• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권4호
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• pp.336-346
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• 2020

Mitochondrial genome is an important molecule for systematic and evolutionary studies in metazoans. The development of next-generation sequencing (NGS) technique has rapidly increased the number of mitogenome sequences. The process of generating mitochondrial genome based on NGS includes different steps, from DNA preparation, sequencing, assembly, and annotation. Despite the effort to improve sequencing, assembly, and annotation methods of mitogenome, the low quality and/or quantity sequence in the final map can still be generated through the work. Therefore, it is necessary to check and curate mitochondrial genome sequence after annotation for proofreading and feedback. In this study, we introduce the pipeline for sequencing and curation for mitogenome based on NGS. For this purpose, two mitogenome sequences of Dermatobranchus otome were sequenced by Illumina Miseq system with different amount of raw read data. Generated reads were targeted for assembly and annotation with commonly used programs. As abnormal repeat regions present in the mitogenomes after annotation, primers covering these regions were designed and conventional PCR followed by Sanger sequencing were performed to curate the mitogenome sequences. The obtained sequences were used to replace the abnormal region. Following the replacement, each mitochondrial genome was compared with the other as well as the sequences of close species available on the Genbank for confirmation. After curation, two mitogenomes of D. otome showed a typically circular molecule with 14,559 bp in size and contained 13 protein-coding genes, 22 tRNA genes, two rRNA genes. The phylogenetic tree revealed a close relationship between D. otome and Tritonia diomea. The finding of this study indicated the importance of caution and curation for the generation of mitogenome from NGS.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제38권4호
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• pp.226-237
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• 2022

Arcuospathidium is a haptorian ciliate genus composed of 18 species, and only one species has been reported in Korea. Here, we identify two unrecorded Arcuospathidium subspecies by morphological observation of both living and protargol-impregnated specimens with the small subunit ribosomal RNA (18S rRNA) gene sequence. These subspecies, Arcuospathidium cultriforme cultriforme (Penard, 1922) Foissner, 1984 and A. cultriforme scalpriforme (Kahl, 1930) Foissner, 2003, were isolated from various terrestrial habitats in July and August 2013, respectivley. Arcuospathidium cultriforme cultriforme is similar to A. cultriforme scalpriforme by a knife-shaped body, a twisted-shaped macronucleus, number of dorsal brushes, position of dorsal brushes, and shape of macronucleus but former mainly differs from the body length to oral bulge length ratio (27-38% vs. 41-53%), extrusome (one types vs. three types), cyst shape (roughly faceted wall vs. smooth surface and thin wall) and number of somatic kinety rows(18-30 vs. 30-44). Additionally, we analyzed the 18S rRNA gene sequences of two A. cultriforme subspecies and compared them with the sequences from GenBank to confirm their identification at the molecular level. As the results of genetic analysis, the 18S rRNA gene sequence of the Korean A. cultriforme cultriforme population is most similar to that of Austrian population. Also, the sequence of the Korean A. cultriforme scalpriforme population is most similar to that of another population with some nucleotide differences.

• 한국어류학회지
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• 제33권4호
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• pp.205-216
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• 2021

한 유전좌위 또는 소수의 유전좌위에 기반한 계통발생학적 재구성은 분자 계통수/종 계통수의 불일치로 인해 오해를 불러일으킬 수 있다. 종의 구분과 종내 연구에서도 적은 유전좌위를 사용할 때 통계력 부족으로 해상도가 낮은 경우가 많이 발생한다. 엑손 포획법은 게놈 규모의 데이터를 수집하는 가장 효율적인 방법 중 하나로, 종내 및 상위 수준에서 생물의 패턴과 역사를 구명하는 연구에 크게 이바지할 수 있다. 이 논문에서는 단일 유전자 방법에서 게놈 접근으로의 전환의 진보와 게놈 기술에 비해 엑손 포획법의 적용 이점을 설명하였다. 또한 엑손 포획법의 원리를 설명하고 이 방법의 적용을 위한 상세한 제언을 기술하였다. 최종적으로, 두 가지 적용을 활용한 엑손 포획법을 설명하고 이 기술에 대한 미래 전망을 논의하였다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제5권1호
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• pp.77-88
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• 1989

