전체의 34%를 차지하였으며, Hsp20.8 유전자(12회)와 ubiqutin-like 유전자(11회)가 가장 높은 출현 빈도를 나타내었다. 또한 eegEST 독립유전자의 추정 기능에 따른 분류에서 곤충 수정란 발생초기에 확인할 수 있는 기관 형성과 관련한 유전자가 전체 24%를 차지하고 있었다. 본 연구에서 작성된 누에 수정란 초기 발현유전자 데이터베이스(eegEST)는 곤충 발생학 연구를 위한 정보제공 뿐 아니라 형질전환누에 제작을 위한 프로모터 개발 연구에 활용될 수 있을 것으로 기대한다.

• 한국패류학회지
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• 제28권4호
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• pp.377-384
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• 2012

The importance of biological resources has been gradually increasing, and mollusks have been utilized as main fishery resources in terrestrial ecosystems. But little is known about genomic and transcriptional analysis in mollusks. This is the first report on the transcriptomic profile of Meretrix lusoria. In this study, we constructed cDNA library and determined 542 of distinct EST sequences composed of 284 singletons and 95 contigs. At first, we identified 180 of EST sequences that have significant hits on protein sequences of the exclusive Mollusks database through BLASTX program and 343 of EST sequences that have significant hits on NCBI NR database. We also found that 211 of putative sequences through local BLAST (blastx, E < e-10) search against KOG database were classified into 16 functional categories. Some kinds of immune response related genes encoding allograft inflammatory factor 1 (AIF-1), B-cell translocation gene 1 (BTG1), C-type lectin A, thioester-containing protein and 26S proteasome regulatory complex were identified. To determine phylogenetic relationship, we identified partial sequences of four genes (COX1, COX2, 12S rRNA and NADH dehydrogenase) that significantly matched with the mitochondrial genomes of 3 species-Ml (Meretrix lusoria), Mp (Meretrix petechialis) and Mm (Meretrix meretrix). As a result, we found that there was a little bit of a difference between sequences of Korean isolates and other known isolates. This study will be useful to develop breeding technology and might also be helpful to establish a classification system.

• 대한임상검사과학회지
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• 제52권3호
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• pp.229-236
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• 2020

임상 검체에서 분리된 65개의 사상형 진균을 대상으로 연구하였다. 이 균주들은 형태학적으로 동정이 불가능한 진균, 형태학적으로 유사하여 동정이 까다로운 균주, 종(species) 수준의 동정이 요구되는 균종들이다. PCR과 염기서열분석은 ITS. DiD2, 그리고 β-tubulin 유전자를 표적 부위로 하였고, 증폭된 염기서열은 상동성 분석을 위하여 GenBank 데이터베이스의 알고리즘을 이용하여 분석하였다. 형태학적으로 속 수준의 동정이 가능한 진균은 61.5%이었고, 65주의 염기서열분석으로 62 균주는 속과 종의 동정이 가능하였다. 형태학적 검사와 염기서열분석의 결과, 속과 종이 불일치한 경우 14주(21.5%)이었고, 형태학적으로 동정이 불가능하였던 사례는 11 균주이었다. B. dermatitidis, T. marneffei, 그리고 G. argillacea 등은 염기서열분석으로 국내에서 처음으로 확인하였다. Aspergillus와 같이 흔히 분리되고 성장이 빠른 진균들의 경우에는 형태학적인 검사가 보고시간과 비용 면에서는 매우 유용한 방법이다. 분자유전학적인 검사 방법은 비용과 임상적 중요성 등을 고려하여야 하지만 분자유전학적 검사를 병행하여 신속하고 정확한 결과를 제공할 수 있다.

• 한국버섯학회지
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• 제3권2호
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• pp.52-59
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• 2005

국내유통약용버섯의 분류체계를 확립하고 이들 속 및 종간의 유연관계확립을 위하여 계통학적 정보를 지니고 있는 ITS부위의 염기서열을 밝히고 ITS1과 ITS2부위의 다양한 염기서열을 이용하여 분류학적 위치를 확립하였고, 시판 I. obliquus 종의 진위여부와 계통분류학적인 유연관계 확립 및 종 특이적인 유전자 탐침을 개발하였다. 본 연구의 조사결과에 의하면, 약용버섯으로 주로 시판되고 있는 국내유통균주는 총 6개의 속(Phellinus, Inonotus, Sparassis, Fomes, Ganoderma, Hericium)으로 나누어짐을 알 수 있었고 그 중에서 기존에 잘 알려진 상황버섯과 최근 들어 수입양이 급증하고 있는 차가버섯이 대부분을 차지하고 있는 것으로 확인되었다. 본 연구에 사용되어진 일명 차가버섯으로 유통 중인 15개 제품 중 중국에서 수입되어진 59번 균주가 P. pini로 확인되었으며 일본에서 수입되어진 51, 52번 균주가 P. baumii와 P. linteus와 유사종 혹은 동일종으로 확인되었다. 한편 I. rheades(AY237731)와 I. radiatus(AY354217) 및 F. fomentarius(AY354213)는 NCBI 등록 시 문제점이 있는 것으로 사료되며 본 실험에서 조사되어진 30번 균주 F. fomentarius가 정확한 말굽버섯인 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제37권2호
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• pp.174-185
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• 2010

Full-length cDNAs are essential for the correct annotation of genomic sequences and for the functional analysis of genes and their products. To elucidate the functions of a large population of Chinese cabbage (Brassica rapa) genes and to search efficiently for agriculturally useful genes, we have been taking advantage of the full-length cDNA Over-eXpresser (FOX) gene hunting system. With oligo dT column it purify the each mRNA from the flower organs, leaf and stem tissue. And about 120,000 cDNAs from the library were transformed into $\lambda$-pFLCIII-F vector. Of which 115,000 cDNAs from the library were transformed into T-DNA binary vector, pBigs for transformation study. We used normalized full-length cDNA and introduced each cDNA into Arabidopsis by in planta transformation. Full-length Chinese cabbage cDNAs were expressed independently under the CaMV 35S promoter in Arabidopsis. Selfed seeds were harvested from transgenic Arabidopsis. We had selected 2,500 transgenic plants by hygromycin antibiotic tolerant test, and obtained a number of transgenic mutants. Each transgenic Arabidopsis was investigated in morphological changes, fertility and leaf colour. As a result, 285 possible morphological mutants were identified. Introduced cDNA was isolated by PCR amplification of the genomic DNA from the transgenic mutants. Sequencing result and BLAST analysis showed that most of the introduced cDNA were complete cDNAs and functional genes. Also, we examined the effect of Bromelain on enhancing resistance to soft rot in transgenic Chinese cabbage 'Osome'. The bromelain gene identified from FOX hunting system was transformed into Chinese cabbage using Agrobacterium methods. Transformants were screened by PCR, then RT-PCR and real time PCR were performed to analyze gene expression of cysteine protease in the T1 and T2 generations. The anti-bacterial activity of bromelain was tested in Chinese cabbages infected with soft rot bacteria. The results showed that the over-expressed bromelain gene from pineapple conferred enhanced resistance to soft rot in Chinese cabbage.