한국산 살모사속 (Agkistrodom) 2종의 유전적, 형태적 및 종간잡종 형성 유.무를 구명하기 위하여 남한의 7개 지역에서 147개체를 채집하여 전기영동 및 형태형질 분석을 실시한 결과는 다음과 같다. 1. 15개의 성소 및 단백질에서 19개의 유전자를 검출하여 유전적 변이를 조사한 바 5개 유전자(26.3%)는 종간 및 집단간에 전혀 차이가 없었고 나머지 14개의 유전자중 4개 유전자는 매우 높은 률의 유전적 변이를 나타내었다. 2. 각 집단의 유전적 변이정도를 산출한 결과 A. b. brevicaudus는 평균 A= 1.55, P=42.1%, HD=0.096 및 HG=0.1l5였고 A .ussuriensis는 A= 1.45, P=31.6%, HD=0.1l7 및 HG=0.122로서 타 파충류에 비하여 높은 유전적 변이를 나타냈으며 이는 이들 종의 집단이 크고 안정된 상태에 있다고 사료된다. 3. 형태적으로 2종의 중간형으로 여겨졌던 제주집단은 강릉집단의 A .ussuriensis와 동일종으로 확인되었으며 종간 잡종은 전혀 찾아볼 수 없었다. 4. 2종간의 유전적 근록치는 S=0.662로서 이들은 약 180만년전에 분화되었으리라 추산된다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제5권2호
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• pp.107-119
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• 1989

우리나라 연안과 담수역에 서식하는 큰가시고기과(Gasterosteidae)어류의 많은 표본은 1988년 3월부터 1989년 6월까지 채집하여 이들의 형태변이와 분류학적 위치에 대하여 검토하였다. 큰가시고기 Gasterosteus aculeatus 6개 조사집단의 체측인판수는 모두 32-35개였고 그 형태는 완판형으로 국내에서는 아직 육봉형이라고 생각된느 저판형이나 반판형은 발견되지 않았다. G. aculeatus의 척추골수, 세파수, 지느러미 기조수 등의 계수형질이나, 두장, 안경 및 등지느러미가시길이의 계측치는 집단간에 뚜렷한 차이가 없었다. 가시고기 Pungitius sinensis와 잔가시고기 P. kaibarae ssp. 집단의 체측인판수는 모두 31-35개의 완판형이었고, 등지느러미가시 기조수, 척추골수 및 체고비등에 있어서 2종간에 구별되었지만, 잔가시고기 P. kaibarae ssp.의 집단에는 등지느러미가시 기조막에 담회색을 띤 표본(White form)이 출현하였는데 이것은 이들이 서식하는 환경과 관련된 변이라고 본다. 이 2종의 염색체의 수는 모두 2N=42로서 서로 같지만 G.aculeatus의 핵형은 metacentrics이 6개, submetacentrics이 6개 subtelo-acrocentrics이 30개이고, P. sinensis와 P. kaibarae ssp.는 모두 metacentrics이 4개, submetacentrics이 4개 subtelo-acrocentrics이 34개로 2속 사이에는 서로 달랐다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제19권2호
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• pp.167-176
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• 2003

한국산 초파리아속에 속하는 quinaria section 7종 (D. angularis, D. brachynephros, D. curvispina, D. kuntzei, D. nigromacula ta, D. takadai, D. unispina)과 virilis section 3종(D. virilis, D. tsigana, D. lacertosa)을 대상으로 형태적 수리분석을 실시하여 종간 계통학적 유연관계를 알아보았다. 집괴분석과 분지분석을 실시한 결과 초파리아속 10종은 D. virilis, D. tsigana, D. lacertosa의 제1군과 D. angularis, D. brachynephros, D. curvispina, D. kuntzei, D. nigromaculata, D. takadai, D. unispina 제2군으로 나눌 수 있다. 집괴분석 결과 제2군은 3개의 아군 즉, D. angularis와 n. brachynephros가 집괴된 후에 D. unispina가 집괴되는 아군과, D. curvispina와 D. takadai가 집괴된 후에 D. kuntzei가 집괴되는 아군, 그리고 D. nigromaculata 아군으로 나눌 수 있다. 그리고 D. virilis와 D. lacertosa가 가장 먼저 분지된 종이었으며, D. tsigana가 그 다음이었다. D. virilis가 속한 제1군은 제2군보다 더 먼저 파생되었다고 할 수 있으나, 제1군이 제2군의 직접적인 조상형은 아니고 다른 조상형이 있었을 것이며, 제2군에서는 D. nigromaculata가 가장 먼저 파생되었고, D. kuntzei가 가장 늦게 파생되었다고 생각된다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제16권1호
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• pp.125-131
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• 2000

민물도요(Calidris alpina sakhalina)의 장에서 echinostome에 속하는 Himasthla(Dietz,1909) 속의 국내 미기록종을 발견하고 형태 및 분류학적 연구를 시도하였다. 새들은 경기도 강화군 여차리 일대에서 새 그물을 사용하여 포획하였다. 잡은 새들의 장에서 기생충을 분리하여 생리 식염수로 씻고 고정한 후, acetocarmine으로 연색한 후 현미경으로 관찰하였다. 발견된 Himasthla kusasigi(Yamaguti, 1939)는 작고, 길쭉한 형태로 전장 5.27mm 정도 였으며 31개의 가시가 달린 두관(0.27 mm) 을 갖고 있었다. 구홉반($0.057{\times}0.0684mm$)은 복홉반 보다 작았다. 복홉반($0.35{\times}0.29mm$)은 몸쪽 앞부분에 가깝게 위치하였다. 충체는 타원형의 전고환($0.47{\times}0.30mm$), 후고환($0.59{\times}0.27mm$) 두개의 고환을 갖고 있었다. 고환들은 충체 뒤쪽에 가깝게 위치하였다. 자궁은 길고 구불구불하였으며 충체 길이의 2/3 정도를 차지하였다. 난소($0.13{\times}0.14mm$)는 작고 둥글었다. 난소 아래에는 작고 둥근 수정낭이 보였다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제28권1호
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• pp.48-53
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• 2012

The tiger population that once inhabited the Korean peninsula was initially considered a unique subspecies (Panthera tigris coreensis), distinct from the Amur tiger of the Russian Far East (P. t. altaica). However, in the following decades, the population of P. t. coreensis was classified as P. t. altaica and hence forth the two populations have been considered the same subspecies. From an ecological point of view, the classification of the Korean tiger population as P. t. altaica is a plausible conclusion. Historically, there were no major dispersal barriers between the Korean peninsula and the habitat of Amur tigers in Far Eastern Russia and northeastern China that might prevent gene flow, especially for a large carnivore with long-distance dispersal abilities. However, there has yet to be a genetic study to confirm the subspecific status of the Korean tiger. Bone samples from four tigers originally caught in the Korean peninsula were collected from two museums in Japan and the United States. Eight mitochondrial gene fragments were sequenced and compared to previously published tiger subspecies' mtDNA sequences to assess the phylogenetic relationship of the Korean tiger. Three individuals shared an identical haplotype with the Amur tigers. One specimen grouped with Malayan tigers, perhaps due to misidentification or mislabeling of the sample. Our results support the conclusion that the Korean tiger should be classified as P. t. altaica, which has important implications for the conservation and reintroduction of Korean tigers.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제21권1호
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• pp.45-56
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• 2005

하수처리장과 계곡의 웅덩이에서 채집된 3종의 Gastrostyla 섬모충류가 Gastrostyla minima Hemberger, 1985, G. steinii Engelmann. 1862 그리고 G. setifera (Engelmann, 1862)로 동정되었다. 기재는 생체표본, protargol 염색표본 관찰과 관찰된 표본의 형태통계에 기초하여 기술하였다 이 종들의 형태적 변이는 측정된 형질의 기술통계처리로 분석되었다. 이들 3종은 한국에서 처음으로 기록되는 종으로 아래의 식별형질로 구분된다 G. minima는 일반적으로 2개의 대핵에 구형의 소핵이 하나씩 있고, 하나의 후방구복극모 (poVC, postoral ventral cirri)와 연속적인 복극모섬모열 (VCR, ventral cirral row), 5개의 후방극모 (TC), 6개의 등쪽섬모열에서 네 번째 섬모열은 끊어져 있고 cortical granules들을 가진다. G. steinii는 4개의 대핵과 3-5개의 소핵을 가지고, 하나의 후방구복극모(poVC)와 연속되지 않는 복극모섬모열 , 4개의 후방극모, 6개의 등쪽섬모열을 가지며 cortical granules들이 없다. G. setifera는 2개의 대핵에 구형의 소핵이 하나씩 있고, 두 그룹으로 뚜렷하게 나누어진 5개의 후방극모가 있으며, 6개의 등쪽섬모열, 두개의 후방구복극모와 연속되지 않는 복극모섬모열을 가지며 cortical granules은 없다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제21권2호
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• pp.233-241
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• 2005

제주도와 추자도에서 2004년과 2005년에 SCUBA 다이빙을 하여 채집된 해면동물을 동정$\cdot$분류한 결과 테다니해면속(Tedania)의 2종, 송악테다니해면[Tedania (Tedania) songakensis n. sp.]과 사수테다니해면 (Tedania(Tedania) sasuensis n. sp.]이 신종으로 밝혀졌다. 송악테다니해면은 T. (T.) purpurescen과 골편 형태에 있어서는 유사하지만 onychaete 크기와 성장형태에 있어 차이가 있다. 송악테다니해면의 onychaete 길이는 T (T.) purpurescen onychaete 의 두 배이며 성장형태에 있어 T (T.) purpurescen은 얇게덮어 싸는 형태이나 송악테다니해면은 덩어리 형태이다. 사수테다니해면은 T. (T.) connectens의 골편 구성과 형태는 유사하지만 골편크기와 성장형태에 있어 차이가 있다. 사수테다니해면의 큰 onychaete는 T (T.) connecters의 큰 onychaete 보다 더 크고, 작은 onychaete도 T. (T.) connecters의 작은 onychaete보다 더 작다. 성장형태에 있어서도 사수테다니해면은 덩어리 형태이지만 T. (T.) connecters는 두껍게 덮어 싸는 형태이다. 또한 송악테다니해면과 사수테다니해면의 성장형태는 유사하나 외형, 색깔과 모든 골편의 크기에 있어서 많은 차이를 보였다.